Dirigé par le Seigneur Noir des Sith et Empereur Galactique Dark Krayt, l’Empire Sith de Dark Krayt était un régime politique tyrannique et obscur imposé par le Nouvel Ordre Sith en 130 ap B.Y. Né des cendres de l’Empire Galactique Fel, l’Empire Krayt était fondé sur les principes de l’Ordre Sith, et toutes les anciennes institutions créées sous le règne des Fel étaient réorganisées. Sous l’empereur Dark Krayt se trouvait le Conseil des Moffs, le corps gouvernant de l’empire qui prenait des décisions de grande importante concernant la politique menée par l’empire. Ce groupe de Moffs était placé à la tête de plusieurs institutions telles que l’Armée Impériale et les Renseignements Impériaux, mais était entièrement soumis à la volonté des Sith, ayant juré allégeance sous la contrainte.
Cherchant à imposer une façon de penser unique et conforme aux principes des Sith, l’Empire Krayt était prêt à tout pour écraser toute résistance, même à s’en remettre au génocide planétaire. Lorsque la force brute n’était plus suffisante, l’Empire Krayt se servait de la propagande de masse afin d’éteindre tout espoir de liberté ou de rébellion.

L’AG étant défaite, le Conseil des Moffs, alors sous l’influence, vota la destruction de l’Ordre Jedi, une chose que Roan Fel avait clairement défendu. Rassemblant une flotte Sith-Impériale, les Moffs confièrent l’opération aux Sith. Lorsque la flotte arriva en orbite au-dessus d’Ossus, des légions entières de Sith envahirent la zone de l’académie et massacrèrent tous les Jedi qu’elles rencontrèrent sur leur passage. À la fin, seul le maître Jedi Kol Skywalker fit face à des hordes de guerriers Sith et impériaux, mais dépassé en nombre, il fut massacré, marquant la fin du Massacre d’Ossus. Débarrassé des Jedi, Dark Krayt passa à la seconde étape de son plan. Il se rendit sur Coruscant, et fit irruption dans la salle du trône de l’empereur, accompagné de ses sbires. Sans perdre de temps, il massacra les quatre Chevaliers Impériaux qui protégeaient l’empereur, et tua celui qui semblait être Roan Fel. Mais Krayt n’était pas stupide, il savait que l’homme qu’il avait tué n’était pas Roan Fel, mais un double. Le vrai Roan Fel s’était échappé. Ni entièrement satisfait, ni entièrement mécontent, Dark Krayt s’installa sur le trône, s’autoproclamant nouvel Empereur de la galaxie. Et pour officialiser sa prise du pouvoir, il fit jurer allégeance au Conseil des Moffs qui l’avait aidé à s’élever.

Sept ans après la prise de pouvoir de Dark Krayt, la galaxie n’était pas encore entièrement soumise au joug des Sith. L’Empire Krayt était parvenu à imposer sa loi un peu partout dans la galaxie, mais l’empereur Roan Fel revint de son exil et récupéra la planète Bastion, le fief de l’Empire Galactique Fel, ainsi que les forces du général Oron Jaeger. Mais l’ancien empereur Fel n’était pas le seul problème de l’Empire Krayt. Après sept ans de résistance, les Vestiges de l’Alliance Galactique étaient toujours actifs sous le commandement de l’amiral Gar Stazi. Et ce dernier parvint à remporter une victoire difficile au-dessus de Mon Calamari. L’Empereur Krayt avait lancé la production d’un nouveau vaisseau de guerre plus puissant que les vaisseaux de l’ennemi : le Destroyer Stellaire classe-Impérieux. Lorsque le chantier fut achevé, l’amiral Dru Valan suggéra l’idée de tendre un piège à la flotte de l’amiral Gar Stazi. Le Conseil des Moffs approuva l’idée, et très vite le piège fut tendu. Mordant à l’hameçon, la flotte de l’amiral Gar Stazi se rendit au-dessus de Mon Calamari, et contre toute attente, il parvint à repartir à bord de l’Impérieux. Furieux, l’Empereur Krayt décida de faire un exemple en punissant la population de Mon Calamari. Après avoir fait massacrer la classe politique des Mon Cals, Krayt ordonna l’extermination de 10% de la population de Mon Calamari, s’arrangeant pour diffuser les images du massacre sur les réseaux Holonet. Ainsi, l’Empire Galactique de Dark Krayt espérait écraser tout sentiment de rébellion. Et bien qu’ayant terrorisé la galaxie entière, l’Empire ne parvint pas à empêcher l’alliance entre les Vestiges de l’Alliance Galactique et l’Empire Fel.

Quelque temps plus tard, l’Empereur Dark Krayt parvint à capturer son pire ennemi : Cade Skywalker. Après sa capture, Skywalker fut soumis aux traitements de Dark Maladi. Krayt espérait s’en faire un allié, et désirait surtout qu’elle le guérisse de son mal. Skywalker sembla céder au pouvoir du Côté Obscur, mais en fait, il feignait sa conversion. Lorsque Krayt en eut assez, il soumit Skywalker à sa dernière épreuve, mais Skywalker refusa et battit ses sbires. Krayt était sur le point de le tuer, lorsqu’il fut touché dans le dos par un tir en provenance de l’extérieur. Ce tir venait de l’agent Morrigan Corde, et lorsque Skywalker vit le Mynock par-delà la verrière, il bondit dans le vide et atterrit sur le vaisseau. Plus que furieux, Krayt ordonna qu’on mette en place tous les moyens possibles pour retrouver Cade Skywalker, et fit soigner ses serviteurs blessés par le Jedi.

Plus tard, Dark Krayt reçut un appel d’un certain Karness Muur, incarné dans le corps d’une ancienne Jedi nommée Celeste Morne. En premier lieu, Krayt refusa de rencontrer l’ancien Seigneur Sith, mais lorsque celui-ci lui montra Skywalker enchaîné à ses pieds, Krayt se ravisa et accepta de rejoindre Muur sur la planète Had Abbadon. Voyageant en compagnie de ses meilleurs éléments, Dark Wyyrlok, Dark Maladi, Dark Talon, et Dark Stryfe, Krayt se rendit au point de rendez-vous sur Had Abbadon, dans une base Sith-Impériale déserte. Lorsqu’il rencontra Muur, ce dernier lui fit une démonstration de ses pouvoirs de guérison en apaisant le mal qui le rongeait. Pendant le processus, Skywalker se libéra, refermant le piège tendu par Morne et lui-même. Une bataille féroce éclata entre les Sith et le groupe de Skywalker qui comprenait le Chevalier Jedi Shado Vao, les Chevaliers Impériaux Antares Draco, Ganner Krieg, et Azlyn Rae, le Chevalier Jedi de l’Ancienne République Celeste Morne, et le chasseur de primes Jariah Syn. À l’issue de la bataille, l’Empereur Krayt fut prit dans un tourbillon d’éclairs de Force créé par Muur, et sembla perdre la vie, après quoi son corps fut jeté par-dessus une falaise. Gisant au pied de la falaise rocheuse, Krayt fur rejoint par son plus fidèle lieutenant Dark Wyyrlok, qui fut surprit de trouver Krayt encore en vie. L’Empereur demanda à Wyyrlok de l’emmener dans une cuve de bacta, car il savait maintenant comment guérir son mal lui-même, mais Wyyrlok fit ce que tout bon Seigneur Sith ferait : il déchaîna ses éclairs de Force et tua l’Empereur et Seigneur Noir des Sith Dark Krayt. L’Empire Galactique et le Nouvel Ordre Sith étaient désormais privés de leur leader, mais Wyyrlok s’assura que personne ne le sache en prétendant que Dark Krayt s’était replongé dans sa chambre de stase sur Korriban. Comme le prévoyait la loi Sith, Dark Wyyrlok entama une régence et s’installa sur Coruscant afin d’administrer l’Empire Galactique et le Nouvel Ordre Sith. Cependant, sa régence soulevait des questions parmi le Conseil des Moffs, et pour apaiser les esprits de ses Moffs, Dark Wyyrlok confia les rênes de l’Empire Galactique au Grand Amiral Morlish Veed, tout en gardant le contrôle sur la situation. Le Grand Amiral Veed n’était qu’un pion sur son échiquier.

Désormais maître absolu de la galaxie, Dark Wyyrlok prit de nouvelles mesures. L’Empire Galactique devait désormais promouvoir l’enseignement des Sith et le code qui régissait son ordre. Les missionnaires impériaux agiraient en accord avec les valeurs Sith. Lorsque Wyyrlok annonça ces mesures, le Moff Konrad Rus exprima quelques réticences, mais Wyyrlok réitéra son ordre.

Plus tard, le Régent Morlish Veed apprit, grâce aux Renseignements Impériaux, que l’ancien Empereur Roan Fel et l’Ordre Jedi s’apprêtaient à se rencontrer sur Agamar, un monde agricole de la Bordure Extérieure. Sans perdre de temps, le Régent prévint Dark Wyyrlok et reçut l’autorisation de dépêcher une flotte Sith-Impériale sur place. Une fois arrivés à destination, les Sith attaquèrent les délégations impériales et Jedi, et une bataille féroce s’ensuivit. Grâce à un avertissement du Moff Nyna Calixte, l’empereur Roan Fel parvint à s’échapper à bord d’une navette en compagnie de ses Chevaliers Impériaux et de quelques Jedi. Cependant, les Sith n’avaient pas tout perdu. En effet, à l’issue de la bataille, ils parvinrent à capturer la princesse et Chevalier Impérial Marasiah Fel et à la ramener sur Korriban.

Tandis que l’alliance entre l’AG, les Vestiges de l’Empire et l’Ordre Jedi progressait, Dark Wyyrlok, toujours remplaçant – et assassin - de l’Empereur Dark Krayt, prit une mesure extrême. Réclamant les services du scientifique Sith Vul Isen, Wyyrlok autorisa l’utilisation d’un poison extrêmement puissant pour écraser toute population gênante. La première victime de cette mesure fut Dac. Le poison sema la mort à la surface de la planète. La planète Da Soocha subit le même sort.   

Toutefois, la menace pour Wyyrlock ne venait pas de ses adversaires, mais de l'intérieur des rangs Sith. Contrairement à ce qu’il pensait, Dark Krayt n’était pas mort, et était même parvenu à quitter le champ de stase qui l’emprisonnait sur Korriban. Inquiet, d’autant que Dark Talon avait disparu en même temps, Wyyrlock envoya Dark Nihl enquêter sur Korriban. Là-bas, le Sith retrouva Krayt dans les profondeurs de la planète et lui prêta à nouveau allégeance. Prévoyant, Dark Krayt avait en effet dissimulé les moyens d’accroître sa puissance dans un cas comme celui-ci. Des légions de Soldats-Sith sensibles à la Force et fanatiquement dévoués au Seigneur Sith, ainsi que des centaines de nouveaux vaisseaux de combats et chasseurs, attendaient de passer à l’action. Perdant contact avec chaque vaisseau qu’il envoyait enquêter, Dark Wyyrlock sentit approcher son adversaire. Accompagné de Dark Talon, Dark Nihl et de Soldats-Sith, Dark Krayt se rendit au temple Sith de Coruscant, où il triompha du traître en duel et le tua.

Sans tarder, Dark Krayt reprit la situation en main avec une poigne de fer. Il convoqua Morlish Veed et lui retira le titre de régent que l’homme avait porté durant son absence, afin de permettre à Wyyrlock d’exercer le pouvoir en coulisse. Le Seigneur Sith écarta ensuite les Moffs du pouvoir, et envoya certains d’entre eux en mission avec sa flotte pour anéantir les survivants Jedi cachés dans leur temple secret sur Taivas. Lors de la bataille, une partie de la flotte fit défection pour rejoindre les rangs de Roan Fel sous l’impulsion du Moff Rulf Yage et de sa fille Gunn. Dans le même temps le Moff Geist, qui commandait les troupes au sol, trouva la mort lorsque les renforts Sith, Soldats Sith et chasseurs Annihilateurs entrèrent dans le combat en détruisant tout sur leur passage. Les Jedi parvinrent à fuir vers Bastion en dépit des pertes subies par leurs alliés des Vestiges de l’Alliance et de Bastion, mais la balance semblait pencher en faveur des Sith. Conscient que ses adversaires allaient sûrement tenter une dernière manœuvre désespérée pour remporter la victoire, Dark Krayt activa son dernier piège. Sur son ordre, quelque temps plus tôt, Dark Maladi s’était laissée capturer par un navire appartenant à Roan Fel, et lui avait proposé une puissante toxine qui lui permettrait de vaincre les Sith. Comme l’arme chimique éliminerait toute vie sur la planète concernée, Fel refusa, mais changea d’avis après la bataille de Taivas. Il convainquit ses alliés de lancer une dernière offensive sur Coruscant, comptant y lâcher la toxine de Maladi. Conduit par Cade Skywalker, un petit groupe s’infiltra sur la planète pour saboter les défenses planétaires et affronter Dark Krayt. Un groupe de Sith dirigé par Dark Talon et Dark Stryfe retarda le commando devant les portes du temple Sith, mais Cade força le passage pour aller affronter le Seigneur Sith. La puissance de Dark Krayt lui donna l’avantage, et il fut un moment sur le point de remporter la victoire, avant que Cade ne le tue d’un coup de sabre désespéré. Avec la mort de Dark Krayt, son empire se disloqua, mais ne disparut pas pour autant. Obéissant aux dernières consignes données par son maître, Dark Nihl ordonna aux Sith survivants et aux vaisseaux intacts de se dissimuler, pour attendre dans l’ombre l’heure de frapper à nouveau.