Dès sa sortie de l'hyperespace, Saba Sebatyne aperçoit sa planète natale, Barab I, en flamme suite à une attaque des Yuuzhan Vong. Tout a été détruit et il n'y a aucun signe de vie sur la planète. Un énorme vaisseau Yuuzhan Vong sphérique muni de tentacules sur sa partie inférieure s'éloigne de la planète escorté de quelques skips. Après avoir éliminé l'escorte, Saba s'acharne avec haine et frustration sur le vaisseau principal. Elle endommage la surface du vaisseau, qui laisse échapper son contenu dans le vide de l'espace : les habitants de sa planète capturés pour l'esclavage. A cause de sa colère, Saba vient de condamner à mort les derniers survivants de son espèce.
Sur Mon Calamari, la capitale temporaire de l'Alliance Galactique, anciennement connue comme la Nouvelle République, la majorité du Sénat vote pour une action immédiate contre les Yuuzhan Vong déstabilisés suite à leur défaite à Ebaq 9. Le Sénat reconnaît également l'importance des Jedi dans la guerre contre les Yuuzhan Vong. Suite à cette décision, une rencontre du Haut Conseil est organisée afin de discuter des actions à prendre pour poursuivre la guerre. Les membres décident de créer une équipe qui sera en charge de rétablir la communication avec les planètes et systèmes qui n'ont pas répondu à l'appel de l'Alliance depuis longtemps et de rallier tous ces peuples à la lutte contre les Yuuzhan Vong. Une seconde équipe menée par Luke et Mara s'occupera de retrouver Zonama Sekot dans les Régions Inconnues et de rallier l'Empire et les Chiss de leur côté. Maintenant que l'Alliance est capable de faire face adéquatement aux Yuuzhan Vong, peut-être que l'Empire voudra se joindre à eux. Dans le cas des Chiss, qui travaillent toujours sur le virus Alpha Rouge, les Skywalker essayeront de les convaincre d'une solution plus pacifique au problème Yuuzhan Vong et par la même occasion d’obtenir quelques informations sur Zonama Sekot. Ces missions doivent être réalisées sans qu'une attaque massive contre les Yuuzhan Vong ne soit déclarée pendant leur absence car une défaite pourrait entraîner la fin du dernier espoir de l'Alliance Galactique.
Sur Yuuzan'tar, un nouveau Maître de Guerre est nommé, Nas Choka. Nom Anor en exil erre maintenant dans les quartiers souterrains de la planète. Anor n'a pas l'intention de dévoiler son identité pour l'instant malgré la soif et la faim qui risquent de le mener à sa perte. Sous le couvert de son Grimage Ooglith Nom Anor rencontre finalement un Honteux et lui ordonne de le conduire vers son groupe. Arrivé au repère des Honteux, Nom Anor y rencontre Niiriit Esh, une ancienne guerrière qui est à la tête de ce clan. Elle lui explique qu'ils ont réussi à se bâtir une communauté indépendante du cerveau-monde et capable de subvenir elle-même à ses besoins en nourriture et en protection. Nom Anor travaille ardemment avec les Honteux, utilisant ses connaissances des codes de sécurité afin de trouver du matériel utile au développement et à la survie du groupe. Peu à peu Nom Anor gagne leur confiance et commence à se nourrir des récits des Honteux sur les exploits des Jeedai et la rédemption que Yun-Shuno leur a promise.
L'équipe de Luke, à bord de l’Ombre de Jade, arrive en zone Impériale alors que Bastion se fait violemment bombarder par les Yuuzhan Vong. Fuyant le plus possible le combat, ils vont à la rencontre du destroyer stellaire Chimaera afin d'aider le Grand Amiral Pellaeon à se sortir de cette impasse. Les Jedi lui donnent quelques tactiques apprises au cours des dernières années de combats contre les Yuuzhan Vong et décident de ne pas s'impliquer dans cet affrontement car la mission de retrouver Zonama Sekot est trop importante. Pellaeon leur donne rendez-vous dans le système voisin, Yaga Mineur, où ces derniers seront accueillis par la Capitaine Yage. L’Empire paye maintenant le prix de sa neutralité, tout comme les Hutts l’ont payé, car les Yuuzhan Vong ont estimé qu’une force militaire aussi importante sur leur flanc ne pouvait plus être ignorée. La flotte Impériale surprise par l’attaque finit par abandonner Bastion à l’envahisseur en encaissant des pertes civiles et militaires colossales parmi lesquelles celle du Grand Amiral Gilad Pellaeon, plongé dans le coma et rescapé in extremis de la débâcle.
Les nouvelles de l’état de santé de Pellaeon réveille ses opposants les plus farouches au Conseil des Moffs, parmi lesquels Kurlen Flennic qui tente de prendre le contrôle de l’Empire. Jacen Solo parvient à créer une diversion diplomatique suffisante pour que le Grand Amiral puisse être soigné par Tekli et reprendre les rennes des Vestiges.
Flennic s’avouant vaincu, la flotte Impériale se regroupe près de Borosk pour anéantir la flotte Yuuzhan Vong de B’shith Vorrik. La bataille sur Borosk fait rage et les Yuuzhan Vong ont le dessus. Avec les informations données par l'Alliance Galactique, les espions Yuuzhan Vong sont éliminés et l'Empire termine la mise au point du brouilleur de Yammosk qui élimine la coordination des chasseurs Yuuzhan Vong. Ce système installé dans un des vaisseaux Impériaux fonctionne à merveille et change la donne de la bataille. Alors que les Yuuzhan Vong battent en retraite vers Yaga Mineur en espérant frapper les chantiers navals Impériaux, il devient clair que la conquête de l’espace Impérial ne sera pas si aisée. Les Vestiges de l’Empire deviennent officiellement membres de l’Alliance Galactique et l’Amiral Pellaeon se prépare à un assaut de grande envergure pour porter la guerre au sein même du territoire Yuuzhan Vong, pensant que les Impériaux ont commis une erreur en restant éloignés de la guerre. En gage de bienveillance, Gilad Pellaeon fournit une escorte militaire à l’expédition des Skywalker qui doit explorer l’espace Chiss, matérialisée par la frégate Faiseur de Veuves.
De leur côté, l’expédition des époux Solo se dirige vers l’Amas de Koornacht avec un soutien militaire assuré par la frégate Fierté de Sélonia et l’escadron Soleils Jumeaux de leur fille Jaina Solo. Malgré les réticences de Yan Solo, Cal Omas souhaite rétablir le contact avec les Yevethas. Le Faucon atteint l’orbite de Galantos, planète natale des Fia où ils sont chaleureusement accueillis par les dirigeants de la planète. L’escadron Soleil Jumeaux part alors en reconnaissance près de N’Zoth et découvre que les Yevethas ont été exterminés jusqu’au dernier par les Yuuzhan Vong. A leur retour sur Galantos, les pilotes de Jaina se voient projetés dans une bataille entre le Fierté de Sélonia et une flottille Yuuzhan Vong comprenant des vaisseaux esclave. Sur la planète, les Solo tentent de s’échapper des mains des Fias. Ces derniers ont conclu un accord avec les Yuuzhan Vong : des informations sur les Yevethas et des esclaves contre l’indépendance de leur système. La frégate de l’Alliance parvient à détruire les vaisseaux-esclave et l’expédition laisse à Galantos un choix unilatéral : subir la riposte des Yuuzhan Vong pour la destruction de leurs vaisseaux-esclave ou se joindre à l’Alliance.
Après l’attaque de son groupe de Honteux par des guerriers chasseurs d’hérétiques, Nom Anor s’enfonce encore un peu plus loin dans les niveaux inférieurs de Coruscant. Il y établit sa nouvelle stratégie afin de découvrir la source du message qui a crée le mouvement de l'hérésie. Une fois cette source trouvée, il pourra utiliser sa version modifiée de l'histoire pour augmenter la popularité des Jeedai dans les mouvements populaires des tréfonds de Yuuzhan’tar avant de reprendre le pouvoir en s’appuyant sur leur force le moment venu. Mai son nom est trop connu, même parmi les basses castes, pour qu’il puisse agir à couvert sereinement. Nom Anor prend alors le nom de Yu’Shaa, le Prophète.