Mace Windu était un Maître Jedi, expert dans le maniement du sabre, et membre éminent du Haut Conseil Jedi pendant les années qui précédèrent la Guerre des Clones.
Originaire de Haruun Kal, Mace Windu rejoignit les rangs de l’Ordre Jedi de nombreuses années avant le début de la Guerre des Clones. Rapidement, il devint l’un des apprentis les plus prometteurs, et fut choisi par la Jedi Cyslin Myr comme Padawan.
Un jour, Mace accompagna son maître sur la planète Mathas afin de stopper Drooz, un escroc qui se faisait passer pour un prophète Jedi afin d’arnaquer la population. Cette mission fut l’occasion pour Windu d’apprendre une leçon essentielle : la Force ne devait pas être utilisée pour tuer, et un adversaire désarmé ne devait pas être éliminé de sang -froid. Ainsi, Drooz fut mis aux arrêts et ammené devant la justice.
Devenu membre du Conseil Jedi en l’an -41, Mace Windu envoya le Maître Jedi Eno Cordova et sa Padawan Cere Junda sur Ontotho, afin de régler un différend opposant les natifs Fylari et la Corporation Daa. Toutefois, la mission diplomatique fut un échec, et les deux Jedi se retrouvèrent vite dépassés tandis qu’une guerre entre les deux factions voyait le jour dans la région de Fylar.
Mace Windu, accompagné par Luminara Unduli, Odu et Maslo-Skaff, partit donc sur Ontotho afin de prêter main forte à Eno Cordova et son apprentie. À leur arrivée, les Maîtres Jedi furent pris pour cible par les Fylari. Windu, Unduli et Maslo-Skaff aidèrent alors les membres de la Corporation Daa à se replier tandis qu'Odu assistait Cere afin de retrouver son Maître. À la fin de la bataille, la région de Fylar était dévastée et la plupart des extrémistes Fylari étaient portés disparus.
Aux alentours de l’an -33, Mace Windu se rendit sur Oosalon et se laissa capturer par les sbires du Seigneur de Guerre Guattako : ce dernier avait en effet tué plusieurs Maîtres Jedi et enlevé leurs apprentis. Ainsi capturé, son sabre laser détruit lors de l’affrontement, il fut conduit devant le leader terroriste. En réalité, tout cela faisait partie d’un plan habile de Windu, puisqu’il put ainsi découvrir la cachette de Guattako et l’approcher. Se remémorant ses premières leçons en tant que Padawan, il utilisa la Force pour assembler les débris de son sabre laser et fut en mesure de le réparer. Il se libéra sans encombre de ses liens, et défia le seigneur de guerre en duel. Guattako fut finalement tué par l’un des enfants soldats qu’il utilisait, et les apprentis Jedi furent libérés.
Peu avant la Bataille de Naboo, Valorum dut une nouvelle fois faire appel à Mace, et il lui demanda d'envoyer deux Jedi afin de négocier avec la Fédération du Commerce. Windu envoya donc son ami Qui-Gon Jinn et son Padawan Obi-Wan Kenobi. Mais Jinn revint plus vite que prévu sur Coruscant, en ramenant avec lui un garçon qu'il pensait être l'Elu d'une antique prophétie, et la nouvelle du retour des Sith. Mace Windu testa alors le jeune Skywalker et vit que celui-ci était très puissant dans la Force. Mais le fait qu'il soit trop vieux et qu'il ait trop d'émotions en lui le décida à ne pas accepter l'apprentissage d’Anakin. Peu de temps après, Mace Windu fut très peiné par la mort de Jinn, et se conforma à la décision du Conseil Jedi qui approuva finalement la formation d'Anakin. Néanmoins, les soupçons de Qui-Gon étaient fondés : les Sith étaient bien de retour.
La guerre des clones faisait rage à travers la galaxie. Les séparatistes ne cessaient de s’emparer de nombreuses planètes. Alerté par des rapports inquiétants en provenance de Hissrich, indiquant une activité importante de séparatistes, Mace Windu décida d’aller enquêter. Il monta un commando de Jedi, constitué de Kit Fisto, Prosset Dibs et Rissa Mano pour mener à bien cette mission. A peine arrivés sur ce monde perdu, les Jedi furent attaqués par les droïdes ennemis. Obligés à fuir, ils se réfugièrent dans le vaste réseau de cavernes sous-terraines qui s’étendait sous le sol.
Hélas, les séparatistes, supervisés par le robot mercenaire AD-W4 retrouvèrent la trace des quatres Jedi et les traquèrent. La situation se compliqua lorsqu’ils durent en plus protéger la population indigène qui avait élu domicile dans les cavernes. Au cours des affrontements qui suivirent, le commando fut momentanément séparé et Windu affronta AD-W4. Les Jedi comprirent alors leurs ennemis étaient sur cette planète dans un but bien précis : ils moissonnaient la flore locale afin de pouvoir exploiter l’énergie qu’ils emmagasinaient du soleil.
Mais alors que Windu planifiait un assaut final afin d’empêcher les séparatistes de détruire complètement l’éco-système d’Hissrich, il dut faire face à une situation inattendue : Prosset Dibs, qui doutait de plus en plus du rôle qu’avait à jouer les Jedi dans cette guerre, décida de désobéir. Il n’avait plus confiance en l’Ordre Jedi. Mace affronta son compagnon et le désarma. Vaincu, Prosset fut fait prisonnier tandis que Mace, Kit et Rissa partirent détruire une bonne fois pour toute le campement ennemi. Tandis que Kit faisait diversion, Rissa s’infiltra dans la base et Windu affronta AD-W4. Ensemble, les trois Jedi sabotèrent les plans des séparatistes et AD-W4 fut détruit.
De retour sur Coruscant, Prosset Dibs fut accusé de trahison et jugé. Toutefois, Mace plaida en la faveur de son camarade et implora les membres du Conseil de faire preuve de clémence. Finalement, Prosset fut condamné à travailler dans la bibliothèque afin de réapprendre la voie des Jedi.
La menace d'une tentative d'assassinat du chancelier Palpatine vint aux oreilles du Conseil Jedi. Mace Windu et Yoda pilotèrent alors une mission d’infiltration au sein des comploteurs en faisant passer Obi-Wan Kenobi pour mort, même aux yeux d'Anakin Skywalker, afin qu’il intègre le Centre de détention judiciaire centrale de la République sous l’apparence du Rako Hardeen, l’assassin l’ayant supposément tué, puis qu'il entre en contact avec le mercenaire Moralo Eval.
Windu et Yoda ne purent qu'attendre ensuite, fébriles, les communications de Kenobi menant son enquête au sein de la prison. Ils découvrirent ainsi que la plan de Moralo Eval, sous la bénédiction du comte Dooku, était d’embaucher les meilleurs chasseurs de primes pour assassiner le chancelier lors du Festival des Lumières sur Naboo.
N’ayant plus de nouvelles d’Obi-Wan, Mace Windu escorta personnellement le chancelier sur sa planète natale avec Anakin et Ahsoka Tano pour le protéger lors de son séjour à Theed. Ce fut lors de son discours d’inauguration des festivités que Palpatine fut enlevé par les chasseurs de primes Cad Bane, Derrown, Embo et Twazzi mais Anakin parvint finalement à libérer le chancelier pendant que Obi-Wan et Windu capturaient plusieurs des malfrats impliqués dans le complot. Finalement, Palpatine se montra publiquement très reconnaissant envers Anakin pour l’avoir sauvé. Ce dernier, pourtant, exprima sa déception de ne pas avoir été mis au courant par Obi-Wan, Mace Windu ou Yoda du plan initial et d’avoir été obligé de subir un faux deuil.
Quelques temps plus tard, Mace Windu rassembla un groupe de droïdes astromécanos composé de R2-D2, M5-BZ, U9-C4, QT-KT et du robot WAC-47 afin de voler un module de cryptage séparatiste qui permettrait à la République de découvrir des informations vitales pour la suite de la guerre. Une fois l’équipe complète et nommée « la D-Squad », Windu s’occupa du briefing des cyborgs, puis laissa la place au colonel Meebur Gascon qui devait diriger l’opération afin que ce dernier explique plus en détails le déroulement de la mission.
Par la suite, Mace partit pour Carida où devait se dérouler en orbite sur une base spatiale, la Conférence Stratégique de la République. Alors que la réunion allait commencer, un croiseur républicain de classe Venator sortit de l’hyperespace. Ce vaisseau avait été piégé et piloté par l’armée de Dooku afin qu’il aille exploser sur le lieu de la Conférence. Heureusement, la D-Squad, qui avait récupéré le module et qui s’était retrouvé à bord du véhicule rempli d’explosifs après de nombreuses mésaventures, parvint à empêcher la destruction de la base. Mace Windu fut ainsi sain et sauf et la réunion put avoir lieu.
Le Conseil décida de convoquer Ahsoka et son maître dans la Chambre du Jugement. Là les maîtres Mace Windu, Yoda, Ki-Adi-Mundi, Obi-Wan Kenobi et Plo Koon prirent place et écoutèrent la défense d’Ahsoka. Celle-ci répéta qu’elle était innocente malgré son alliance avec Asajj Ventress, ancienne bras droit de Dooku et désormais chasseuse de primes, lors de sa fuite. Windu resta sur ses positions, son jugement ayant été arrêté avant même le début de la réunion. Au final, il annonça qu’Ahsoka Tano devait être bannie de l’Ordre des jedi et qu’elle allait être laissée aux mains du Sénat Galactique afin d’être condamnée pour l’affaire criminelle précitée. Peu de temps après, ce procès eut lieu et fut présidé par le Chancelier Palpatine. Mace Windu fut présent dans la salle à ce moment là en tant que spectateur. Cependant, Anakin n’avait pas abandonné l’enquête et parvint à temps afin de faire éclater la vérité : la véritable coupable était la jedi Barriss Offee. Cette dernière avoua être à l’origine des derniers faits et avoir piégé Ahsoka afin que ce soit elle qui soit accusée à sa place. Les maîtres jedi durent alors présenter leurs excuses à la padawan d’Anakin. Ils la félicitèrent pour sa détermination et le courage dont elle a avait fait preuve au cours des derniers évènements. Mace Windu affirma que ces épreuves n’avaient été qu’un test venu de la volonté de la Force pour la mettre à l’épreuve. Au final, ils lui offrirent la possibilité de réintégrer l’Ordre non plus en tant que padawan mais en tant que chevalier jedi. Cependant, Ahsoka refusa, n’ayant plus confiance en ces mentors et préféra quitter définitivement l’Ordre Jedi, sous le regard attristé d’Anakin.
Durant les semaines qui suivirent le procès d’Ahsoka, la reine Julia de Bardotta appela à l’aide le Sénat Galactique. En effet, depuis peu, des maîtres Dagoyens disparaissaient mystérieusement. Cette dernière souhaitait s’entretenir seulement avec Jar Jar Binks. Cependant, Mace Windu fut dépêché par le Conseil Jedi afin d’accompagner le Gungan, malgré la méfiance du peuple pour les chevaliers Jedi. Les Dagoyens étaient des êtres très sensibles à la Force, mais n’étaient ni Jedi ni Sith. Une fois sur place, la souveraine, très mécontente de la présence d’un Jedi, révéla que la disparition des maîtres Dagoyens annonçait une vieille prophétie. Tandis que Binks et Julia s’entretenaient seuls, étant très proches et se connaissant depuis longtemps, Windu informa Yoda des derniers faits. Les deux gardiens de la paix sentirent alors un déséquilibre de la Force lié au Côté Obscur. Mace confia un communicateur au représentant de Naboo. C’est alors que Jar Jar découvrit que la reine avait disparu à son tour.
L’heure était grave ! Un conseil fut convoqué et révéla que si la reine n’était pas ramenée dans trois rotations, les ténèbres s’empareraient de ce monde. Jar Jar et Mace se rendirent alors dans un ancien sanctuaire maudit appartenant au clan Frangawl. Cependant, Binks fut rapidement enlevé par un étrange être maléfique. Le personnage originaire de Naboo fut enfermé dans une cage et se retrouva alors avec les maîtres Dagoyens. Il assista alors à une étrange cérémonie ; le maître du clan Frangawl capturait la Force (sous forme d’essence) présente en chaque maître Dagoyen pour canaliser cette énergie dans une sphère. Le Jedi retrouva son compagnon grâce à ses pouvoirs et le combat commença entre Windu et les sorciers, tandis que Binks tentait de sauver Julia, victime elle aussi du rituel. Hélas, le chef parvint à prendre la fuite avec la reine et la sphère à bord d’un vaisseau. Les deux émissaires républicains suivirent la trace des sorciers. Arrivés sur la lune de Zardossa Stix, les membres du clan s’attelèrent à conduire la reine et la sphère à la Grande Mère. Mais le Jedi et le Gungan retrouvèrent leur trace au marché de la ville. Une course poursuite fut engagée mais les fugitifs s’enfoncèrent dans l’étendue désertique grâce à des speeders, laissant les deux compagnons face à deux gundarks. Windu se retrouva sans sabre laser à cause d'une nouvelle maladresse de Binks. Mais ce dernier parvint à se rattraper et vainquit celui qui avait dressé les créatures et volé l’arme de Windu. Binks rattrapa le sabre laser avec sa langue et le rendit à son propriétaire qui se débarrassa rapidement des monstres.
Par la suite, le duo acheta des montures et partit sur la piste des sorciers. Durant ce temps, le clan retrouva la Mère Talzin et avait attaché la reine Julia sur l’autel de sacrifice. La Dathomirienne souhaitait aspirer les essences contenues dans la boule et devenir plus puissante. Une machine avait été installée pour capter l’énergie de la reine à l’alignement des lentilles afin d’achever le rituel. Une fois arrivés, les deux républicains durent faire face à des guerriers de pierres activés malencontreusement (une fois de plus) par Jar Jar. Les monstres de pierres furent finalement vaincus et le duo débarqua sur l’autel. Windu affronta alors Talzin qui avait fait apparaître une lame magique de couleur verte. Le gungan put libérer la souveraine du peuple bardottan et renversa le globe contenant toutes les énergies qui furent libérés dans une immense explosion. Talzin disparut et la reine remercia ses sauveurs, y compris le Jedi Mace Windu. Ce duo improbable avait finalement réussi à mener à bien sa mission...
Peu après, alors que les membres du conseil Jedi débattaient quant au rôle que jouait Dooku dans cette guerre sans fin, Mace Windu ne put que remarquer le fait que Yoda n’allait pas bien. En effet, le vieux Jedi avait entendu la voix d’un ancien compagnon, le Jedi Qui-Gon Jinn et était totalement désorienté. Windu décida d’aider Yoda ; aidé par les autres maîtres qui siégeaient, ils entrèrent en méditation avec de tenter de communiquer avec le Jedi défunt. Mais rien ne se produisit. Windu, inquiet par le comportement de Yoda demanda à ce que des tests médicaux soient pratiqués afin de vérifier son état de santé. Mais Yoda, au cours d’un examen entendit à nouveau Qui-Gon lui recommandant d’aller sur la planète lointaine Dagobah afin de découvrir certains secrets de la Force. Yoda, aidé par Anakin Skywalker s’échappa du centre médical. Windu arriva trop tard et ne put que regarder le vaisseau du petit homme vert s’envoler et partir au loin.
Mace Windu fut plus tard informé par le Chancelier Palpatine de la présence de Dooku et Dark Maul sur Ord Mantell, après une bataille les ayant vus s’opposer.. Il partit donc sur la planète en compagnie d’Aayla Secura, Tiplee et Obi-Wan Kenobi. Ils découvrirent que Maul était allié aux Mandaloriens, ce qui conduisit Obi-Wan et Tiplee à partir enquêter sur un avant-poste.
Mace et Aayla rejoignirent ensuite Obi-Wan et Tiplee en plein combat face aux deux Sith Dooku et Maul. Après avoir essuyé un refus de reddition de la part du Comte, ils ne purent que contempler Tiplee se faire tuer par ce dernier, avant que deux soldats Mandaloriens ne lâchent un missile qui sema la confusion et ne permette aux Séparatistes de s’enfuir. Seule consolation pour Mace et la République : ils arrêtèrent bon nombre de soldats du
Quelques jours avant la chute de la République, Mace assista à la remise sur pied de Depa Billaba suite à son coma de six mois et accepta son retour au sein du Conseil Jedi. Le temple Jedi fut attaqué peu de temps après par un mystérieux guerrier Kage et Mace participa à la traque du fugitif. Mais ce dernier, nommé Rackham Sear, fut retrouvé sur le toit du temple par le jeune Caleb Dume et sa future maître Depa Billaba.
En plus du temple Jedi et des différents mondes touchés par le conflit, la guerre avait atteint le Sénat lui-même. Mace Windu devenait de plus en plus inquiet et commença à avoir des doutes quant aux motivations de Palpatine qui ne voulait pas déposer ses pleins pouvoirs et semblait se transformer en dictateur. D’ailleurs, lorsque Palpatine demanda qu’Anakin siège au Conseil, ce qui surprit les autres membres, Windu accepta ; par contre, Anakin se vit interdire le titre de Maître. Le Conseil décida qu’ils avaient désormais besoin que l’un des leurs espionne Palpatine afin de découvrir ce qu’il faisait. Anakin fut tout naturellement désigné pour remplir ce rôle. Mais Mace, qui n’avait pas confiance en Palpatine et Anakin, avait des doutes quant au bien fondé de la mission. Quelques temps après, le commandant Cody envoya un message aux Jedi disant qu’Obi-Wan et lui avaient débuté leur attaque sur Utapau pour stopper Grievous une bonne fois pour toutes. Mace chargea alors Skywalker d’annoncer la nouvelle au chancelier et d’étudier la réaction de ce dernier pour savoir ses intentions réelles.
L’ancienne Padawan Ahsoka Tano entra ensuite en communication avec le Conseil Jedi pour leur annoncer qu’elle avait réussi à capturer Dark Maul sur Mandalore et qu’elle s’apprêtait le leur livrer sur Coruscant. Elle leur précisa toutefois qu’elle refusait de réintégrer l’Ordre Jedi et se considérait toujours comme une simple citoyenne de la République. Mace Windu refusa alors de l’informer sur les plans du Conseil pour destituer de force le chancelier puis de prendre le contrôle du Sénat. De son côté, Ahsoka choisit de ne pas partager avec Mace Windu et Yoda les informations sur Dark Sidious qu’elle avait obtenues de Maul.
Malgré la bonne nouvelle de la capture de Maul et celle de la prochaine défaite de Grievous, Windu demeurait inquiet. Pour lui, le côté obscur enveloppait Palpatine et la sensation d’un complot contre les Jedi grandissait.
L’annonce de la victoire d’Obi-Wan sur Grievous atteignit rapidement Coruscant et Windu décida qu’il était grand temps que le chancelier renonce à ses pouvoirs. À ce moment-là, Anakin revint totalement perdu, ne sachant plus quoi penser de Palpatine. Ce dernier confirma à Mace Windu sa crainte : le dirigeant républicain était en réalité le seigneur Sith Dark Sidious. Windu ordonna à Skywalker de l’attendre dans la salle du Conseil et partit en compagnie des Jedi Kit Fisto, Agen Kolar et Saese Tiin pour arrêter le Sith. Le groupe de maîtres entra dans le bureau et annonça que le chancelier était en état d’arrestation. Mais le Seigneur Noir n’était pas prêt à se rendre. Le duel fut engagé et les trois Jedi qui accompagnaient Mace ne furent pas de taille à lutter face au Sith et furent exécutés en quelques secondes. Le combat gagna d’intensité entre Windu et Sidious.
Les combattants se déplacèrent dans son bureau principal. L’affrontement fut d’une rare violence et la baie vitrée fut brisée par les lames des adversaires. Le Sith fut finalement désarmé. Anakin Skywalker arriva à ce moment, ayant désobéi aux ordres du maître Jedi. Sidious était acculé au mur et commença à lancer des éclairs de force. Maître Windu renvoya alors la foudre bleutée avec son sabre laser, causant d’affreuses blessures à Palpatine. Ce dernier, à l’apparence faible, implora le secours d’Anakin. Skywalker tenta d’arrêter Windu. Ce dernier, dont l’attention était centrée sur le dirigeant de la République n’avait pas prévu l’intervention d’Anakin et comprit que le point de rupture dans cette histoire n’était pas Sidious, mais bien Anakin qui avait déjà sombré du Côté Obscur. Mace Windu leva son sabre laser vers l’ancien apprenti d’Obi-Wan qui lui trancha la main. Palpatine profita de cet instant pour déchainer sa haine sur le maître jedi, foudroya sur le champ le maître du Vaapad et l’envoya au travers de la vitre. Le vénérable jedi, après des années de services pour la République devint alors l’une des premières victimes de la purge Jedi orchestrée par Dark Sidious.