Quelques temps après la bataille de Géonosis, l’armée droïde du comte Dooku prit le contrôle des principales routes de l’Hyper-Espace et de plusieurs planètes, dont Christophsis. Décidé à apporter son aide, le sénateur Bail Organa et des soldats Clones se rendirent sur Christophsis. Pour venir à son secours, une force d’assaut de la République sous les ordres des commandants Jedi Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi fut envoyé, accompagnés de R2-D2.

Sous l’effet des défenses séparatiste, les Jedi se retrouvèrent obligés de se cacher derrière la lune avec les vaisseaux de ravitaillement. Les Jedi décidèrent d’utiliser un prototype de vaisseau furtif, invisible à l’œil et aux radars, afin d’accomplir leur mission. Durant les préparations, l’amiral Wullf Yularen découvrit que l’ennemi était nul autre que l’amiral Trench, jusque-là supposé mort. Anakin et l’amiral Yularen parvinrent à passer à travers le blocus grâce au vaisseau furtif. Anakin décida de désobéir aux ordres et d’attaquer l’ennemi de façon risqué. Il désactiva le mode furtif afin de se faire attaquer et utilisa ainsi les missiles qui le suivaient. Il frôla le vaisseau ennemi sur lequel les torpilles explosèrent. Obi-Wan lança une attaque contre l’armée séparatiste, alors dépourvu de commandant. Anakin quant à lui, exécuta finalement sa mission et livra les vivres à la surface de la planète Christophsis.

Au sol, les combats s’intensifièrent. Les soldats clones, accompagnés des deux Jedi, furent pris dans une embuscade. Malgré la situation critique dans laquelle ils se trouvèrent, les Républicains réussirent à s’échapper. Etonnés de savoir que les droïdes connaissaient leur plan, les Jedi conclurent qu’un de leurs soldats Clone était un agent de la Confédération des Systèmes Indépendants infiltré dans leurs rangs.

Obi-Wan et Anakin se rendirent dans la base ennemi pour en apprendre plus. Ils y découvrirent Assaj Ventress, disciple du comte Dooku. Un combat s’ensuivit et les deux Jedi réussirent à s’échapper. De leur côté, les capitaine Rex et Coddy débusquèrent le soldat traitre qui réussit à faire exploser le dépôt de munitions de la République avant de se faire arrêter.

Les effectifs humains et matériels étant réduits, Obi-Wan et Anakin lancèrent un appel à l’aide. Un renfort leur fut envoyé en la personne d’Ahsoka Tano, la padawan d’Anakin. Malheureusement, le croiseur qui amena Ahsoka subit d’important dégâts et fut contraint de battre en retraite, ne pouvant apporter son soutien sur le front aérien.

L’armée Droïde déploya un bouclier qui s’étendit au fur et à mesure de sa progression, rendant les canons de l’armée des Clones impossibles à utiliser. Anakin et Ahsoka s’infiltrèrent dans les rangs ennemis pour désactiver ce bouclier avant qu’il ne soit trop tard. En vue d’un subterfuge visant a faire gagner du temps à la République, Obi-Wan Kenobi se rendit aux forces ennemies. Une fois le bouclier détruit, les soldats clones utilisèrent les canons pour repousser l’ennemi et Obi-Wan en profita pour prendre en otage le général séparatiste Whorm Loathsom, permettant ainsi à la République de remporter la victoire et de libérer la planète de l’occupation séparatiste.

Les forces armées furent occupées à combattre les séparatistes, laissant le crime et la délinquance régner en maître dans la galaxie. Rotta, le fils de Jabba le Hutt fut enlevé durant cette période. Prêt à tout pour sauver son fils, Jabba lança un appel à l’aide aux Jedi. Anakin Skywalker, Ahsoka Tano et R2-D2 furent envoyés par maître Yoda pour sauver le jeune Hutt. Avec cette opération, la République entend sympathiser avec les Hutt qui contrôlent la majorité des voies de circulation de la bordure extérieure.

Des soldats clones, chargés d’enquêter avant l’arrivée des Jedi, poursuivirent une piste qui les mena sur la planète Teth. Anakin et Ahsoka s’infiltrèrent avec l’aide d’un bataillon de Clones dans la forteresse où est supposé se trouver le jeune Hutt. Ils y découvrirent des droïdes séparatistes et une confrontation prit forme. Anakin et Ahsoka délivrèrent l’otage. Pendant ce temps, Asajj Ventress, l’apprentie du Comte Dooku, enregistra des images des Jedi en compagnie de Rotta pour que Dooku puisse les faire passer pour l’ennemi aux yeux de Jabba.

Anakin, Ahsoka et R2 s’échappèrent de la forteresse avec Rotta et se dirigèrent vers Tatooine pour ramener le jeune Hutt à son père. Asajj Ventress s’échappa à son tour après s’être confronté en duel à Obi-Wan qui était venu porter secours aux Clones. Ventress contacta Dooku et lui expliqua que Rotta fut assassiné par les Jedi et que ces derniers étaient en direction de Tatooine pour tuer Jabba. Dooku étant en présence de celui-ci, il entendit la conversation et sa haine envers les Jedi s’intensifia.

En arrivant sur Tatooine, les Jedi se firent attaquer, les obligeant à se poser violemment sur la planète. C’est à pied qu’Anakin, Ahsoka et R2 se dirigèrent vers le Palais de Jabba. De son côté, Dooku se proposa d’aller à la rencontre des Jedi pour s’assurer de leur mort.

Pendant ce temps, sur Coruscant, la sénatrice Amidala apprit l’état de la mission en cours et se proposa de négocier avec Ziro, l’oncle de Jabba, pour qu’il fasse revenir ce dernier à la raison.

C’est dans les quartiers animés de la planète capitale que la sénatrice se rendit pour rencontrer Ziro. Celle-ci expliqua le grand malentendu entre Jabba et l’ordre des Jedi. Ne voulant rien entendre, Ziro mit immédiatement fin à la discussion et ordonna que la sénatrice soit escortée jusqu’à la sortie de son club. Padmé se libéra de l’escorte et s’infiltra dans les bâtiments. Elle apprit que Ziro avait prémédité l’enlèvement du jeune Hutt et l’accusation des Jedi, pour que Jabba s’en prenne à l’ordre Jedi et qu’il se fasse arrêter, lui assurant ainsi la place de chef du clan Hutt. C-3PO arriva sur les lieux avec des renforts pour venir en aide à la sénatrice. Ils arrêtèrent Ziro qui déclara avoir été manipulé par le Comte Dooku et réclama clémence.

Après plusieurs heures de marche, Anakin et Ahsoka ressentirent la présence de Dooku qui s’approchait. Un combat entre Anakin et le Comte eut lieu et ce dernier finit par trancher le sac à dos d’Anakin pensant ainsi avoir tué le Hutt. Anakin avoua qu’il ne s’agissait que d’un stratagème permettant à Ahsoka de gagner du temps pour le ramener à son père. Anakin prit le speeder de Dooku et vint en aide à Ahsoka qui, de son côté, fut retardé par trois gardes du comte. Elle se précipita vers le palais de Jabba, où Anakin se trouva déjà. Une fois le fils rendu aux mains de son père, Jabba ordonna l’exécution des deux Jedi, pensant toujours qu’il s’agissait de malfaisants.

Padmé Amidala appela Jabba afin d’expliquer la situation et laissa Ziro s’exprimer afin de témoigner. Une fois que la situation fut éclaircie et que les deux Jedi ne sont plus en danger sur Tatooine, Padmé réclama la signature d’un traité permettant à la République d’utiliser les voies de circulations contrôlées par les Hutt afin de permettre à la République de remporter plus facilement la Guerre des Clones. En gratitude de l’effort fourni par la république à la libération de son fils, Jabba accepta le traité et offrit la possibilité à l’armée des Clones de circuler librement sur les territoires appartenant aux Hutt. Quant à Ziro, il fut condamné à la prison sur Coruscant.

Le Comte Dooku, en communication avec son maître, Dark Sidious, fit un rapport expliquant l’échec de leur stratagème pour rallier les Hutt à leur cause en se servant de Ziro. Son maître ne fut pas inquiet et resta optimiste quant aux perspectives de victoire des séparatistes.

La planète de Ryloth fut à son tour un lieu de conflit. Cette bataille opposa les forces de la République Galactique et les résistants Twi’lek à la CSI du Comte Dooku.  Dépourvu d’aide et de ravitaillement, le Jedi Ima-Gun Di lança un appel à l’aide. L’ordre Jedi ordonna au sénateur Bail Organa et au délégué Jar-Jar Binks de négocier un traité avec Katuunko, le roi de Toydaria, afin que leurs vaisseaux de ravitaillement puissent passer par cette planète afin de venir en aide aux combattants sur Ryloth.

Apprenant la nouvelle, le Comte Dooku envoya Lott Dod faire pression sur Katuunko pour qu’il ne s’allie pas aux Républicains.

Le roi Katuunko fut alors tiraillé entre l’idée de porter une une aide au peuple de Ryloth en s’alliant à la République, mais perdre neutralité et tout bénéfice économique avec la Fédération du Commerce, et, rester neutre pour ne pas prendre part à la guerre, laissant en conséquent périr Ryloth.

Katuunko rendit son verdict, il décida de ne pas aider la République à ravitailler Ryloth et ainsi, il garda sa neutralité politique pour protéger son peuple de la guerre. Malgré tout, la souffrance du peuple Twi’lek le toucha et il décida de pactiser officieusement avec Organa et Binks pour que ces derniers fassent décoller leurs vaisseaux de ravitaillement sans que la fédération du commerce ne soit mise au courant.

Sur Ryloth, les soldats clones et le Jedi Ima-Gun Di se sacrifièrent pour laisser le peuple Twi-lek fuir. Ces derniers eurent les ravitaillements, leur permettant de poursuivre les combats.

Fière d’avoir contribué à l’aide apportée au peuple de Ryloth, le roi Katuunko reconsidéra sa neutralité et demanda à s’entretenir avec Maitre Yoda. Avant l’arrivée de celui-ci, Assaj Ventress s’entretint avec le Roi pour transmettre un message du Comte Dooku qui essaya de rallier Katuunko à la cause séparatiste. Asajj Ventress mit au défi Yoda afin de prouver sa force auprès du peuple de Toydaria. Le Jedi réussit et arriva à temps à la rencontre de Katuunko. En effet, sous la colère, et face à sa défaite, Ventress tenta de tuer le Roi, mais fut in extremis rattrapée par Yoda.

Ces exploits permirent de rallier la planète de Toydaria à la cause Républicaine grâce à l’allégeance du Roi Katuunko, permettant l’installation d’un point de ravitaillement Républicain sur Toydaria.

Le vaisseau Malveillant fut un croiseur lourd qui servit à la flotte Séparatiste dont le commandant n’était autre que le Général Grievous. Sa taille suggéra qu’il fut fabriqué bien avant que la Guerre des Clones n’ait commencée, montrant l’anticipation qu’avaient les Séparatistes. La révélation de son existante fut un coup dur pour la République, qui perdit trois croiseurs sur Abregado. En effet, le Malveillant disposait de deux canons ioniques à impulsion qui neutralisait les vaisseaux ennemis grâce à la neutralisation de tous types de défenses.

Certains soldats purent s’échapper grâce aux nacelles de sauvetage, dont le Jedi Plo Koon. Les  Séparatistes se chargèrent toutefois de toutes les retrouver parmi les débris afin de ne laisser aucun témoin. Par chance, Anakin, Ahsoka et R2 arrivèrent à temps pour sauver Plo Koon et trois soldats de leur capsule. Ils réussirent à échapper au canon ionique, mettant en échec le général Grievous, et rendant le Malveillant connu de la République.

Le Comte Dooku ordonna au général Grievous d’utiliser le Malveillant afin de détruire une station médicale Républicaine. Anakin, Ashoka, Plo Koon et quelques soldats Clones se dépêchèrent et détruisirent les deux canons ioniques au prix de lourdes pertes. À l’aide de trois croiseurs, Obi-Wan en profita pour engager le combat contre le Malveillant qui tenta de prendre la fuite, ayant son hyper-propulsion hors d’état de marche.

Pour renverser la situation, le Comte Dooku s’arrangea pour que la sénatrice Padme Amidala arrive près du Malveillant après un saut dans l’hyperespace. Padme et C3-PO se firent attirer dans le vaisseau par un rayon tracteur, faisant d’eux des otages de Grievous. Anakin, Obi-Wan et R2-D2 se dépêchèrent de venir à leur secours et ils s’échappèrent tous ensemble après avoir saboter le Malveillant. Celui-ci s’écrasa sur la lune avoisinante après que le général Grievous ait pris la fuite.

Désormais au courant de l’existence du Malveillant, la République planifie une attaque en représailles contre les Séparatistes.

Dans le hangar du Résolu, Anakin et l’amiral Yularen expliquent à l’escadron Shadow le déroulement théorique des opérations. Aux commandes de Y-Wing, les pilotes devront bombarder la passerelle du Malveillant où se trouve le général Grievous… pour mettre fin à la terreur qu’impose le canon à ion.

Bien que Plo Koon et Ahsoka soient sceptiques concernant la bonne réussite de la mission sans pertes humaines, les pilotes et les Jedi rejoignent leurs vaisseaux.

Le général Grievous met toujours à exécution son arme imparable en lançant des attaques éclairs sur les croiseurs républicains dans le système de Ryndellia.
Le comte Dooku est en relation avec Grievous par hologramme. Lorsque Grievous détruit un droïde de combat, sous la colère, le comte lui dit que ceux-ci sont chers. Le général réplique que le fait que les Jedi s’entêtent à protéger les clones est une faiblesse. Une faiblesse qu’ils vont continuer d’exploiter.
Dooku a donc l’idée de s’attaquer à une base médicale non loin de la planète Naboo.

Dans le hangar du Résolu, les Jedi et les clones se retrouvent et apprennent que les Séparatistes s’attaquent à des croiseurs médicaux. Anakin en déduit que leur prochaine cible sera la base médicale dans le système de Naboo, avec raison.
Jedi et clones embarquent à bord des Y-Wing.

Sur la base médicale Kaliida Shoals, l’amiral Yularen averti Nala Se, l’administratrice kaminoenne de la base, que les Séparatistes risquent d’attaquer. Mais elle ne voit pas comment évacuer tous les blessés en un laps de temps si court. Elle espère donc que l’attaque lancée par Anakin sera une réussite.

L’escadron de Y-Wing passe en hyperespace et arrive devant la nébuleuse Kaliida. Ils s’y aventurent et tombent sur d’étranges créatures ailées vivant dans la nébuleuse, les Nebray Mantis.

Tous les vaisseaux s’en tirent sans encombre à l’exception de Matchstick qui s’est heurté à une créature sans trop de dommages.
En sortant de la nébuleuse, les clones détectent le Malveillant en sortie d’hyperespace.

Tandis que les Jedi s'approchent du Malveillant, le général Grievous dépêche des chasseurs droïdes pour les intercepter. Mais sentant que cela ne suffira pas, il donne l’ordre de faire feu grâce au canon à ion afin de rendre les Y-Wing inertes.
Les Y-Wing redressent afin de sortir du rayon d’action de la salve du canon à ion mais Matchstick perd un moteur, entraînant sa destruction et celle de l’un de ses confrères. Pour arranger les choses, trois Y-Wing se sont fait avoir par la salve du Malveillant.

Sentant que ses chances s’amoindrissent, Anakin lance son attaque sur le Malveillant.
Alors que les pertes commencent à être sérieuses, Ahsoka conseille à son maître de changer de stratégie. Anakin décide donc de lancer son attaque non pas sur la passerelle du Malveillant, mais sur les canons à ion à tribord.

Alors que Grievous donne l’ordre de faire feu, le canon explose suite à l’attaque des clones.

Le Malveillant se retrouve sans moyen d’attaque et commence à se replier.

Le Négociateur, croiseur de la République commandé par Obi-Wan Kenobi, et deux autres vaisseaux émergent de l’hyperespace et se mettent à la poursuite du Malveillant.

Les Jedi arrivent sur la station médicale, dorénavant sauvée, et rencontrent Nala Se. Elle dit à Anakin qu’il peut être fier de sa victoire, mais ce dernier répond qu’il ne prend pas à la légère les nombreuses pertes humaines.

Les trois vaisseaux républicains sont toujours à la poursuite du Malveillant.
Sur le pont d’un des destroyers, Anakin et Ahsoka rejoignent Obi-Wan Kenobi, maître Plo Koon et l’amiral Yularen. Ils suivent la poursuite et n’arrivent pas à venir à bout de l’imposant vaisseau séparatiste.

La sénatrice Amidala et C-3PO, en route vers le système où se battent les séparatistes et les républicains, pensent résoudre une négociation avec le Clan bancaire ; au lieu de ça, ils tombent sur le Malveillant à feu et à sang, à la sortie de l’hyperespace.

Anakin contacte le vaisseau apprend que ce dernier transporte la sénatrice Amidala. Seulement, il est attiré dans l’un des hangars du Malveillant grâce à un faisceau tracteur.
Dans le hangar, Padmé bidouille les moteurs afin de les faire surchauffer, puis exploser.
Grievous arrive dans le vaisseau Naboo, vide, et se rend compte de la duperie. Mais il se retrouve sous les décombres après l’explosion.

Pendant ce temps, Anakin, Obi-Wan et R2-D2 accostent à une écoutille du Malveillant pour secourir la sénatrice. Ils contactent Padmé et se donnent rendez-vous dans un large réseau de tramways parcourant tout le Malveillant.

Amidala se retrouve poursuivie par des droïdes et saute sur un train. Les Jedi font de même. Anakin part s’occuper de Padmé tandis qu’Obi-Wan se charge de sauver C-3PO. Malheureusement, ce dernier se retrouve percuté par un train alors qu’Obi-Wan était en train de le récupérer grâce à la Force.

Obi-Wan continue sa route et se retrouve dans la salle où l’hyperpropulsion du vaisseau est gérée. Mais des droïdes de combat et le général Grievous le coincent.
Il s’en sort en utilisant les droïdekas comme arme et bouclier, mais ne parvient pas à saboter l’hyperpropulsion.
Anakin et Padmé apprennent cet échec et décident de rejoindre la passerelle pour saboter le système de navigation et l’hyperpropulsion.

Pendant ce temps, R2-D2 retrouve C-3PO. Sur la passerelle, Anakin se charge des quelques droïdes qui réparent l’hyperpropulsion. Ce dernier trafique le système.

Obi-Wan retourne dans le réseau de tramways mais est poursuivi par Grievous. Ils combattent quelques secondes et le Jedi s’échappe.

Tout le monde se rejoint à l’écoutille où se trouve le Twilight. Ils mettent les voiles.
Grievous prend un vaisseau et part à leur poursuite. Amidala prend les commandes des canons du Twilight et détruit les chasseurs droïdes.
Pendant ce temps, les droïdes de combat sur la passerelle informent le général que l’hyperpropulsion est de nouveau opérationnelle. Ils essayent de passer en hyperespace mais au lieu de ça, le Malveillant fonce à pleine vitesse en direction de la lune voisine… et s’écrase.
Constatant cet échec, Grievous se garde bien d’en informer le comte Dooku en coupant la communication et saute en hyperespace.

Sur le pont d’un des croiseurs de la République, tout le monde se félicite de la tournure des événements. Les Jedi rentrent chez eux.

Alors que de plus en plus de systèmes succombèrent à la tentation séparatiste, la Sénatrice Padmé Amidala, accompagnée de C3-PO et Jar-Jar Binks, décidèrent de se rendre sur Rodia afin de s’assurer que ce monde resterait fidèle à la république.

Arrivée sur place, elle apprit de la part du Sénateur Onaconda Farr dont elle fut très proche, que le système s’était déjà tourné du côté séparatiste en raison du fait que Nute Gunray avait apporté l’aide humanitaire que les Rodiens réclamaient à la république depuis longtemps.

Sous les ordres du général Gunray, Padmé et C3-PO se firent capturer. Jar-Jar, déguisé en Jedi sans le vouloir, vint à leur secours mais finit par fuir. Il revint à temps avec un monstre marin à ses côtés pour empêcher l’exécution de Padmé. Reconnaissant ses torts, Onaconda présenta ses excuses à la sénatrice. L’arrivée en renfort des Clones de la République permit l’arrestation de Nute Gunray, la nouvelle allégeance du peuple de Rodia envers la République Galactique et l’envoie d’un convoi de ravitaillement sur la planète qui souffre de cette guerre.

Le conseil des Jedi envoya Maître Luminara Unduli et la Padawan Ahsoka Tano afin d’escorter Nute Gunray jusqu’à Coruscant afin qu’il ait un procès pour ses crimes de guerre. C’est à bord du croiseur Tranquility que le voyage s’effectua sous la surveillance des Gardes sénatoriaux et de leur capitaine Argyus.

Soucieux de cette capture, Dark Sidious demanda au Comte Dooku de libérer Nute Gunray afin qu’il ne révèle pas tous leurs secrets aux Jedi. Dooku envoya donc sa disciple Asajj Ventress pour se charger de cette tâche.

L’assassine s’infiltra donc dans le Tranquility avec l’aide de quelques droïdes. Luminara et Ahsoka combattirent Asajj Ventress et pendant ce temps, le capitaine Argyus délivra Gunray en avouant avoir été payé une fortune par Dooku pour trahir la République. Ventress, Argyus et Gunray réussirent à s’échapper et, voulant s’approprier les exploits de la mission, Ventress tua Argyus.

Luminara Unduli contacta Maître Kit Fisto afin qu’il suive la position du signal émis par le vaisseau Républicain dans lequel se trouvèrent les évadés. Maître Fisto s’exécuta et rejoignit sur la troisième lune de Vassek son ancien Padawan Nahdar Vebb ainsi que quelques soldats Clones.

Ils entrèrent dans une forteresse et comprirent que c’était un piège. Peu de temps après, ils comprirent qu’il s’agissait de la forteresse de Grievous. Ce dernier arriva sur place et il combattit les Républicains dont seul Maître Kit Fisto en sorti vivant.

Grievous apprit par la suite que la venue des Jedi dans sa forteresse était une épreuve mise en place par Dooku pour réévaluer son efficacité. Les Jedi ne purent continuer à poursuivre Gunray, ayant perdu sa piste.

En temps de guerre, la capture de dirigeants adverses fut un avantage considérable. Étant un grand pilier pour les séparatistes, le Comte Dooku fut une cible prioritaire pour la République.

Un plan de capture fut alors mis en place. Anakin se fit volontairement capturer par le Comte afin d’être emprisonné à ses côtés. Ainsi, il put transmettre à Obi-Wan la position de la frégate séparatiste dans laquelle il se trouva. C’est dans les Bordures Extérieures, à proximité de la planète Vangor qu’Obi-Wan trouva le vaisseau et s’infiltra à l’intérieur, laissant Ahsoka et le Commandant Rex à bord d’un croiseur républicain. Obi-Wan délivra Anakin et tous deux vinrent à la rencontre de Dooku pour le capturer mais ce dernier réussit à prendre la fuite. Anakin et Obi-Wan se lancèrent à sa poursuite et leur vaisseau ainsi que celui de Dooku furent endommagés et forcés à atterrir sur Vangor.

Le Comte fit prisonnier les deux Jedi dans une grotte et s’échappa. Retournant vers son vaisseau, il fit la connaissance d’un groupe de pirate dont Hondo Ohnaka était le chef. Voulant rapidement quitter la planète, il cacha son identité Sith aux pirates et accepta de les suivre sur la planète de Florrum afin d’y contacter ses alliés. L’animal de compagnie d’Hondo réussit à voler le sabre laser de Dooku, ce qui l’obligea à se révéler sous son vrai jour. Hondo entama alors des négociations avec la République pour leur livrer le Comte en échange d’une rançon.

Sur Vangor, Ahsoka, et quelques soldats Clones arrivèrent à temps pour libérer Anakin et Obi-Wan de la grotte dont un gaz toxique les asphyxiait. Quelque temps après, Yoda et Mace Windu demandèrent à Anakin et Obi-Wan de se rendre sur Florrum pour vérifier si ces pirates détenaient le Comte comme ils le prétendaient, ce qui fut le cas. Lors d’un banquet, les deux Jedi furent drogués et prisonniers aux côtés de Dooku.

Vérifications effectuées, la République envoya le sénateur Kharrus et le représentant Jar Jar Binks pour effectuer la transaction. Pendant leur voyage, ils se firent attaquer par des pirates rebelles qui espéraient récupérer l’argent sans que leur chef Hondo ne s’en aperçoive et ainsi faire passer le crash du vaisseau Républicain pour un accident. Lors de l’atterrissage forcé, le sénateur Kharrus perdit la vie et le petit groupe de pirates arriva et récupéra de force la rançon. C’est à dos de Skalders que Jar-Jar et les soldats Clones se mirent à leur poursuite et réussirent à récupérer l’argent. Un pirate rescapé expliqua à Hondo que la République avait envoyé un groupe armé afin de récupérer les prisonniers de force et ne possédait pas de rançon.

Jar-Jar s’approcha des pirates envoyés par Hondo pour les tuer et engagea des négociations. Par maladresse, il fit exploser un de leurs chars et coupa les lignes électriques qui alimentaient la base pirate. Anakin, Obi-Wan et Dooku purent ainsi se libérer.

               Le Comte utilisa un vaisseau Pirate pour s’échapper de la planète et ainsi des mains de la République. Les Jedi partirent de la planète avec Jar-Jar et les Clones, laissant Hondo et ses hommes sur leur planète sans rien demander en échange, mais rappelant que le Sith risquait de se venger et qu’il connaissait la localisation de leur base.

Le plan de capture du Comte fut vain mais la relation entre les Jedi et les pirates fut bien meilleure.

En infériorité numérique, l’armée de la République se retrouva débordée. À l’aide d’un croiseur, Anakin et Ahsoka se dépêchèrent de venir en aide au Jedi Aayla Secura qui perdit sa flotte. Une fois à bord du croiseur en feu, Anakin se blessa et perdit connaissance. Aayla, Ahsoka, Anakin, Rex et Bly purent s’évader à l’aide d’un vaisseau de sauvetage, mais celui-ci subit des dégâts et passa en hyperespace, empêchant les Jedi de s’arrimer au croiseur de renfort.

Les rescapés réussirent à sortir de l’hyperespace et s’écrasèrent sur la planète Maridun. Ils firent connaissance avec le peuple Lurmens qui les aida à guérir Anakin mais refusa de faire plus, voulant rester en dehors du conflit en cours.

L’arrivée inattendue d’un vaisseau séparatiste commandé par le général Lock Durd obligea les Jedi et les Clones à se cacher. En dehors du village, ils découvrirent une base séparatiste qui abritait une nouvelle arme capable de détruire la matière organique et laisser intactes les machines. Ils s’emparèrent d’un vaisseau et retournèrent à la rencontre des Lurmens pour les prévenir du danger.

Les séparatistes avancèrent jusqu’au village pour se servir de ce peuple comme cobaye afin de tester leur nouvelle arme. Avec le soutien des Jedi et des Clones, les séparatistes furent vaincus et la nouvelle arme détruite.

L’Amiral Yularen finit par retrouver la trace des Républicains et vint à leur secours sur la planète Maridun.

Alors que la planète Naboo se considéra comme pacifique lors de la Guerre des Clones, des droïdes séparatistes furent aperçus dans les plaines, non loin de la cité de Theed. Grâce aux données récupérées sur un droïde capturé, ils apprirent qu’un laboratoire séparatiste fut caché dans les marais Gungan. Afin d’évaluer la situation, la sénatrice Padmé Amidala et le représentant Jar-Jar Binks se rendirent sur place. Lors de leur enquête, Padmé et Jar Jar rencontrèrent Peppi Bow, une éleveuse de Shaaks dont certains furent contaminés par un virus propagé dans l’eau d’une rivière. Etant sur la bonne voie, ils continuèrent leur enquête en direction des marais et découvrirent le laboratoire. Voyant que la situation s’aggrava, le conseil Jedi envoya Obi-Wan, Ahsoka et Anakin sur place afin d’aider à élucider le mystère.

Padmé et Jar-Jar se firent capturer par des droïdes séparatistes et emmenés dans le laboratoire. Là, ils firent la connaissance du docteur Nuvo Vindi qui leur expliqua avoir fabriqué le virus de l’ombre bleue pour l’alliance séparatiste. Ce virus fut utilisé bien avant le temps de l’Empire et tirait son nom de la couleur bleuâtre qui embrasa les victimes. Au contact de ce virus, la mort était inévitable, faisant de lui une arme redoutable. Il fut toutefois éradiqué dans toute la galaxie plusieurs générations auparavant.

Alors que le virus ne pouvait se propager que par la voie des eaux, le docteur Nuvo Vindi réussit à en créer une version sous forme de gaz et placé dans des bombes, la rendant bien plus dangereuse que la série antérieure. L’arrivée des renforts Républicains permit de libérer Padmé et Jar-Jar. Le docteur prit la fuite et amorçât les bombes, mais fut capturé par Anakin et Obi-Wan à l’extérieur du laboratoire et les Clones désamorcèrent les bombes. Malheureusement, l’une d’entre elles explosa et propagea l’ombre bleue, contaminant tout le monde à l’intérieur du laboratoire. Les contaminés se mirent à la recherche des droïdes restants afin de les empêcher de fuir et de propager le virus à la surface. Obi-Wan et Anakin se rendirent sur Theed pour faire prisonnier le docteur. Afin de créer un antidote, il leur fallut une racine de reeksa, une plante qui se trouvait sur Iego, le monde des mille lunes.

Arrivés sur la planète entourée de vaisseaux détruits, les Jedi firent la connaissance de Jaybo Hood, un collectionneur de droïdes séparatistes, qui leur expliqua que même s’ils mettaient la main sur des racines de reeksa, ils ne pouvaient plus quitter la planète car celle-ci était maudite. Malgré cela, les Jedi récupérèrent une racine et décidèrent de quitter la planète. Ils découvrirent ainsi que cette malédiction n’était autre que des lasers mis en place par les séparatistes juste après leur départ, empêchant les habitants de quitter les lieux. Grâce aux habitants de la planète, ils découvrirent que les Diathims habitaient autrefois la planète Millius Prime, avant que les séparatistes ne les chassent. Grâce à cela, les Jedi comprirent que le générateur de ces rayons se situait sur cette planète. Ils envoyèrent alors les droïdes vautour de Jaybo s’écraser sur les rayons pour protéger leur vaisseau pendant qu’ils détruisent le générateur. Grâce à cette stratégie, les habitants de Iego furent libérés et les Jedi purent retourner sur Naboo pour finaliser l’antidote de l’ombre bleue et guérir les condamnés juste à temps.

Le monde de Ryloth fut toujours sous occupation séparatiste. C’est le chef Wat Tambor qui contrôla cette planète et instaura un blocus dès le début de la Guerre des Clones. L’aide humanitaire apportée par la République peu de temps auparavant ne suffit plus, et le peuple se retrouva affamé. Disposé à aider les Twi’leks, la République mit en place une grande offensive pour libérer ce système. Anakin et Ahsoka furent envoyés pour préparer le terrain à un assaut terrestre.

Après un premier assaut contre le blocus qui se résulta par un échec, Anakin décida de repartir à l’attaque. Pour ce faire, il fit évacuer un croiseur, et resta seul dedans. Il le lança à grande vitesse sur le blocus pour le détruire et s’échappa avec R2-D2 grâce à une capsule de sauvetage. Cela permit aux troupes menées par Obi-Wan et Mace Windu d’arriver sur Ryloth et d’engager l’assaut terrestre. Ashoka et Anakin menèrent le combat aérien afin d’éliminer les forces séparatistes restantes.

La présence de canons lourds empêcha les croiseurs de se poser sur la planète. C’est grâce à des canonnières qu’Obi-Wan se posa sur Ryloth avec une poignée de soldats afin de mettre ces canons hors d’état de nuire. Pour se protéger d’une éventuelle attaque, les séparatistes gardèrent en otage une poignée de Twi’leks pour que la république ne puisse pas lancer d’attaque.

Obi-Wan et ses soldats réussirent à s’introduire dans un village abandonné et rencontrèrent Numa, une jeune Twi’lek. Le commandant droïde TX-20 lâcha des Gutkurrs pour éliminer les Républicains, mais ces derniers réussirent à se débarrasser des créatures. Grâce à Numa qui connaissait très bien les lieux, ils s’infiltrèrent dans des tunnels pour atteindre les prisonniers et les libérèrent. Obi-Wan et les Clones purent donc détruire tous les canons ainsi que tous les droïdes sur place. Ainsi, les croiseurs de la Républiques commandés par Mace Windu purent atterrir et venir en renfort pour repousser définitivement la présence séparatiste sur la planète en s’emparant de Lessu, la capitale.

En vue de la progression des troupes de la République, le Comte Dooku ordonna à Wat Tambor d’abandonner sa position et de mettre en ruine Ryloth après son départ. Ainsi, il espérait montrer aux autres systèmes le prix à payer pour une victoire la République en les dissuadant de s’allier à la République.

Afin de mettre toutes les chances de leur côté, Mace Windu proposa à Cham Syndulla, leader de la rébellion Twi’lek, d’unir leurs forces, ce qu’il accepta.

Le seul moyen d’accéder à la capitale fut un pont à plasma. Mace Windu et deux soldats Clones, s’infiltrèrent donc à l’intérieur d’un blindé séparatiste pour traverser le pont et en prendre le contrôle. Ils se firent repérer et le pont fut ainsi désactivé, bloquant les troupes à l’extérieur de la capitale. Mace Windu et les deux soldats se livrèrent au combat et réussirent malgré tout à réactiver le pont de plasma. Les forces armées prirent le contrôle de la capitale et capturèrent Wat Tambor avant qu’il ne puisse s’échapper. Cet assaut marqua la fin de la bataille de Ryloth et le retour de la liberté pour les Twi’lek.

Alors que la planète Onderon était sous le contrôle des Séparatistes, un groupe de dissidents assoiffés de liberté fit appel au conseil Jedi pour que ces derniers leur viennent en aide.

Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi, Ahsoka Tano et Rex furent envoyés sur la planète pour les entraîner au combat contre les droïdes et leurs armes, sans pour autant être autorisés à mener le combat. Sur place, ils firent la rencontre de Steela Gerrera, la leader du groupe rebelle, et de son frère Saw. Ils retrouvèrent également Lux Bonteri, intégré aux troupes de Steela, qui souhaitait s'investir plus dans la guerre contre les séparatistes et non plus seulement à travers la vie politique.

Les Jedi et Rex s'employèrent alors à apprendre aux habitants rebelles d'Oderon le maniement de nouvelles armes et l'utilisation de nouvelles techniques. Durant cette période d'apprentissage, Lux Bonteri se rapprocha de Steela, ce qui rendit jalouse la Padawan Tano, proche de Lux depuis leur rencontre et les évènements sur Carlac contre la Death Watch. Parallèlement, Ahsoka aida personnellement Saw, ce que ne voyait pas d'un très bon œil sa sœur. L'entraînement fut intense mais laissa néanmoins la place à quelques frustrations sentimentales entre les quatre combattants.

En pleine séance de tirs, les rebelles furent attaqués par une vague de droïdes, mais les récentes techniques de combat apprises montrèrent leur efficacité et les droïdes furent rapidement détruits. Fort de leur succès, les rebelles décidèrent d'investir la capitale, Iziz, grâce à un plan organisé par Lux. Le succès fut au rendez-vous mais une fois dans les murs de la capitale, tout restait encore à faire pour renverser le pouvoir autoritaire en place.

Dans la capitale Iziz, sur la planète Onderon, les rebelles, farouches opposants à l'occupation des séparatistes, mirent tout en œuvre pour se débarrasser des droïdes qui quadrillaient la ville. Sous la supervision des Jedi Skywalker, Kenobi et Tano, ainsi que de celle du Capitaine Rex, ils détruisirent bon nombre d'escouades de droïdes, faisant connaitre de plus en plus leur mouvement.

Le Roi actuel, Sanjay Rash, fit appeler son prédécesseur, Ramsis Dendup, et l'accusa d'être à l'origine des activités rebelles. Ce dernier rejeta les accusations et accusa en retour Ramsis d'être seul responsable, pour avoir ainsi accueilli et s'être soumis aux séparatistes.

Au même moment, Jedi et Rebelles prirent conscience qu'ils devaient mettre les citoyens de la ville de leur côté afin d'agrandir leur troupe. Ils décidèrent donc de frapper plus fort et faire comprendre aux civils qu'ils étaient un groupe aux actions bénéfiques. Les Jedi partirent pour Coruscant afin d'en référer au Conseil, mais laissèrent néanmoins Ahsoka sur place, à sa demande, pour continuer de superviser le combat.

Les rebelles, toujours menés par Steela, Saw et Lux, tendirent un piège aux droïdes et s'emparèrent d'un tank d'assaut. Ce dernier leur donna la puissance de feu nécessaire pour détruire les générateurs qui servaient à recharger les droïdes. Avec cette place séparatiste stratégique détruite, les droïdes qui échapperaient aux rebelles finiraient rapidement par ne plus avoir d'énergie, réduisant considérablement les forces séparatistes sur place.

Devant la situation, le roi Dendup contacta Dooku pour lui faire part de la situation, et ce dernier décida de lui envoyer des renforts afin de conserver Onderon dans son sillage. Le général droïde Kalani fut désigné pour remplir cette mission.

Parallèlement, les rebelles fêtèrent leur victoire et élurent officiellement Steela comme leur leader.

Afin d’entraîner un élan populaire derrière leur cause, nécessaire dans l’optique d’une victoire, les rebelles tendirent une embuscade aux troupes fraichement arrivées dans la capitale d’Iziz ; grâce à l’habileté et la ruse tactique des Gerrera, les droïdes subirent une nouvelle déconvenue. Steela profita de ce succès pour rassurer la population sur les intentions du groupe.

Ulcéré par ce nouvel affront, Sanjay Rash convoqua Ramsis Dendup. Persuadé que l’ancien souverain était le coordinateur de ces multiples offensives, le despote fixa au lendemain l’exécution de son prédécesseur sur la place publique. En apprenant le funeste projet, Saw décida de secourir Dendup malgré la ferme opposition de sa sœur.

En dépit d’une première approche efficace, Saw échoua au moment d’évacuer l’ancien roi, se faisant bêtement repérer par le système de surveillance laser. En apprenant sa capture, plusieurs rebelles souhaitèrent lui venir en aide mais Steela, épaulée en cela par Ahsoka, les dissuada sagement de passer à l’acte.

Pendant ce temps, deux lignes de conduite vis-à-vis des rebelles s’affrontaient au sein du palais royal : l’une plus diplomate, incarnée par le Général Tandin, et l’autre sans pitié, représentée par le général droïde Kalani. Le premier, dubitatif face aux méthodes du second, tenta de parlementer avec Saw mais celui-ci, combatif, pointa le suivisme du vétéran.

Sur le point d’être exécuté, Dendup fut sauvé in extremis par Steela et ses compagnons. Trop téméraires, ceux-ci se firent encercler par une escouade de droïdes. Mais pris de remords, le Général Tandin décida d’intervenir avec l‘armée d‘Iziz. Soutenus par Ahsoka - et la population, révoltée - les rebelles s’échappèrent.

Dans le but d'enrôler le peuple d'Iziz, Ramsis Dendup lui adressa un message holographique empli de bienveillance et de combativité. Les habitants se montrèrent réceptifs aux paroles de l'ancien roi.

Steela proposa de mener la bataille en dehors de la cité pour éviter un carnage ; Saw, quant à lui, fit valoir une stratégie opposée, arguant que le roi illégitime devait être délogé de sa citadelle. Dendup trancha en faveur de Steela qu'il nomma à la tête de l'armée royale.

Averti de la localisation des rebelles, le général droïde Kalani décida d'envoyer ses forces dans les montagnes. Grâce à des frappes redoutables, Steela et ses compagnons anéantirent une bonne partie des droïdes terrestres. Mais les vaisseaux chasseurs, munis d'un bouclier impénétrable, mirent à mal l'objectif des rebelles. Ahsoka sollicita l'appui du conseil Jedi, mais Obi-Wan Kenobi refusa d'impliquer la République dans le conflit. Afin de contourner le problème, Anakin eut recours aux services d'Hondo pour livrer des armes sur Onderon.

La livraison des lance-roquettes permit aux rebelles de reprendre l'ascendant. Mais le dernier chasseur, terrassé par Saw, se fracassa sur la falaise où se trouvaient Dendup et Steela. Celle-ci put seulement sauver le roi avant de s'écraser quelques mètres plus bas, et ce malgré l'intervention d'Ahsoka.

Désespéré, Sanjay Rash quémanda auprès de Dooku une nouvelle fournée de droïdes. Mais le seigneur Sith, peu désireux de s'engager dans un bourbier, ordonna le départ des dernières escouades. Le général Kalani exécuta alors le roi déchu.

Réunis dans Iziz pour la célébration finale, les habitants rendirent hommage à Steela. A cette occasion, Lux - fraichement nommé sénateur de la planète libérée - fit un pas en direction de la République.

Petro, Ganodi, Byph, Katooni, Zatt et Gungi prirent la destination de la planète Ilum pour une étape centrale de leur formation de Jedi : la récolte du cristal nécessaire à l’élaboration du sabre laser. Ahsoka accompagna les Padawans « prometteurs » pour cette tâche capitale et ardue.

Dans la froideur extrême d'Ilum, la bande se servit de la Force pour desceller l'entrée du sanctuaire Jedi. Maître Yoda accueillit la troupe et lui prodigua quelques conseils avant de faire fondre l'entrée de la grotte.

Petro, n'en faisant qu'à sa tête, abandonna ses camarades dès le départ. Par la suite, les autres Padawans décidèrent de se séparer en suivant leur instinct : les binômes Ganodi-Gungi et Zatt-Katooni d'un côté, le craintif Byph de l'autre.

Petro trouva son cristal au prix d'un très faible effort ; Katooni repéra le sien au sommet d'un chemin escarpé et difficile d‘accès ; Gungi, le Wookiee, découvrit rapidement sa pierre précieuse, mais il dut attendre que l'eau se solidifie pour s‘en emparer. Tandis que Byph devait combattre la peur des ténèbres, Ganodi chuta dans une grotte peuplée de cristaux.

Trop sûr de lui, Petro revint finalement avec un morceau de glace fondu, ce qui l'obligea à retourner dans la grotte. Après moult efforts, Katooni décrocha finalement son cristal tandis que Byph, empli de courage, s'empara lui aussi du sien. Ganodi, quant à elle, dut recourir à la Force pour triompher. En détruisant son radar, Zatt put libérer sa pierre. Gungi glissa sur la glace pour parvenir jusqu‘à la sienne.

Ganodi, Byph, Zatt et Gungi achevèrent leur quête sans trop de soucis, mais les deux derniers Padawans eurent plus de mal. Coincée dans une impasse, Katooni dut compter sur un revirement de Petro qui, passant de l'individualisme à la solidarité, sauva sa camarade. Finalement, l’apprenti Jedi trouva son cristal dans les débris d'un mur.

Maître Yoda égrena les leçons apprises par les disciples de la Force: le courage (Byph), l'espoir (Ganodi), la patience (Gungi), la confiance en soi (Zatt), la confiance aux autres (Katooni) et l'altruisme (Petro).

Après avoir recueilli les cristaux de Kyber, les padawans quittèrent Ilum.

Ahsoka, qui encadrait l'expédition, introduisit un personnage important auprès des nouveaux disciples de la Force : Huyang, architecte et créateur de sabres laser. Tandis que le droïde expérimenté évoquait devant sa jeune assistance la folle quantité de Jedi ayant défilé devant lui, un mystérieux vaisseau s'approcha.

Hondo, guidé par le profit, préparait une offensive malsaine : s‘emparer des cristaux pour les revendre et devenir riche. Loin de se douter d'une telle conjuration, les apprentis Jedi tentèrent naïvement de monter leurs sabres laser. Petro assembla le sien en peu de temps, mais Huyang tempéra rapidement ses ardeurs en pointant du doigt une construction bâclée. Une secousse imprévue stoppa alors la leçon.

Après avoir endommagé le vaisseau républicain, les pirates lancèrent les câbles d'abordage. Prévoyant, Huyang mit à l'abri les cristaux, excepté celui de Petro, une nouvelle fois indiscipliné. Ahsoka, sur suggestion du droïde ingénieur, entraîna les apprentis dans les conduits de ventilation. Elle y élabora un plan : le binôme Ganodi-Zatt fut chargé de rejoindre R2 dans le cockpit et les autres durent s’installer dans la soute avec Huyang.

Sur ordre d'Hondo, ses hommes enfumèrent les conduits pour forcer la bande à se découvrir. Ganodi et Zatt parvinrent jusqu'au cockpit et sécurisèrent l'endroit, grâce à l'intervention de R2. Capturés par quelques pirates, les Padawans purent s'échapper suite à l'explosion du sabre laser défectueux de Petro. Pendant qu'Ahsoka remettait en marche l'alimentation du vaisseau, les Padawans se défirent des pirates grâce à quelques sphères d'entraînement. Tombant nez à nez avec Hondo, la bande inexpérimentée put compter sur le renfort d'Ahsoka. Démembré par un pirate, Huyang se dirigea vers la soute avec l'ensemble des apprentis.

Zatt, sur ordre d'Ahsoka, relança les moteurs, ce qui eut pour incidence de décoller les deux vaisseaux et d'aspirer les pirates dans le vide spatiale. Mais la Padawan fut percutée par un dernier brigand et éjectée de l'appareil, au moment où Zatt faisait pénétrer le vaisseau en hyperespace.

Finalement, Ahsoka fut capturée par Hondo qui comptait l'utiliser comme monnaie d'échange.

La République intercepta un message crypté des Séparatistes. Craignant une attaque de grande envergure, les Jedi décidèrent de subtiliser la puce de décodage afin de découvrir les sombres plans de leurs adversaires. Dans cette optique, une poignée de droïdes furent missionnés par Maître Windu, sous l’encadrement du colonel Meebur Gascon.

Avant d'entamer leur entreprise, les droïdes subirent une vague d'améliorations : renforcement des propulseurs (R2-D2), ajout d'un aimant télécommandé (QT-KT) et d'un cutter-laser (U9-C4). Quant à M5-BZ, on lui ôta sa banque de données.

En approche des vaisseaux séparatistes, WAC-47 (droïde-pilote) opta pour une manœuvre périlleuse en provoquant l'attraction du vaisseau républicain dans un rayon tracteur.

A l'intérieur de l'engin, les droïdes se déjouèrent de la vigilance adverse et se frayèrent un chemin jusqu’à leur objectif. Suite à une tentative infructueuse d'ouverture de porte, BZ fut électrocuté et mis hors service. Plus performant, R2 parvint à déchiffrer le panneau électronique et ouvrir la voie aux autres. Averti de dysfonctionnements internes, le droïde-commandant du vaisseau séparatiste décida de vérifier lui-même l'origine du problème, délaissant son poste de commandement.

Afin d'annihiler le champ de mines aérien, QT utilisa son aimant. Alors qu'ils touchaient au but, les droïdes et le colonel Gascon furent rejoints par le commandant séparatiste. Mais grâce à une stratégie improvisée - baisse puis augmentation de la gravité, utilisation du cutter-lasser et explosion de mines - la troupe républicaine s'empara de la précieuse puce et parvint à s'échapper.

Le premier volet de leur mission étant un succès, les droïdes et leur commandant Meebur Gascon mirent le cap sur Coruscant. Tandis que BZ était réparé par ses semblables, WAC vint avertir le colonel sur la dangerosité des comètes environnantes. En sortant de l'hyperspace, le vaisseau fut percuté par plusieurs d'entre elles et, malgré l'intervention rapide des astromécanos, dut s’écraser sur une mystérieuse planète.

Echoués sur Abafar, une étendue désertique, les envoyés spéciaux de la République discutèrent de la stratégie à adopter. Mais R2 - qui avait subtilisé la puce de décodage - décida de partir en éclaireur, rapidement suivi par ses comparses et un Gascon désappointé.

Après s'être accroché avec les droïdes, opposant leur programmation à son entraînement, le colonel continua la marche hasardeuse. L'escouade tomba sur un vaisseau rouillé et empli de dépouilles squelettiques et robotiques.

Victime d'hallucinations, croyant voir au loin un village, Gascon se précipita vers le néant. En constatant sa vision erronée, le colonel sombra dans le désespoir et la folie. Les astromécanos, menés par un R2 entreprenant et déterminé, décidèrent de poursuivre la mission, délaissant WAC et leur commandant. Après quelques interrogations existentielles, celui-ci se ressaisit.

Finalement, une nuée de bestioles fondit à vive allure sur les deux comparses qui, guidés par l'instinct infaillible des oiseaux, s'accrochèrent à elles. Les créatures menèrent WAC et Gascon vers une cité semble-t-il abandonnée. Ils retrouvèrent sur place la bande d'astromécanos, prête à parachever la mission.

Débarrassée des déserts d’Abafar, grâce au sacrifice du vaillant Gregor, l’escouade de la République devait maintenant mettre le cap sur Coruscant. Depuis leur navette, en quittant l’atmosphère d’Abafar, Meebur Gascon et les astromécanos découvrirent un croiseur Jedi.

Une fois à l’intérieur du vaisseau républicain, les robots et le colonel firent face une nouvelle fois au vide. Aucun clone à l’horizon. Après quelques minutes de flottement, ils tombèrent sur la salle de contrôle, emplie de clones. Mais Gascon fit alors une terrible découverte : il s’agissait seulement d’hologrammes. Tandis que le vaisseau passait en hyperspace, les astromécanos tombèrent sur les véritables occupants de l’endroit : des droïdes séparatistes.

Fuyant à travers tout le vaisseau, les agents de la République se regroupèrent - après avoir zigouillé quelques droïdes - dans une pièce contenant une mystérieuse bombe. Déstabilisé, Gascon constata finalement que le vaisseau lui-même était une énorme bombe de rhydonium. En retournant à la navette, l’escouade tomba sur les seuls survivants, des droïdes de la République. Et ils découvrirent que l’objectif des séparatistes consistait à faire exploser le vaisseau sur la station spatiale de Carida - où devait se tenir une conférence stratégique de la République.

L’escouade entreprit alors une mission plus périlleuse : anéantir le sombre projet des séparatistes. Après avoir dû batailler avec des droïdes espions, vaincus grâce au sacrifice de BZ, Gascon et les astromécanos parvinrent jusqu’à la navette. Ils purent s’enfuir grâce à l’intrépide R2, celui-ci choisissant de se dévouer pour faire sauter la bombe précipitamment. Les débris engendrés par l’explosion percutèrent la station spatiale, mais les dégâts furent moins graves que prévu. Anakin Skywalker, préoccupé par le sort de R2, envoya une navette de clones à sa recherche. Retrouvé et réparé, le plus vaillant des astromécanos reçut les félicitations du colonel Gascon. 

Dark Maul et Savage Opress semaient la terreur à travers la galaxie en pillant ceux qu'ils croisaient, tuant des Jedi ou des civils sur leur chemin. Lorsqu'ils découvrirent un coffre rempli de crédits républicains, Opress fut vite obnubilé par tout cet argent mais Maul, son mentor, lui rappela que leur but était d'attirer Obi-Wan Kenobi afin de se venger de lui. Les deux Zabrak Dathomiriens s'affrontèrent brièvement jusqu'à ce que Maul impose sa supériorité.

Plus tard, les deux frères furent abordés par des pirates Weequays appartenant au groupe d'Hondo Ohnaka. Appâtés par l'argent, les pirates se joignirent aux Zabraks, tournant le dos à leur premier chef. Le groupe de dissidents, mené par Maul et Opress, attaqua la base d'Ohnaka afin d'en prendre le contrôle. Ohnaka organisa la résistance avec les troupes restées au sol.

Parallèlement, les Jedi Obi-Wan Kenobi et Adi Gallia, à la recherche des deux Zabraks, arrivèrent sur place et s'associèrent à Ohnaka pour stopper leur ennemi commun. Le combat fut particulièrement violent et Savage Opress prit finalement l'ascendant sur Adi Gallia dans un combat au corps à corps. Ce fut sans pitié qu'il l'empala sur ses cornes alors qu'elle était inconsciente, après l'avoir malmenée. Obi-Wan ne put qu'assister, impuissant, à la mort de son amie et il dut se retrancher dans la base d'Ohnaka avec ce dernier et ses hommes.

Les Zabraks et leurs hommes investirent le bâtiment où ils se scindèrent en deux groupes. Les Weequay tombèrent nez à nez avec leur ancien maître, qui leur proposa de faire machine arrière et de rentrer dans les rangs, ce qu'ils acceptèrent. Maul et Opress suivirent la trace de Kenobi. Les trois êtres sensibles à la Force s'affrontèrent à coups de Force et de sabres laser. Durant le combat, Obi-Wan fit preuve d'acharnement et coupa un bras à Savage Opress.

Finalement dépassé par un Obi-Wan déchaîné et déterminé, les deux frères tentèrent de fuir mais Ohnaka et ses hommes les prirent en chasse, rejoints rapidement par Kenobi. Bien que les frères réussirent à décoller avec leur vaisseau, celui-ci fut touché et s'écrasa au sol.

Lorsque les troupes d'Ohnaka et Kenobi inspectèrent l'épave, ils ne trouvèrent aucune trace des deux frères qui s'étaient échappés en détachant le cockpit du reste du vaisseau. Bien que blessés, ils échappèrent ainsi à une mort certaine.

À la dérive dans leur navette endommagée, Dark Maul et son frère Savage Opress furent découverts par Vizsla et ses comparses de la Death Watch. Ces derniers, constatant qu’ils n’avaient pas affaire à des Jedi, décidèrent de ramener les deux frères sur Zanbar, où leur camp était établi.

Equipé de nouvelles jambes métalliques, le Sith déchu révélait peu après son identité aux membres de la Death Watch. Après quelques discussions, l’ancien apprenti de Dark Sidious tomba d’accord avec Vizsla : il l’aiderait à reprendre Mandalore puis anéantirait Kenobi. Cependant, la pénurie de soldats poussa Maul et Vizsla à enrôler de puissants alliés. Non sans grabuges, ils convainquirent alors le Soleil Noir - installé sur Mustafar - de les rallier. De retour sur Zanbar, les assassins reçurent l’appui des Pykes.

Après une escapade sur Nal Hutta, chamboulée par une confrontation avec des chasseurs de primes, Maul et ses comparses prirent en chasse les Hutts. Se rendant sur Tatooine, ils offrirent une démonstration de force qui contraignit Jabba à les rejoindre. La sombre alliance, finalement constituée, pouvait désormais entamer son funeste projet.

Au détour d’une discussion, Maul avouait son véritable objectif à Vizsla : bâtir un empire de la pègre. Le leader de la Death Watch, plus déterminé que jamais, préparait lui sa prochaine traîtrise : éliminer les deux Zabraks.

Dans l’optique de leur conquête de Mandalore, Dark Maul et la Death Watch montèrent un plan imparable : organiser des attaques sur plusieurs points stratégiques pour transformer Pre Vizsla et ses comparses en sauveurs de la planète. Celui-ci, satisfait du plan, conspirait toujours dans le dos du Sith.

Après que Mandalore ait été attaquée par les brigands ayant rejoint l’alliance Maul-Vizsla, la duchesse Satine tint un discours devant ses concitoyens. Mais l’arrivée de la Death Watch vint tout remettre en cause : prônant une réplique aux attaques sournoises, Vizsla convainquit la population de le suivre.

Un peu plus tard, les membres de la Death Watch revinrent sur Mandalore pour se débarrasser des malfrats et libérer la population opprimée. Désormais soutenus par les habitants de Mandalore, les membres de la Death Watch emprisonnèrent la duchesse Satine. La trahison de Vizsla envers Maul devint effective et le Sith fut à son tour emprisonné.

Dans leur cellule, Maul et Savage discourait sur leur vengeance. Sans difficulté, ils parvinrent à s’échapper et mettre hors d’état de nuire les gardes mandaloriens. Puis ils enrôlèrent Almec, l’ancien premier ministre et prisonnier, dans leur revanche.

Maul arriva dans la salle du trône et défia Vizsla en duel. Celui-ci accepta. Les échanges pleuvaient et l’issue demeurait incertaine ; mais Maul parvint finalement à désarmer le guerrier. Après lui avoir tranché la tête, et provoqué la fuite de plusieurs combattants mandaloriens, l’ancien apprenti de Sidious confia à Almec le poste de premier ministre - ce dernier accusa ensuite Satine de l‘assassinat de Vizsla. Dans les coulisses, Maul tenait toujours les ficelles du pouvoir en attendant de pouvoir prendre sa revanche sur Obi-Wan Kenobi.

Sérieusement malmené dans l’atmosphère de Cato Neimodia, où la République tentait de contrer l’invasion séparatiste, Anakin Skywalker perdit connaissance après que son vaisseau ait été endommagé par des droïdes adverses. Devant le danger encouru par son maître, Ahsoka tenta une manœuvre délicate et parvint à le sauver de justesse.

Rappelés sur Coruscant par Maître Yoda, Anakin et son apprentie durent mener une enquête après une attaque subie par le Temple Jedi. Les premières pistes, inquiétantes, menaient même à un utilisateur de la Force, sachant que la traîtrise n’était pas impossible. Aidé par le droïde Russo-ISC, analyste des scènes de crime, les deux Jedi tombèrent rapidement sur un premier nom : Jackar Bowmani. Ce technicien officiant au temple fut donc soupçonné pendant un temps d’avoir agi sur ordre de quelqu‘un.

Tandis que la populace manifestait à l’encontre de la guerre, de plus en plus impopulaire, Anakin tomba nez à nez sur Letta, la femme de Jackar – qu’il interrogea ensuite. Après une étude minutieuse de la scène de crime, grâce à la technologie holographique, le robot analyste découvrit la présence de nano-droïdes. Après avoir retrouvé la main de Jackar, les enquêteurs durent se rendre à l’évidence : il était la bombe.

Descendant dans les bas-fonds de Coruscant, plus sales que jamais, Anakin et Ahsoka se rendirent chez Jackar et tombèrent sur Letta. Celle-ci s’échappa mais, après une légère course-poursuite, elle fut rapidement interpellée par les deux Jedi. Elle avoua son méfait qui consistait à empoisonner Jackar avec les nano-droïdes. 

Faite prisonnière par les forces de la République, Ahsoka fit l’objet d’intenses discussions au sein du conseil Jedi. Tandis que Tarkin affichait toute sa férocité dans une diatribe, les disciples de la Force se montraient plus mesurés, même si leurs opinions divergeaient grandement. Alors qu’Obi-Wan plaidait la cause d’Ahsoka, Saesee Tiin semblait n’avoir aucun doute sur sa culpabilité.

Convoquée par Maître Yoda dans la salle de jugement du temple, Ahsoka (appuyée par Anakin) se défendit de toute pensée belliqueuse à l’encontre de la République, et a fortiori de l’Ordre. Les membres du Conseil annoncèrent finalement que la culpabilité d’Ahsoka était effective à leurs yeux et que, de facto, la padawan d’Anakin ne pouvait plus appartenir à l’Ordre.

Alors qu’Ahsoka préparait sa défense avec Padmé Amisala, Anakin s’enfonçait dans les profondeurs de Coruscant pour élucider l’enquête - à ses yeux très imparfaite. Après avoir retrouvé Ventress, qu’il désarma bien rapidement, Anakin parvint à lui arracher des confidences sur la précédente escapade dans les bas niveaux de la planète-citée. Rapidement, les soupçons se portèrent sur Barriss Offee, seule autre personne à être dans la confidence d’Ahsoka au moment de sa fuite.

Dans le tribunal de la République, Ahsoka croulait sous le poids des charges, Tarkin allant même jusqu’à proposer sa mise à mort. De son côté, Padmé s’évertuait à prouver l’innocence de son amie, faisant preuve d’une belle combativité.

Très suspicieux, Anakin se rendit dans la chambre de Barriss. Après avoir confisqué le sabre-laser de l’amie d’Ahsoka, le Maître Jedi entama les discussions. Mais bien vite, cela dégénéra et Barriss s’attaqua à Anakin avec les sabres de Ventress. Après un combat âpre où Barriss fit preuve d’une étonnante résistance, Anakin remit la Jedi déchue aux autorités. Celle-ci avoua alors ses méfaits à la République dans une longue diatribe à son encontre.

Finalement, le conseil Jedi reconnut ses torts devant Ahsoka et la fit chevalier Jedi. Mais la petite Togruta, bouleversée par tous ces évènements, refusa sa réintégration au sein de l’Ordre. Malgré une dernière discussion bouleversante avec Anakin, sa décision était irrévocable.

La bataille de Ringo Vinda faisait rage entre les Séparatistes et les Républicains, sur l'imposante station spatiale. Enlisés, Anakin Skywalker et les sœurs Jedi Tiplee et Tiplar décidèrent de mener une offensive sur le centre de commandement, point névralgique du combat. Alors que les troupes de la République prenaient l'ascendant sur l'adversaire, le clone cadet Tup - visiblement fiévreux et plus tout à fait logique - exécuta à bout portant maître Tiplar. Les soldats, pris au dépourvu, durent battre en retraite sur l'ordre d'Anakin.

Surpris par la tournure des événements, l'Amiral Trench consulta les enregistrements holographiques puis alerta le comte Dooku des agissements du clone. Celui-ci rapporta la situation à son maître, Dark Sidious. Préoccupé, sentant alors que l'Ordre 66 pouvait être démasqué prématurément, le seigneur Sith ordonna la capture du clone fautif. Les tests préliminaires n'ayant rien détecté d'anormal, Anakin approuva le rapatriement de Tup sur Kamino pour un examen approfondi. Mais la navette transportant le clone, sur le point de passer en hyperspace, dut subir la contre-attaque des droïdes séparatistes qui, après avoir accosté le vaisseau, se débarrassèrent sans mal des soldats et capturèrent Tup.

Anakin se rendit sur la scène de crime et comprit rapidement que l'intérêt porté à Tup n'était pas anodin. Il décida donc de récupérer le clone cadet, accompagné par Rex et Fives. Alors que la navette séparatiste filait vers Serenno, Anakin, Rex et Fives passèrent à l'attaque, aidés par des grappins. Une fois infiltrés à l'intérieur, ils dessoudèrent rapidement l'équipage droïde. De plus en plus atteint, Tup devait être rapatrié d'urgence sur Kamino, mission alors confiée à Rex et Fives.

Arrivé sur Kamino pour un examen plus poussé, le clone cadet Tup fut directement conduit vers la cellule médicale. Présente sur place, Shaak Ti demanda que Fives soit mis sous quarantaine, en prévention d'une possible contamination.

Suite à une seconde batterie d'examens, l'équipe médicale ne détecta rien d'anormal, alors que Tup répétait toujours mezza voce ses paroles anti-Jedi. Les examens pratiqués sur Fives eurent les mêmes résultats. Tandis que AZ-3 préconisait un scanner cérébral, le médecin en chef Nala Se défendait quant à elle l'idée d'une euthanasie afin de disséquer par la suite le cerveau malade. Shaak Ti s'opposa alors à toute décision hâtive et décida d'en référer au conseil Jedi quand Nala Se s'entretiendrait avec Lama Su, premier ministre de Kamino. Les deux responsables Kaminoens référèrent de la situation au comte Dooku qui ordonna l'élimination du clone et la restitution de la puce défectueuse censée inhiber l'ordre 66. De son côté, le conseil Jedi demanda le rapatriement de Tup sur Coruscant pour un examen à travers la Force.

En quarantaine, Fives embobinait AZ-3 et le persuada de pratiquer un scanner sur Tup. Le droïde détecta une tumeur, mais il fut interrompu par l'irruption de Nala Se, qui le chassa du laboratoire. Fives élabora alors un plan pour empêcher l'euthanasie de son ami: déclencher une fausse alerte. Avec l'aide de AZ-3, il réussit cette mission et le droïde médecin put alors pratiquer une biopsie et extraire la tumeur. Mais Fives fut surpris par Nala Se et Shaak Ti. Mourant, Tup prononça quelques paroles énigmatiques et poussa un dernier soupir.

Informé de la situation, le Chancelier Palpatine demanda à ce que la tumeur soit ramenée sur Coruscant pour un examen au centre médical de la République ; Shaak Ti voulait, elle, que l'échantillon transite par le conseil Jedi, mais Palpatine, appuyé par Nala Se, parvint finalement à avoir le dernier mot.

Arrêté pour avoir dérogé à sa mise sous quarantaine, Fives vit s'affronter Shaak Ti et Nala Se quant à la tumeur ; la Jedi souhaitait toujours le transit des données et de l'échantillon par le temple Jedi. Mais le médecin en chef de Kamino y était opposée et, secrètement, fit retirer de la mallette de Shaak Ti la tumeur.

Escorté pour une dernière analyse, Fives apprit par AZ-3 que sa mémoire (et celle du droïde) serait effacée et qu'il serait rétrogradé à l'entretien des locaux sur Kamino. Révolté, le clone s'échappa en compagnie du droïde, en n'oubliant pas de récupérer la tumeur. Malgré l'alarme, les deux complices parvinrent à s'évader à bord d'un vaisseau. Malin, Fives créa une diversion et, après avoir programmé la trajectoire du vaisseau, se jeta dans la mer torturée avec AZ-3. Pendant ce temps, Nala Se informa le comte Dooku de la situation. Celui-ci ordonna de retrouver le clone rebelle et la puce (pièce maîtresse de l'ordre 66). De retour sur la base des Kaminoens, Fives se rendit dans le hall d'enregistrement génétique. Là-bas, il découvrit avec l'aide de AZ-3 que l'ADN de Jango Fett différait de celle des autres clones, celle-ci ne contenant pas la puce inhibitrice.

Shaak Ti se lança encore à la poursuite du clone frondeur, mais celui-ci parvint à s'échapper. Fives demanda alors à AZ-3 de lui retirer la puce, bien que cela puisse causer sa mort. Le droïde réussit son opération et remarqua que la puce de Fives n'était pas altérée. AZ-3 lui apprit aussi que la puce avait été implantée lorsqu'il était à l'état d'embryon ; Fives décida donc d'aller dans la chambre des embryons et y découvrit l'étendue du problème, à savoir que tous les embryons étaient victimes du même syndrome. Nala Se surprit les deux complices et leur apprit que c'était le maître Jedi Sifo-Dyas qui avait ordonné l'implantation de la puce, pour dompter la violence des clones. Shaak Ti s'interposa, mais devant les arguments développés par Fives, et les preuves apportées par AZ-3, elle révisa son jugement. Tous décidèrent alors de se rendre sur Coruscant pour élucider le mystère.

Juste avant d'atterrir sur Coruscant, Nala Se injecta une drogue à Fives pour le faire divaguer. Arrivé au centre médical de la République, l'équipage fut conduit auprès du Chancelier Palpatine, qui demanda alors des explications sur cette sombre affaire. Fives exposa ses découvertes, qui accréditaient la thèse d'un complot visant les Jedi. Mais Palpatine, soutenu par Nala Se et Shaak Ti, démonta sans mal les arguments du clone. Suite à un entretien face à face, au cours duquel il tenta d'assassiner Palpatine, Fives prit la fuite pour se réfugier dans les profondeurs de Coruscant. Tandis qu'un avis de recherche était lancé, les Jedi délibéraient sur cette affaire. Anakin étant proche de la 501è, il décida de chercher Fives en compagnie de Rex.

Dans les bas niveaux, Fives se rendit au 79, un bar où les clones ont leurs habitudes. Là-bas, il parvint à convaincre Kix de la 501è de contacter Anakin et Rex pour qu'ils le rejoignent à un point de rendez-vous. Secrètement suivi par une sonde, Fives se réfugia alors dans un entrepôt du secteur I-9. Quelques temps après, Anakin et Rex arrivèrent sur place. Fives les emprisonna dans un champ magnétique pour éviter d'être arrêté. Le clone frondeur révéla le complot qui se tramait au plus haut sommet de la République. Il pointa du doigt Palpatine, qui lui aurait dit être la tête pensante de cette machination. Mais Anakin, aveuglé par son inaltérable confiance envers le Chancelier, rejeta en bloc les accusations de Fives. Une troupe de clones, tout juste arrivée sur place, mit en joue Fives, qui tenta de répliquer dans un dernier geste nourri par le désespoir. Mais les soldats le blessèrent grièvement à la poitrine. Fives eut le temps de dire quelques mots (les mêmes que Tup) avant de mourir dans les bras de Rex, totalement effondré.

Palpatine, qui recevait une partie du conseil Jedi, maquilla la vérité en prétendant que Fives et Tup avaient bu de l'eau contaminée sur Ringo Vinda. Le chancelier précisa malicieusement qu'un vaccin avait été fabriqué. Sur Serenno, Dooku félicita Nala Se pour sa totale allégeance et son efficacité. Contacté par Dark Sidious, Dooku se fit triomphal et le seigneur des Sith enjoignit son apprenti à détruire les dernières preuves, dans un éclat de rire sardonique.

Padmé et sa servante se rendirent sur Scipio, siège du Clan Bancaire, afin d'y négocier un virement en faveur de la République. La sénatrice rencontra le conseil des cinq Muuns qui chargea Clovis, son représentant spécial, de surveiller la transaction. Mais Padmé exigea alors qu'il soit exclu des négociations – ayant encore à l'esprit sa traîtrise – avant de se retirer dans ses quartiers.

Un peu plus tard, Clovis se rendit auprès de Padmé pour l'avertir du double jeu des Muuns, qui dissimuleraient une trésorerie vide. Interrompu par l'attaque d'Embo - qui faisait suivre Padmé depuis son arrivée - Clovis dut s'enfuir, tandis que l'ex-reine de Naboo tenait au courant le chancelier Palpatine de la situation potentiellement explosive.

Après avoir accepté la médiation de Clovis devant le conseil des cinq, et obtenu de pouvoir accéder à la chambre forte pour vérifier la comptabilité, Padmé et sa servante l'accompagnèrent dans sa résidence. Ils y fomentèrent un plan pour dérober les données prouvant la tromperie bancaire : alors que Clovis neutraliserait le système de protection du coffre-fort, Padmé se chargerait de télécharger les preuves sur un disque.

Le lendemain, les deux complices passèrent à l'action. Tandis que la sénatrice pénétrait à l'intérieur de la zone sécurisée, sa servante posa un explosif à proximité de l'alimentation. Mais celle-ci se fit abattre par Embo, juste avant que l'explosion ne détruise le système de protection. Pendant ce temps, Padmé en profitait pour copier les données et sortir de la pièce, comme si de rien n'était.

Alors que Padmé et Clovis découvraient la supercherie des comptes, les Muuns débarquèrent dans la pièce pour arrêter la sénatrice, accusée d'espionnage. Arrivés sur place quelques jours après en compagnie de R2, Anakin délivra Padmé – tout en se montrant irrité à l'évocation de Clovis. Tous deux se rendirent ensuite dans la résidence de Clovis, totalement saccagée. Après une légère dispute entre Anakin et Clovis, le trio dut essuyer une attaque d'Embo. Une folle course poursuite s'engagea alors dans les canyons glacés de Scipio. Grâce à la Force et l'intervention idoine de R2, Anakin parvint à neutraliser Embo et les trois “complices” purent s'enfuir. Le chasseur de primes informa alors Sidious de la tournure des événements.

Les dirigeants du Clan Bancaire fulminaient après que le trio se soit échappé. Sidious pouvait, lui, compter sur la complicité d'un traître dans le clan des Muuns.

Au cours d'une réunion dans le bureau du chancelier, en présence de sénateurs et de quelques Jedi, Clovis exposa ses découvertes sur le Clan Bancaire, appuyé en cela par Padmé. Palpatine les encouragea alors à enquêter plus profondément sur ces soupçons de duperie. Bien qu'Anakin soit enragé par sa collaboration avec Clovis, Padmé suivit les instructions du chancelier.

Tandis que Sidious évoquait avec Dooku, posté à Serenno, la manière de faire tomber Clovis, Obi-Wan rappelait à Anakin ses obligations d'abstinence - en vertu du code Jedi. De leur côté, Clovis et Padmé remarquèrent que de l'argent avait bien été détourné par le Clan Bancaire. Après avoir évoqué son enfance et sa proximité avec les Muuns, certains d'entre eux l'ayant adopté, Clovis tenta d'embrasser Padmé. Anakin arriva à ce moment-là et, comme déjà imprégné par le côté obscur, lâcha toute sa colère sur le partenaire de Padmé. Le Jedi infligea une véritable raclée à Clovis, alors très mal en point. La sécurité intervint, mais Clovis feignit d'avoir été attaqué par quelqu'un d'extérieur et sauvé in extremis par Anakin. Il se fit ensuite raccompagné pour être soigné.

Padmé et Anakin discutèrent de leur relation ô combien compliquée. La sénatrice pointa les racines mensongères de leur amour, et notamment toute la dissimulation vis-à-vis de l'Ordre Jedi. Elle estima alors qu'une pause devait s'instaurer entre eux deux.

Dans sa chambre, Clovis se fit soigner par le robot médical et reçut un appel du comte Dooku. Tous deux s’entendirent alors pour éviter la guerre à Scipio – qui pourrait résulter des futures révélations – et le seigneur Sith proposa à Clovis la direction du Clan Bancaire, ce qu'il ne put refuser. La candidature de celui-ci fut portée à la connaissance du Sénat. Malgré les protestations de certains sénateurs, les représentants Muuns et le chancelier Palpatine appuyèrent sa nomination, qui fut avalisée quelques minutes plus tard lors du vote.

Après la séance, Anakin confia à Palpatine ses doutes sur Clovis. Le chancelier le rassura en estimant que des zones d'ombre persistaient et que d'autres révélations pouvaient encore surgir et bouleverser la donne.

Après l'arrestation des membres corrompus du Clan Bancaire, Clovis prit possession de ses nouvelles fonctions de dirigeant. Dans la foulée, Dooku le félicita et tenta ensuite de le corrompre dans le but de favoriser les séparatistes. Clovis refusa et campa sur sa position initiale, à savoir la stricte neutralité. Mais les menaces répétées de Dooku le poussèrent finalement à coopérer et à augmenter les taux d'intérêts de la République.

Au Sénat, la colère gronda face à cette marque de défiance. Maître Yoda et Maître Windu dirent alors à Anakin que ses soupçons étaient fondés, tout en soulignant le caractère suicidaire et prématuré de la décision prise par Clovis. Pendant ce temps, les séparatistes décidèrent d'envoyer une flotte sur Scipio. Vaillants mais minoritaires, les soldats de la République furent écrasés par les droïdes adverses. Et tandis que Dooku arrivait sur place, Padmé tint au courant le chancelier et Anakin de la situation. Mais devant leurs yeux, elle se fit arrêter. Palpatine confia alors au Jedi la tâche de rétablir la situation.

Pendant ce temps, dans le bureau de Clovis, Padmé découvrit la duplicité de son ancien partenaire. En tentant de se révolter, la sénatrice exécuta le sénateur séparatiste à cause d'une poussée de force du comte Dooku. Sur Coruscant, Palpatine annonça devant le Sénat l'envoi de troupes pour renverser le rapport de force.

Sur Scipio, tandis que Sidious se réjouissait de sa future tutelle sur le Clan Bancaire, via une discussion holographique avec Dooku, la flotte républicaine débarquait sur place. Dooku décida de fuir, en laissant ses derniers bataillons de droïdes être écrasés. Anakin s'introduisit dans le bureau de Clovis, mais ce dernier prit en otage Padmé. Un chasseur droïde s'écrasa alors contre la tour et la pièce s'effondra. Padmé et Clovis glissèrent jusqu'à se retrouver au bord du vide, avant d'être attrapés in extremis par Anakin. Mais ce dernier ne pouvait pas tenir les deux en même temps et Clovis décida alors de se sacrifier en lâchant la main du Jedi, causant la peine de Padmé.

Au Sénat sur Coruscant, le sénateur Muun céda le contrôle du Clan Bancaire au chancelier. Dans un discours national-sécuritaire et faussement modeste, Palpatine salua cette solution, tout en s'engageant à rétablir le status quo (à savoir la neutralité) une fois la guerre achevée. Les sénateurs acclamèrent le chancelier, alors qu'un voile d'inquiétude se lisait sur le visage de Padmé. 

La reine Julia appelait à l'aide le Sénat suite à la disparition inquiétante et progressive des maîtres Dagoyens, les chefs spirituels du peuple Bardottan. Palpatine lui proposa d'envoyer les sénateurs Amidala et Organa, mais la reine souhaitait seulement voir Jar Jar Binks. Apprenant la nouvelle, les Jedi se concertèrent et évoquèrent le cas des Dagoyens : ni tout à fait Sith, ni tout à fait Jedi, mais profondément sensibles à la Force. Et malgré la défiance des Dagoyens vis-à-vis de l'Ordre – due à de faux soupçons d'enlèvement d'enfants – il fut confié à Mace Windu la tâche d'accompagner Jar Jar.

Sur Bardotta, la reine faisait vite comprendre son mécontentement face à la présence d'un Jedi ; Jar Jar trouva une pirouette en le présentant comme son serviteur. La reine Julia expliqua ensuite que la disparition successive des maîtres annonçait une ancienne prophétie. Puis elle décida de s'entretenir seule avec Jar Jar, le Gungan et elle étant particulièrement proches. De son côté, Windu informa Yoda de la situation. Tous deux ressentirent un grand déséquilibre dans la Force sur Bardotta, possiblement lié au côte obscur. Pour voir la reine, Windu dû s'y reprendre à deux fois face aux gardes. Mais celle-ci refusa de discuter avec lui et Jar Jar dut le raccompagner dehors. Windu expliqua alors à Jar Jar qu'il devait le tenir au courant et il lui donna un communicateur. En retournant dans la pièce, Jar Jar découvrit que la reine avait disparu.

Le conseil Bahk-tov fut convoqué pour évoquer la situation catastrophique. Si la reine n'était pas ramenée sous trois rotations, les ténèbres embrasseraient définitivement la planète. Jar Jar annonçait alors que Windu et lui se rendraient dans l'ancien sanctuaire du clan Frangawl, sous le temple Bardottan, un endroit maudit. Les deux compagnons entamèrent alors leur périple en entrant dans la caverne. Mais Jar Jar se fit rapidement enlevé par un être maléfique qui projeta une sorte de poudre bleue sur le Gungan pour le rendre invisible. Enfermé dans une cage, le Gungan retrouva alors les maîtres Dagoyens disparus. Le maître du clan Frangawl capturait en fait l'essence renfermée dans les Dagoyens – la Force  – pour la concentrer dans une sphère. Et alors que Jar Jar était sur le point de subir ce funeste sort, Windu – guidé par la Force – parvint à retrouver sa trace et interrompre le rituel. Un dur combat fit rage : tandis que Jar Jar s'échinait pour secourir la reine, Windu se défaisait de nombreux gardes avec virtuosité. Tous deux se lancèrent ensuite à la poursuite du chef, qui retenait encore prisonnière la reine, mais ils ne parvinrent pas à l'arrêter et il s'échappa à bord d'un vaisseau.

Le conseil se rassembla une nouvelle fois en se lamentant du retour du culte de Malmourral (le démon). Jar Jar promit alors que Windu et lui feraient tout leur possible pour ramener saine et sauve la reine.

La course poursuite continuait entre le chef du clan Frangawl et les deux émissaires de la République. Sur le trajet, le Jar Jar expliqua à Windu en détail le rituel qu'il avait pu observer dans le temple. Windu argua que c'était grâce à la puissance de la Force (enfermée dans la sphère) qu'il parviendrait à retrouver la trace des sorciers maléfiques. Pendant ce temps, arrivé sur la planète, le clan Frangawl se prépara à conduire la reine et l'orbe contenant la Force à la Grande Mère.

Malgré l'empressement de Jar Jar, Windu l’enjoignit à se calmer. Guidé par la Force, le Jedi parvint à repérer les ravisseurs. Tous deux se rendirent alors sur le marché, où plusieurs courses poursuites s’enchaînèrent. Mais les membres du clan Frangawl réussirent finalement à s'enfuir en speeder dans le désert. Windu devait, lui, se coltiner deux Gundark, et ce sans son sabre suite à une énième maladresse de Jar Jar. Ce dernier se débattait lui avec le voleur de sabre et parvint, grâce à un coup de langue astucieux, à rendre l'arme au Jedi, qui se débarrassa sans mal des deux bestioles (l'une étant même tuée).

Windu acheta à un marchand des montures pour rattraper les ravisseurs. Sur le trajet, Jar Jar afficha son inquiétude vis-à-vis de la reine, mais Windu le rassura. Dans le même temps, le clan Frangawl accueillait la Mère Talzin. La reine, quant à elle, était bloquée sur l'autel sacrificiel. L'objectif de Talzin consistait à aspirer les énergies contenues dans la sphère pour devenir l'être le plus puissant de la galaxie. Ainsi, un appareil devait capturer l'âme de la reine à l'alignement des lentilles pour parachever le processus.

Windu et Jar Jar arrivèrent finalement sur place. À cause d'une nouvelle maladresse, Jar Jar activa les gardiens de pierre. Les deux associés durent s'y frotter mais ils parvinrent ensemble à s'en défaire assez rapidement. Ils se rendirent finalement sur l'autel, où un combat violent s'engagea entre Talzin (qui fit apparaître une lame magique) et Windu. De son côté, Jar Jar parvint à libérer de justesse la reine et à pousser un garde à sa place, celui-ci fut sacrifié et Jar Jar bouscula l'orbe qui éclata sur le sol. Elle libéra alors toutes les énergies dans un éclat sismique, projetant tout le monde à terre. Peu après, Talzin s'évaporait dans un gémissement. La reine remercia Jar Jar, qui souligna que sans Windu rien n'aurait été possible. Une réconciliation s'esquissa alors entre Bardottans et Jedi.

Les Jedi recevaient un signal d'alarme d'une navette disparue il y a longtemps. Se rendant sur place pour enquêter, en compagnie d'une troupe de la République, maître Plo Koon retrouva dans une navette émiettée le sabre de Sifo-Dyas, Jedi décédé il y a plusieurs années de cela.

Le Conseil tenta de recouper les différents éléments. L'enquête menée par Obi-Wan avait permis d'établir que Sifo-Dyas, une voix dissonante et plutôt extrémiste au sein du Temple, était à l'origine de la commande d'une armée. Une partie du dossier de Sifo-Dyas étant verrouillé par la Chancellerie, le Conseil souhaita approfondir les choses.  Ainsi, tandis qu’Anakin et Obi Wan se rendaient sur Felucia, Yoda partit à la rencontre de Palpatine. Ce dernier argua que la mission donnée il y a dix ans de cela précédait son accession à la Chancellerie et il réorienta Yoda vers son prédécesseur, Valorum. Avant de rencontrer celui-ci, Yoda apprit par Obi-Wan et Anakin que les indigènes avaient remarqué la présence d'un autre Jedi lors de la venue de Sifo-Dyas sur Felucia.

Questionné par Yoda, Valorum résolut quelques mystères. D'abord sur l'origine de la mission, qui consistait pour Sifo-Dyas à négocier avec les Pykes. Ensuite sur les personnes présentes : Sifo-Dyas et Silmen, l'ex-assistant de Valorum. Enfin il précisa que tout devait se faire dans la clandestinité, du fait de la réputation sulfureuse des Pykes. De son côté, Sidious contacta Dooku pour le réprimander et lui ordonna d'effacer les dernières traces de ses méfaits, avant de l'étrangler à distance.

Finalement, Obi Wan et Anakin se rendirent chez les Pykes. Le ministre se montra peu amène, mais devant l'insistance d'Anakin, il collabora. Les Jedi découvrirent que le chef des Pykes était en possession du collier de Silmen, et ils furent donc conduits à l'ex-assistant de Valorum, qu'il tenait en vie en guise d'assurance – les Pykes ayant été chargés par Tyrannus d'exécuter Sifo-Dyas. Anakin et Obi-Wan tentèrent d'interroger Silmen, mais ce dernier, légèrement atteint, se montrait peu compréhensible. Il glissa quand même que l'assassinat de Sifo-Dyas n'était pas une initiative des Pykes. Mais juste au moment d'en dire plus, Dooku débarqua et le tua en un étranglement de Force. Un violent affrontement éclata. Mais même mis en minorité, le seigneur Sith parvint à maîtriser, enveloppé de toute sa classe, l'adversité. Le chef des Pykes, accompagné de ses gardes, débarqua et appela Dooku par son pseudonyme. Les Jedi découvrirent enfin la double identité Tyrannus-Dooku. Le seigneur Sith parvint finalement à s'échapper, ce malgré un dernier assaut d'Anakin.

Mis au fait des derniers développements, le Conseil jugea que les origines de l'armée étaient accablantes pour la République. Mais Yoda argua que vu l'état de détestation vis-à-vis de l'Ordre et la panique que pourrait engendrer ces révélations, il semblait opportun de ne rien dire à la population.

Méditant dans sa chambre, Yoda fut interpellé par Qui-Gon. Ce dernier fit bouger les objets et souleva Yoda pour prouver son ''existence''. L'ancien maître d'Obi-Wan expliqua ensuite qu'il faisait partie de la Force Vivante.

Tandis que le Conseil était rassemblé pour discuter de la création de l'armée, Yoda semblait ailleurs. La réunion terminée, Mace Windu et Obi-Wan discutèrent de l'état préoccupant de Yoda, et le premier souligna que la guerre pouvait user même les esprits les plus aguerris, bien que l'origine de cette perturbation puisse être plus grave encore. Posé dans le jardin du Temple, Yoda évoqua avec Anakin les événements de Mortis et la possible vision de Qui-Gon. L'élu indiqua qu'il s'agissait sans doute d'une illusion tandis que Yoda arguait que la connaissance des Jedi à ce sujet était peut-être incomplète, et donc faussée. De retour au Conseil, Yoda demanda à ce que tous les membres méditent ensemble pour tenter de sentir et intercepter la présence d'un être mort. Mais cette communion ne déboucha sur rien de concret, et Yoda, fatigué, souhaita se reposer.

Alité, le maître Jedi était surveillé par une équipe médicale, qui, après examen, ne trouva rien à redire sur son état de santé malgré l'activité importante d'une partie de son cerveau ; de son côté, Kid-Adi Mundi émit l'hypothèse que Dooku, l'un des nombreux anciens apprentis de Yoda, pouvait être à l'origine de cela, via une déstabilisation du côté obscur. Afin de dissiper les doutes, Yoda fut plongé dans une cuve de kolto, une expérience censée l'installer dans un coma pour devenir insensible aux perturbations du côté obscur. Il put entrer en contact avec Qui-Gon, qui lui conseilla d'arrêter l'expérience et de se rendre sur Dagobah, sans en parler aux autres membres du Conseil. Devant la tournure dangereuse de la méditation, l'équipe médicale stoppa l'expérience et Yoda, perturbé, assura à ses compagnons qu'il avait parlé à des êtres disparus.

Sceptiques, les Jedi décidèrent de garder Yoda sous observation en plaçant des gardes dans sa chambre. Pour déjouer cette stratégie, le maître fit appel à Anakin, spécialiste ès désobéissance. Celui-ci, bon gré mal gré, lui permit de s'échapper de Coruscant, accompagné par R2. Windu et les autres Jedi arrivèrent trop tard pour le rattraper.

Sur Dagobah, Yoda communiqua longuement avec Qui-Gon. Il sentit l'énorme empreinte laissée par la Force sur cette planète. Qui-Gon expliqua une partie du processus à Yoda, à savoir que les êtres vivants forment un tout, la Force Vivante, et qu'une fois disparus ils subsistent dans le cosmos, grâce aux midichloriens, ce pour quoi Qui-Gon parvient à discuter avec lui (sans pouvoir se montrer). Interrogé par Yoda, le Jedi disparu révéla qu'il pouvait voir l'avenir, du moins l'une de ses manifestations possibles. Il le guida ensuite dans une grotte. Là-bas, Yoda découvrit avec effroi la chute des Jedi – notamment les morts de Kit Fisto, Shaak Ti et Mace Windu – et l'ombre de Sidious, qui lui demanda de le rejoindre. Abattu par cette sombre vision, Yoda sortit de la grotte et s’effondra.

Qui-Gon réveilla Yoda, qui s'inquiéta ensuite de la tournure possible des événements. Qui-Gon lui dit qu'un espoir subsistait et lui révéla qu'après sa mort, lui aussi pourrait communiquer avec les vivants. Pour cela, il devait voyager et en apprendre plus, grâce à la Force.

Toujours guidé par la Force, Yoda arriva sur une planète étrange, parcourue par de nombreux filaments lumineux qui pouvaient évoquer une sorte de concentré d'âmes. Le maître Jedi laissa R2 seul et s'engouffra dans le cœur de la planète.

De l'autre côté, il découvrit des sortes d'îlots suspendus dans les airs, séduisants et plantureux. Il rencontra un être masqué qui lui expliqua rapidement ce qui l'entourait. Puis cet être l'introduisit auprès de ses sœurs, qui présentaient toutes une émotion différente sur leur masque. Les cinq sœurs se disputèrent à propos de Yoda, questionnant la possibilité de lui apprendre quelque chose, mais acceptèrent finalement de lui enseigner ce pour quoi il était venu.

Il apprit que c'était d'ici que provenait les midichloriens et l'interdépendance entre Force Vivante et Force Cosmique (cette dernière étant le réceptacle des êtres disparus). La première épreuve de Yoda consistait à se rendre sur une île tourmentée pour y affronter ses peurs. Là-bas, il affronta son double obscur. Dans un premier temps laminé, le maître Jedi parvint finalement à dompter cette part d'ombre, en acceptant qu'elle fasse partie de lui mais qu'il ait un total contrôle sur elle.

Toujours guidé par l'être masqué, Yoda affronta sa seconde épreuve dans la vallée de l'extinction, où se nichaient diverses émotions. La première vision, très pessimiste, le plaça dans un Temple Jedi décimé, jonché de nombreux cadavres, dont celui d'Ahsoka qui discuta avec lui avant de s'éteindre. L'autre vision, plus réjouissante, prenait place dans le jardin du Temple, plusieurs années avant la guerre, du temps où Qui-Gon était en vie et Dooku encore un disciple de l'Ordre. Mais Yoda refusa de croire à cette vision idyllique ; tous les Jedi s'évaporèrent alors, et un Dooku épris d'obscurité brandit son sabre pour se projeter sur le maître, mais Yoda acceptant de l’affronter, Dooku disparut.

Finalement, il retrouva au bord d'un lac l'être masqué. Yoda lui demanda de montrer son visage. La sœur retira son masque, et un manteau vide tomba par terre. Il s'agissait en fait d'êtres spirituels, à mi-chemin entre deux mondes. Les cinq sœurs lui indiquèrent la voie suivante : Yoda devait se rendre sur Moraband, ancienne terre des Sith fortement imprégnée par les ténèbres, pour y affronter les peurs et les séductions du côté obscur. Le maître Jedi retourna alors dans son vaisseau et indiqua à R2 que le voyage n'était pas tout à fait terminé.

Yoda arriva sur Moraband, terre abandonnée selon ses dires mais imprégnée par les ténèbres. Le maître Jedi confia une nouvelle fois à R2 la tâche de l'attendre, tout en lui indiquant que s'il n'était pas revenu sous trois jours, le robot devrait retourner sur Coruscant pour prévenir le Conseil.

Yoda décida de méditer un peu, et dut affronter un grand reptile, qu'il maîtrisa sans mal. Dans la foulée, une ronde d'êtres masqués tenta de le perturber en lui indiquant qu'ils allaient prévenir les émissaires du côté obscur – qui viendraient l'anéantir – avant de se dissiper. Pendant ce temps, Dooku était appelé par son maître pour le rejoindre sur Coruscant.

Le maître Jedi pénétra finalement dans le tombeau des Sith. À l'intérieur, il rencontra l'esprit du tout puissant Dark Bane – qu'il reconnut sans mal – avec qui il retraça l'histoire des Sith en passant par la règle des deux, introduite pour empêcher les Sith de s'entretuer. Bane lui proposa de le rejoindre, mais Yoda refusa en arguant qu'il était une simple illusion, ce qui fit disparaître l'ancien Sith. Le tombeau s'ouvra et Yoda s'y engouffra.

Dans la zone morte et désindustrialisée de Coruscant, Dooku retrouvait Sidious dans son repère. Le seigneur noir des Sith évoqua la possibilité de porter un coup létal à l'Ordre Jedi. Dans le même temps, sur Moraband, Yoda retrouvait les visages familiers des sœurs de la Force. Celles-ci lui dirent que jusqu'ici elles pouvaient contrôler les épreuves, mais que passé ce seuil elles ne répondaient plus de rien ; elles l'avertirent des séductions qu'il pourrait rencontrer, qui constitueraient seulement des pièges. Elles disparurent et Yoda entra dans la pièce.

Réunis autour d'un pupitre, Dooku et Sidious entamèrent un rituel Sith. Sidious ponctionna une goutte de sang à son apprenti, versée dans le creux du pupitre, avant de bredouiller des paroles incompréhensibles et de joindre ses éclairs à ceux de Dooku ; Sidious enjoignit l'ancien Jedi à guider toutes ses pensées vers Yoda - son ancien maître - pour lui tendre un piège. Ils parvinrent à matérialiser un faux Sifo-Dyas menotté sur Moraband. Yoda, dans un premier temps ému par la vision du maître Jedi, ne tomba pas dans le piège – qui consistait à le libérer pour dévoiler le nom des conspirateurs – et l'illusion disparut pour faire apparaître Sidious.

Déstabilisé, Yoda se réveilla ensuite dans une canonnière, entouré par un escadron de clones et Anakin. Ce dernier lui apprit qu'ils avaient intercepté une communication de Dooku et découvert son repère sur Coruscant. Un peu divaguant au début, Yoda insista finalement pour continuer la mission et démasquer le maître de Dooku et l'empêcher de s'évader. Arrivés sur place, ils tombèrent finalement sur les deux Sith. Dooku désossa rapidement quelques soldats avant de se frotter à Anakin, qui lui trancha la tête. Choqué par cette scène, Yoda partit néanmoins à la poursuite de Sidious. Sur la passerelle extérieure, ils s'affrontèrent dans un combat âpre ; Anakin se joignit à Yoda mais fut rapidement mis hors d'état de nuire par le puissant Sith. Sidious brisa finalement la passerelle, ce qui obligea Yoda à faire un choix : sauver Anakin ou continuer le duel. Il opta pour la première solution et, tout en mettant en sûreté le Jedi, essuya les éclairs de Sidious. Yoda détruisit finalement la plateforme en lançant son sabre, ce qui provoqua leur chute. Dans le vide, Yoda s'accrocha à Sidious, mais au moment de relever la capuche il découvrit qu'elle était vide.

L'illusion terminée, Sidious constata son échec. De son côté, Yoda était réveillé par les sœurs de la Force qui lui indiquèrent que désormais il serait capable de faire subsister son esprit après la mort. Elles lui révélèrent également l'existence d'un autre Skywalker. Yoda rejoignit R2 et tous deux revinrent sur Coruscant.

Dans le Temple Jedi, Obi-Wan et Mace Windu prévinrent Yoda que le Conseil était réuni et prêt à entendre ses découvertes. Le maître Jedi glissa qu'il n'avait rien de particulier à dire, si ce n'est que la guerre ne sera probablement pas gagnée. Mais qu'il existait un autre chemin, et qu'à long-terme ils pouvaient vaincre les ténèbres. 

Lethal Alliance
The Mission
Conspirators
Dark Disciple

Dans une prison secrète sur Stygeon, Dark Maul est retenu prisonnier et torturé par Dark Sidious et le Comte Dooku. Sidious et Dooku discutent du moyen d'éliminer Mère Talzin, qui pourrait empêcher la victoire totale de leur plan de conquête. Sidious pense qu'il faut utiliser Maul pour qu'il les mène à Talzin. Pour ce faire, ils laissent des partisans de Maul le délivrer et demandent au Général Grievous de le suivre. À peine arrivé sur Zanbar, Maul et une partie de son armée sont exterminés par la flotte Séparatiste de Grievous.

Maul s'enfuit en direction d'Ord Mantell sous les conseils de Mère Talzin, où il pourra avoir le soutien du Soleil Noir et des Pykes et tendre un piège aux Séparatistes. Talzin envoie des Frères de la Nuit pour seconder Maul. Tandis que le Comte Dooku s'infiltre dans la base de Maul croyant trouver Talzin, Maul et son armée attaquent le Général Grievous en orbite autour de la planète. Grievous et Dooku sont capturés et leurs droïdes détruits.

Le Sénateur Palpatine annonce au Conseil Jedi que Maul détient les chefs Séparatistes et que les Jedi pourraient profiter de cette occasion pour tous les arrêter. Les Maitres Jedi Windu, Secura, Tiplee et Kenobi mènent l'enquête, et parviennent à retrouver Maul. Les Jedi sont surpris de voir Maul et Dooku ensemble et en déduisent que depuis le début Dooku était le Maitre Sith et Maul, son apprenti, tandis que Grievous profite de l'attaque pour s'échapper. Maitre Tiplee est tuée par Dooku, qui s'enfuit ensuite avec Maul sur Dathomir.

Là-bas, le Comte Dooku est condamné par Mère Talzin pour le meurtre de Sœurs de la Nuit. Elle utilise alors l'essence vitale de Dooku à travers un rituel pour pouvoir reprendre une forme physique. Le rituel est interrompu par le Général Grievous et Dark Sidious. Au même moment, les Séparatistes attaquent le Soleil Noir et les Pykes, qui décident d'abandonner leur allégeance à Dark Maul pour rester en vie. Pendant ce temps, Talzin, ressuscitée, affronte Sidious et Dooku. Maul fuit la bataille à contrecœur sur ordre de Talzin, qui ne peut contenir les forces des deux Sith. Le Général Grievous en profite pour tuer Mère Talzin, sous les yeux horrifiés de son fils, tandis que l'armée Séparatiste prend le contrôle de Dathomir.

Saving Vos (Part 1)
Saving Vos (Part 2)
Traitor
The Path

L’ombre grandit autour du chancelier. Le général Grievous vient d’être abattu par Kenobi et le conseil doit maintenant s’assurer qu’il remettra les pleins pouvoirs. Pour ce faire, Windu missionne Anakin afin de lui annoncer la mort de Grievous et d’analyser sa réaction. C’est stupéfiant, Palpatine révèle à Skywalker qu’il est le seigneur des Sith et que ce n’est que grâce à lui qu’il pourra sauver sa femme et acquérir de plus grands pouvoirs.
Palpatine a donc tout manipulé, il a créé ce conflit de toute pièce en déplaçant ses pions du côté républicain comme chancelier et du côté séparatiste comme Darth Sidious. Anakin ne sait plus qui croire, il part donc révéler cela à Windu, l’esprit complètement embrumé par les promesses de Palpatine.

--> Seconde bataille de Coruscant (partie 2/2)

Le chancelier est libéré et Dooku est mort. Cependant, le Général Grievous continu à mener les troupes séparatistes au combat et tant qu’il sera en vie, Palpatine fera en sorte que la guerre continue. Une ombre plane au-dessus de Palpatine et les Jedi servent la république, pas un dirigeant. Le conseil n’a aucune confiance dans le chancelier et il demande par ailleurs à Anakin de l’espionner. Ce dernier prend très mal la mission officieuse du conseil sachant que le chancelier est un de ses amis, c’est même un mentor.
Kashyyyk est un monde stratégique et les Wookies détiennent d’anciennes routes hyper spatiales inconnues de tous. C’est pour cela que les séparatistes prennent d’assaut la planète, ses routes seraient d’un grand intérêt stratégique. Par ailleurs, les renseignements de Palpatine ont localisé Grievous sur Utapau. Ce dernier l’annonce à Anakin en même temps qu’il lui fait des remarques inquiétantes sur d’anciennes légendes Sith et sur un moyen de préserver les gens de la mort.

--> Bataille de Kashyyyk
--> Bataille d’Utapau

C’est désormais véridique : Palpatine est le Seigneur Noir des Sith recherché depuis tant d’années ! Anakin Skywalker l’a appris de la bouche même du Chancelier. La République, la Confédération et les Jedi ont été manipulés sans s’apercevoir de rien.
Mace Windu est bien décidé à éradiquer la menace. Avec l’aide des Maîtres Agen Kolar, Saesee Tin et Kit Fisto, il s’apprête à se rendre au bureau du Chancelier mais refuse l’aide du jeune Skywalker, dont les émotions sont tourmentées, et lui ordonne de rester dans la Chambre du Conseil Jedi.

Anakin est révolté par cette décision mais se plie à la volonté de Windu. Pourtant, ses démons ne tardent pas à le rattraper. Peut-il laisser Palpatine être éliminé ? Seule la connaissance des Sith serait à même de sauver Padmé…
Prêt à tout pour empêcher la mort de sa femme, Skywalker change d’avis et fonce au hangar du Temple…

Arrivés au cabinet de Palpatine, les quatre Maîtres Jedi lui ordonnent de se rendre, sabre dégainés. Le visage si calme du Chancelier se mue alors, déformé par la rage.
Sabre laser à la main, le Seigneur Noir charge les Jedi et abat d’une traite Agen Kolar puis Saesee Tin lors de la première attaque. Mace Windu parvient à parer le second assaut mais pas Kit Fisto. S’engage alors un duel sans merci entre la Lumière et les Ténèbres. Après une multitude d’attaques et de parades, Mace prend le dessus sur Dark Sidious et l’accole à un mur. C’est à ce moment qu’Anakin fait irruption dans la pièce.
Palpatine tente alors de le persuader que les Jedi veulent prendre le pouvoir et déchaîne la Foudre Sith sur Windu. Le Jedi contre l’attaque comme il peut, tandis que la rage du Côté Obscur déforme irrémédiablement les traits du Chancelier. Mace Windu le jugeant trop dangereux, il prépare à asséner le coup fatal lorsqu’Anakin dégaine son arme et lui tranche la main. Palpatine ne rate pas l’occasion et use à nouveau de la Foudre Sith pour éliminer son adversaire, propulsé à travers la fenêtre dans les profondeurs de Coruscant.

Effondré par son geste aux conséquences terribles, Anakin s’abandonne à Palpatine, persuadé que son enseignement l’aidera à vaincre la Faucheuse…
Anakin Skywalker est mort… Dark Vador est né… Palpatine confie alors deux missions à son nouvel apprenti : éliminer les dirigeants séparatistes sur Mustafar et porter la vérité de l’Ordre Nouveau à ses anciens confrères Jedi… La victoire est totale, l’ordre Jedi est sur le point d’être éradiqué grâce à la corruption de celui que l’ordre appelait l’élu. Il devait rétablir l’équilibre dans la force et maintenant il est sur le point de la condamner à la nuit.

Anakin Skywalker est mort, consumé par Dark Vador. Sur ordre de Palpatine, son nouveau Maître, le jeune Seigneur Sith se rend au Temple Jedi, accompagné de la 501ème. Possédant les codes d’accès, Vador s’introduit seul dans le Temple et exécute le Maître de la Porte, Maître Jurrok, son sabre laser lui transperçant le crâne. La 501e rejoint son Général et tous se dirigent vers la Bibliothèque Jedi. Là, le massacre débute avec le meurtre de Jocasta Nu…
Les troupes se dispersent alors dans le Temple et déciment tous les Jedi rencontrés. De son côté, Dark Vador parvient à rejoindre la Salle du Conseil, non sans avoir créé un bain de sang dans son sillage. Là, il massacre sans remord le Clan des Ours regroupant les plus jeunes Jedi.
Le Sith continue de sillonner les couloirs du Temple, du hangar jusqu’aux passerelles, traquant et éliminant tous les Jedi. Vador finit par atteindre l’émetteur situé au sommet du Temple où il envoie un message continu ordonnant aux Jedi dispersés dans la galaxie de revenir sur Coruscant puis retourne à la tâche confiée par son Maître.
Lorsqu’il entre dans la salle de briefing en ruines, Serra Heto, experte dans le maniement de deux sabres laser, se dresse contre lui. Un duel féroce s’engage, se prolongeant jusque dans la salle d’entraînement. Déchaînant la puissance du Côté Obscur, Vador propulse Sera et fait effondrer une lourde poutre sur elle, la tuant sur le coup.
Aussitôt, Cin Dralling, Maître d’Arme du Temple et ancien Maître de Heto, accourt et provoque le Jedi déchu. Le combat est acharné, Dralling allant jusqu’à éjecter Vador par une fenêtre dans un des nombreux jardins du Temple.
Aussi bon bretteur soit il, Cin Dralling ne parvient pas à rivaliser avec la jeunesse et la force du Sith. Il finit transpercé par la lame de son ennemi…

En parallèle de l’expédition au Temple Jedi et avant d’aller constater le travail effectué par son nouvel apprenti, Palpatine envoie à toutes les armées clones de la galaxie l’Ordre 66. Cet exécutif programmé dans l’entraînement des troupes depuis leur création prévoit d’abattre tous les Jedi, dès lors considérés comme des traîtres.
En quelques instants, les plus grands généraux basés sur les différents fronts sont éliminés. Plo Koon est abattu dans son chasseur en orbite de New Plympto. Ki-Adi-Mundi est pris pour cible sur Cato Neimoidia par le Commandant Baccara. Le speeder de Stass Allie est désintégré sur Saleucami par le Commandant Neyo. Aayla Secura est massacrée sur Felucia par le Commandant Bly.
Sur Kashyyyk, Yoda parvient à échapper au feu de Gree tandis que Quinlan Vos est laissé pour mort sous les tirs du Commandant Faie. Sur Utapau, la monture d’Obi-Wan Kenobi est touchée par un tir, précipitant le Maître Jedi dans les abysses de Pau City…

--> Seconde bataille de Cato Neimoidia
--> Bataille de Felucia
--> Bataille de Mygeeto

Après avoir éliminé les Jedi présents au Temple sur Coruscant, le récemment promu Seigneur Sith Dark Vador rejoint Padmé dans ses appartements et lui explique qu’il va mettre fin à la Guerre des Clones. Sur ordre de Palpatine, il doit rejoindre la planète apocalyptique de Mustafar où est terré le commandement séparatiste.

Arrivé sur la planète à bord de son intercepteur Jedi, Vador se dirige directement vers le centre des opérations du complexe. L’installation récemment achevée est bâtie à flanc de montagne à proximité directe d’un fleuve de lave.
A l’intérieur de la salle, Dark Vador est accueilli par le Vice-Roi de la Fédération du Commerce, Nute Gunray. Sans prendre la peine de lui répondre son salut, le Seigneur Sith condamne toute issue au moyen de la Force. Armé de son sabre laser, il commence alors la tâche qui lui a été confiée : tuer tous les chefs séparatistes. C’est sans effort qu’il règle cette affaire, ignorant les supplices du Neimoïdien et de ses associés.

Une fois son œuvre accomplie, Vador prend contact avec l’Empereur Palpatine. Ce dernier lui ordonne d’envoyer un message aux vaisseaux de la Fédération, leur sommant de démanteler leurs armées.

La Guerre des clones prend ici fin…

Mais un destin plus funeste attend encore le Jedi déchu Anakin Skywalker…

Kenobi et Yoda ont pu réussir à s’échapper de cet enfer à bord du Tantive IV, vaisseau du sénateur Bail Organa. Là, ils apprennent la terrible nouvelle de l’ordre 66 et décident de retourner sur Coruscant pour désactiver le code afin d’éviter le piège à d’autre Jedi survivant.
En arrivant prés de la capitale, le bureau du chancelier informe le sénateur Organa d’une séance extraordinaire du congrès. Les deux Jedi se rendent au temple et désactivent le code. C’est là qu’ils découvrent la corruption qui a atteint le jeune Skywalker. Ils doivent détruire les Sith et si Yoda se charge de Palpatine, Kenobi doit impérativement se défaire du nouveau Dark Vador.
Pendant ce temps au sénat, Padmé annonce à Bail ce qu’elle a entendu. A savoir que les Jedi auraient comploté pour renverser le sénat et prendre le contrôle de la république. Et dans un tonnerre d’applaudissements, Palpatine déclare que la république sera réorganisée pour devenir la première puissance galactique impériale, pour une société fondée sur l’ordre et la sécurité. Dorénavant, c’est la peur qui gouvernera la galaxie et ceux qui ne sont pas d’accord avec le nouvel ordre établi seront irrémédiablement supprimés.

Yoda se rend dans les appartements de Palpatine afin de le défier. De son côté, Kenobi feinte Padmé en pénétrant dans son vaisseau en partance pour Mustafar afin de retrouver Anakin.
Yoda projette les gardes impériaux contre le mur et provoque verbalement le Sith qui lui rétorque que l’ordre Jedi n’existe plus, avant de le propulser violement à l’autre bout de la pièce. Yoda se relève et lui rend la monnaie de sa pièce ; puis les deux guerriers dégainent les sabres et s’affrontent dans un combat épique qui les mène dans la chambre du Sénat.
Obi-Wan retrouve Anakin qui, de colère, faillit étrangler sa femme. Le combat s’engage donc et Obi-Wan se rend compte que son ex Padawan est totalement consumé par le Côté Obscur. Si les deux anciens amis se dirigent dans la salle des machines, les deux autres combattent ardemment dans le Sénat. Palpatine se sert des nacelles comme de jouets et les balance sur Yoda qui les évite. Au final, le petit maître Jedi se retrouve en échec et est contraint de fuir à l’aide du sénateur Organa. Palpatine alias Dark Sidious pressent le danger pour son nouvel apprenti et demande une navette pour le rejoindre.

Sur Mustafar, les infrastructures s’emballent, si bien que Kenobi et Vador se retrouvent en train d’échanger des coups de sabres en équilibre au-dessus de la lave. Finalement, Obi-Wan domine le duel et met en garde son ancien padawan de ne pas tenter quoi que ce soit. Ce dernier mu par la confiance en le côté Obscur fonce sur le Jedi et se retrouve alors littéralement privé de ses membres. Obi-Wan pleure en lui faisant un sermon, il ne peut se résigner à tuer Vador et part le laissant en train de bruler vif. Il récupère Padmé et s’envole. Palpatine réussit à retrouver le corps de Vador et le fait transporter dans une capsule médicale jusqu'à Coruscant, où son corps est rafistolé à l’aide de membres cybernétiques. Il obtient également une aide respiratoire. Anakin Skywalker n’est plus, seul subsiste désormais Dark Vador, à l’intérieur comme à l’extérieur de son être. Sur le pont d’un croiseur Vénator, les deux Sith contemplent le pouvoir de leur empire par la mise en marche du chantier de l’arme ultime : l’étoile noire.

Obi-Wan ramène Padmé sur Polis Massa afin qu’elle puisse accoucher. C’est là qu’elle mourra en donnant la naissance aux jumeaux Leia et Luke. Elle sera enterrée sur sa planète natale de Naboo où son accouchement sera caché. En effet, les jumeaux représentent peut être l’ultime espoir d’un renouveau de l’ordre Jedi. Leia est confié au Sénateur Organa alors que Luke sera ramené sur Tatooine chez les Lars. Yoda part en exil sur Dagobah où de là, il aidera Obi-Wan à méditer pour écouter son ancien maître Qui-Gon Jin ayant trouvé le secret de l’immortalité. Obi-Wan restera sur Tatooine pour veiller sur l’enfant.

Par ailleurs, plusieurs autres Jedi décidèrent de quitter la République et leur vie antérieure pour fuire le génocide commis par Palpatine et les soldats républicains. Pour ne citer qu'eux, K'Kruhk, Quinlan Vos, Shaak Ti, A'sharad Hett ou encore Dass Jennir choisirent différents chemins, continuant ou non de suivre le dogme Jedi qu'ils connurent toute leur vie.

Au spatioport de la planète Lothal, le jeune Ezra Bridger détrousse et vend des tickets aux touristes venus pour assister à un match clandestin de gladiateurs. Un vaisseau de chasseur de primes sort de l'hyperespace et se dirige vers Lothal. À son bord se trouve le Trandoshan Bossk, venu capturer un criminel Dug.

Le vaisseau atterrit sur le spatioport et est instantanément repéré par le jeune Ezra, qui voit là une occasion en or. Comme ce dernier s'en approche d'un peu trop prêt, Bossk le surprend et pointe son arme dans sa direction. Ezra se propose comme guide en échange de crédits et le Trandoshan accepte.

Ezra et Bossk arrivent à une taverne, et sont accueillis par des assassins et le Dug. Bossk tue rapidement les assassins, tandis qu'Ezra paralyse le Dug à l'aide de son lance-pierres. Ce dernier révèle à Bossk que les tueurs avaient été engagés par quelqu'un pour le protéger.

La taverne est soudain encerclée par des stormtroopers sous les ordres du Lieutenant Jenkes. Après des échanges de coups de feu, Ezra et Bossk parviennent à fuir, mais sans le Dug, qui est tué par les Impériaux. Bossk ayant été blessé durant l'affrontement, il demande l'aide d'Ezra en échange de tous les crédits disponibles dans son vaisseau. Ezra emmène Bossk jusqu'à chez lui et le soigne. Bossk reprend ses esprits et convainc Ezra de retourner au spatioport pour que le chasseur puisse atteindre son vaisseau et en apprendre plus sur cette affaire.

Arrivés à un poste de communications réservé aux chasseurs de primes, ils apprennent que le Lieutenant Jenkes organisait des combats de gladiateurs sur Nyriaan, avec l'aide du Dug, il y a neuf ans, sous une fausse identité. Bossk demande à Ezra s’il connait celui qui lui a donné les tickets du match de gladiateurs, car il pourrait être en danger, le Lieutenant Jenkes tentant d'effacer toute trace de son organisation clandestine. Ezra, ayant peur pour son ami Wallaway, qui lui avait demandé de vendre des tickets, conduit le Trandoshan jusqu'à sa boutique.

Pendant ce temps, le Lieutenant Jenkes efface toutes les traces de ses manigances et part en landspeeder blindé rejoindre la boutique de l'ami d'Ezra. Ezra et Bossk arrivent trop tard : Jenkes a déjà tué Wallaway, et est en train de s'enfuir. Par chance, le Trandoshan a le temps de placer un émetteur sous le landspeeder impérial, qui les conduit, lui et le jeune garçon, jusqu'à l'avant-poste Monad, au sud de la ville, où se déroule le match de gladiateurs.

Là-bas, Jenkes se dépêche de prendre tous les crédits des paris du match et de les placer dans le landspeeder pour pouvoir ensuite s'enfuir de la planète avec le butin. Ezra et Bossk le surprennent, et Jenkes prend la fuite. Tous trois arrivent en plein dans l'arène où se battent les gladiateurs. Ezra transmet les aveux de Jenkes à l'Empire, sans que ce dernier ne le sache, puis le paralyse avec un tir de son lance-pierres. Le lieu est rapidement encerclé par l'arrivée d'Impériaux.

Le lendemain, Bossk est remercié par l'Empire pour son courage et pour avoir découvert un réseau clandestin. Ezra compte bien avoir sa récompense et ne quitte pas d'une semelle le chasseur de primes. Arrivés au vaisseau de Bossk, ce dernier tient sa promesse et donne tous les crédits qu'il avait à bord. Ezra tombe des nues quand il découvre le peu de crédits que le chasseur lui remet. Dépité, Ezra préfère rentrer chez lui.

Plus tard, Ezra parcourt les plaines de Lothal, loin des dangers de la ville, quand il éprouve soudain une étrange sensation. Il entend, puis voit alors un vaisseau cargo tentant d'échapper à un chasseur TIE. Le vaisseau de l'Empire est touché et se crashe non loin d'Ezra. Le jeune garçon court vers l'épave pour voir s’il ne peut pas "soulager" le pilote Impérial qui a survécu. Ezra parvient sans mal à berner le pilote et lui vole de l'équipement et son casque, avant de sortir du vaisseau, avouant son larcin. Le pilote fou de rage tire sur le garçon, qui grâce à son étrange intuition, parvient à éviter tous les tirs de canon du TIE. À l'aide de son lance-pierres énergétique, Ezra parvient à mettre KO le pilote, puis fier de lui, retourne chez lui en direction d'une immense tour de communication. 

Kanan tente d'apprendre à Ezra à maîtriser la Force, mais Chopper et Zeb vont beaucoup trop loin en se moquant de lui, ce qui provoque une rupture entre Ezra et Kanan.

Plus tard, à bord du Ghost, les Rebelles captent une émission piratée de l'Holonet, selon laquelle le Maître Jedi Luminara Unduli serait toujours vivante et prisonnière dans le système Stygeon. Le groupe Rebelle décide de partir la délivrer.

Sur place, le groupe découvre que les plans de la prison sont obsolètes et qu'ils doivent se séparer pour retrouver la Jedi plus rapidement avant que les Impériaux apprennent leur présence. Tandis que Zeb et Sabine gardent l'ascenseur occupé, Ezra et Kanan se dirigent à la cellule de Luminara.

Dans la cellule du Jedi, ils découvrent que la Maître Jedi est dans un sarcophage, morte depuis des années en même temps que la République, et que le hack de l'Holonet était en fait un piège pour attirer de potentiels Jedi et les éliminer.

L'Inquisiteur accueille alors les deux Jedi et un affrontement s'engage. Le Sith est bien supérieur aux deux rebelles, qui préfèrent fuir le combat. Le groupe de rebelles ne parvient que de justesse à en sortir, grâce au concert d'Ezra et Kanan qui utilisent en harmonie la Force.

De retour sur Lothal, Kanan s'excuse auprès d'Ezra, et tous deux reprennent l'entraînement de Jedi.

Anandra et son frère Santigo, tous deux jeunes Alderaaniens, tentent de fuir les bas-fonds de Coruscant et ses Impériaux, suite à la destruction de leur planète natale, Alderaan.

Arrivés au Niveau 2142, les deux jeunes se voient aiguillés par un commerçant vers le Niveau 1997 où quelqu'un pourrait leur venir en aide et les abriter.

Au 1997, les deux héros découvrent que c'est encore une voie sans issue, le Pau'an pouvant les aider voulant impliquer Anandra dans des trafics illégaux.

Un stormtrooper les repère. S'engage une course poursuite à travers le niveau, composé principalement de canalisations.

Les enfants sont sauvés grâce au partenaire du Pau'an, un Herglic, qui terrasse sans difficulté le soldat Impérial. Le Herglic conseille aux deux jeunes fugitifs de se rendre au Niveau 1782, où ils trouveront un abri.

Arrivé là-bas, Anandra et Santigo découvrent de nombreux réfugiés de divers mondes ayant été soumis par l'Empire, mais surtout un nouveau chez-soi et une nouvelle famille.