Par la suite, Plo Koon, toujours accompagné de la padawan Tano, se rendit dans les bas-fond de Coruscant afin d'obtenir des
informations concernant la localisation des otages retenus par Boba Fett, Aurra Sing et Bossk. Leur enquête les mena au Complexe de Hondo Ohnaka sur Florrum. Après des négocations qui échouèrent, Plo Koon réussit à obtenir les coordonées de l'endroit où es otages étaient retenus, grâce à l'aide surprenante de Hondo Ohnaka, qui ne voulait pas s'attirer les foudres des Jedi une nouvelle fois. Il contacta Ahsoka lancée à la poursuite d'Aurra Sing afin qu'elle s'occupe en priorité des otages. La mission fut une réussite, car les otages furent libérés, et Boba Fett et Bossk furent ramenés au centre de détention sur Coruscant.

Alors que la guerre avait définitivement embrasé toute la galaxie, Plo Koon fut celui qui organisa lors de la 2ème année du conflit l’une des missions les plus légendaires de la Guerre des Clones. Le maître Jedi Even Piell avait été capturé et mené dans la terrible prison pour Jedi connue sous le nom de Citadelle, réputée imprenable et d’où aucun captif n’avait pu s’échapper. Outre son importance pour l’Ordre et la Grande Armée, Piell était en possession d’informations vitales : les coordonnées d’une route hyperspatiale très peu connue, la route de Nexus, qui s’avérerait un atout majeur pour la victoire dans cette guerre.         

Koon, de Coruscant, supervisa ainsi les préparatifs du commando envoyé sur place, mené par Skywalker et Kenobi, et suivit leur progression tout au long de leur mission, prêt à envoyer du renfort au besoin. Avant cela, Koon eut une discussion avec la padawan de Skywalker, Ahsoka Tano, frustrée d’être écartée du groupe. Koon rassura la jeune Togruta, dispensant sa sagesse et la conseillant au mieux. Cette dernière fit ensuite ce qu’il fallut pour faire partie de la mission, au grand dam de son maître auquel elle avait encore désobéi. Néanmoins, Tano se montra très utile et efficace par la suite, prouvant que Plo Koon avait eu une bonne intuition.         

Hélas, la mission prit une tournure catastrophique lorsque les droïdes ennemis détruisirent la navette avec laquelle était arrivé le commando, le privant de tout moyen de quitter la planète. Immédiatement, une importante flotte républicaine fut lancée par Plo Koon, entouré des généraux Jedi Saesee Tiin, Adi Gallia et Kit Fisto. Ils purent donner rendez-vous au groupe sur une zone un peu éloignée de la prison mais le temps allait cruellement leur manquer. Arrivé en orbite de la planète Lola Sayu, Koon vit toute l’énormité de la tâche encore à accomplir. Il lui fallait percer l’imposant blocus séparatiste et retrouver au plus vite ses amis sur la planète toujours traqués par les milices droïdes d’Osi Sobeck, le cruel directeur de la prison.         

Koon n’eut d’autre choix que de monter lui même à bord d’une canonnière et de laisser ses hommes batailler en orbite pendant, qu’accompagné des maîtres Tiin, Gallia et Fisto avec leurs chasseurs, il tentait de rejoindre le groupe de Kenobi. 
        
Tactique gagnante, Koon arriva juste à temps et put embarquer ses amis au moment où le site du rendez-vous était envahi de droïdes crabes. L’extraction fut immédiate, la flotte républicaine put quitter le système au bord de la panique, en subissant de lourds dommages mais la mission était un succès. De retour sur Coruscant, Koon ne put que regretter la mort de son collègue et ami Even Piell, tué au cours de la mission, alors que les coordonnées de la fameuse route de Nexus semblaient devenir sujet de tension entre Palpatine et le Conseil Jedi.

Plo Koon participa ensuite à une deuxième bataille sur Felucia. Les troupes Républicaines avaient effectué une percée importante dans les lignes Séparatistes, mais Grievous renforça un avant poste afin de les stopper. Il était accompagné du commandant clône Wolffe, ainsi que Rex, Anakin Skywalker et sa padawan Ahsoka Tano. Le Kel Dor mit en place un plan, qui consistait à diviser en trois ses forces : Lui et ses troupes s'attaquerait au flanc gauche, Anakin prendrait la porte avant, tandis qu'Ahsoka se dirigerait du côté de l'enceinte arrière, pour se retrouver tous au centre après s'être débarassé des droïdes. Une fois que tout le monde fut en place, Plo donna l'ordre aux tank AT-TE d'ouvrir le feu sur l'avant poste, et il lança l'attaque.

La mission fut un succès, mais la padawan Tano fut capturée par un chasseur Trandosha alors qu'elle couvrait ses troupes. Par la suite, ils quittèrent la planète Felucia sans la padawan, qui ne donna aucune signe de vie. Au temple Jedi, Koon assura à Skywalker que si la padawan avait été bien formée, elle réussirait se tirer d'affaire seule et à revenir jusqu'à son maître. Par la suite, la jeune Tano fut aidée par Chewbacca, lui aussi fait prisonnier, puis ramenée sur Coruscant par le vaisseau de Sugi.      

Peu de temps après, Plo Koon, accompagné de Wolffe, libéra Adi Gallia, détenue prisonnière par le Général Grievous sur son vaisseau. Du même coup, il libéra les droïdes R2-D2 et C-3PO qui s'étaient retrouvé à bord du vaisseau du général après s'être fait capturé par des pirates. 

Le général Koon prit ensuite la tête d'une flottille de croiseurs vers la planète Kadavo. Cette dernière faisait partie de l'Empire d'esclavagiste Zygerrien qui y avait établi un camp de travaux forcés pour leurs prisonniers. Les zygerriens, autrefois tout puissants, avait été détruits par les Jedi et tentaient de se reconstruire avec l'aide des Séparatistes. Koon fut contacté par le général Skywalker qui savait que son ami Obi-Wan Kenobi, le capitaine clone Rex et toute la population togruta de Kiros y étaient captifs.          

Arrivé en orbite, le général prit la tête d'un escadron de chasseurs et s'empressa d'attaquer les batteries anti aériennes du camp de travail. Hélas ces dernières étaient protégées par un puissant bouclier à rayon et malgré la destruction des chasseurs ennemis, ses forces subissaient des pertes. Anakin Skywalker infiltra alors la base et de l'intérieur put les détruire en utilisant une batterie ennemie. Cette menace éliminée, les forces de la République prirent la base sans difficulté et sauvèrent les esclaves togrutas. Une fois le dernier à bord, Koon ordonna alors la destruction du terrible camp de travail zygerrien.

Après avoir tué Mace Windu et converti Anakin Skywalker, le Seigneur Noir Dark Sidious, qui avait depuis le début officié sous l'identité de Palpatine, n'eut en effet plus qu'une chose à faire pour accéder au pouvoir absolu: demander aux commandants clones d'assassiner leurs Généraux Jedi à travers l'Ordre 66. Survolant à ce moment-là une des cités de Cato Neimoidia aux commandes de son vaisseau, la Force ne l'avertissant pas du danger qu'il encourait, Koon ne se doutait de rien. En route vers la plate-forme d'atterrissage qu'il avait l'intention d'attaquer avec quatre chasseurs ARC-170, il fut donc d'autant plus surpris lorsque les canons d'un de ses ailiers le prirent pour cible et endommagèrent gravement son chasseur. Ne pouvant plus rien contrôler et ne comprenant pas davantage, le Kel Dor ne put éviter à son vaisseau en flammes de s'écraser sur une des tours ennemies, et l'explosion qui s'en suivit emporta alors dans la mort le Maitre Jedi Plo Koon.

 

Quelques semaines avant la Bataille de Coruscant, lorsqu'Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker en eurent fini sur Cato Neimoidia, le Maître Plo Koon prit le relais sur cette colonie Neimoidienne. Après avoir tout juste fini de repousser les Séparatistes du système Ywllandr, le Kel Dor s'efforça ainsi de mettre en déroute les bastions ennemis encore en activité sur ce monde, soit sur le terrain avec son arme, soit dans les airs à bord de son vieux chasseur stellaire, qu'il avait gardé à l'inverse de la plupart de ses confrères, même s'il lui avait apporté diverses modifications.