Durant la Guerre des Clones,
Onderon décida de s'allier avec les Séparatistes. Onderon était représentée au Sénat par le sénateur
Mina Bonteri, puis par son fils
Lux Bonteri. Après l'assassinat de sa mère, Lux décida de se venger du Comte
Dooku et mena une guerre pour qu'Onderon retrouve sa liberté.
Le roi
Ramsis Dendup fut remplacé par le Séparatiste
Sanjay Rash, un allié du Comte Dooku. Tout était contrôlé dans la ville, et les armées droïdes empêchaient les habitants de quitter
Iziz, la capitale d'Onderon. Pour retrouver la liberté, il fallait prendre Iziz. Un petit groupe rebelle fut alors formé par Lux Bonteri, dont faisait partie Steela et
Saw Gerrera. Il demanda d'abord de l'aide au
Conseil Jedi pour envoyer des troupes afin de reprendre la capitale, mais elle fut refusée, pour la simple et bonne raison que la planète n'était pas sous la juridiction Républicaine et que le Conseil ne souhaitait en aucun cas mener une guerre sur un front de plus. Cependant,
Obi-Wan Kenobi,
Anakin Skywalker,
Ahsoka Tano et
Rex furent envoyés sur place pour former les rebelles, notamment au maniement des armes.
Par la suite, les rebelles menèrent leurs actions dans la capitale après avoir réussi à y entrer. Le roi Dendup fut sauvé, et les droïdes mis hors d'état de nuire. Mais après avoir fui la ville car repérés et poursuivis, l'armée Séparatiste causa beaucoup de dommages et tua beaucoup de rebelles, dont
Steela Gerrera. Cependant, ils sortirent vainqueurs du combat grâce aux armes fournies par
Hondo Ohnaka et son gang, dont les précieux lance-roquettes dévastateurs face aux vaisseaux séparatistes. Sanjay Rash fut tué sur l'ordre du Comte Dooku (par le droïde tactique Kalani), et Ramsis Dendup fut de nouveau le roi d'Onderon. Lux Bonteri fut d'ailleurs choisi par le roi pour représenter Onderon au
Sénat Galactique.
Les mois qui suivirent virent la chute de la République Galactique et la proclamation d’un Empire par l’ex-chancelier Sheev Palpatine. Nombreux furent les natifs d’Onderon à ne pas voir cette prise de pouvoir d’un bon œil. Une fois de plus, ce fut Saw Gerrera qui prit la tête de l’opposition rebelle sur Onderon, rassemblant sous ses ordres civils et militaires désireux de chasser cet Empire totalitaire de leur monde.
Bien évidemment, leurs actions attirèrent l’attention des dirigeants impériaux. Un commando d’élite, des soldats clones génétiquement modifiés connus sous le nom d’Escouade Bad Batch fut déployé sur Onderon par l’Amiral Wilhuff Tarkin pour éliminer les résistants. Mais alors que les clones s’attendaient à affronter les vestiges de l’organisation séparatiste, il se retrouvèrent face à un groupe de femmes, d’enfants et réfugiés dont le seul crime avait été de s’opposer à l’Empire. Le chef de l’escouade, Hunter, préféra désobéir aux ordres et laissa à Saw Gerrera le temps d’évacuer les siens vers un refuge plus sûr.
Suite à la trahison de la Bad Batch, l'Empire ne comptait pas en rester là et envoya sur Onderon un tout nouveau genre de commando, formé d'hommes et de femmes, engagés volontairement dans l'armée : les Elite Troopers. Menés par Crosshair, ces derniers furent chargés d'achever la tâche laissée en suspens par les clones. Les recrues massacrèrent un à un les combattants de Gerrera ainsi que les civils. Néanmoins, cette première victoire des Elite Troopers laissa un arrière goût amer puisque Saw Gerrera était déjà parti loin d’Onderon.