'La taille importe peu' était un adage qu'aimait à répéter Yoda et qui convenait parfaitement à sa personne, lui qui, malgré son petit gabarit, fut l'un des plus puissants Maître Jedi de l'histoire galactique.

Né 896 ans avant la Bataille de Yavin, Yoda intégra l’Ordre Jedi pour y suivre une formation de Padawan. Une fois prêt, il se rendit à bord du Crucible sur la planète Ilum pour fabriquer son propre sabre laser avec l’aide du droïde Huyang. Grâce à sa grande maîtrise de la Force et à sa sagesse, il monta les échelons de l’Ordre jusqu’à finalement devenir membre du Conseil Jedi puis grand maître.

Plus de 200 avant Yavin, Yoda jouissait ainsi d’une grande aura auprès des Jedi qu’il avait formés à travers les décennies. À l’époque du mandat de la chancelière Lina Soh, il voulut se concentrer sur l’enseignement des jeunes Padawans et se mit en retrait du Conseil, où il fut remplacé par Ephru Shinn. Lorsque la Grande Catastrophe survint et que le Système Hetzal fut en danger, Yoda ne put intervenir directement car il était à bord du Star Hopper avec ses élèves. Il fut cependant présent pour l'inauguration du Flambeau Stellaire où il annonça aux côtés du grand maître Pra-Tre Veter à Avar Kriss qu’elle était nommée marshal de la station spatiale en remplacement de la défunte Jora Malli, avant de retourner avec Torban Buck sur le Star Hopper pour un nouveau voyage éducatif avec, entre autre, Lula Talisola, Farzala Tarabal, Qort et Bibs.

Lorsque des débris du Legacy Run mirent en danger la planète Trymant IV, le Star Hopper fut le premier vaisseau à venir en aide à ses habitants. Après avoir éliminé de nombreux débris avant qu’ils ne touchent la surface de la planète, Yoda assista ses élèves qui affrontaient au sol des Nihil venus prendre avec eux l’ancien Tromak et le jeune Krix Kamerat. Ce dernier était l’ami d’une jeune Mikkian, Zeen Mrala, ayant utilisé la Force pour stopper un débris du Legacy Run qui s’apprêtait à s’écraser sur la capitale Branalak City. Yoda, accompagné du Cru Cham Cham de cette dernière, parvint alors à pénétrer dans le Squall Spider nihil pour exfiltrer le jeune garçon, mais celui-ci refusa de rejoindre Zeen car dans la communauté dans laquelle ils vivaient, les Elders of the Path, la Force était crainte et méprisée. Malgré cet échec, Yoda découvrit à bord du Spider Cruiser pirate que Marchion Ro était en possession d’un mystérieux artefact.

La chasse au Nihil continua donc et Yoda, accompagné de Torban Buck, Kantam Sy et des Padawans du Star Hopper, s’installa sur Ord Mantell. Des rapports indiquèrent alors que la base des Nihil avaient été trouvée dans le secteur et les Jedi s’y précipitèrent pour les débusquer. Il se révéla finalement que cela n’était qu’une diversion et que l’Œil de Nihil Marchion Ro se trouvait en réalité sur la lune Quantxi. Une fois sur place, Yoda retrouva l’ancien Tromak qui s’était échappé des griffes nihil et ce dernier lui raconta que Marchion Ro était à la recherche d’un dangereux artefact et que le jeune Krix lui avait révéler sa localisation secrète. L’ancien demanda alors au Jedi de l’accompagner afin de récupérer l’objet avant Marchion et Yoda accepta de le suivre en laissant derrière lui tout moyen de communication. Malheureusement, en arrivant près de la planète Vrant Tarnum où se trouvait l’artefact recherché ils furent attaqués par les Nihil et leur vaisseau fut gravement touché.

En l’an -41, Yoda, présidant le Conseil Jedi écouta le rapport du Maître Eno Cordova et son apprentie Cere Junda, de retour d’une mission diplomatique sur la planète Nameel. Au terme de la réunion, les membres du Conseil décidèrent d’envoyer le duo sur Ontotho afin de régler un différend entre les natifs Fylari et la Corporation Daa

33 ans avant la bataille de Yavin, Yoda était chargé, avec Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi de trouver des enfants sensibles à la Force. Leur quête les mena sur une planète reculée où ils devaient trouver Lo, un jeune garçon pour le ramener au Temple Jedi. A leur arrivée, ils découvrirent que l’enfant avait été fait prisonnier par des pirates. Yoda décida d’aller lui porter secours… Seul ! D’ailleurs, les mercenaires sous estimèrent le petit Jedi et furent vite défaits. Ainsi, Yoda sauva Lo et le confia à Qui-Gon et Obi-Wan…

Quand à lui, il se rendit dans le système de Vagadarr où il avait senti une présence étrange. A son arrivée sur la planète, qu’elle ne fut pas sa surprise en découvrant une tribu de guerriers constituée uniquement d’enfants. Ces derniers se faisaient appeler les Bourbeux. Ils avaient perdu une guerre contre les Rocheux afin de s’approprier une montagne sacrée. Désormais, ils vivaient isolés. Quand à leurs parents, ils avaient disparus au cœur de cette montagne. Voyant en Yoda leur sauveur, ils le menèrent à l’entrée du territoire des Rocheux. Hélas, le Jedi n’eut pas le temps de faire un pas qu’il fut capturé par les habitants de la montagne. Ces derniers, ennemis des Bourbeux, décidèrent d’envoyer Yoda dans le cœur de la montagne. C’était là qu’ils envoyaient les traîtres et leurs opposants. Et d’’après leurs légendes, la montagne était vivante !

Le vieux Jedi erra plusieurs jours dans les sombres cavernes et finit par faire la connaissance de Garro, un Rocheux qui avait été trahi par les siens et enfermé. Yoda, qui avait comprit que la source de la mystérieuse énergie qui l’avait attiré sur ce monde était en réalité la montagne, demanda à Garro de lui enseigner ce pouvoir. Les habitants l’appelaient en effet« stonepower ». Finalement, le trio finit par comprendre que la montagne était réellement en vie ! Ils réussirent à s’échapper de justesse : déjà, un géant de pierre, un des derniers membres de l’espèce qui avait jadis peuplé ce monde se réveillait. A lui seul, Yoda réussit à terrasser ce redoutable ennemi. La taille importe peu, et une fois encore, le petit Jedi en fit la démonstration ! Suite à ces révélations, les Bourbeux et Rocheux cessèrent leur guerre et leurs parents, prisonniers de la montagne fut libres. Yoda quitta alors ce système. Il raconta son étrange aventure au jeune Obi-Wan Kenobi qui l’écrira plus tard dans son journal personnel durant son exil sur Tatooine…

De retour au Temple Jedi, Yoda s'entretint avec Qui-Gon Jinn : ce dernier revenait d'une mission sur la planète Bri'n et doutait à présent du rôle que devaient jouer les Jedi. Certains les percevaient comme des guerriers au service du Sénat, pourtant il sentait au fond de lui que telle n'était pas la volonté de la Force. Yoda conseilla alors à son ami de méditer afin de peut-être trouver une réponse à ses interrogations.

Peu après, Guattako, un seigneur de guerre tua plusieurs Jedi et enleva leurs apprentis. Mace Windu fut dépêché sur Oosalon pour les retrouver. Yoda prit contact avec lui une fois la mission achevée et le terroriste tué. Windu demanda alors ce qu'allaient devenir les orphelins qui avaient été recueillis par Guattako et embrigadé dans son armée. Yoda lui avoua qu'ils n'échapperaient pas à la justice malgré les circonstances atténuantes.

Quelques mois plus tard, après avoir décidé en accord avec le reste du Conseil de soutenir secrètement un Chancelier Valorum accablé par les rumeurs de corruption, Yoda vit le retour prématuré du Maître Qui-Gon Jinn et de son apprenti Obi-Wan Kenobi, alors qu'ils avaient été envoyés en orbite de Naboo pour faire lever le blocus exercé par la Fédération du Commerce. Le Maître Jedi fut alors étonné d'apprendre que l'organisation commerciale était depuis le début déterminée à envahir Naboo, et, plus que tout, que les Seigneurs Sith étaient réapparus alors que tous les croyaient morts depuis près d'un millénaire.  
 
Yoda et ses pairs durent également composer avec le fait que Jinn avait ramené un petit garçon avec lui, Anakin Skywalker. Qui-Gon le croyant l'Elu d'une ancienne prophétie, celui qui ramènerait l'équilibre dans la Force. Suspicieux, l'aîné du Conseil accepta alors de tester le natif de Tatooine, et lui posa des questions sur ce qu'il éprouvait, lui apprenant du coup que les sentiments les plus naturels pouvaient mener au Côté Obscur.   


Finalement, lorsque Qui-Gon revint devant le Conseil, Mace Windu lui annonça que son protégé n'allait pas être formé, une décision qu'approuvait Yoda. Pourtant, tous durent revoir leur décision quand Qui-Gon Jinn périt quelques jours plus tard sous les coups de Dark Maul, lui-même tué par Obi-Wan Kenobi.   

Venu sur Naboo pour la crémation du Jedi, Yoda annonça alors à Kenobi, devenu Chevalier, que les membres du Conseil acceptaient la dernière requête de Qui-Gon et qu'ils lui confiaient la formation de Skywalker, et ce malgré sa désapprobation.

Plusieurs mois plus tard, Yoda demanda à Obi-Wan de prendre Anakin avec lui lors d'une mission l'envoyant sur Dallenor. Bien que Kenobi ne juge pas l'enfant prêt, il obéit à Yoda et le Maître et l'apprenti se rendirent sur place afin de récupérer un holocron Jedi découvert par des archéologues.

Trois ans après la bataille de Naboo, Anakin Skywalker annonça à Obi-Wan Kenobi qu'il souhaitait quitter l'Ordre Jedi pour suivre sa route, seul, à travers la galaxie. Cependant, le jeune Jedi n'avait pas totalement fermé la porte à l'Ordre Jedi et avoua à Obi-Wan qu'il pensait revenir par la suite, afin de terminer son entraînement. Son maître, Obi-Wan Kenobi, alla à la rencontre de Yoda afin de chercher conseil. Le Jedi avoua à Yoda ne pas savoir où il avait échoué lors de son enseignement et qu'il n'était pas prêt et trop jeune pour partir. Yoda rassura le Jedi en lui disant que le chemin du jeune Anakin avait été parsemé d'embûches avant d'arriver jusqu'à eux. Il proposa alors à Obi-Wan de se rendre sur Carnelion IV suite à un appel de détresse reçu par les Jedi. Enfin, Obi-Wan avoua à Yoda que si Anakin souhaitait quitter l'Ordre Jedi après cette mission, il le quitterait lui aussi afin de terminer son entraînement en dehors du temple, comme il l'avait promis à Qui-Gon Jinn. Cependant, Yoda indiqua à Obi-Wan que le Conseil Jedi désapprouverait, lui indiquant que l'entraînement Jedi devait se dérouler uniquement au sein de l'Ordre, et non hors de celui-ci. Mais rien de tout cela ne se produisit puisqu'à la fin de la mission sur Carnelion IV, Anakin changea d'avis et décida de poursuivre son entraînement au sein de l'Ordre Jedi.

Yoda n'arriva malheureusement pas à temps pour empêcher le combat opposant les droïdes de combat Séparatistes aux deux cents Jedi que Mace Windu avait emmenés avec lui sur Géonosis. La majeure partie des Jedi fut tuée sous les yeux du Comte Dooku, qui se révéla effectivement être le leader de la Confédération des Systèmes Indépendants.

Parvenant toutefois à sauver le petit groupe de survivants, dont faisaient partie entre autres Windu, Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker, Yoda se lança ensuite dans la bataille, obtenant par la même occasion le grade de Général. Pourtant, même si les clones commençaient à mettre en déroute les ennemis de la République, Yoda sut que la Force l'appelait ailleurs. C'est ainsi qu'il arriva à temps pour empêcher Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker de se faire tuer par Dooku, qui était devenu le Seigneur Sith Dark Tyranus, apprenti de Dark Sidious.

Dans un premier temps, les deux anciens amis s'affrontèrent alors en mettant à l'épreuve leur extraordinaire maîtrise de la Force, mais ils passèrent vite à un frénétique duel au sabre laser, que Yoda était sur le point de remporter. La nature désormais maléfique du Comte Dooku le poussa cependant à mettre en danger Kenobi et Skywalker pour pouvoir fuir, et le Jedi dut donc laisser s'échapper le Sith pour sauver ses deux confrères.

De retour sur Coruscant, Yoda exprima finalement sa tristesse en répondant à un Obi-Wan Kenobi naïf que la victoire sur Géonosis n'en était pas une, et que la Guerre des Clones venait de débuter.

À son grand désespoir, ce conflit galactique fit éprouver à Yoda les limites de l'Ordre. C'est ainsi qu'après avoir été forcés de prendre le commandement des clones sur les champs de bataille, lui et le reste du Conseil durent faire face, trois mois après la Bataille de Géonosis, à un début de dissidence dans leurs rangs, même si Mace Windu régla en partie le problème.  

En effet, peu après la bataille de Géonosis, Mace Windu partit en mission sur Hissrich en compagnie des Jedi Kit Fisto, Rissa Mano et Prosset Dibs. Yoda s'entretint avec Windu avant son départ, lui recommandant de faire confiance en son jugement et en la Force. La mission fut un succès et les plans des séparatistes mis à mal sur cette planète. Toutefois, au cours du voyage, Prosset Dibs s'était retourné contre Windu, ne supportant pas le nouveau rôle que s'était vu attribués les Jedi dans cette guerre... 

Néanmoins, Yoda assuma très vite ses responsabilités dans le conflit. Depuis le Temple Jedi, et souvent épaulé par Mace Windu, il géra la plupart des situations importantes et dangereuses issues de cette guerre. Ses conseils et sa sagesse furent particulièrement précieux pour la multitude de chevaliers Jedi disséminés sur autant de champs de bataille et dont la nouvelle fonction de général était souvent un poids difficile à porter.   

Ce fut notamment lui qui envoya la jeune Padawan Ahsoka Tano auprès d’Anakin Skywalker, lui forçant un peu la main pour qu’il prenne un apprenti. Yoda supervisa ainsi la libération de Rotta, le fils de Jabba le Hutt, ainsi que la crise du Malveillant ou encore la capture de Nute Gunray au cours de laquelle le maître Jedi fut particulièrement touché par la trahison du capitaine de la garde sénatoriale Argyus.   

C’est également son autorisation qui valut à Obi-Wan Kenobi de partir pour la planète Zigoola avec le Sénateur Bail Organa afin d’y dénicher un artéfact Sith.

Au cours de la même période, au début de la guerre, Yoda dut s’acquitter lui-même d’une mission délicate. Le roi de Toydaria, Katuunko, sentant que sa planète devrait faire un choix entre République et Séparatistes, demanda une rencontre avec maître Yoda en personne. Ce dernier, enclin par nature au contact et au dialogue, accepta avec plaisir. Le rendez vous fut prit sur Rugosa, une lune neutre du système de Toydaria. Malheureusement, dés la sortie de l’hyperespace de sa navette, Yoda et son escorte furent prit sous le feu de frégates ennemies. Ceci ne paniqua pas le maître Jedi qui avait connu des situations bien pires.   
 
Avec le calme et la détermination qui le caractérisait, il décida de rejoindre Rugosa à bords d’une capsule de sauvetage, même sous le feu des séparatistes. Il parvint à contacter Katuunko et se retrouva malgré lui face à un défi de taille. Assajj Ventress, représentant le Comte Dooku proposa un marché à Katuunko, si elle parvient à capturer Yoda, il considérera une alliance avec les séparatistes, sinon il pourra envisager de rejoindre la République. Katuunko refusa de prime abords, n’acceptant pas l’intrusion forcée des séparatistes dans sa négociation avec la République. Mais, avec une confiance en soi débordante, Yoda accepta le défi de Ventress.    

    
Ce fut une expérience particulière et très enrichissante pour Rys, Jeck et Thire, les soldats clones qui accompagnaient Yoda. Même traqués, ce dernier se permit d’admirer les paysages de Rugosa et de distiller sa sagesse aux clones par de petites phrases mystérieuses. Vu de ces derniers, il leur semblait que la situation amusait beaucoup le maître Jedi. Cela dit, ils purent également être les témoins des exceptionnelles capacités de combat de Yoda ainsi que de sa maîtrise de la Force.    

Grâce à lui, ils purent mettre hors d’état de nuire les contingents avancés de droïdes envoyés par Ventress. Entre deux affrontements, Yoda prit également le temps d’expliquer aux soldats, avec une certaine tendresse, que malgré leur physique, ils étaient tous différents au regard de la Force. Le Maître Jedi insista sur leur individualité, donnant à chacun de précieux conseils personnalisés. Ceci redonna vigueur et courage à Rys, Jeck et Thire qui repartirent au combat aux cotés de Yoda.  
  
Ce dernier les impressionna encore grandement en arrêtant à lui tout seul une colonne de droïdes séparatistes composés de B1, B2 et même de chars. Il laissa les clones en retrait tout en leur disant simplement qu’ils sauraient quand l’aider. Cette confiance que le maître Jedi leur portait, et peut être son enseignement précédent, firent effet. Ils arrivèrent en soutien au moment où Yoda devait affronter de face une dizaine de droïdekas et parvinrent à les éliminer tous.    

Enfin ils arrivèrent devant le Roi Kattunko. Ce dernier était d’ailleurs sous la menace mortelle de Ventress mais Yoda intervint à temps pour repousser la jeune Sith et sauver la vie du roi. Cette dernière ne se laissa pas impressionner et voulu affronter le vieux maître mais ce dernier la ridiculisa en quelques secondes, faisant étalage de sa maîtrise de la Force. L’apprentie de Dooku choisit alors la fuite finissant de convaincre Katuunko de repousser l’offre des Séparatistes. Yoda fut alors heureux d’entendre que ce dernier avait décidé sans de s’allier avec la République.

Par la suite, Yoda reprit son rôle de supervision du conflit, gérant au mieux les crises qui se multipliaient de plus en plus aux quatre coins de la galaxie, la capture du Comte Dooku par le pirate Hondo Ohnaka avant que ce dernier ne puisse s’échapper, le cas du virus « ombre bleue » sur Naboo ou encore la campagne de libération de Ryloth.

Ceci laissa très peu de temps au maître Jedi qui ne montrait néanmoins aucun signe de fatigue ou de faiblesse. Peu après la défaite sur Felucia, il fut le seul à sentir de légère perturbation dans la Force alors qu’il arpentait le temple Jedi. Cette sensation se confirma et lui donna raison, le chasseur de prime Cad Bane s’était infiltré dans le temple et put dérober un holocron. Ce dernier put néanmoins s’échapper malgré la réaction des Jedi et put également avoir accès grâce à l’holocron aux données du cristal Kyber, révélant la localisation d’enfants sensibles à la Force, le futur de l’Ordre Jedi. Yoda s’associa alors à Mace Windu, Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker pour tenter de trouver par la Force quel serait le prochain geste de Bane. Ils entrèrent dans une profonde transe au cours de laquelle Yoda put visualiser les deux prochaines cibles de Bane, un enfant sur Rodia, et un autre sur Naboo. Ces visions s’avérèrent exactes et permirent la capture de Bane.

Mais ce conflit restait une guerre, et par définition, c’était une période particulière. Ainsi même Yoda dut parfois appliquer des méthodes peu conventionnelles contre les Séparatistes. Il fut de ceux au sein du Conseil Jedi qui demandèrent, ordonnèrent presque, à la sénatrice Amidala de reprendre contact avec un ancien ami, le sénateur Rush Clovis, représentant de Scipio et surtout délégué pour le compte du Clan Bancaire Intergalactique.        

Ce dernier était fortement soupçonné de frayer avec les Séparatistes ce que confirma peu après la sénatrice Amidala. Le résultat était là mais la méthode plutôt inhabituelle pour le vénérable maître Jedi. Hélas en ces temps sombres, même Yoda appliquait parfois le bon vieux précepte de la fin justifie les moyens.

Le maître Jedi continua son rôle d’éminence grise, participant de Coruscant à la guerre jusqu’à ce que la bête Zillo rapportée de Malastare à la demande du chancelier Palpatine s’échappa de son laboratoire de contention. Le gigantesque monstre commença à semer le chaos sur la planète, à la recherche du chancelier.         


Yoda retrouva donc une nouvelle fois l’action sur le terrain en prenant les choses en main. Il s’attaqua directement à la bête avec l’aide d’Aayla Secura, gagnant suffisamment de temps aux forces républicaines pour arriver sur les lieux. Celles ci lâchèrent alors une arme chimique particulièrement dangereuse sur la bête et Yoda s’allia à ses confrères Jedi présents sur le site pour repousser le nuage chimique, protégeant les civils notamment Palpatine et la Sénatrice Amidala.

Lorsqu’Ashoka se fit enlever sur Felucia, son Maître, Anakin Skywalker était très inquiet et la recherchait depuis le temple de Coruscant. La jeune Togruta fut relâchée sur Wasskah afin de servir de divertissement à des Trandoshans pour leurs parties de chasse. Elle y fit la rencontre de Chewbacca, un Wookie avec qui elle se lia d’amitié. Plus tard, des renforts Wookies arrivèrent pour les aider à se défaire du groupe d’esclavagistes Trandoshans. Les Wookies ramenèrent Ahsoka et les autres jeunes Jedi sur Coruscant. Ils furent notamment accueillit par Anakin et Yoda. Ce dernier remercia chaleureusement les Wookies avec lesquels il entretient de bonnes relations.

Mais le sage Jedi reprit ensuite un des rôles les plus frustrant et difficile de la Guerre des Clones : gérer les batailles qui s'accumulaient depuis Coruscant, devant prendre de graves décisions ou être le témoin perpétuel de drames ou de victoires. Ce fut le cas lors de la guerre civile sur Mon Calamari qui suivit où les natifs Quarrens s'en prirent à leurs voisins Mon Calamari sous l'influence évidente du Comte Dooku. Cet affrontement à distance entre les deux leaders via batailles interposées prenaient ainsi une dimension de plus en plus galactique. Mais le malin maître Jedi avait plus d'un tour dans son sac et pouvait compter sur des alliés fidèles. Devant la terrible défaite qui se profilait sur Mon Calamari, il en appela aux voisins gungans pour venir en renfort du prince Lee Char. Pari réussit au delà de toutes espérances car le prince parvint même à réconcilier les deux peuples qui bannirent les droïdes de Dooku de la planète.

A ce moment-là, la menace d'une tentative d'assassinat du chancelier Palpatine vint aux oreilles de Yoda qui convoqua immédiatement une session du Conseil Jedi. Ils mirent ainsi au point un plan que Yoda lui même qualifia de « chemin sombre ». Ils firent passer Obi-Wan Kenobi pour mort, même aux yeux d'Anakin Skywalker, et l'envoyèrent dans la prison où Moralo Eval, l'alien derrière la menace, se trouvait. Kenobi, grimé en Rako Hardeen, son propre assassin, devait établir le contact avec Eval et s'intégrer à son complot.            

Yoda et Windu ne purent qu'attendre ensuite, fébriles, et furent néanmoins contactés à plusieurs reprises par Kenobi. Des messages courts, souvent peu rassurants, qui ne firent pas disparaître l'inquiétude de Yoda. La suite lui donnera raison lorsqu'il apprendra que le Chancelier lui même avait autorisé Anakin Skywalker le puissant mais imprévisible Jedi à partir aux trousses d'Hardeen, sur les traces de son meilleur ami qu'il prenait pour son assassin !            

Heureusement ce dernier ne put attraper Hardeen et ses acolytes et de retour sur Coruscant le sage maître Jedi lui expliqua leur plan. Skywalker fut étonnement calme lors de ces révélations, avant tout inquiet pour Kenobi, mais Yoda ne doutait pas que le jeune et impétueux Jedi n'avait pas dû apprécier d'avoir été écarté de la sorte.            

Par la suite, Obi-Wan ne communiqua pas avec le Conseil pendant plusieurs jours, et alors que le Festival des Lumières de Naboo allait commencer, lors duquel l'attentat contre le Chancelier devait avoir lieu, les Jedi n'eurent d'autre choix que de se préparer en aveugle. Au cours d'une des réunions préparatoires, Anakin se montra une nouvelle fois impatient et colérique, ce qui inquiéta à nouveau Maître Yoda. La suite lui donna tort pour cette fois-là, car Anakin se montra brillant et stable et participa activement à l'échec de la tentative d'enlèvement de Palpatine par Dooku... pourtant, le jeune Jedi était de moins en moins satisfait de la manière dont il était traité.

Après le massacre opéré sur Raydonia, Dark Maul attira l'attention du Conseil Jedi. En effet, il voulait faire savoir qu'il était de retour, afin de pouvoir prendre sa revanche sur Obi-Wan Kenobi. Ce dernier décida de se rendre tout seul sur Raydonia afin de le tuer une bonne fois pour toute, mais Mace Windu conseilla à son ami de se faire accompagner. Cependant, Yoda intervint pour dire à Windu que l'ancien padawan de Qui-Gon devait y aller seul. Selon Yoda, Obi-Wan devant finir ce qu'il avait commencé depuis longtemps. De même, il eut la vision qu'Obi-Wan ne serait pas seul durant ce combat, et qu'un allié inatendu se joindrait à lui pour combattre le Seigneur Sith accompagné de son frère Savage Opress : Asajj Ventress.

Yoda, ainsi que le Conseil, reçut l'appel à l'aide lancé par les rebelles d'Onderon suite à l'invasion Séparatiste et la prise de pouvoir de Sanjay Rash. Saw Gerrera et Lux Bonteri demandèrent de l'aide matérielle et humaine, mais malheureusement, le Conseil trancha en défaveur des jeunes rebelles. En effet, les Jedi décidèrent de ne pas interférer dans les affaires qui ne les concernaient pas, car Onderon avait en effet décidé de rester neutre au début du conflit, et la ni République ni les Jedi n'avaient donc obligation d'envoyer des troupes. Cependant, en tant que Jedi, Yoda et le Conseil ne restèrent pas insensibles à cet appel à l'aide et décidèrent d'envoyer Obi-Wan, Anakin et Ahsoka aider les rebelles afin de les former, les entraîner et les conseiller dans leurs actions. Quelques jours plus tard, les Séparatistes furent chassés et Onderon libérée.             

Par la suite Yoda, en compagnie d'Ahsoka Tano, emmena six padawans sur la planète glaciaire Ilum : Petro, Byph, Ganodi, Katooni, Zatt et Gungi. Le but était qu'ils trouvent chacun leur cristal afin de construire leur propre sabre laser selon le rituel Jedi. Une fois sur place, devant la Cave contenant les cristaux, Yoda expliqua aux padawans ce qu'ils devaient trouver. Les six padawans trouvèrent finalement leur cristal après quelques péripéties, et purent construire leur propre sabre laser.

Yoda fut chargé par le Chancelier lui-même d'escorter la Sénatrice Padmé Amidala jusqu'à son bureau. Yoda accueillit ainsi Padmé à son retour de Scipio. La jeune femme revenait avec des preuves de corruption au sein du Clan Bancaire Intergalactique. Avec elle se trouvait Rush Clovis, un sénateur qui avait une mauvaise réputation depuis que celui-ci avait aidé les séparatistes peu de temps auparavant.
Yoda assista ensuite à une réunion avec divers maîtres Jedi et politiciens pour débattre sur l'avenir du Clan Bancaire. Il fut au final décidé que Padmé et Clovis devraient travailler ensemble afin de trouver des preuves plus nombreuses.
Peu après, lorsque Scipio fut envahie par les séparatistes, Yoda assista au départ d'Anakin Skywalker. Il mit en garde le jeune homme contre son aversion pour Clovis.

Plus tard, Yoda était présent dans la salle de communication du Temple Jedi, sur Coruscant, en compagnie d’Obi-Wan Kenobi et de Ki-Adi-Mundi, lorsqu’ils reçurent un message d’urgence de la Duchesse Satine de Mandalore. Le message expliquait que la planète était désormais aux mains des Sith Savage Opress et Dark Maul, et elle demandait d’urgence de l’aide aux Jedi. Cependant, Yoda fit remarquer que la planète était neutre, et que les Jedi ne pouvaient envoyer aucune aide sans l’accord du Sénat. Obi-Wan, n’écoutant que ses liens avec Satine, n’obéit pas à Yoda et partit pour Mandalore.

En -21 un attentat eut lieu au Temple Jedi, qui causa de nombreuses morts, tant chez les Jedi et les employés du Temple que chez les clones. Le conseil Jedi décida de confier l'enquête à Anakin Skywalker et Ahsoka Tano, absents du Temple lors de l'explosion, estimant qu'ils sauraient faire preuve d'impartialité. En effet, le terroriste était vraisemblablement quelqu'un du Temple, voire un Jedi, et le Sénat envisageait de charger la police militaire de l'affaire, par soucis de transparence.

Maître Yoda rappela donc les deux Jedi sur Coruscant. Ceux-ci découvrirent que la bombe était en réalité le corps même d'un des membres de l'équipe de maintenance : Jackar Bowmani. Sa femme Letta Turmond lui avait fait ingérer des nano-droïdes explosifs. Son acte prouvait que la guerre et l'implication des Jedi étaient devenus très impopulaires. Turmond fut d'abord incarcérée au Temple Jedi, mais le Sénat décida finalement de placer l'affaire entre les mains de la police militaire. Le chancelier Palpatine souhaitait en effet retirer progressivement aux Jedi les affaires militaires.

Ce fut Yoda qui prononça l'éloge funèbre pour les cinq Jedi tués lors de l'attentat.

L'examen des enregistrements de l'explosion révéla que personne d'autre n'avait été impliqué dans l’exécution de l'attentat. Néanmoins, Turmond révéla avoir obéi aux ordre d'un Jedi, et Ahsoka Tano, présente dans la cellule de Turmond quand elle mourut d'un Étouffement par la Force, fut suspectée d'être à l'origine de l'attentat. Emprisonnée par l'armée, la padawan parvint à s'échapper et se cacha dans les bas-fonds de Coruscant. Plusieurs clones avaient été tués lors de l'évasion d'Ahsoka, comme pour l'attentat, tous les indices désignaient Ahsoka comme coupable. Mais Anakin était convaincu de l'innocence de sa padawan. Pour retrouver Ahsoka, qui se cachait dans les niveaux inférieurs, Yoda, qui ne croyait pas non plus la Togruta coupable de tout ce dont l'armée l'accusait, envoya Skywalker et Plo Koon à sa recherche. Ce serait pour le jeune Jedi l'occasion de prouver au Conseil qu'il pouvait rester concentré, même quand sa propre padawan était impliquée.

Ils retrouvèrent Ahsoka dans un entrepôt désaffecté, entourée de nano-droïdes explosifs. La padawan avait également été vue en compagnie d'Asajj Ventress. Ils la ramenèrent au Temple : Yoda insistait pour qu'elle reçoive un procès équitable, conformément à la tradition Jedi. Mais le Sénat suspectait l'Ordre de partialité, et voulait que le Conseil l'expulse de l'Ordre, afin qu'elle soit jugée par un tribunal militaire pour acte de haute trahison envers la République. S'opposer au Conseil risquait de passer pour un acte de rébellion, mais Yoda préféra faire passer Ahsoka devant la chambre des Jugements. Yoda était conscient que beaucoup de choses venaient obscurcir l'affaire. La padawan se défendit en invoquant un coup monté contre elle, mais le Conseil décida de l'expulser.

Devant la cour militaire, Ahsoka fut défendue par Padmé Amidala. Elle aurait néanmoins été jugée coupable et exécutée si Anakin n'avait réussi à démasquer la vraie coupable : Barriss Offee. Le Conseil offrit à Ahsoka de réintégrer l'Ordre, mais elle refusa.

Yoda reçut quelques temps plus tard, tout comme l'ensemble du Conseil Jedi, l'appel à l'aide de la Reine Julia de Bardotta, qui souhaitait que Jar Jar Binks vienne enquêter sur la disparition de plusieurs Maîtres Dagoyens. Le Conseil fut étonné du choix de la Reine, mais Yoda expliqua que les Bardottans étaient en froid avec les Jedi car ils accusaient ces derniers d'avoir kidnappés certains de leurs enfants pour les enrôler dans l'Ordre.

Après concertation, le Conseil accéda à la demande de Julia, mais envoya Mace Windu accompagner le Gungan.

Alors que la fin de la Guerre des Clones approchait, le vaisseau perdu de maître Sifo-Dyas fut retrouvé, et, dans ses décombres, son sabre laser. Depuis que les Jedi avaient appris qu'il avait ordonné aux Kaminoans la création d'une armée de clones, le Conseil Jedi cherchait à en savoir plus, et débuta logiquement son enquête.

Les Jedi commencèrent leur enquête en allant consulter les archives Jedi avec l'aide de Jocasta Nu. Selon les archives, Sifo-Dyas fut bien tué sur Felucia mais, malheureusement, son archive était scellée, et il fut impossible d'en savoir plus. C'était le Bureau du Chancelier Suprême qui en avait donné l'ordre, et, à l'époque, le chancelier n'était autre que Finis Valorum. Cependant, Yoda voulut interroger le chancelier Palpatine sur cette affaire, afin de déterminer le rôle des politiques et du Sénat dans cette affaire. Mais Palpatine indiqua qu'il n'était que sénateur de Naboo à l'époque des faits, et qu'il n'avait pas scellé lui-même l'archive.

Peu après, Yoda était en train de méditer dans sa chambre du Temple Jedi lorsqu'il entendit la voix de Qui-Gon Jinn, décédé douze ans plus tôt. Il en parla aux autres membres du Conseil mais, après une méditation collective durant laquelle ils n'entendirent rienn craignirent une dégradation de l'état de santé du vieux Maître et insistèrent pour qu'il subisse un examen médical. Yoda accepta et fut transféré au centre médical du Temple Jedi, où il fut pris en charge par la docteur Rig Nema. Il subit alors un rituel de déprivation, lui permettant d'entrer dans une état méditatif profond. Lors du rituel, il entendit à nouveau la voix de Qui-Gon Jinn, qui lui demanda de se rendre sur Dagobah. Emergeant du rituel, il confia ceci à Obi-Wan Kenobi et Rig Nema, mais cette dernière lui déclara qu'il avait besoin de repos. Yoda fit alors appeler Anakin Skywalker, et demanda à ce dernier de l'accompagner en promenade. Le vieux Jedi, en qui Anakin avait confiance, partit finalement en direction du hangar à vaisseaux du Temple Jedi, et, en compagnie de R2-D2, en prit un et partit vers Dagobah.


Arrivé sur Dagobah, Yoda fut de nouveau contacté par Qui-Gon, sous la forme de lucioles de lumières. Il invita Yoda à pénétrer dans une grotte, à l'intérieur de laquelle le Maître Jedi eut un aperçu assez désagréable du futur : triomphe des Sith, massacre des Jedi... Cependant, Qui-Gon lui assura qu'il y avait encore de l'espoir, et il invita à Yoda à se rendre sur une planète au centre de la galaxie, auprès des prêtresses de Force, afin d'apprendre à garder son esprit en vie après la mort.

Arrivé sur cette nouvelle planète, Yoda fut accueilli par cinq prêtresses qui, après s'être disputé, décidèrent d'apprendre quelque chose au Maître Jedi. Yoda apprit ainsi qu'il se trouvait sur la planète d'origine des midi-chloriens, et eut vent de la différence entre la Force Vivante et la Force Cosmique. Il passa ensuite deux épreuves. Lors de la première, il se rendit sur une île pour y affronter ses peurs. Il fit alors face à son double obscur. Le combat tourna d'abord à l'avantage de l'être noir, mais Yoda accepta finalement avoir une part d'ombre en lui, tout en gardant le contrôle sur elle. La seconde épreuve le mena ensuite dans la vallée de l'extinction, lieu de résidence de diverses émotions. Il eut d'abord une vision très sombre, jonchée de nombreux cadavres de Jedi, dont celui d'Ahsoka, avec laquelle il discuta avant qu'elle ne meure. Une vision plus heureuse lui apparut ensuite, dans laquelle tous les Maîtres Jedi, y compris Dooku, étaient réunis en paix dans les jardins du Temple Jedi. Yoda refusa cette vision, et un Dooku obscur voulut l'affronter. Mais il disparut lorsque Yoda accepta le combat.

Yoda se retrouva finalement au bord d'un lac, en compagnie de l'une des prêtresses, qui lui apprit qu'elle et ses soeurs étaient des êtres spirituels, à mi-chemin entre deux mondes. Les soeurs indiquèrent à Yoda sa dernière destination : la planète Moraband, berceau des Sith. Il remonta donc à bord de son vaisseau et mit le cap sur cette nouvelle destination.

Arrivé sur place, Yoda confia à R2-D2 que s'il n'était pas revenu sous trois jours, il devait repartir sur Coruscant et informer le Conseil Jedi. Après une courte méditation, le Maître Jedi affronta un reptile, qu'il vainquit sans mal, puis se retrouva à l'entrée du tombeau des Sith. Il rencontra alors l'esprit de Dark Bane, l'instigateur de la Règle des Deux, qui proposa à Yoda de le rejoindre. Ce dernier déclara alors qu'il ne s'agissait que d'une illusion, et Bane disparut, permettant ainsi au Jedi de poursuivre son chemin. Il entra donc dans le tombeau, et rencontra à nouveau les cinq prêtresses, qui lui dirent qu'elles ne contrôlaient plus les épreuves à partir d'ici.

Yoda fit alors face à une vision du Maître Sifo-Dyas, vivant et menotté. Il s'agissait d'une vision émise par Dark Sidious et Dooku depuis Coruscant. Bien qu'un temps ému, Yoda ne tomba pas dans le piège de libérer Sifo-Dyas, et l'illusion disparut, au profit de Sidious. Yoda se réveilla ensuite dans une canonnière, entouré par un escadron de clones et Anakin, qui lui apprit qu'ils avaient intercepté une communication de Dooku et découvert son repère sur Coruscant. Après avoir hésité, Yoda insista pour continuer la mission et démasquer le maître de Dooku et l'empêcher de s'évader. Arrivés sur place, ils tombèrent finalement sur les deux Sith. Dooku tua alors quelques soldats avant de faire face à Anakin, qui le décapita. Bien que choqué, Yoda partit à la poursuite de Sidious. Sur la passerelle extérieure, ils s'affrontèrent violemment et furent rejoints par Anakin, qui fut cependant rapidement mis hors-jeu. Sidious brisa finalement la passerelle, ce qui obligea Yoda à faire un choix : sauver Anakin ou continuer le duel. Il choisit la première solution et, tout en sauvant le Jedi, essuya les éclairs de Sidious. Yoda détruisit finalement la plateforme en lançant son sabre, ce qui entraîna leur chute. Dans le vide, Yoda s'accrocha à Sidious, mais au moment de relever la capuche de celui-ci, il découvrit qu'elle était vide.

L'illusion était terminée. Yoda était réveillé par les sœurs de la Force qui lui indiquèrent que désormais il serait capable de faire subsister son esprit après la mort. Elles lui révélèrent également l'existence d'un autre Skywalker. Yoda rejoignit R2 et tous deux revinrent sur Coruscant.

De retour sur Coruscant, Yoda informa Mace Windu et Obi-Wan Kenobi qu'il était peu probable de voir les Jedi remporter la Guerre des Clones, mais qu'il restait de l'espoir et qu'à terme, ils pourraient triompher des Sith.

Peu de temps avant la fin de la guerre, Yoda dépêcha Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi sur Utapau pour y enquêter sur la mort mystérieuse d'une jedi. Anakin et Obi-Wan parvinrent à découvrirent que les Amani, une espèce vivant sur la planète semblait s'être alliée aux séparatistes. Bien que le gouverneur de Pau City s'y opposait, Yoda permit aux deux jedi de continuer en secret leur enquête.
Les séparatistes arrivèrent sur Utapau. Ils étaient en réalité venus récupérer un gigantesque cristal kyber. Les deux jedi contactèrent le conseil jedi et Yoda apprit alors que Anakin et Obi-Wan s'étaient lancés à la poursuite du cristal. Il fallait empêcher par n'importe quel moyen que les séparatistes ne s'emparent du cristal! Au final, le cristal fut détruit, au grand soulagement de Yoda. Cependant Yoda restait inquiet: pourquoi les séparastites cherchaient-ils à s'emparer d'un cristal kyber?

Après la perte de la planète Mahranee par la République et le massacre de nombreux civils par les Séparatistes, le Conseil Jedi se réunit en session extraordinaire. Mace proposa alors une solution radicale : tuer le Comte Dooku. Les autres membres du Conseil, Yoda en premier, furent d'abord réticents à cette idée, finirent par l'accepter. Obi-Wan Kenobi proposa alors Quinlan Vos pour mener la mission à bien, et Yoda suggéra que la chasseuse de primes et ancienne apprentie de Dooku, Asajj Ventress, l'accompagne. Vos fut donc convoqué devant le Conseil, et les Maîtres lui expliquèrent ce qu'ils attendaient de lui. Vos accepta et partit.

Quelque temps plus tard, lors d'une réunion du Conseil, Obi-Wan affirma n'avoir reçu aucune nouvelle de Vos depuis longtemps, ce qui ne manqua pas d'inquiéter Yoda et les autres Maîtres, qui craignaient que Vos ne soit passé du Côté Obscur, ou même mort. Ses craintes s'avérèrent fondées puisque Vos rallia le camp de Dooku, et devint l'une de ses principales aides durant les mois qui suivirent, sous le pseudonyme d'Amiral Enigma, permettant aux Séparatistes de remporter plusieurs victoires.

Un jour, alors que Quinlan Vos continuait d'aider Dooku, Asajj Ventress se présenta dans la salle du Conseil Jedi. Yoda fut très étonné, mais écouta quand même sa confession : elle et Vos avaient été amants, elle lui avait enseigné certains arts du côté obscur, et elle était un peu responsable de son alliance avec Dooku. Cependant, elle avoua être prête à aider les Jedi pour récupérer Vos. Le Conseil délibéra, statuant que la chasseuse de primes avait été honnête, et ils mirent sur pied une mission de sauvetage. Ainsi, Anakin, Obi-Wan et Asajj partiraient secourir Vos. L'Amiral Yularen les informa à ce moment-là de la localisation des Séparatistes : la planète Taris, qu'ils souhaitaient attaquer.

La mission fut un succès, et les Jedi retrouvèrent un Vos très affaibli et prisonnier. Ils crurent alors que l'Amiral Enigma n'avait jamais existé, et ne soupçonnèrent pas de ruse. Yoda se félicita du retour de Vos, et décida d’absoudre Ventress de ses méfaits passés. Durant le mois qui suivit, Vos poursuivit sa lente guérison des tortures subies par Dooku. Le Conseil l'avait envoyé sur quelques missions banales, puis décida de le responsabiliser davantage, en l'envoyant envahir une base de ravitaillement séparatiste située sur un astéroide. Pour cela, il fut accompagné d'Obi-Wan, Anakin et Akar-Deshu. Yoda apprit la réussite de la mission, ainsi que le fait que Vos avait sauvé des vies en les prévenant de la présence de bombes sur l'astéroide, ce dont il félicita Quinlan.

Le Conseil confia alors une autre mission à la même équipe : détruire un poste d'écoutes séparatiste sur la planète Vanqor. Là aussi, Yoda fut satisfait du succès de la mission, même si celle-ci avait été facile puisque l'astéroide avait été déserté peu de temps auparavant. Ses deux missions facilement menées amenèrent Obi-Wan à faire part de ses craintes quant à la présence d'une taupe au sein de la République. Windu soupçonna immédiatement Vos, tandis que Yoda voulut d'abord chercher plus de preuves. Ils contactèrent alors Akar-Deshu sur l'astéroide, qui les informa que les bombes qui avaient explosé étaient de facture républicaine.

Par la suite, Yoda sonda Vos via la Force, et détecta une grande noirceur en lui. Il fit alors part de sa découverte à Obi-Wan puis au reste du Conseil. Tandis que Windu prônait l'exécution, Kenobi proposa de le renvoyer en mission pour assassiner Dooku, mais cette fois-ci en le suivant. Le Conseil agréa à cette idée, et briefa donc de nouveau Vos et Ventress, qui partirent en direction de Christophsis. Anakin et Obi-Wan les suivirent en cachette.

Yoda n'assista que de loin aux événements qui suivirent : l'arrestation puis la fuite de Vos et Dooku en compagnie de Ventress, l'ex-Jedi ayant révélé qu'il souhaitait devenir le nouvel apprenti de Dark Sidious, puis la poursuite des fuyards à la surface de Christophsis. Finalement, le sacrifice de Ventress et la fuite de Dooku virent Quinlan Vos révéler son vrai plan : depuis le début, il n'avait que voulu se rapprocher du mystérieux Sith aux commandes, afin de le tuer et de mettre un terme à la guerre. Yoda fut bien obligé de reconnaître qu'il s'était agi d'un bon plan, et que le sacrifice de Ventress avait permis de sauver les Jedi, les empêchant de sombrer dans le côté obscur.

Les évènements s’accélèrent par la suite. Yoda fut présent au temple Jedi de Coruscant lorsque celui-ci fut attaqué par un mystérieux guerrier Kage embauché par la Confédération des Systèmes Indépendant : Rackham Sear. Grâce à Depa Billaba, qui venait de reprendre sa place au sein du Conseil Jedi suite à un coma de six mois, et de son futur padawan Caleb Dume, le guerrier Kage fut intercepté.

Les Séparatistes lancèrent par la suite une attaque éclair sur Coruscant et le général Grievous parvint à capturer le chancelier Palpatine. Yoda menait pendant ce temps l’armée clone sur la surface de la planète aux cotés de Mace Windu et les Séparatistes furent finalement repoussés alors que le chancelier avait été sauvé par Skywalker et Kenobi. La tension montait néanmoins de plus en plus entre ce dernier et le Haut Conseil Jedi. Yoda observait le rapprochement de Skywalker et de Palpatine avec attention mais agit avec prudence surtout lorsqu’il apprit que Palpatine voulait faire de Skywalker son « agent de liaison » avec le Conseil Jedi. Yoda et ce dernier refusa même à Anakin le rang de maître, le sage maître Jedi tentait ainsi de garder la situation sous contrôle sans perdre de vue leur véritable objectif, trouver ce mystérieux Sith qui tirait les ficelles.

Le commandant Cody informa ensuite le Conseil Jedi de la prochaine défaite de Grievous sur Utapau grâce à l’action d’Obi-Wan Kenobi. Mace Windu envoya alors Skywalker prévenir Palpatine puis, une fois Anakin ayant quitté la pièce, les langues se délièrent : Ki-Adi-Mundi exprima ses doutes sur la volonté du chancelier de renoncer à ses pouvoirs exceptionnels et il proposa de le destituer s’il résistait, Mace Windu, qui pressentait un complot contre les Jedi se dessiner, ajouta ensuite qu’il était également nécessaire de prendre le contrôle du Sénat pour reconstruire la paix. Yoda de son côté était très retissant à ces suggestions mais il ne sut proposer de meilleure solution que ces coups de force très éloignés de la philosophie Jedi.

L’ancienne Padawan Ahsoka Tano entra ensuite en communication avec le Conseil Jedi pour leur annoncer qu’elle avait réussi à capturer Dark Maul sur Mandalore et qu’elle s’apprêtait à leur livrer le prisonnier sur Coruscant. Elle précisa toutefois à Yoda qu’elle refusait de réintégrer l’Ordre Jedi et se considérait toujours comme une simple citoyenne de la République. Il sentit qu’elle était réticente à leur communiquer d’autres information qu’elle aurait pues obtenir de Maul mais Ahoka ne souhaitait en réalité parler qu’au seul Jedi dont elle avait confiance, son ancien maître Anakin Skywalker.

Des rapports indiquant que les Séparatistes menaçaient la planète Kashyyyk, Yoda s’y était rendu lui-même, en tant qu’ami de longue date des Wookies et protecteur de leur planète, pour contrer l’attaque ennemie. Il le fit avec brio jusqu’au déclenchement de l’ordre 66 par le chancelier Palpatine. Yoda fut alors touché dans la Force par la mort des centaines de Chevaliers Jedi à travers la galaxie, trahis par leurs clones. Une telle souffrance faillit le déborder mais il parvint à se ressaisir à temps pour empêcher le commandant Gree, pourtant un proche, et ses propres troupes de l’abattre. Cela dit, il dut bien sûr abandonner le commandement et parvint à s’enfuir de la planète grâce à Tarfull et Chewbacca.  
                 
Yoda, sans céder à la panique, parvint à rejoindre le sénateur Bail Organa et Obi-Wan Kenobi qui avait lui aussi survécu. Avec Kenobi, il se rendit au temple Jedi sur Coruscant pour bloquer le signal demandant aux Jedi de rentrer. Ce dernier était un piège, chaque nouvel arrivant était impitoyablement abattu par les soldats clones. Sur place, ils purent se frayer un chemin, arrêter le signal et découvrirent alors avec horreur la vérité. Palpatine lui-même était le Sith qu’ils cherchaient avec tant d’acharnement et pire, il avait un apprenti, Anakin Skywalker !         
          
Le moment était particulièrement grave et important. Aussi Yoda, fort de 900 ans d’expérience sut comment réagir, il fallait que le mal soit endigué ici et maintenant. Alors que Kenobi se lançait à la poursuite de son ancien padawan, Yoda décida d’attaquer la racine du mal lui-même, le chancelier Palpatine, tout juste autoproclamé Empereur. Il le trouva dans son bureau, fort de toute son arrogance. Yoda sut que ce moment était déterminant, il approcha plus concentré que jamais, sentant le poids des responsabilités sur ses épaules. Il était le dernier rempart.                   

Après un bref échange censé les déstabiliser, le combat éclata et se déplaça vite au sein même du Sénat Galactique heureusement encore vide. Yoda dut faire appel à toutes ses compétences de bretteur dans ce duel qui mit à mal le Sénat, endommageant grandement des installations. Palpatine, à l’apogée de son pouvoir, finit par prendre le dessus sur le Maître Jedi, pourtant le plus puissant de l’Ordre. Yoda dut repousser les violentes attaques de Force du Sith et se fit même désarmer.

Arrivé sur la lointaine et isolée Dagobah, Yoda se construisit un refuge où il pourrait méditer en paix. Il s’installa près d’une grotte où le Côté Obscur était puissant afin que cette puissance cache sa présence, tout comme Palpatine s’était caché sur Coruscant où le Côté Lumineux était omnipotent. D’autre part, la planète faisait partie de la petite quarantaine de planètes qui furent effacées des archives Jedi et qui protègerait ainsi son anonymat.

En -5, un changement se produisit dans la Force, quand Kanan Jarrus décida de prendre comme apprenti Ezra Bridger, renouant ainsi avec l'Ordre Jedi et sa vocation à former les futurs Jedi. Yoda put dès lors connaître, à travers la Force, le sort du Jedi qu'il avait connu apprenti sous le nom de Caleb Dume. Tout en restant sur Dagobah, il s'adressa au maître et à l'apprenti quand ils pénétrèrent dans le Temple Jedi secret de Lothal, leur conseillant à tous deux, séparément, de se concentrer sur ce qu'ils ressentaient. Il poussa Jarrus/Dume à l'introspection, lui faisant exprimer ce qu'il craignait : de ne pas avoir les capacités de former le jeune Bridger, de ne pas savoir le guider, s'étant lui-même égaré lors de sa formation, et formuler la résolution de ne pas échouer. Chez Bridger, Yoda sentit beaucoup de colère et de peur. Il aida cependant le jeune garçon à réaliser que sa voie n'était pas de suivre simplement les indications de son maître, mais qu'il devait trouver son propre chemin, et que celui-ci n'était pas la vengeance, mais la protection des autres. Yoda conclut alors que Bridger pourrait peut-être devenir un jedi.

Un an après, Kanan Jarrus et son apprenti Ezra Bridger retournèrent au Temple Jedi sur Lothal, accompagnés cette fois d'Ahsoka Tano qui avait grandie depuis la Guerre des Clones et avait été à l'origine d'un vaste mouvement rebelle. Les 3 Jedi désiraient en effet entrer en contact avec Maître Yoda pour obtenir de précieux conseils pour vaincre les Inquisiteurs. Tandis que Ahsoka et Kanan suivaient leur propre vision, Ezra, en méditant, se retrouva dans un environnement immatériel. Maître Yoda apparu cette fois sous sa véritable apparence au jeune homme.  Ezra demanda alors l'aide de Yoda pour lutter contre les ennemis de la Rébellion notamment Vador et les inquisiteurs. Le vénérable Yoda préféra cependant le mettre en garde sur les dangers qui s'annonçaient avec la croissance de ses facultés, et lui montra pour cela les conséquences de la guerre sur les Jedi en projetant des images de la guerre des clones. Mais déjà les inquisiteurs avaient retrouvés les Jedi et s'étaient introduits dans le Temple. Alors que le lien par la Force était rompu avec Ezra, Yoda lui donna un dernier conseil: le jeune apprenti devait trouver la planète Malachor.

Durant son exil sur Dagobah, Yoda s'interdit d'utiliser son sabre laser. Ainsi, pour chasser, il utilisait un simple arc et des flèches, comptant sur la Force et espérant renouer avec cette entité qui lie chaque êtres vivants. Selon lui, son aveuglement avait causé la chute des Jedi...

Lorsque Luke Skywalker se rendit sur Dagobah sur les conseils de Kenobi, Yoda éprouva quelques appréhensions à former le jeune adulte. Il ne se souvenait que trop bien de la formation tardive qu’avait reçue son père, Anakin Skywalker, et le chemin que celui-ci emprunta par la suite. Finalement, Yoda décida d'entraîner le fermier en qui la Force était puissante.

Pourtant, malgré son envie et ses progrès, Luke partit précipitamment en direction de Bespin pour y affronter Vador et sauver ses amis. Il laissa derrière lui sa formation contre l’avis de Yoda à qui il promit de revenir pour la terminer.

Lorsque Luke revint sur Dagobah, comme il l’avait promis à Yoda, après l’épisode sur Tatooine, il pensait continuer encore quelque temps son entraînement. Le vieux Maître, affaibli, lui avoua qu’il n’avait plus rien à lui apprendre et qu’il sentait la fin de ses jours arriver. Il lui confia aussi que sa formation ne serait terminée que lorsqu’il aurait affronté Dark Vador. Dans son dernier souffle, Yoda révéla à Luke l’existence d’un second Skywalker, sans pour autant lui dire de qui il s’agissait.   

À 900 ans, Yoda mourut apaisé et disparut dans la Force. Le plus grand Maître Jedi de l’histoire venait de s’éteindre.   

Il réapparut à Luke, notamment lors de la fête sur la Lune d’Endor, après la victoire sur l’Empire. Yoda apparut donc sous la forme d’un spectre de Force en compagnie d’Obi-Wan Kenobi et d’Anakin Skywalker, eux-mêmes fantômes de Force.

Après la défaite de l’Empire, Luke tenta d’appliquer les enseignements de Yoda et de refonder un nouvel Ordre Jedi. Il échoua dans sa tâche et son propre neveu, Ben Solo, sombra du côté obscur et devint le maléfique Kylo Ren.

Bien des années plus tard, aux alentours de l’an +34, Luke Skywalker se terrait sur la reculée planète Ahch-To, berceau de l’Ordre Jedi. Une jeune femme habitée par la Force, Rey, vint trouver Luke dans l’espoir qu’il rejoigne le combat face au Premier Ordre. Ce dernier refusa, désabusé par la philosophie Jedi, lassé par les combats et totalement hanté par son échec.

C’est à ce moment, alors que Luke s’apprêtait à mettre le feu à l’antique bibliothèque Jedi, que Yoda lui apparut sous forme de fantôme.  Ce fut Yoda qui, se moquant de son ancien disciple, déclencha la foudre pour réduire en poussière l’arbre abritant les antiques manuscrits. Le vieux Jedi tenta de résonner Luke comme il l’avait fait des décennies plus tôt sur Dagobah. Malgré le temps qui était passé, Luke restait l’apprenti de Yoda. Celui-ci révéla alors à Skywalker qu’il devait tirer des leçons de ses erreurs et ses échecs et se pardonner la chute de Ben Solo. L’apparition de Yoda aida Luke à se rendre compte du rôle qu’avait à jouer Rey dans les futurs évènements et le poussa à se rouvrir à la Force qu’il avait renié suite à la destruction de son Ordre Jedi.

'La taille importe peu' était un adage qu'aimait à répéter Yoda et qui convenait parfaitement à sa personne, lui qui, malgré son petit gabarit, fut l'un des plus puissants Maître Jedi de l'histoire galactique.

Né 896 ans avant la Bataille de Yavin, Yoda ne sut pas tout de suite qu’il était sensible à la Force. Il partit de sa planète avec un ami d’origine Humaine, également sensible à la Force sans le savoir. Ensemble ils partirent pour les mondes du noyau à bord d’un vaisseau afin d’y chercher du travail. En cours de route, l’appareil fut durement touché par un astéroïde qui causa des dégâts suffisamment importants pour que les deux amis ne puissent pas le réparer. Ils passèrent plusieurs jours à dériver dans l’espace en rationnant leur nourriture et en émettant un signal de détresse. Ils étaient proches de la mort, lorsque leurs senseurs détectèrent un système. Ils réussirent à diriger leur vaisseau jusqu’à celui-ci et s’y écrasèrent.

Sur place, ils passèrent quelques jours puis furent découverts par un Hysalrien du nom de N’Kata Del Gormo, Maître Jedi. Celui-ci leur apprit qu’ils étaient tous deux puissants dans la Force et prit sur lui de les former. Lorsque leur formation fut achevée, un vaisseau de la République Galactique qui venait d’intercepter leur signal de détresse toujours actif, vint les rechercher.

Il devint Maître Jedi à l'âge de cent ans, et était reconnu comme l'un des plus grands duellistes de l'Ordre. Réputé pour sa sagesse, son sérieux, son exigence et son caractère parfois tranchant. Yoda était aussi quelqu'un qui débordait d'affection pour les jeunes élèves du Temple. Plus étonnant, c’était quelqu'un qui faisait preuve d'un grand sens de l'humour, ses blagues rendant souvent hilares les autres membres du Conseil Jedi. 

Du fait de sa longue vie, peu de choses étaient connues sur son passé, si ce n'étaient les faits relatés dans les Holocrons du Temple ou les légendes que se racontaient les apprentis. Ses nombreux exploits lui valurent cependant d’avoir une sculpture de son buste exposée au sein des Archives Jedi, et d'obtenir une place de membre du Conseil à vie. 

Le temps qu'il passa au service de la République lui permit également de former nombre de Padawans, comme Ikrit, Ki-Adi-Mundi ou Mace Windu. Le natif d' Haruun Kal fut d'ailleurs son dernier apprenti, Yoda préférant apprendre les bases des arts Jedi aux divers groupes d'élèves du Temple, comme le Clan de l'Ours.

Quatre cents ans avant la Bataille de Yavin, alors qu'il ne siégeait pas encore au Conseil, Yoda fut envoyé sur Dathomir, fief des Sorcières de la Force et des Soeurs de la Nuit, afin de récupérer le vaisseau-académie Chu'unthor qui s'était écrasé à la surface de la planète. Toutefois, devant la hargne avec laquelle les Sorcières défendaient leurs terres, Yoda et les Jedi survivants de son groupe, dont les Maîtres Gra'aton et Vulatan, durent renoncer à la station d'entraînement. Avant de partir, il prit cependant la peine de faire un pacte avec les natives de Dathomir, en leur demandant de protéger le vaisseau jusqu'à ce qu'un jeune Jedi vienne les débarrasser des Soeurs de la Nuit. Sans qu'il ne puisse le savoir, son présage devint réalité quelques siècles plus tard, et le Jedi en question s'avéra être Luke Skywalker.

En 200 av. BY, Yoda et d’autres Maîtres de l’époque observèrent que la Force devenait plus sombre et incertaine. Les membres du Conseil, dont Yoda, se plongèrent dans de profondes méditations et conclurent que le pouvoir obscur de la Force grandissait de plus en plus. Alors que tous pensaient que les Sith étaient sur le point de réapparaître, Yoda mit en avant la possibilité de voir arriver celui qu’on appellerait « l’Elu » et qui devait apporter l’équilibre dans la Force. Cette suggestion troubla l’Ordre un moment, créant certaines tensions entre les différents membres.

Quelques faits d’armes finirent néanmoins par réapparaître avec le temps. Ainsi, durant la Guerre des Clones, il fut conté au maître Jedi Obi-Wan Kenobi alors en mission sur Ord Cestus l’histoire d’un Jedi qui sauva les natifs X’Ting d’un désastre 170 ans av. BY. Ces derniers, par respect et pour l’honorer, lui avaient alors construit une statue de 70 mètres de haut au sein même de leur galerie des héros. Au cours de sa mission, Kenobi put traverser cette galerie et ainsi admirer la statue de ce fameux maître Jedi, Yoda lui-même.    
   
En 102 av BY, Dooku voyait le jour sur Serenno où il obtint de sa naissance le titre de Comte. Il fut rapidement découvert par l’Ordre Jedi qui sentit chez lui un grand potentiel de Force. Lorsqu’il eut l’âge nécessaire, il devint le padawan de Thame Cerulian, l’un des membres du Conseil de l’époque. Bien qu’il ne fût pas son apprenti, Yoda occupa néanmoins une place particulière dans la vie du jeune Dooku puisqu’il était pour lui une sorte de confident. Yoda observait l’évolution de Dooku avec un grand intérêt. Il travailla avec lui le combat au sabre et au fil du temps, Dooku devint l’un des meilleurs duellistes au même titre que Mace Windu et Yoda lui-même.

53 ans avant la bataille de Yavin, le Conseil Jedi fut averti de la mort suspecte de la grande prêtre Liora sur la planète Telos IV. Ce monde était également la planète natale de Xanatos, le Padawan de Qui-Gon Jinn. Ainsi, Yoda décida d'envoyer le duo sur Telos IV accompagné par Tahl et Orykan Tamarik. Selon lui, des forces obscures s'échinaient à provoquer de terribles évènements sur Telos IV et les conséquences risquaient d'êtres désastreuses... De plus, c'était l'occasion de tester les émotions de l'impétueux Xanatos.

Peu après, Qui-Gon Jinn contacta Yoda pour lui annoncer la fin de la guerre civile qui avait lieux sur Telos IV. C'était Crion, le gouverneur de la planète et père de Xanatos qui avait tout manigancé. Qui-Gon annonça également une autre nouvelle, plus mauvaise: son Padawan Xanatos était porté disparu après avoir succombé au côté obscur de la Force. Yoda comprit alors que le jeune apprenti n'avait jamais été destiné à devenir un Jedi et qu'il n'aurait pas dut lui confier une telle mission...

En –44, soit douze ans avant la Bataille de Naboo, lorsque éclata le Conflit Hyperspatial de Stark, plusieurs Jedi, dont Tyvokka et Plo Koon, furent dépêchés sur Troiken afin d'entamer des négociations avec le mercenaire Iaco Stark. Mais quand la solution diplomatique échoua, les envoyés du Temple et les soldats employés par le Sénateur Ranulph Tarkin furent piégés. Seule une communication télépathique entre Plo Koon, sa nièce Sha Koon et le Conseil Jedi, dont Yoda était désormais le doyen, permit alors à la République de mettre en déroute les forces de Stark.

En 33 avant la Bataille de Yavin, le Conseil Jedi reçut une transmission les informant de l’attaque de la planète Mayvitch 7 par des Yinchorri. Le Chancelier, Finis Valorum, demanda expressément à Mace Windu d’envoyer une équipe pour parlementer avec les envahisseurs. Malheureusement, les Jedi envoyés furent tués. En réponse, une équipe composée de douze Jedi fut mise sur pied et dirigée par Mace en personne.

Ce constat se vérifia onze ans plus tard, lorsque Dark Sidious, le maléfique Seigneur Sith, manipula les guerriers Yinchorri afin qu'ils attaquent le Temple. Yoda et ses confrères eurent pourtant la chance d'avoir anticipé le danger à temps, et à peine les êtres reptiliens furent-ils rentrés dans le légendaire bâtiment qu'ils firent face à un groupe de Jedi, armes à la main. Ceux qui n'avaient jamais vu le Maître Yoda combattre eurent alors l'occasion de constater son incroyable maîtrise du sabre laser, et ce dernier eut ensuite à interroger le seul Yinchorri survivant. Bien qu'étant seul face à des dizaines d'ennemis, le guerrier essaya pourtant de tuer Yoda, qui n'eut pas de mal à repousser son attaque, et qui réprimanda de suite le Chevalier Soon Bayts pour avoir voulu s'interposer entre le natif de Yinchorr et lui. Ce n'est que quelques jours plus tard que le Maître Jedi eut la satisfaction d'apprendre qu'un groupe mené par Mace Windu avait résolu les problèmes causés par les Yinchorri.

Quelques mois plus tard, après avoir décidé en accord avec le reste du Conseil de soutenir secrètement un Chancelier Valorum accablé par les rumeurs de corruption, Yoda vit le retour prématuré du Maître Qui-Gon Jinn et de son apprenti Obi-Wan Kenobi, alors qu'ils avaient été envoyés en orbite de Naboo pour faire lever le blocus exercé par la Fédération du Commerce. Le Maître Jedi fut alors étonné d'apprendre que l'organisation commerciale était depuis le début déterminée à envahir Naboo, et, plus que tout, que les Seigneurs Sith étaient réapparus alors que tous les croyaient morts depuis près d'un millénaire.  
 
Yoda et ses pairs durent également composer avec le fait que Jinn avait ramené un petit garçon avec lui, Anakin Skywalker. Qui-Gon le croyant l'Elu d'une ancienne prophétie, celui qui ramènerait l'équilibre dans la Force. Suspicieux, l'aîné du Conseil accepta alors de tester le natif de Tatooine, et lui posa des questions sur ce qu'il éprouvait, lui apprenant du coup que les sentiments les plus naturels pouvaient mener au Côté Obscur.   


Finalement, lorsque Qui-Gon revint devant le Conseil, Mace Windu lui annonça que son protégé n'allait pas être formé, une décision qu'approuvait Yoda. Pourtant, tous durent revoir leur décision quand Qui-Gon Jinn périt quelques jours plus tard sous les coups de Dark Maul, lui-même tué par Obi-Wan Kenobi.   

Venu sur Naboo pour la crémation du Jedi, Yoda annonça alors à Kenobi, devenu Chevalier, que les membres du Conseil acceptaient la dernière requête de Qui-Gon et qu'ils lui confiaient la formation de Skywalker, et ce malgré sa désapprobation.

En 26 av BY, Yoda se rendit sur la planète Mawan en compagnie de Yaddle, Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker, dans le but d’arrêter une guerre civile entre trois factions. En réalité et à l’insu de tous, le conflit n’était en fait qu’un vaste piège organisé par Granta Omega, le fils de Xanatos, qui cherchait à se venger d’Obi-Wan et d’Anakin. Après avoir kidnappé Anakin, il libéra une arme biologique. Utilisant la Force, Yaddle absorba l’arme mais mourut des suites de cet exploit. La perte de Yaddle toucha tout le monde et particulièrement le jeune Skywalker qui se sentit responsable. Les Jedi s’organisèrent pour apporter la paix sur la planète afin que le décès de la Jedi et Membre du Conseil ne soit pas vain.

Peu après, Yoda et Eeth Koth chargèrent le Céréen Ki-Adi-Mundi, entré depuis peu au Conseil, de retrouver sur Tatooine celui qu'ils pensaient être Sharad Hett, un légendaire Jedi qui avait mystérieusement disparu. Toutefois, lorsque Mundi revint au Temple, ce ne fut pas Sharad qui l'accompagnait mais son fils, A'Sharad Hett, le Jedi ayant été tué par Aurra Sing.     

Les années qui suivirent furent l'occasion pour Yoda de constater que le Coté Obscur grandissant ne menaçait pas seulement l'Ordre Jedi mais aussi la République Galactique tout entière, avec la montée d'un mouvement Séparatiste prétendument mené par le Comte Dooku, un Jedi qui avait quitté l'Ordre suite à la mort de Qui-Gon Jinn, son ancien apprenti. Ainsi, pour se concentrer sur cette nouvelle menace, Yoda dut confier son poste de Veilleur du système Kashyyyk au Chevalier Kai Justiss, cela pour voir de plus en plus de Jedi se faire tuer en mission.     

Pourtant, le point d'orgue vint dix ans après la Bataille de Naboo, quand, suite à une tentative d'assassinat sur la Sénatrice Padmé Amidala, Yoda et Mace Windu apprirent par Obi-Wan Kenobi qu'une armée de soldats clones avait été créée sur Kamino, et qu'elle était destinée à la République. Conscients que le Côté Obscur était désormais devenu si puissant qu'il avait réussi à les aveugler sur un tel évènement, les Jedi ne purent faire autrement qu'avertir le Chancelier Palpatine de cette nouvelle, et Yoda n'eut pas d'autre choix que d'aller quérir cette armée lorsque le Chevalier Kenobi se fit emprisonner sur Géonosis.

Yoda n'arriva malheureusement pas à temps pour empêcher le combat opposant les droïdes de combat Séparatistes aux deux cents Jedi que Mace Windu avait emmenés avec lui sur Géonosis. La majeure partie des Jedi fut tuée sous les yeux du Comte Dooku, qui se révéla effectivement être le leader de la Confédération des Systèmes Indépendants.

Parvenant toutefois à sauver le petit groupe de survivants, dont faisaient partie entre autres Windu, Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker, Yoda se lança ensuite dans la bataille, obtenant par la même occasion le grade de Général. Pourtant, même si les clones commençaient à mettre en déroute les ennemis de la République, Yoda sut que la Force l'appelait ailleurs. C'est ainsi qu'il arriva à temps pour empêcher Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker de se faire tuer par Dooku, qui était devenu le Seigneur Sith Dark Tyranus, apprenti de Dark Sidious.

Dans un premier temps, les deux anciens amis s'affrontèrent alors en mettant à l'épreuve leur extraordinaire maîtrise de la Force, mais ils passèrent vite à un frénétique duel au sabre laser, que Yoda était sur le point de remporter. La nature désormais maléfique du Comte Dooku le poussa cependant à mettre en danger Kenobi et Skywalker pour pouvoir fuir, et le Jedi dut donc laisser s'échapper le Sith pour sauver ses deux confrères.

De retour sur Coruscant, Yoda exprima finalement sa tristesse en répondant à un Obi-Wan Kenobi naïf que la victoire sur Géonosis n'en était pas une, et que la Guerre des Clones venait de débuter.

Quelques semaines plus tard, alors qu'il séjournait avec la Sénatrice Amidala, Maître Yoda ressentit à travers la Force que Luminara Unduli et Barriss Offee étaient confrontées à un problème de taille : l'attaque du temple d'Ilum. Forçant la main au Capitaine Typho, le Jedi parvint alors à atteindre la planète enneigée, élimina les droïdes envoyés par le Comte Dooku, et sauva finalement ses deux consœurs. 

Une autre mission de secours se présenta à lui quelques jours après, lorsque, sans aucune aide, Yoda sauva le commandeur Brolis sur Axion, une planète pourtant prise par la Confédération des Systèmes Indépendants.

Lorsqu'il apprit que la planète Thustra avait délibérément tourné le dos à la République et rejoint les Séparatistes, Maître Yoda se porta volontaire pour aller s'entretenir avec le Roi Alaric, l'un de ses vieux amis, afin de lui faire changer d'avis.  

À peine arrivé sur Thustra, Yoda constata alors que la situation était plus critique qu'il ne l'avait prévue, et embarquant avec lui le Padawan Cal, il alla à la rencontre d'Alaric. Toutefois, malgré leur amitié et leurs retrouvailles chaleureuses, le Jedi ne put faire entendre raison au Roi, et ce dernier, bien qu'attristé, fit prisonnier les deux membres de l'Ordre. Quelques heures plus tard, après avoir sermonné le jeune Cal pour l'arrogance dont il faisait preuve, Yoda fut demandé dans les jardins privés d'Alaric. Là, les deux vieux amis parlèrent longuement du conflit dans lequel la Galaxie et eux-mêmes s'étaient plongés, et le monarque finit par lui rendre son arme et celle de l'autre Jedi.  

Cependant, dans le dos du Roi tout n'était que viles manipulations et, lorsque le doyen du Conseil revint auprès de Cal, celui-ci annonça qu'il avait trouvé un moyen de s'évader. Pressentant qu'un piège les attendait, Yoda suivit tout de même le Padawan, mais comme il l'avait prévu, ils furent attaqués par les gardes du Palais, un affrontement à l'issue duquel Cal fut tué. Peiné, le Maître Jedi rejoignit alors le Roi Alaric et l'incita à nouveau à le rejoindre, insistant sur le fait qu'ensemble, ils pouvaient mettre fin aux dommages que subissait la capitale. Mais conscient qu'il ne pouvait désormais plus se rendre, le Sephi, dans un geste tragique, força Yoda à lui renvoyer un tir de blaster, et avant de mourir, lui demanda de se souvenir de leur amitié.  

A son retour sur Coruscant, en apparaissant devant le Sénat, le Maître Jedi démentit l'annonce de sa mort portée par Navi, le neveu d'Alaric, qu'il fit arrêter pour crimes contre la République et tentative de meurtre. Puis, empreint de nostalgie, il déposa dans ses appartements une plante que son défunt ami chérissait tant, avant de revenir aux tâches qui l'attendaient.

Six mois après le début de la Guerre des Clones, devant les multiples conquêtes réalisées par les Séparatistes, les Maîtres Tholme et Quinlan Vos proposèrent à Mace Windu un plan visant à infiltrer le Kiffar au sein de la garde rapprochée de Dooku, et ce pour qu'il puisse informer le Conseil des projets du Comte. Malgré son incertitude, Yoda donna quand même son approbation, et faisant passer Vos pour un traître, envoya Agen Kolar à sa poursuite. Mais comme Windu, Tholme, Ki-Adi-Mundi et lui l'avaient prévu, le Zabrak revint sans son confrère, et après qu'il ait fait son rapport, Yoda exprima ses doutes quant à la réussite de la mission de Quinlan et quant au jeu dangereux que ce dernier jouait.     

Néanmoins, à son grand regret, son mauvais pressentiment concernant la mission d’infiltration de Quinlan Vos sembla se réaliser onze mois plus tard, lorsque ce dernier assassina le Sénateur Viento. Devant la cuve bacta où reposait le Chevalier K'Kruhk, que Vos avait grièvement blessé, Yoda accusa alors le Kiffar d'être devenu ce qu'il prétendait être, un Jedi Noir à la solde de Dooku...     

Sept mois plus tard, le sage Maître Yoda fut rattrapé par sa part de responsabilité dans ce qui apparaissait être la trahison de Quinlan Vos. Ainsi, après qu'Aayla Secura lui ait fait part de son rapport de mission sur Honoghr et de sa rencontre avec Vos, Yoda lui déclara qu'il n'y avait plus aucun doute quant au fait que le Kiffar avait rejoint les rangs des Jedi déchus.

En -21, Yoda reçu la visite d’Obi-Wan et Anakin. Ces derniers lui apprirent que les séparatistes étaient peut-être en train de développer une arme biologique sur la planète Lanteeb. Avertis par le sénateur Bail Organa, ils souhaitaient son autorisation pour investiguer sur place. Reluctant à l’idée d’envoyer ces deux Jedi en infiltration du fait de leur manque d’entraînement en la matière et de leur visages connus via l’Holonet, Yoda voulu laisser le sénateur gérer cela avec des agents infiltrés. Cependant, Obi-Wan lui rappela qu’ils n’avaient aucune preuve tangible mais seulement un mauvais pressentiment, et qu’il était donc impossible de mobiliser des agents pour si peu. Sentant le côté obscur planer sur cette planète, Yoda finit par accepter.

Il reçu plus tard un message des deux Jedi, alors sur Lanteeb, qui lui confirmèrent que les séparatistes étaient bien en train de développer une arme biologique. Ceux-ci détenaient une scientifique du nom de Bant’ena Fhernan et utilisaient ses proches comme moyen de pression. Ils lui transmirent également toutes les informations nécessaires sur le virus développé ainsi qu’une liste de chercheurs capable de synthétiser un antidote. Il contacta alors le sénateur Organa et le chargea de ramener Tryn Netzl, un scientifique, au Temple Jedi. De son côté, Yoda dépêcha des Jedi secourir les proches de Bant’ena Fhernan éparpillés dans la galaxie.

Yoda reçu de nouveau un message des deux Jedi en mission. Il convoqua de suite le sénateur d’Alderaan pour l’écouter. Obi-Wan et Anakin étaient coincés par une tempête thêta dans un village de Lanteeb. La production de l’arme était bien avancée et ils requéraient une intervention immédiate de la République. Face à l’ampleur de la situation, Yoda et Bail décidèrent d’avertir le chancelier Palpatine, jusqu’alors dans l’ignorance, de l’affaire. Lorsqu’ils lui firent part des évènements, Palpatine les réprimanda fortement d’avoir usurpé son autorité en le tenant à l’écart. Yoda prit la défense de Bail en disant être l’instigateur de cette mission. Malgré la tension régnant dans le bureau du chancelier, les trois décidèrent d’accorder encore un peu de temps à Anakin et Obi-Wan, une flotte étant difficilement mobilisable de par l’étendue des conflits.

Lorsque Chandrilla fut frappée par l’arme biologique, Yoda fut convoqué de toute urgence avec le sénateur Organa par le chancelier. Ce dernier les accusa d’être responsable de cette catastrophe en l’ayant tenu à l’écart des évènements. Anakin et Obi-Wan ayant vraisemblablement faillis à leur mission, une flotte fut envoyée en direction de Lanteeb pour reprendre la planète. Yoda décida de donner le commandement de la 501eme à Ahsoka et de les expédier avec la flotte jusqu’à l’arrivée d’un maître Jedi. Contre les ordres du Chancelier, Yoda dépêcha Mace Windu, alors sur Kothlis, soutenir la flotte de Lanteeb.

Yoda reçu cependant un message de Mace Windu. Les séparatistes avaient apparemment eu vent de leur tactique et la planète Lanteeb subissait un blocus mené par le général Grievous. Conscient que le temps était compté, Yoda envoya l’ombre Jedi Taria Damsin sur place. A bord d’un vaisseau séparatiste, elle devrait simuler une tentative d’évasion au travers des forces républicaine avant de s’écraser sur la planète. Une fois au sol, elle devrait détruire le site de production de l’arme et extraire le docteur Fhernan. Recevant le soutien des sénateurs Organa et Amidala qui avaient mis sur pied une flotte civile, l’ensemble des Jedi mobilisés sur Lanteeb purent accomplir leur mission et rentrer sain et sauf au Temple.

Quelques temps avant la fin du conflit clonique, Yoda reçut une étrange invitation de la part de Dooku. Il se rendit sur la planète Vjun se doutant bien qu’il devait s’agir d’un piège du fourbe Sith. Les Jedi Maks Leem et Jaim Maruk, accompagnés de leur padawans Whie Malreaux et Tallisibeth Enwandung-Esterhazy se joignirent au Maître Jedi. Bien que le voyage s’effectua dans la plus grande discrétion, Asajj Ventress attaqua les Jedi et réussit à tuer Leem et Maruk. Yoda détruisit ensuite le vaisseau de la Dathomirienne.

Il se rendit ensuite au Château Malreaux où il avait rendez-vous avec Dooku. Ce dernier tenta de le convaincre de rejoindre le Côté Obscur mais sans succès. Yoda tenta également de diriger Dooku vers le Côté Lumineux mais il échoua aussi et les deux individus se battirent une nouvelle fois à l’aide de leurs sabres. L’intervention d’Anakin et Obi-Wan vint conclure l’échange et Dooku s’échappa.

Ces conflits à répétition allaient également le mener dans le système de Bpfassh où un groupe de Jedi noirs semait la terreur. À la tête d’une force d’attaque Jedi, Yoda put mettre un terme aux agissements de ses ennemis et ramener la paix dans le secteur. Néanmoins, un dernier Jedi noir parvint à s’enfuir et Yoda lui-même lui donna la chasse. Leur combat épique dura un jour et demi et le maître Jedi finit par vaincre son adversaire et le laissa pour mort. Mais ce ne fut pas le cas, le Jedi noir rassembla ses dernières forces pour se rendre sur la planète Dagobah où il finit par mourir. Sa sépulture devint un lieu puissant dans la Force, la cave du Côté Obscur.

Les évènements s’accélèrent par la suite. Les Séparatistes lancèrent une attaque éclair sur Coruscant et le général Grievous parvint à capturer le chancelier Palpatine. Yoda menait pendant ce temps l’armée clone sur la surface de la planète aux côtés de Mace Windu et les Séparatistes furent finalement repoussés alors que le Chancelier avait été sauvé par Skywalker et Kenobi. La tension montait néanmoins de plus en plus entre ce dernier et le Haut Conseil Jedi. Yoda observait le rapprochement de Skywalker et de Palpatine avec attention mais agit avec prudence surtout lorsqu’il apprit que Palpatine voulait faire de Skywalker son « agent de liaison » avec le Conseil Jedi. Yoda et le Conseil refusèrent même à Anakin le rang de maître, le sage Maître Jedi tentait ainsi de garder la situation sous contrôle sans perdre de vue leur véritable objectif, trouver ce mystérieux Sith qui tirait les ficelles.

Des rapports indiquant que les Séparatistes menaçaient la planète Kashyyyk, Yoda s’y était rendu lui-même, en tant qu’ami de longue date des Wookies et protecteur de leur planète, pour contrer l’attaque ennemie. Il le fit avec brio jusqu’au déclenchement de l’ordre 66 par le chancelier Palpatine. Yoda fut alors touché dans la Force par la mort des centaines de Chevaliers Jedi à travers la galaxie, trahis par leurs clones. Une telle souffrance faillit le déborder mais il parvint à se ressaisir à temps pour empêcher le commandant Gree, pourtant un proche, et ses propres troupes de l’abattre. Cela dit, il dut bien sûr abandonner le commandement et parvint à s’enfuir de la planète grâce à Tarfull et Chewbacca.  
                 
Yoda, sans céder à la panique, parvint à rejoindre le sénateur Bail Organa et Obi-Wan Kenobi qui avait lui aussi survécu. Avec Kenobi, il se rendit au temple Jedi sur Coruscant pour bloquer le signal demandant aux Jedi de rentrer. Ce dernier était un piège, chaque nouvel arrivant était impitoyablement abattu par les soldats clones. Sur place, ils purent se frayer un chemin, arrêter le signal et découvrirent alors avec horreur la vérité. Palpatine lui-même était le Sith qu’ils cherchaient avec tant d’acharnement et pire, il avait un apprenti, Anakin Skywalker !         
          
Le moment était particulièrement grave et important. Aussi Yoda, fort de 900 ans d’expérience sut comment réagir, il fallait que le mal soit endigué ici et maintenant. Alors que Kenobi se lançait à la poursuite de son ancien padawan, Yoda décida d’attaquer la racine du mal lui-même, le chancelier Palpatine, tout juste autoproclamé Empereur. Il le trouva dans son bureau, fort de toute son arrogance. Yoda sut que ce moment était déterminant, il approcha plus concentré que jamais, sentant le poids des responsabilités sur ses épaules. Il était le dernier rempart.                   

Après un bref échange censé les déstabiliser, le combat éclata et se déplaça vite au sein même du Sénat Galactique heureusement encore vide. Yoda dut faire appel à toutes ses compétences de bretteur dans ce duel qui mit à mal le Sénat, endommageant grandement des installations. Palpatine, à l’apogée de son pouvoir, finit par prendre le dessus sur le Maître Jedi, pourtant le plus puissant de l’Ordre. Yoda dut repousser les violentes attaques de Force du Sith et se fit même désarmer.

Arrivé sur la lointaine et isolée Dagobah, Yoda se construisit un refuge où il pourrait méditer en paix. Il s’installa près d’une grotte où le Côté Obscur était puissant afin que cette puissance cache sa présence, tout comme Palpatine s’était caché sur Coruscant où le Côté Lumineux était omnipotent. D’autre part, la planète faisait partie de la petite quarantaine de planètes qui furent effacées des archives Jedi et qui protègerait ainsi son anonymat.

Durant sa méditation, Yoda eut l’occasion de rencontrer un certain Starkiller, clone créé par Dark Vador pour devenir son apprenti. Starkiller découvrit la grotte par laquelle il était attiré et rencontra Yoda juste avant d’y pénétrer. Il lui confirma que cette grotte lui apporterait les réponses qu’il cherchait. À la sortie, Yoda le réconforta en lui disant qu’il devait suivre sa destinée.

Lorsque Luke Skywalker se rendit sur Dagobah sur les conseils de Kenobi, Yoda éprouva quelques appréhensions à former le jeune adulte. Il ne se souvenait que trop bien de la formation tardive qu’avait reçue son père, Anakin Skywalker, et le chemin que celui-ci emprunta par la suite. Finalement, Yoda décida d'entraîner le fermier en qui la Force était puissante.  

Pourtant, malgré son envie et ses progrès, Luke partit précipitamment en direction de Bespin pour y affronter Vador et sauver ses amis. Il laissa derrière lui sa formation contre l’avis de Yoda à qui il promit de revenir pour la terminer.

Lorsque Luke revint sur Dagobah, comme il l’avait promis à Yoda, après l’épisode sur Tatooine, il pensait continuer encore quelque temps son entraînement. Le vieux Maître, affaibli, lui avoua qu’il n’avait plus rien à lui apprendre et qu’il sentait la fin de ses jours arriver. Il lui confia aussi que sa formation ne serait terminée que lorsqu’il aurait affronté Dark Vador. Dans son dernier souffle, Yoda révéla à Luke l’existence d’un second Skywalker, sans pour autant lui dire de qui il s’agissait.   

À 900 ans, Yoda mourut apaisé et disparut dans la Force. Le plus grand Maître Jedi de l’histoire venait de s’éteindre.   

Il réapparut à Luke, notamment lors de la fête sur la Lune d’Endor, après la victoire sur l’Empire. Yoda apparut donc sous la forme d’un spectre de Force en compagnie d’Obi-Wan Kenobi et d’Anakin Skywalker, eux-mêmes fantômes de Force.

L’héritage que Yoda laissa derrière lui fut notamment le fondement et les bases du Nouvel Ordre Jedi que Luke fonda.