« Comme un feu à travers la Galaxie, la Guerre des Clones se propageait »… Les combats font rage sur de nombreux mondes. Ils opposent les armées Séparatistes à la République. Obi-Wan Kenobi et son Padawan Anakin Skywalker sont envoyés en mission.

La flotte de la République sort de l’hyperespace au-dessus de Muunilinst. Anakin mène les chasseurs au combat. Obi-Wan dirige l’assaut planétaire : les canonnières débarquent les troupes face à la cité. L’une d’elle emprunte un autre chemin…

Des soldats ARC ont infiltré la cité : ils doivent accomplir une mission. Une mission qui aiderait la République à remporter la victoire. Mais ces commandos vont devoir se battre : en effet, leur arrivée n’est pas passée inaperçue…

Les régiments de clones enfoncent les lignes ennemies. Les armées droides reculent devant leurs adversaires… mais les leaders Séparatistes n’ont pas encore utilisé toutes leurs cartouches. L’immense guerrier Durge, envoyé par Dooku, pourrait bien faire basculer la bataille en sa faveur…

Le conflit continue de se répandre de monde de monde… Sur Mon Calamari, les Quarrens reçoivent l’aide des Séparatistes pour prendre le pouvoir sur la planète. La République doit intervenir : le Maître Jedi Kit Fisto débarque avec une armée de clones…

Sur un monde reculé, des guerriers s’affrontent à mort dans une arène… Ils sont tous plus puissants les uns que les autres. Le comte Dooku vient assister aux combats afin de dégoter un guerrier à qui confier une mission… L’un des combattants s’avère nettement supérieur à tous les autres…

Le combattant énigmatique est une femme nommée Asajj Ventress : elle revendique l’appellation de Sith… Elle affronte Dooku dans un terrible duel et démontre ainsi tout son talent aux yeux du mystérieux employeur du comte.

Durge et son groupe infligent des dégâts substantiels aux forces de la République. Le Général Kenobi mène une contre-attaque. A dos de speeder-bikes, les clones l’aident à repousser les droides du guerrier. Il s’engage alors dans un duel contre Obi-Wan…

A peine sorti de son duel à mort, Obi-Wan rejoint les soldats ARC : ils pénètrent de force dans la salle de contrôle des Séparatistes. Salle depuis laquelle était coordonnée les défenses... Mais Durge revient pour accomplir son travail…

La bataille spatiale fait rage en orbite de Muunilinst. Les adversaires prennent tour à tour le dessus sur les autres… Anakin virevolte en infligeant des pertes considérables à l’ennemi. Alors que la victoire semble acquise, un mystérieux chasseur fait irruption et sème la pagaille dans les rangs de la République…

Anakin se bat dans l'espace contre les forces droides, mais l'un d'entre eux fait preuve de plus de sagacité, car ce n'est pas une machine. Commence alors entre lui et Anakin une course poursuite...

Maitre Windu se retrouve piégé avec son armée au milieu de droides accompagnés d'un gigantesque vaisseau qui réduit son armée en miettes. Il est le seul survivant...

Maître Windu tente de s'en sortir en combattant avec bravoure, seul contre des centaines de droides. Heureusement, la Force le protège et il décide d'attaquer seul le vaisseau amiral...

Des droides ont posé le pied sur Illum et ont profané un temple Jedi. Mais heureusement, Maître Yoda ressent un trouble dans la Force et décide de dévier de sa route pour une mission de secours...

Grâce à sa force de persuasion, maître Yoda réussit à convaincre le capitaine du vaisseau de dévier sa route pour secourir les deux Jedi en péril sur la planète Ilum. Malgré l'offre de Padmé de l'aider dans sa quête, maître Yoda part seul braver les dangers...

Padmé décide de sortir du vaisseau afin d'aider Maître Yoda. Mais la sénatrice ainsi que les 2 droides R2-D2 et C-3PO sont alors attaqués par des droides de guerre.

Anakin continue la poursuite du mystérieux vaisseau et atterrit sur Yavin 4. Des commandos le suivent et commencent à ratisser la jungle, lorsque ceux-ci sont attaqués les uns après les autres...

Suite du combat entre Anakin Skywalker et Asajj Ventress, dans la jungle de Yavin 4, jusqu'aux temples Massassi.

Suite et fin du combat entre Anakin Skywalker et Asajj Ventress.

La bataille de Muunilinst touche à sa fin et voit la victoire des troupes Républicaines. Anakin retrouve Obi-Wan, qui est aussitôt contacté par un groupe de Jedi terrorisés par un nouvel ennemi surpuissant...

Le commando d'ARC Troopers arrive sur Hypori pour secourir les Jedi attaqués par Grievous, et Anakin Skywalker fait face au Conseil Jedi.

Anakin et Obi-Wan se battent dans la Bordure Extérieure tandis que le général Grievous s'entraîne auprès du comte Dooku.