Leia Organa est en route pour les
Vestiges Impériaux afin de conclure une alliance militaire durable avec ses anciens ennemis. C’est le moment que choisit Jacen, de retour de l’espace
Yuuzhan Vong, pour révéler à nouveau sa présence dans la Force. Leia le sent immédiatement et sent un nouvel espoir émerger en elle, au plus grand scepticisme de Yan, qui ne demande qu’à avoir la preuve que son fils est en vie. Le Grand Amiral Gilad
Pellaeon refuse de considérer une alliance avec la
Nouvelle République car il pense – à juste titre selon Leia - que le Conseil des Moffs ne souhaitera jamais s’allier avec un gouvernement aussi faible.
Sur
Mon Calamari, où le reste du Sénat a trouvé refuge depuis la chute de
Coruscant, la campagne électorale pour la nomination du nouveau Chef d’Etat bat son plein.
Luke Skywalker rencontre un à un les candidats afin de définir quel serait le meilleur rôle des Jedi. L’avis de Fyor Rodan – un adversaire farouche de l’Ordre – l’éclaire sur la position d’une certaine partie de la population de la Galaxie : les Jedi ne sont ni des soldats, ni des membres du gouvernement, encore moins des membres du département de la justice. Aux yeux du natif de
Commenor, l’Ordre Jedi ne peut être considéré que comme un groupe paramilitaire ingérable qui, de surcroît, est capable d’accoucher de tyrans comme
Dark Vador. Luke décide de soutenir la campagne de
Cal Omas mais les paroles de Fyor Rodan le forcent à réfléchir sur la condition de l’Ordre. Le plan politique de Cal Omas comprend la subordination de l’Ordre Jedi au gouvernement par le biais de la reformation du
Conseil Jedi. Il convainc également Luke que les Jedi le souhaitant devraient pouvoir rejoindre les rangs des militaires comme membres à part entière des Forces de Défense, une idée largement influencée par Kre’fey qui réclame le plus de Jedi possible au sein de sa flotte. Militairement, Cal Omas pense rappeler l’Amiral Ackbar en tant que conseiller stratégique de la flotte tout en laissant le Commandement Suprême à
Sien Sovv, pourtant impopulaire depuis la chute de Coruscant.
Pendant ce temps, les restes de la flotte républicaine de Kre’fey détruisent la dernière flotte stratégique Yuuzhan Vong à Obroa-Skai. Le commandant suprême
Komm Kharsh est tué lors de l’opération qui devait originellement frapper le Seigneur Suprême Shimrra lui-même, sensé être en transit avec cette flotte. Beaucoup de Jedi participent à l’opération, parmi lesquels ceux qui ont suivi Kyp depuis le début de la guerre ou les survivants de la mission de
Myrkr. La flotte de Kre’fey se retire finalement à
Kashyyyk, sa base de lancement depuis Coruscant et Jaina apprend la nouvelle du retour de Jacen.
L’arrivée du Seigneur Suprême Shimrra sur Yuuzhan’tar est grandiose : son immense palais volant se pose en face de rangées de milliers de YuuzhanVong de toutes castes. Le Haut-Conseil est convoqué afin que le Seigneur Suprême donne les directives nécessaires à la conduite de son Empire. Personne n’est épargné : le Maître de Guerre pour ses échecs et les pertes de guerriers qu’il a accumulé à Coruscant et
Borleias, le Haut Maître modeleur pour son ingérence vis-à-vis du cerveau-monde perverti à leur insu par Jacen, ainsi que le Très Haut-Prêtre pour ne pas savoir comment enrayer la vague d’Hérétiques Jeedai qui se répand dans la caste des Honteux.
Nom Anor, curieux d’en savoir plus, s’infiltre parmi les Humiliés et intrigue de plus en plus pour son propre compte. Il remarque rapidement que les Honteux pourraient être une force militaire puissante pour un chef qui saurait la manier. En espionnant
Nen Yim et les agissements de Shimrra, Nom Anor découvre que le Huitième Cortex et les dieux n’existent pas et que Shimrra est une fraude. C’est avec cette certitude nouvelle que Nom Anor se voit intimer par Shimrra de mener les Yuuzhan Vong à une grande victoire, au même titre que le Maître de Guerre
Tsavong Lah, sous peine d’une mort douloureuse promise par leur Seigneur Suprême.
Cal Omas est élu à la présidence de la toute Nouvelle République. Le Haut-Conseil consultatif est formé : il comprendra six Maîtres Jedi et six membres du gouvernement et des Forces de Défense Républicaines. Le Consortium de Hapès est officiellement allié à la République et le retour de l’Amiral Ackbar est officialisé et accueilli en grandes pompes au sein de l’armée. Le nouveau conseiller stratégique de la flotte élabore un plan de bataille pour remporter une victoire majeure face aux Yuuzhan Vong. Néanmoins, le manque d’expérience de la Flotte doit être comblé avant toute opération. Sous l’impulsion de l’Amiral Kre’fey, les flottes de la République aguerrissent leurs soldats lors de raids ponctuels sur les positions ennemies. Les Jedi sont incorporés à l’armée et afin de remplacer les pertes de la première partie de la guerre dans les rangs de son Ordre, Luke Skywalker adoube les survivants de la mission de Myrkr au rang de Chevaliers Jedi.
Les trois mois nécessaires passés à préparer les troupes, le Haut-Conseil se réunit et l’amiral Ackbar propose de mettre son plan à exécution. Dif Scaur, directeur des Services de Renseignements de le Nouvelle République, coupe court au débat en annonçant que ses équipes et les
Chiss ont mis au point un virus capable d’anéantir l’espèce Yuuzhan Vong. Les Jedi ne souhaitant pas être associés à un génocide votent contre le projet
Alpha Rouge mais Cal Omas rappelle que le Conseil est seulement consultatif : vu la gravité de la situation, l’utilisation d’Alpha Rouge est adoptée malgré les risques de mutations mal connus à la génétique humaine.
Vergere ayant percé à jour les machinations de Dif Scaur sabote Alpha Rouge avec ses larmes et les premières tensions entre Cal Omas et Luke Skywalker se font sentir : aucune information concernant Alpha Rouge n’aurait du filtrer du Conseil et Cal Omas considère Luke comme responsable. Néanmoins, n’ayant plus le choix, Cal Omas ordonne la mise à exécution du plan d’Ackbar.
La lune
Ebaq 9, transformée en bunker, servira de protection pour les Jedi, l'appât. Ceux présents sur la Lune, dont Jaina, pratiquent maintes et maintes fois le même exercice sans savoir pourquoi, jusqu'à ce que Jacen lui en glisse un mot. Les Yuuzhan Vong et Nom Anor obtiennent les fausses informations implantées par la République et préparent leur assaut afin d’atteindre enfin leur but : le sacrifice Jedi tant attendu. Ebaq 9 est en réalité une impasse cernée d’amas d’étoiles et accessible seulement par des routes hyperspatiales cartographiées par les Impériaux que Leia a récupéré sur
Bastion en échange d’informations. Luke part vers
Fondor ramener la flotte de
Garm Bel Iblis qui agit indépendamment depuis la chute de Coruscant dans le giron de l’Alliance.
Lorsque la flotte Yuuzhan Vong arrive dans le système d'Ebaq, elle est nettement supérieure aux Forces de la République présentes sur place. Jaina et son escadron des Soleils Jumeaux sont lancés de la lune pour supporter la flottille de
Keyan Farlander déjà présente. Petit à petit, de nouveaux vaisseaux républicains surgissent de l'hyperespace. Tsavong Lah ne croit pas à une embuscade jusqu'au moment où sa flotte devient inférieure en nombre à celle de l'ennemi. Tsavong Lah rage car les infidèles ont encore réussi à les faire déjouer. Nom Anor s'aperçoit à sa grande surprise que l'information qu'il a obtenu sur Ebaq était fausse. Comme il est convaincu que Shimrra le fera exécuter pour son incompétence, il fuit les Yuuzhan Vong pour éviter la mort. Tsavong sent que la bataille est perdue et décide de fuir en direction de la lune Ebaq 9, là où l'escadron de Jaina se repose depuis leur dernière sortie. Le Maître de Guerre s’aperçoit que sa fin est proche et inéluctable et compte bien emporter dans son trépas autant de Jedi qu’il lui est possible. Jacen reçoit l'appel de détresse de sa soeur assaillie par les troupes au sol Yuuzhan Vong et part aussitôt à sa rescousse à bord d'une Aile-X.
Tandis que les restes de la flotte Yuuzhan Vong fuient et s’empalent dans les champs de mines semés par les Républicains le long des voies hyperspatiales,
Jaina Solo défait le Maître de Guerre Tsavong Lah en duel. Quant à Vergere, elle se sacrifie pour envoyer les guerriers Yuuzhan Vong sur la lune à une mort certaine et sauver les jumeaux Solo ainsi que leurs compagnons. Son Aile-A s’écrase dans les tunnels d’Ebaq 9 et dépressurise le complexe alors que Jaina et Jacen se protègent par une bulle de Force.
La plus grande victoire militaire de la Nouvelle République est signée : les pertes Yuuzhan Vong sont si incommensurables que Shimrra ordonne la capture et l’exécution de Nom Anor qui se réfugie dans les bas-fonds de Yuuzhan’tar. Dans le même temps, Cal Omas profite de la popularité de son gouvernement pour créer l’Alliance Galactique, le gouvernement qui succèdera à la Nouvelle République.