Gunray resta alors à sa place de vice-roi jusqu’au jour où la direction fut prise pour cible sur la planète Eriadu par le front Nebula. Tous les membres furent assassinés et seuls Nute Gunray et son fidèle Rune Hakoo survivrent à l’attaque. Le Neimoidien prit alors la tête de la Fédération du commerce. Une année avant les événements de Naboo, le sénat avait voté la taxation des routes commerciales, ce qui avait eu le don d’énerver la Fédération du commerce. Cette dernière, épaulée et conseillée par Darth Sidious se dota d’une redoutable armée droide pour faire régner leurs droits sur les planètes où ils étaient implantés et pour éloigner leurs concurrents. Sous l’impulsion du seigneur Sidious, Gunray entama alors le blocus de Naboo. L’intervention de deux Jedi : Qui gon Jinn et son Padawan Obi-Wan Kenobi précipita alors son action. Il envoya directement toute son armée sur la planète pour l’asservir. Les droides traversent la planète sans aucune résistance et entrèrent dans la capitale: Theed. La reine Amidala fut capturée et Gunray exiga qu’elle signe un traité qui légitimerait leur action et qui rendrait le blocus légal. Devant un refus catégorique, la reine fut emmenée dans un camp et, pendant le transfert, les deux chevaliers Jedi intervinrent pour la libérer. En fin de compte la reine réussit à fuir Naboo pour se rendre sur Coruscant. Gunray continua malgré tout son plan de conquête en réduisant les poches de résistance primitives dans les marais : les Gungans. Mais, peu après, la reine revint sur la planète, fonda une alliance avec les Gungans et lors d’une époustouflante bataille, réussit à capturer le vice-roi ainsi que son conseiller Rune Hakoo. Le blocus de Naboo est fini et la fédération devra répondre de ses crimes devant la justice. Malgré quatre procès devant la cour suprême, la puissance de Gunray est telle qu’il ne peut pas être démis de ses fonctions au sein de la Fédération.

Durant une période de dix ans, l’on n’entend plus parler en mal du vice-roi. Mais en secret, il vient de se liguer à nouveau avec les Sith et la Confédération des Systèmes Indépendants. Ce groupe qui souhaite de profonds changements au sein de la République, est orchestré par un ancien Jedi : le Comte Dooku. Gunray accepte dès lors de mettre à disposition son armée de droides à la condition que les Sith éliminent sa vielle ennemie, l’ancienne reine de Naboo: Padme Amidala. C’est cet élément qui fera perdre l’effet de surprise à la CSI. En effet, les tentatives de meurtre ayant avortées, le Jedi Obi-Wan Kenobi mène l’enquête et découvre une armée de clones formée sur la base génétique d’un chasseur de primes du nom de Jango Fett. Le Maître Jedi suit alors Fett jusqu’aux fonderies de droides de Géonosis et découvre ce que les leaders séparatistes projettent de faire. De plus il est enfin clair que Gunray est l’instigateur des tentatives d’assassinat visant la sénatrice de Naboo. Obi-Wan, son padawan Anakin et la sénatrice Amidala sont après moult retournements de situation capturés et jugés pour finalement être donnés en pâture à des animaux sauvages dans l’arène de Geonosis. Les Jedi et la République n’ayant pas le choix, ils prennent les armes et le contrôle de l’armée de clones sur Kamino pour sauver les trois prisonniers. Il s’ensuit une bataille repoussant les limites du possible avec des flots de droides combattant l’armée clone de la République sur terre et dans les airs. Gunray ainsi que les autres leaders réussissent à fuire Géonosis, mais la guerre des clones est maintenant entamée.

Lors d’une guerre, la force financière et politique est essentielle. Gunray a ce pouvoir et s’en sert donc pour mettre dans sa poche le sénateur de Rodia : Onaconda Farr. Il assure ainsi protection et ravitaillement en vivres à sa planète qui est laissée depuis trop longtemps de côté par la République. Mais l’aide de Gunray a un prix et celui-ci est la capture de la sénatrice Amidala qu’il hait plus que n’importe qui. Onaconda Farr se servira de son ancienne amitié avec la sénatrice de Naboo afin de la capturer lors de négociations de paix, sur Rodia même. Là, Gunray arrivera donc sur la planète afin de récupérer sa prise pour son exécution. Pris de remords, le sénateur Onaconda Farr retourne alors sa veste en mettant en joue le vice-roi. C-3PO et Jar Jar Binks qui étaient là également, ont eu le temps de prévenir les républicains, qui débarquent en force avec la compagnie verte menée par le commandant Gree.

Nute Gunray, l’un des leaders Séparatistes les plus importants, est alors capturé. Sa capture inquiète en plus haut point. Il ne peut pas supporter les techniques d’interrogatoire Jedi. Il doit être récupéré ou éliminé. Asajj Ventress ira donc à sa rescousse en infiltrant un croiseur républicain. Elle sabote l’intérieur du vaisseau, et pendant qu’elle livre un duel contre Luminara Unduli et Ahsoka Tano, son agent double passe à l’action. Le capitaine Argyus, membre des commandos de la garde sénatoriale tue ses anciens coéquipiers et libère le vice-roi. Argyus mène un combat au corps à corps qui prend fin quand Gunray assomme le clone. Le vice-roi peut ainsi fuir des griffes républicaines sous l’escorte d’Argyus bientôt rejoint d’Asajj Ventress.

La guerre fait rage désormais, et peu à peu les forces de la CSI sont repoussées et mises en défaite. Malgré les difficultés, Gunray continue de croire en son combat et à fournir des vaisseaux de guerre et des droides de combat à la Confédération. A la mort du Comte Dooku, les leaders passent sous la protection du général Grievous qui, d’après les instructions du seigneur Sidious, les envoie en sécurité dans le système de Mustafar. Le piège se referme, Grievous est tué par le général Kenobi, La CSI a perdu et Gunray, simple pion, n’est plus nécessaire au seigneur des Sith qui se révèle être le chancelier suprême Palpatine. Gunray meurt assassiné par le nouvel apprenti Sith : Darth Vader, trahi par Sidious, il ne comprendra qu’au dernier moment son erreur.

Parmi les Neimoidiens, Gunray est peut-être le plus connu de par son ascension fulgurante au sein de la Fédération du commerce jusqu’à son élimination radicale sur Mustafar par Darth Vader. Même si le Neimoidien travaille pour la Fédération, il reste avant tout un précieux pion pour le seigneur noir des Sith : Darth Sidious. Gunray, du moins au début, n’était qu’un petit bureaucrate. C’est durant les événements de la guerre de Stark que son destin a été forcé. La cupide Fédération du commerce, dans le but de toujours faire plus de profit, avait simulé une pénurie de Bacta rendant le médicament le plus couramment utilisé de la galaxie hors de prix. Le collectif de Stark voulant réagir à cette agression attaqua systématiquement tous les convois de la Fédération. La République dût prendre la défense de la Fédération, et durant des négociations sur Troiken, le collectif prit en otage Nute Gunray ainsi que plusieurs représentants de la République et Jedi dont Plo Koon. Pour éviter tout renfort, Stark avait implanté un virus interdisant l’utilisation de l’hyperespace. Grâce aux talentueux Jedi usant de la force, ils purent se réfugier dans les grottes alentours, et grâce à l’action du Jedi Qui Gon Jinn, Nute Gunray put fuir la planète pour retourner à Coruscant. Les forces républicaines étant restées sur Troiken, les Jedi durent aller à leur secours. Or la République ne pouvait pas se permettre d’envoyer de renforts et donc les Jedi durent demander l’aide de la Fédération. Grâce à l’investigation de Maître Tholme et de son Padawan Quinlan Vos, le conseil avait appris la supercherie de la Fédération sur la pénurie de Bacta. Maître Windu fit chanter Gunray qui finalement céda et envoya les renforts de la part de la fédération. Le reste des troupes républicaines furent sauvées et Gunray nommé vice-roi de la Fédération en passant pour un héros.

Gunray resta alors à sa place de vice-roi jusqu’au jour où la direction fut prise pour cible sur la planète Eriadu par le front Nebula. Tous les membres furent assassinés et seuls Nute Gunray et son fidèle Rune Hakoo survivrent à l’attaque. Le Neimoidien prit alors la tête de la Fédération du commerce. Une année avant les événements de Naboo, le sénat avait voté la taxation des routes commerciales, ce qui avait eu le don d’énerver la Fédération du commerce. Cette dernière, épaulée et conseillée par Darth Sidious se dota d’une redoutable armée droide pour faire régner leurs droits sur les planètes où ils étaient implantés et pour éloigner leurs concurrents. Sous l’impulsion du seigneur Sidious, Gunray entama alors le blocus de Naboo. L’intervention de deux Jedi : Qui gon Jinn et son Padawan Obi-Wan Kenobi précipita alors son action. Il envoya directement toute son armée sur la planète pour l’asservir. Les droides traversent la planète sans aucune résistance et entrèrent dans la capitale: Theed. La reine Amidala fut capturée et Gunray exiga qu’elle signe un traité qui légitimerait leur action et qui rendrait le blocus légal. Devant un refus catégorique, la reine fut emmenée dans un camp et, pendant le transfert, les deux chevaliers Jedi intervinrent pour la libérer. En fin de compte la reine réussit à fuir Naboo pour se rendre sur Coruscant. Gunray continua malgré tout son plan de conquête en réduisant les poches de résistance primitives dans les marais : les Gungans. Mais, peu après, la reine revint sur la planète, fonda une alliance avec les Gungans et lors d’une époustouflante bataille, réussit à capturer le vice-roi ainsi que son conseiller Rune Hakoo. Le blocus de Naboo est fini et la fédération devra répondre de ses crimes devant la justice. Malgré quatre procès devant la cour suprême, la puissance de Gunray est telle qu’il ne peut pas être démis de ses fonctions au sein de la Fédération.