Dans un camp de prisonniers, sur Selvaris, où sont retenus
Pash Cracken, Judder Page et des centaines d'autres officiers prisonniers, un
Ryn apporte un message holographique crypté, destiné au commandement de l'Alliance. Trois
Bith et un Jenet mémorisent l'équation, puis s'échappent par un tunnel secret et prennent la fuite avec des
Yuuzhan Vong à leurs trousses. Yan et Leia sont en mission avec le
Faucon Millenium pour récupérer les fugitifs. Après une course poursuite, le
Faucon récupère le Jenet et le message.
Malik Carr, qui commande le camp de prisonniers de Selvaris, est furieux : les captifs seront punis pour cette tentative d’évasion ratée. Le message décrypté révèle que les Yuuzhan Vong préparent un gigantesque sacrifice de prisonniers de l'Alliance.
Sur Yuuzhan’tar, Shimrra s'adresse à l'élite des Yuuzhan Vong, qui met de plus en plus en cause la guerre et les décisions prises par le Seigneur Suprême. Il leur présente de nouveaux guerriers Yuuzhan Vong, les massacreurs, qui résistent aux sabres laser des Jedi.
Nom Anor est maintenant préfet de Yuuzhan’tar. Le Seigneur Suprême prépare le coup fatal contre l’Alliance et ordonne à ses chefs militaires de préparer l’attaque de
Mon Calamari.
Malik Carr transfert les prisonniers hors de Selvaris, mais son convoi est attaqué par des chasseurs de l'Alliance. Yan et Leia, qui font aussi partie de l'attaque, se portent au secours des prisonniers. Des renforts Yuuzhan Vong arrivent, incluant les massacreurs et coraux skippers améliorés. Le
Faucon est endommagé par l'un d'entre eux et fuit dans l'hyperespace, poursuivi par les Yuuzhan Vong. Le sacrifice des prisonniers de l’Alliance est finalement interrompu par les Honteux hérétiques et les officiers sont sauvés.
Les premières planètes victimes de sa volonté sont Toong’l et Caluula et sa station spatiale où les Solo ont trouvé refuge. La flotte d’assaut Yuuzhan Vong visant à prendre la station est repoussée à l’aide de
Boba Fett et de ses supercommandos Mandaloriens qui se battent maintenant contre l’envahisseur. Le
Faucon Millenium parvient à s’échapper de la station. Arrivés sur Mon Calamari, Yan et Leia constate que la flotte est en état d’alerte : l’offensive finale Yuuzhan Vong est imminente et les chefs militaires de l’Alliance optent pour une stratégie audacieuse. Tandis que la moitié de la flotte défendra Mon Calamari, l’autre moitié tentera de reprendre
Coruscant. Les époux Solo retournent sur Caluula avec une force d’intervention afin d’y détruire le
Yammosk.
Sur
Zonama Sekot, Jacen parle avec Sekot des théories de
Vergere concernant la Force et convainc enfin Sekot de revenir dans l’espace connu.
Sur Callula, Yan et son équipe atteignent le Yammosk. En chemin ils constatent que de nombreuses créatures locales, et aussi Yuuzhan Vong, semblent en train de mourir. Une fois au complexe du Yammosk, ils sont attaqués par les massacreurs Vong. Ils sont très puissants et aucun ne peut être tué. Yan est touché par un bâton amphi et toute l'équipe est capturée. Yan est condamné car le poison du bâton amphi est mortel. Un Modeleur dit aux massacreurs qu'ils ont commencé à rejeter leurs implants à cause d'un organisme inconnu présent sur Caluula. La gelée qui retient les captifs commence elle aussi à se détériorer. Malik Carr condamne Yan à être achevé par le Yammosk, mais le coordinateur de guerre et le Commandant Suprême meurent sans explication. L'équipe est finalement secourue par Lando, Booster et Karrde.
Kyp Durron découvre que le virus
Alpha Rouge a été utilisé sur Caluula : le virus a tué les Yuuzhan Vong mais aussi les espèces locales. Les modeleurs de Caluula se sont échappés vers Coruscant et doivent être impérativement stoppés avant d’atteindre l’atmosphère.
Zonama Sekot apparaît soudainement en orbite de Coruscant. Yan, Leia et les Jedi arrivent sur Zonama Sekot. Sekot va leur fabriquer des vaisseaux vivants. Les graines des vaisseaux choisissent leur Jedi, mais aucune ne veut de
Jaina Solo. Sur Coruscant, les humiliés sont surexcités, car pour eux, la Prophétie est en train de se réaliser. Shimrra est rendu fou par l'arrivée de Zonama Sekot, dit à Nom Anor que les dieux se sont alliés aux Jedi, et qu’il faut les retourner les uns contre les autres.
Yun-Harla doit être vénérée pour rendre les autres Dieux jaloux. Shimrra s'adresse une nouvelle fois à l'élite des Yuuzhan Vong et leur ment en leur disant que le Huitième Cortex lui a révélé le moyen de supprimer la menace de Zonama Sekot. En réalité, les massacreurs et les modeleurs infectés par le virus Alpha Rouge, sont enfin arrivés dans le système de Coruscant et vont être utilisés pour empoisonner Zonama Sekot. Pendant ce temps là, les vaisseaux vivants sont enfin prêts. Luke part au combat avec Jacen et Jaina.
Le commandement de l'Alliance réalise que le chaos du à l'arrivée de Zonama Sekot est le moment propice pour lancer l'attaque contre Coruscant. Sur le chemin de Coruscant, la flotte de
Wedge Antilles libère
Corulag. Puis elle atteint Muscave, près de Coruscant, où elle doit faire face à la flotte des Yuuzhan Vong.
Shimrra apprend que les coraux skippers qui ont engagé le combat contre Zonama Sekot ont rencontré la résistance de vaisseaux vivants équipés de basal dovin et de lanceurs de plasma.
Shimrra blâme les humiliés et ordonne l'exécution de tous les hérétiques. Ceux-ci savent que leur fin est arrivée et se dressent pour combattre. Dans ce chaos, Nom Anor, de nouveau sous les traits du prophète, les encourage à se révolter. Luke, Jacen et Jaina partent au palais pour y affronter Shimrra.
Dans l'espace, Kyp à bord de son vaisseau vivant engage le combat, mais les vaisseaux de Zonama Sekot et ceux des Yuuzhan Vong refusent de combattre. Heureusement la flotte happienne arrive pour protéger Zonama Sekot. Mara, Tahiri et Kenth se séparent de Luke et des jumeaux pour aller aider les humiliés. Dans la bataille, Tahiri reconnaît Nom Anor et lui arrache son masque avec la Force. Nom Anor prend la fuite. Jacen, Jaina et Luke sont stoppés par deux gigantesques créatures Vong. Jacen contacte le Cerveau-monde pour qu'il lui donne le contrôle des créatures. Jacen réussit et utilise les créatures Vong pour forcer une entrée dans le palais. Une fois entrés, Luke, Jaina et Jacen engagent le combat contre une foule de guerriers Yuuzhan Vong. Dans l'espace,
Nas Choka détourne les vaisseaux Yuuzhan Vong pour détruire la flotte Hapienne. Mais soudain les vaisseaux de Zonama Sekot rompent le combat et battent en retraite, retournant à leur base... l'infection de Zonama Sekot a commencé. Sur Coruscant, Mara poursuit Nom Anor. Elle allume son sabre laser. Il essaie de la frapper mais elle évite ses coups et le met à sa merci. Pendant ce temps, les Jedi et les hérétiques ont atteint le palais de Shimrra. Luke et les jumeaux pénètrent dans la salle du trône. Un basal dovin force Luke à se mettre à genoux, mais Jacen utilise son sens Vong pour désactiver les pouvoirs du basal dovin. Ils doivent ensuite engager le combat contre quinze guerriers massacreurs. Pendant le combat, le palais se met à trembler. Jaina prend en chasse Onimi qui veut s'échapper. Étrangement, elle le sent dans la Force. Jacen et Luke viennent à bout des massacreurs. Luke s'abandonne à la Force comme jamais. Shimrra attaque Luke. Celui-ci est en mauvaise posture. Il réussit finalement à décapiter Shimrra mais il est gravement blessé par un bâton amphi. Il ordonne à Jacen d'aller aider Jaina. Mais Jacen est plongé dans ses pensées car il réalise qu'il est en train de vivre sa vision de Duro. Nom Anor, Leia et Mara arrivent au palais et trouvent Luke en train de se soigner. Sur Zonama Sekot,
Danni Quee essaie de combattre l'empoisonnement de la planète. Dans le palais, Jaina est à la merci d’Onimi. Celui ci lui révèle qu'il a reçu une greffe de cellules de Yammosk dans ses tissus nerveux, ce qui lui donne le pouvoir de manipuler les autres, mais que c’est également ça qui lui a causé ses difformités physiques. Quand il a découvert cette galaxie, il a fait de Shimrra sa marionnette. Maintenant il veut détruire Zonama Sekot et toute la Galaxie. Jacen arrive et fait face à Onimi. Il comprend que c'est lui qui contrôle les massacreurs. Il comprend qu’Onimi a été un Modeleur et que ses expérimentations lui ont permis de revenir dans la Force. Jacen peut voir Onimi dans la Force et peut maintenant sentir Zonama Sekot avec son sens Vong. Le combat est rude, mais Jacen entend un encouragement venu tout droit d'outre tombe : « Tiens bon » lui dit la voix d'Anakin. Le combat est acharné mais Jacen est le plus fort car il s'abandonne complètement à la Force. Il comprend que les Vong vivaient en symbiose avec leur monde natal et quand ils ont été coupés du lien qui les reliait à leur monde, ils se sont coupés eux-mêmes de la Force. Sa maîtrise de la Force et son sens Vong convergent et Jacen sait qu'il vit un moment qui ne se répétera jamais. Jacen vient finalement à bout d'Onimi mais le combat l'a vieilli de cinq ans... Il est temps de quitter le vaisseau dans lequel s'est déroulé le combat. Nom Anor essaie de trahir une dernière fois les Jedi mais y laisse sa vie.
Les vaisseaux Yuuzhan Vong sont en train de se désintégrer. Nas Choka comprend que tout est fini. Sur Zonama Sekot, une étrange créature apparaît et abat tous les vaisseaux Yuuzhan Vong, qui sont ensuite absorbés dans le sol. Coruscant est tombée, Jacen aide Luke à reprendre des forces sur Zonama Sekot. Sekot leur révèle que Zonama est une graine de
Yuuzhan'tar, le monde natal des Yuuzhan Vong et que les Yuuzhan Vong font partie d'elle. Le monde natal des Yuuzhan Vong a eu le temps d'envoyer une graine dans cette galaxie avant d'être détruit. Quand les éclaireurs Yuuzhan Vong sont arrivés dans la galaxie, ils ont été naturellement attirés vers Zonama Sekot qui se trouvait alors dans les régions inconnues.
Luke commence maintenant à percevoir les Yuuzhan Vong dans la Force. Nas Choka a envoyé toutes les armes Yuuzhan Vong dans le soleil de Coruscant. Les Yuuzhan Vong sont maintenant rassemblés sur Zonama Sekot et travaillent à réparer les dégâts causés lors de leur incursion cinquante ans plus tôt. La Force pousse les Vong à retourner en symbiose avec Zonama Sekot. Luke dit aux Jedi que le temps de l'Académie de Yavin 4 est révolu. Les Jedi doivent explorer le vrai pouvoir de la Force. Il n'est plus question de Côté Clair ou Obscur. Les Jedi doivent seulement se laisser guider par elle. Dorénavant, ils ne seront plus les gardiens de la Galaxie. Durant une discussion entre Lando et Karrde, on apprend que Boba Fett et ses amis Mandaloriens ont libéré plusieurs mondes. Tahiri et
Tekli restent sur Zonama Sekot et Jacen est toujours à la recherche de réponses. Jag veut que Jaina l'accompagne sur
Csilla, la capitale des Chiis, mais Jaina refuse. Les héros se retrouvent sur
Kashyyyk pour honorer
Chewbacca et le sabre laser d'Anakin est placé sur la statue de celui-ci.