Peu de temps avant la fin de la Guerre des Clones,
Anakin Skywalker et
Obi-Wan Kenobi se rendirent sur
Utapau afin d'enquêter sur la mort mystérieuse du Maître Jedi
Tu-Anh. C'est l'inspecteur
Jen June, une
Pau'an, qui les accueillit et les aida dans leur enquête. Celle-ci révéla que la Jedi fut assassinée par un tir de laser et que les
Amani, une race vivant dans les souterrains de la planète, et
Grievous s'étaient alliés. La suite de leur enquête les amena à rencontrer deux Magnagardes et, par la même occasion, ils apprirent que les
Sugi, réputés pour leur trafic d'armes, étaient de mèche avec les Séparatistes. En effet, les Séparatistes voulaient acheter un cristal Kyber géant aux Sugi, ce que les Jedi réussirent à empêcher après quelques escarmouches. D'ailleurs, le cristal fut complètement détruit grâce aux deux Jedi.
D’un point de vue purement politique, les Utapauns ont toujours cherché à rester à l’écart des affaires de la galaxie.
Utapau resta donc une planète neutre durant toute l'histoire de la République, préférant conserver sa souveraineté plutôt que de la confier à des bureaucrates éloignés, à des années-lumière de leur planète et de leurs exigences. Mais rien n'est éternelle, surtout pas la paix.
En effet, la Guerre des Clones rattrapa les Utapauns qui virent leur monde être envahi par les forces Séparatistes, avec à leur tête le puissant et destructeur
Général Grievous. Les Utapauns ne résistèrent pas et
Tion Medon, leur leader, dut promettre à
Grievous qu’il n’essaierait pas de contacter la République, sous peine de voir sa cité être rasée.
Mais les agents de renseignement de la République parvinrent à localiser Grievous après que celui-ci ait fui de
Coruscant. Les Jedi décidèrent alors d’envoyer le Général
Kenobi afin de mettre hors d’état de nuire Grievous et de mettre enfin un terme à la Guerre des Clones.
Pendant ce temps là, Grievous rassembla les leaders Séparatistes sur Utapau et conformément aux ordres de
Dark Sidious, décida de les envoyer sur
Mustafar, la planète lave. Obi Wan Kenobi arriva ensuite sur Utapau et Tion Medon prit le risque de lui signaler la présence de Grievous et de milliers de droïdes de la
Confédération. Kenobi fit alors semblant de repartir et prévint dans le même temps le Commandant
Cody qu’il était temps de passer à l’attaque.

Alors que Kenobi affrontait Grievous dans un duel sans merci, les clones arrivèrent en force pour reprendre le système, les canonnières de la République s’engouffrant avec difficulté dans les profondes crevasses d’Utapau à causes des vents contraires.
Au bout d’une course poursuite effrénée, Kenobi parvint à éliminer Grievous et retrouva alors Cody et ses hommes pour s’assurer la victoire.
Mais parallèlement, les choses avaient considérablement évolué sur Coruscant car
Palpatine était parvenu à attirer le jeune Skywalker du Côté Obscur de la Force et à lancer l’Ordre 66, demandant le massacre immédiat de tous les Jedi disséminés dans la galaxie.
Sur Utapau, Cody donna alors l’ordre d’abattre Kenobi. Mais par miracle, celui-ci survécut à l’impressionnante chute qu’il fit dans un des lacs souterrains de la planète. Recherché par les clones au service de l’Empire naissant, Obi Wan parvint à s’emparer du vaisseau personnel de Grievous et à fuir Utapau. Celle-ci passa définitivement aux mains des clones et se retrouva donc de fait soumise à la nouvelle autorité Impériale.