Les tensions entre les gungans et la population humaine de Naboo remontaient à leur première rencontre du temps de la colonisation. Les humains avaient tendance à considérer les gungans comme primitifs et ces derniers se méfiaient de ces colons arrogants, mais jamais la situation n’évolua en conflit armé. Peu avant la Guerre des Clones, les gungans étaient dirigés par Boss Nass depuis la cité sous marine de Otoh Gunga. Lorsque la Fédération du Commerce attaqua la planète, Boss Nass pensa que rester en retrait allait permettre à son peuple de ne pas être touché par le conflit. Hélas, les gungans furent chassés de leurs marécages et de leurs cités par la Fédération qui désirait contrôler toute la planète. Boss Nass et son peuple trouvèrent refuge au sein du Lieu Sacré et reçurent peu de temps après la visite de la reine Amidala de Naboo en fuite. Cette dernière parvint à convaincre Boss Nass de combattre à ses côtés contre l’ennemi commun. Surpris par l’humilité de la reine, Boss Nass accepta et lança la Grande Armée Gungan contre les droïdes de la Fédération. La bataille eut lieu non loin de la ville de Theed et malgré, leur sousnombre et leur handicap technologique, les gungans se battirent courageusement et même si beaucoup trouvèrent la mort, ils purent gagner suffisamment de temps pour qu’Amidala puisse reprendre les commandes de Theed et chasser la Fédération. Il y eut une cérémonie grandiose pour la victoire, au cours de laquelle Boss Nass et la reine Amidala déclarèrent ensemble, comme un symbole de leur union, la paix sur Naboo.
Suite à cela, Boss Nass désira en finir avec l’isolation des gungans et voulut entrer dans cette grande galaxie. Ils eurent ainsi un représentant au sénat galactique en la personne de Jar Jar Binks, aide de Padmé Amidala, devenue sénatrice.
Un an après le déclenchement de la guerre, une bataille faisait rage sur la planète aquatique Mon Cal entre les Mon Calamari soutenus par la République Galactique et la Ligue isolationniste Quarren conseillée par la Confédération des Systèmes Indépendants. Le maître Jedi Yoda contacta alors les Gungans pour leur demander leur aide afin de gagner ce conflit se déroulant dans les profondeurs océaniques de Mon Calamari. Fidèle à la République, le nouveau souverain gungan Boss Lyonie envoya la Grande Armée Gungan prêter main forte aux Mon Calamari. Cette rare mission gungan en dehors de Naboo fut un succès et Mon Calamari resta sous le giron républicain.
Quelques temps plus tard, l'amitié entre les Gungans et les Naboo s’effrita considérablement et les humains entendirent que les Gungans voulaient attaquer Theed. La rumeur était certes vraie mais Boss Lyonie était en réalité sous le contrôle d'un shaman Gungan à la solde des Séparatistes, Rish Loo, qui avait fait en sorte que Boss Lyonie veuille provoquer une guerre. Sur la demande de Jar Jar Binks, Anakin Skywalker et Padmé Amidala se rendirent alors sur Naboo afin d'enquêter et le Jedi découvrit rapidement les manigances de Rish Loo. La paix fut alors de nouveau à l'ordre du jour entre les humains et les autochtones.