33 ans avant la bataille de Yavin, Yoda était chargé, avec Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi de trouver des enfants sensibles à la Force. Leur quête les mena sur une planète reculée où ils devaient trouver Lo, un jeune garçon pour le ramener au Temple Jedi. A leur arrivée, ils découvrirent que l’enfant avait été fait prisonnier par des pirates. Yoda décida d’aller lui porter secours… Seul ! D’ailleurs, les mercenaires sous estimèrent le petit Jedi et furent vite défaits. Ainsi, Yoda sauva Lo et le confia à Qui-Gon et Obi-Wan…
Quand à lui, il se rendit dans le système de Vagadarr où il avait senti une présence étrange. A son arrivée sur la planète, qu’elle ne fut pas sa surprise en découvrant une tribu de guerriers constituée uniquement d’enfants. Ces derniers se faisaient appeler les Bourbeux. Ils avaient perdu une guerre contre les Rocheux afin de s’approprier une montagne sacrée. Désormais, ils vivaient isolés. Quand à leurs parents, ils avaient disparus au cœur de cette montagne. Voyant en Yoda leur sauveur, ils le menèrent à l’entrée du territoire des Rocheux. Hélas, le Jedi n’eut pas le temps de faire un pas qu’il fut capturé par les habitants de la montagne. Ces derniers, ennemis des Bourbeux, décidèrent d’envoyer Yoda dans le cœur de la montagne. C’était là qu’ils envoyaient les traîtres et leurs opposants. Et d’’après leurs légendes, la montagne était vivante !
Le vieux Jedi erra plusieurs jours dans les sombres cavernes et finit par faire la connaissance de Garro, un Rocheux qui avait été trahi par les siens et enfermé. Yoda, qui avait comprit que la source de la mystérieuse énergie qui l’avait attiré sur ce monde était en réalité la montagne, demanda à Garro de lui enseigner ce pouvoir. Les habitants l’appelaient en effet« stonepower ». Finalement, le trio finit par comprendre que la montagne était réellement en vie ! Ils réussirent à s’échapper de justesse : déjà, un géant de pierre, un des derniers membres de l’espèce qui avait jadis peuplé ce monde se réveillait. A lui seul, Yoda réussit à terrasser ce redoutable ennemi. La taille importe peu, et une fois encore, le petit Jedi en fit la démonstration ! Suite à ces révélations, les Bourbeux et Rocheux cessèrent leur guerre et leurs parents, prisonniers de la montagne fut libres. Yoda quitta alors ce système. Il raconta son étrange aventure au jeune Obi-Wan Kenobi qui l’écrira plus tard dans son journal personnel durant son exil sur Tatooine…
De retour au Temple Jedi, Yoda s'entretint avec Qui-Gon Jinn : ce dernier revenait d'une mission sur la planète Bri'n et doutait à présent du rôle que devaient jouer les Jedi. Certains les percevaient comme des guerriers au service du Sénat, pourtant il sentait au fond de lui que telle n'était pas la volonté de la Force. Yoda conseilla alors à son ami de méditer afin de peut-être trouver une réponse à ses interrogations.
Peu après, Guattako, un seigneur de guerre tua plusieurs Jedi et enleva leurs apprentis. Mace Windu fut dépêché sur Oosalon pour les retrouver. Yoda prit contact avec lui une fois la mission achevée et le terroriste tué. Windu demanda alors ce qu'allaient devenir les orphelins qui avaient été recueillis par Guattako et embrigadé dans son armée. Yoda lui avoua qu'ils n'échapperaient pas à la justice malgré les circonstances atténuantes.
Plusieurs mois plus tard, Yoda demanda à Obi-Wan de prendre Anakin avec lui lors d'une mission l'envoyant sur Dallenor. Bien que Kenobi ne juge pas l'enfant prêt, il obéit à Yoda et le Maître et l'apprenti se rendirent sur place afin de récupérer un holocron Jedi découvert par des archéologues.
Trois ans après la bataille de Naboo, Anakin Skywalker annonça à Obi-Wan Kenobi qu'il souhaitait quitter l'Ordre Jedi pour suivre sa route, seul, à travers la galaxie. Cependant, le jeune Jedi n'avait pas totalement fermé la porte à l'Ordre Jedi et avoua à Obi-Wan qu'il pensait revenir par la suite, afin de terminer son entraînement. Son maître, Obi-Wan Kenobi, alla à la rencontre de Yoda afin de chercher conseil. Le Jedi avoua à Yoda ne pas savoir où il avait échoué lors de son enseignement et qu'il n'était pas prêt et trop jeune pour partir. Yoda rassura le Jedi en lui disant que le chemin du jeune Anakin avait été parsemé d'embûches avant d'arriver jusqu'à eux. Il proposa alors à Obi-Wan de se rendre sur Carnelion IV suite à un appel de détresse reçu par les Jedi. Enfin, Obi-Wan avoua à Yoda que si Anakin souhaitait quitter l'Ordre Jedi après cette mission, il le quitterait lui aussi afin de terminer son entraînement en dehors du temple, comme il l'avait promis à Qui-Gon Jinn. Cependant, Yoda indiqua à Obi-Wan que le Conseil Jedi désapprouverait, lui indiquant que l'entraînement Jedi devait se dérouler uniquement au sein de l'Ordre, et non hors de celui-ci. Mais rien de tout cela ne se produisit puisqu'à la fin de la mission sur Carnelion IV, Anakin changea d'avis et décida de poursuivre son entraînement au sein de l'Ordre Jedi.
À son grand désespoir, ce conflit galactique fit éprouver à Yoda les limites de l'Ordre. C'est ainsi qu'après avoir été forcés de prendre le commandement des clones sur les champs de bataille, lui et le reste du Conseil durent faire face, trois mois après la Bataille de Géonosis, à un début de dissidence dans leurs rangs, même si Mace Windu régla en partie le problème.
En effet, peu après la bataille de Géonosis, Mace Windu partit en mission sur Hissrich en compagnie des Jedi Kit Fisto, Rissa Mano et Prosset Dibs. Yoda s'entretint avec Windu avant son départ, lui recommandant de faire confiance en son jugement et en la Force. La mission fut un succès et les plans des séparatistes mis à mal sur cette planète. Toutefois, au cours du voyage, Prosset Dibs s'était retourné contre Windu, ne supportant pas le nouveau rôle que s'était vu attribués les Jedi dans cette guerre...
Néanmoins, Yoda assuma très vite ses responsabilités dans le conflit. Depuis le Temple Jedi, et souvent épaulé par Mace Windu, il géra la plupart des situations importantes et dangereuses issues de cette guerre. Ses conseils et sa sagesse furent particulièrement précieux pour la multitude de chevaliers Jedi disséminés sur autant de champs de bataille et dont la nouvelle fonction de général était souvent un poids difficile à porter.
Ce fut notamment lui qui envoya la jeune Padawan Ahsoka Tano auprès d’Anakin Skywalker, lui forçant un peu la main pour qu’il prenne un apprenti. Yoda supervisa ainsi la libération de Rotta, le fils de Jabba le Hutt, ainsi que la crise du Malveillant ou encore la capture de Nute Gunray au cours de laquelle le maître Jedi fut particulièrement touché par la trahison du capitaine de la garde sénatoriale Argyus.
C’est également son autorisation qui valut à Obi-Wan Kenobi de partir pour la planète Zigoola avec le Sénateur Bail Organa afin d’y dénicher un artéfact Sith.
Par la suite Yoda, en compagnie d'Ahsoka Tano, emmena six padawans sur la planète glaciaire Ilum : Petro, Byph, Ganodi, Katooni, Zatt et Gungi. Le but était qu'ils trouvent chacun leur cristal afin de construire leur propre sabre laser selon le rituel Jedi. Une fois sur place, devant la Cave contenant les cristaux, Yoda expliqua aux padawans ce qu'ils devaient trouver. Les six padawans trouvèrent finalement leur cristal après quelques péripéties, et purent construire leur propre sabre laser.
Plus tard, Yoda était présent dans la salle de communication du Temple Jedi, sur Coruscant, en compagnie d’Obi-Wan Kenobi et de Ki-Adi-Mundi, lorsqu’ils reçurent un message d’urgence de la Duchesse Satine de Mandalore. Le message expliquait que la planète était désormais aux mains des Sith Savage Opress et Dark Maul, et elle demandait d’urgence de l’aide aux Jedi. Cependant, Yoda fit remarquer que la planète était neutre, et que les Jedi ne pouvaient envoyer aucune aide sans l’accord du Sénat. Obi-Wan, n’écoutant que ses liens avec Satine, n’obéit pas à Yoda et partit pour Mandalore.
En -21 un attentat eut lieu au Temple Jedi, qui causa de nombreuses morts, tant chez les Jedi et les employés du Temple que chez les clones. Le conseil Jedi décida de confier l'enquête à Anakin Skywalker et Ahsoka Tano, absents du Temple lors de l'explosion, estimant qu'ils sauraient faire preuve d'impartialité. En effet, le terroriste était vraisemblablement quelqu'un du Temple, voire un Jedi, et le Sénat envisageait de charger la police militaire de l'affaire, par soucis de transparence.
Maître Yoda rappela donc les deux Jedi sur Coruscant. Ceux-ci découvrirent que la bombe était en réalité le corps même d'un des membres de l'équipe de maintenance : Jackar Bowmani. Sa femme Letta Turmond lui avait fait ingérer des nano-droïdes explosifs. Son acte prouvait que la guerre et l'implication des Jedi étaient devenus très impopulaires. Turmond fut d'abord incarcérée au Temple Jedi, mais le Sénat décida finalement de placer l'affaire entre les mains de la police militaire. Le chancelier Palpatine souhaitait en effet retirer progressivement aux Jedi les affaires militaires.
Ce fut Yoda qui prononça l'éloge funèbre pour les cinq Jedi tués lors de l'attentat.
L'examen des enregistrements de l'explosion révéla que personne d'autre n'avait été impliqué dans l’exécution de l'attentat. Néanmoins, Turmond révéla avoir obéi aux ordre d'un Jedi, et Ahsoka Tano, présente dans la cellule de Turmond quand elle mourut d'un Étouffement par la Force, fut suspectée d'être à l'origine de l'attentat. Emprisonnée par l'armée, la padawan parvint à s'échapper et se cacha dans les bas-fonds de Coruscant. Plusieurs clones avaient été tués lors de l'évasion d'Ahsoka, comme pour l'attentat, tous les indices désignaient Ahsoka comme coupable. Mais Anakin était convaincu de l'innocence de sa padawan. Pour retrouver Ahsoka, qui se cachait dans les niveaux inférieurs, Yoda, qui ne croyait pas non plus la Togruta coupable de tout ce dont l'armée l'accusait, envoya Skywalker et Plo Koon à sa recherche. Ce serait pour le jeune Jedi l'occasion de prouver au Conseil qu'il pouvait rester concentré, même quand sa propre padawan était impliquée.
Ils retrouvèrent Ahsoka dans un entrepôt désaffecté, entourée de nano-droïdes explosifs. La padawan avait également été vue en compagnie d'Asajj Ventress. Ils la ramenèrent au Temple : Yoda insistait pour qu'elle reçoive un procès équitable, conformément à la tradition Jedi. Mais le Sénat suspectait l'Ordre de partialité, et voulait que le Conseil l'expulse de l'Ordre, afin qu'elle soit jugée par un tribunal militaire pour acte de haute trahison envers la République. S'opposer au Conseil risquait de passer pour un acte de rébellion, mais Yoda préféra faire passer Ahsoka devant la chambre des Jugements. Yoda était conscient que beaucoup de choses venaient obscurcir l'affaire. La padawan se défendit en invoquant un coup monté contre elle, mais le Conseil décida de l'expulser.
Devant la cour militaire, Ahsoka fut défendue par Padmé Amidala. Elle aurait néanmoins été jugée coupable et exécutée si Anakin n'avait réussi à démasquer la vraie coupable : Barriss Offee. Le Conseil offrit à Ahsoka de réintégrer l'Ordre, mais elle refusa.
L'illusion était terminée. Yoda était réveillé par les sœurs de la Force qui lui indiquèrent que désormais il serait capable de faire subsister son esprit après la mort. Elles lui révélèrent également l'existence d'un autre Skywalker. Yoda rejoignit R2 et tous deux revinrent sur Coruscant.
De retour sur Coruscant, Yoda informa Mace Windu et Obi-Wan Kenobi qu'il était peu probable de voir les Jedi remporter la Guerre des Clones, mais qu'il restait de l'espoir et qu'à terme, ils pourraient triompher des Sith.
Après la perte de la planète Mahranee par la République et le massacre de nombreux civils par les Séparatistes, le Conseil Jedi se réunit en session extraordinaire. Mace proposa alors une solution radicale : tuer le Comte Dooku. Les autres membres du Conseil, Yoda en premier, furent d'abord réticents à cette idée, finirent par l'accepter. Obi-Wan Kenobi proposa alors Quinlan Vos pour mener la mission à bien, et Yoda suggéra que la chasseuse de primes et ancienne apprentie de Dooku, Asajj Ventress, l'accompagne. Vos fut donc convoqué devant le Conseil, et les Maîtres lui expliquèrent ce qu'ils attendaient de lui. Vos accepta et partit.
Quelque temps plus tard, lors d'une réunion du Conseil, Obi-Wan affirma n'avoir reçu aucune nouvelle de Vos depuis longtemps, ce qui ne manqua pas d'inquiéter Yoda et les autres Maîtres, qui craignaient que Vos ne soit passé du Côté Obscur, ou même mort. Ses craintes s'avérèrent fondées puisque Vos rallia le camp de Dooku, et devint l'une de ses principales aides durant les mois qui suivirent, sous le pseudonyme d'Amiral Enigma, permettant aux Séparatistes de remporter plusieurs victoires.
Un jour, alors que Quinlan Vos continuait d'aider Dooku, Asajj Ventress se présenta dans la salle du Conseil Jedi. Yoda fut très étonné, mais écouta quand même sa confession : elle et Vos avaient été amants, elle lui avait enseigné certains arts du côté obscur, et elle était un peu responsable de son alliance avec Dooku. Cependant, elle avoua être prête à aider les Jedi pour récupérer Vos. Le Conseil délibéra, statuant que la chasseuse de primes avait été honnête, et ils mirent sur pied une mission de sauvetage. Ainsi, Anakin, Obi-Wan et Asajj partiraient secourir Vos. L'Amiral Yularen les informa à ce moment-là de la localisation des Séparatistes : la planète Taris, qu'ils souhaitaient attaquer.
La mission fut un succès, et les Jedi retrouvèrent un Vos très affaibli et prisonnier. Ils crurent alors que l'Amiral Enigma n'avait jamais existé, et ne soupçonnèrent pas de ruse. Yoda se félicita du retour de Vos, et décida d’absoudre Ventress de ses méfaits passés. Durant le mois qui suivit, Vos poursuivit sa lente guérison des tortures subies par Dooku. Le Conseil l'avait envoyé sur quelques missions banales, puis décida de le responsabiliser davantage, en l'envoyant envahir une base de ravitaillement séparatiste située sur un astéroide. Pour cela, il fut accompagné d'Obi-Wan, Anakin et Akar-Deshu. Yoda apprit la réussite de la mission, ainsi que le fait que Vos avait sauvé des vies en les prévenant de la présence de bombes sur l'astéroide, ce dont il félicita Quinlan.
Le Conseil confia alors une autre mission à la même équipe : détruire un poste d'écoutes séparatiste sur la planète Vanqor. Là aussi, Yoda fut satisfait du succès de la mission, même si celle-ci avait été facile puisque l'astéroide avait été déserté peu de temps auparavant. Ses deux missions facilement menées amenèrent Obi-Wan à faire part de ses craintes quant à la présence d'une taupe au sein de la République. Windu soupçonna immédiatement Vos, tandis que Yoda voulut d'abord chercher plus de preuves. Ils contactèrent alors Akar-Deshu sur l'astéroide, qui les informa que les bombes qui avaient explosé étaient de facture républicaine.
Par la suite, Yoda sonda Vos via la Force, et détecta une grande noirceur en lui. Il fit alors part de sa découverte à Obi-Wan puis au reste du Conseil. Tandis que Windu prônait l'exécution, Kenobi proposa de le renvoyer en mission pour assassiner Dooku, mais cette fois-ci en le suivant. Le Conseil agréa à cette idée, et briefa donc de nouveau Vos et Ventress, qui partirent en direction de Christophsis. Anakin et Obi-Wan les suivirent en cachette.
Yoda n'assista que de loin aux événements qui suivirent : l'arrestation puis la fuite de Vos et Dooku en compagnie de Ventress, l'ex-Jedi ayant révélé qu'il souhaitait devenir le nouvel apprenti de Dark Sidious, puis la poursuite des fuyards à la surface de Christophsis. Finalement, le sacrifice de Ventress et la fuite de Dooku virent Quinlan Vos révéler son vrai plan : depuis le début, il n'avait que voulu se rapprocher du mystérieux Sith aux commandes, afin de le tuer et de mettre un terme à la guerre. Yoda fut bien obligé de reconnaître qu'il s'était agi d'un bon plan, et que le sacrifice de Ventress avait permis de sauver les Jedi, les empêchant de sombrer dans le côté obscur.
En -5, un changement se produisit dans la Force, quand Kanan Jarrus décida de prendre comme apprenti Ezra Bridger, renouant ainsi avec l'Ordre Jedi et sa vocation à former les futurs Jedi. Yoda put dès lors connaître, à travers la Force, le sort du Jedi qu'il avait connu apprenti sous le nom de Caleb Dume. Tout en restant sur Dagobah, il s'adressa au maître et à l'apprenti quand ils pénétrèrent dans le Temple Jedi secret de Lothal, leur conseillant à tous deux, séparément, de se concentrer sur ce qu'ils ressentaient. Il poussa Jarrus/Dume à l'introspection, lui faisant exprimer ce qu'il craignait : de ne pas avoir les capacités de former le jeune Bridger, de ne pas savoir le guider, s'étant lui-même égaré lors de sa formation, et formuler la résolution de ne pas échouer. Chez Bridger, Yoda sentit beaucoup de colère et de peur. Il aida cependant le jeune garçon à réaliser que sa voie n'était pas de suivre simplement les indications de son maître, mais qu'il devait trouver son propre chemin, et que celui-ci n'était pas la vengeance, mais la protection des autres. Yoda conclut alors que Bridger pourrait peut-être devenir un jedi.
Un an après, Kanan Jarrus et son apprenti Ezra Bridger retournèrent au Temple Jedi sur Lothal, accompagnés cette fois d'Ahsoka Tano qui avait grandie depuis la Guerre des Clones et avait été à l'origine d'un vaste mouvement rebelle. Les 3 Jedi désiraient en effet entrer en contact avec Maître Yoda pour obtenir de précieux conseils pour vaincre les Inquisiteurs. Tandis que Ahsoka et Kanan suivaient leur propre vision, Ezra, en méditant, se retrouva dans un environnement immatériel. Maître Yoda apparu cette fois sous sa véritable apparence au jeune homme. Ezra demanda alors l'aide de Yoda pour lutter contre les ennemis de la Rébellion notamment Vador et les inquisiteurs. Le vénérable Yoda préféra cependant le mettre en garde sur les dangers qui s'annonçaient avec la croissance de ses facultés, et lui montra pour cela les conséquences de la guerre sur les Jedi en projetant des images de la guerre des clones. Mais déjà les inquisiteurs avaient retrouvés les Jedi et s'étaient introduits dans le Temple. Alors que le lien par la Force était rompu avec Ezra, Yoda lui donna un dernier conseil: le jeune apprenti devait trouver la planète Malachor.
Durant son exil sur Dagobah, Yoda s'interdit d'utiliser son sabre laser. Ainsi, pour chasser, il utilisait un simple arc et des flèches, comptant sur la Force et espérant renouer avec cette entité qui lie chaque êtres vivants. Selon lui, son aveuglement avait causé la chute des Jedi...
Lorsque Luke Skywalker se rendit sur Dagobah sur les conseils de Kenobi, Yoda éprouva quelques appréhensions à former le jeune adulte. Il ne se souvenait que trop bien de la formation tardive qu’avait reçue son père, Anakin Skywalker, et le chemin que celui-ci emprunta par la suite. Finalement, Yoda décida d'entraîner le fermier en qui la Force était puissante.
Pourtant, malgré son envie et ses progrès, Luke partit précipitamment en direction de Bespin pour y affronter Vador et sauver ses amis. Il laissa derrière lui sa formation contre l’avis de Yoda à qui il promit de revenir pour la terminer.
Après la défaite de l’Empire, Luke tenta d’appliquer les enseignements de Yoda et de refonder un nouvel Ordre Jedi. Il échoua dans sa tâche et son propre neveu, Ben Solo, sombra du côté obscur et devint le maléfique Kylo Ren.
Bien des années plus tard, aux alentours de l’an +34, Luke Skywalker se terrait sur la reculée planète Ahch-To, berceau de l’Ordre Jedi. Une jeune femme habitée par la Force, Rey, vint trouver Luke dans l’espoir qu’il rejoigne le combat face au Premier Ordre. Ce dernier refusa, désabusé par la philosophie Jedi, lassé par les combats et totalement hanté par son échec.
C’est à ce moment, alors que Luke s’apprêtait à mettre le feu à l’antique bibliothèque Jedi, que Yoda lui apparut sous forme de fantôme. Ce fut Yoda qui, se moquant de son ancien disciple, déclencha la foudre pour réduire en poussière l’arbre abritant les antiques manuscrits. Le vieux Jedi tenta de résonner Luke comme il l’avait fait des décennies plus tôt sur Dagobah. Malgré le temps qui était passé, Luke restait l’apprenti de Yoda. Celui-ci révéla alors à Skywalker qu’il devait tirer des leçons de ses erreurs et ses échecs et se pardonner la chute de Ben Solo. L’apparition de Yoda aida Luke à se rendre compte du rôle qu’avait à jouer Rey dans les futurs évènements et le poussa à se rouvrir à la Force qu’il avait renié suite à la destruction de son Ordre Jedi.
Star Wars I, II, III, V, VI et VIII
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