Depuis plusieurs années, la Fédération faisait pression sur le Sénat pour établir un monopole commercial. La liberté d’entreprise étant une des principales lignes de la constitution de la République, le Chancelier Valorum refusa. Dans l’ombre, la Fédération agissait en fait sous l’emprise du Seigneur Noir des Sith
Dark Sidious qui utilisait l’ennemi de la Fédération, le Front Nebula pour provoquer un conflit afin de relancer le débat sur le monopole au Sénat dans le seul but final de s’emparer du pouvoir.
En -33, c'est-à-dire dans l’année précédant les événements de
Naboo, le Sénateur
Palpatine recommanda au Chancelier de créer une conférence commerciale au lieu d’une commission. Celle-ci devait se passer sur la planète
Eriadu et réunir les membres remarquables du Sénat, de l’Ordre Jedi et du Directoire de la Fédération, qui était alors composé du Vice-roi
Nute Gunray, représentant les Neimoidiens, de quatre humains (deux représentants de
Kuat, les autres représentant les mondes de
Balmorra et de Filve), d’un
Gran et d’un Sullustain. Dark Sidious demanda à un agent double du Front Nebula de déclencher un capteur qui équipait des droïdes de combat modifiés afin qu’ils assassinent leurs maîtres ne laissant qu’un seul survivant qui devint le vice-Roi : Nute Gunray. Celui-ci remplaça les membres du Directoire par des Neimodiens qui n’étaient que des marionnettes, le laissant seul vrai dirigeant de la Fédération.
La
Fédération du Commerce, toujours sous la sombre emprise de Dark Sidious, profita de la loi sur la taxation des routes commerciales pour imposer un blocus à la planète Naboo puis l’envahit. Provoquant d’importants remous au sénat,
Lott Dod, le sénateur de la Fédération, s’arrangea pour enliser l’administration dans les procédures le temps que Nute Gunray et son conseiller
Rune Haako obtiennent une signature au traité d'exclusivité des droits commerciaux de la part de la Reine Amidala souveraine des Naboo. Secrètement, le Chancelier Suprême Valorum envoya tout de même deux ambassadeurs Jedi afin de trouver un compromis pacifique. Sur les recommandations de Sidious, Nute Gunray ordonna à ses droïdes de tuer les Jedi, mais ceux-ci purent s’enfuir sur la planète pendant le débarquement des forces d’invasion.
Les armées droïdes eurent rapidement raison du peu de force militaire Naboo et capturèrent la Reine, mais celle-ci réussit à s’enfuir et à forcer le blocus avec l’aide des deux Jedi. Une fois arrivée à
Coruscant, elle se présenta devant le Sénat, mes ses accusations furent démentis vigoureusement par Lott Dod qui proposa la création d’une commission d’enquête pour étudier le problème, proposition soutenue par la délégation Gran de Malastar. Remarquant que le Chancelier Suprême ne comprenait pas l’importance de la crise, Amidala déposa une motion de censure à son encontre satisfaisant au mieux la Fédération du Commerce qui semblait oubliée pour un temps.
Sachant que le temps était compté,
Padmé Amidala retourna sur Naboo donnant rendez-vous aux forces de la Fédération pour une bataille ultime. Cette bataille était en fait une diversion où, pendant que l’armée
Gungan se battait contre l’armée droïde, les Naboo dirigés par la Reine en personne s’infiltraient dans le Palais pour capturer le Vice-Roi. Dark Sidious, Nute Gunray et ses forces tombèrent dans le piège en envoyant tous leurs droïdes dans la bataille laissant le palais sans grande défense ce qui permit à la Reine Amidala de remporter son objectif. Les chasseurs N-1 envoyés pour détruire le vaisseau amiral droïde qui contrôlait les unités de la Fédération du Commerce réussirent leur mission offrant la victoire aux Gungans. C’est ainsi que Nute Gunray et Rune
Haako furent conduits devant la justice sous l’impulsion du Sénateur Palpatine récemment promu Chancelier Suprême. Le Sénat vota la démilitarisation de la Fédération même si Dark Sidious, alias le Chancelier Suprême, lui laissa secrètement quelques forces.