Durant la Seconde Guerre Civile Galactique, en 40 ap. B. Y.,
Dur Gejjen, dirigeant de la Fédération Corellienne, en conflit ouvert avec l’Alliance Galactique, se tourna vers le
Consortium de Hapes en quête d’alliés, mais
Tenel Ka renouvela son engagement auprès de l’Alliance Galactique. Gejjen décida unilatéralement de faire assassiner la reine et son héritière, pour la remplacer par quelqu’un de plus enclin à coopérer avec
Corellia. Il complota avec le Ducha AlGray et ils engagèrent une chasseuse de prime de sinistre réputation,
Aurra Sing, pour se charger de l’assassinat. Han et
Leia Solo, bien qu’alliés de Corellia, n’approuvèrent pas cette décision et firent tout pour informer Tenel Ka du complot ; mais après de fâcheuses circonstances, ils durent fuir
Hapes avec Aurra Sing et furent assimilés par l’Alliance Galactique comme les complices de cette tentative d’assassinat. Ne sachant plus à qui faire confiance, Tenel Ka se tourna vers le père de sa fille, Jacen, pour leur protection. Mais elle ignorait alors que le Jedi Solo, devenu chef de la Garde d’Alliance Galactique, était aussi devenu un apprenti Sith sous la botte de
Lumiya. Finalement, Jacen arrêta Aurra Sing, avec l’aide d’Allana, et Han et Leia furent disculpés par Luke. Mais pour Jacen, ils étaient toujours des traîtres à l’Alliance Galactique et il n’aurait de cesse de les pourchasser.
Peu de temps après, Jacen fit un coup d’état avec l’amirale Niathal. Tenel Ka désapprouva ce geste et s’inquiéta de la personnalité de plus en plus froide de son amant.
Mara Jade Skywalker fut tuée dans le système de Hapes, sur la planète
Kavan, et alors, Tenel Ka ignorait que Jacen, devenu
Dark Caedus, était le responsable. Le seigneur Sith exigea de Tenel Ka son soutien entier et celui de sa flotte dans sa lutte contre la Fédération Corellienne. Elle accepta à contrecœur, uniquement si Jacen faisait la paix avec Luke et l’Ordre Jedi, qu’il se mettait de plus en plus à dos par ses actions violentes.
Mais Caedus ne tint pas parole : il fit attaquer l’Académie Jedi sur
Ossus après que les Jedi lui aient retiré leur soutien. Il poursuivit dans sa folie en ordonnant de bombarder les forêts de
Kashyyyk où plusieurs Jedi, dont Luke, s’étaient réfugiés. Tenel Ka refusa d’abord de croire à tout cela. Elle fut ramenée à la réalité par Han et Leia, qui étaient partis la prévenir, tout en étant suivis par
Tahiri Veila, une Jedi loyale à Jacen. Tenel Ka mit fin au duel entre Leia et Tahiri et décida de croire les époux Solo malgré sa souffrance. Elle parti avec eux et une flotte vers Kashyyyk, non pas pour assister Caedus, mais pour le forcer à se rendre. Caedus fulmina devant l’ampleur de la trahison de la femme qu’il aimait, mais ne se rendit pas. Tenel Ka fut forcée d’ouvrir le feu sur lui. Cerné par la flotte corellienne et celle de Hapes, et affaiblit par son récent duel contre Luke et Ben, Caedus ne dut sa survie qu’à l’intervention d’Alema Rar et de sa sphère de méditation Sith pour pouvoir prendre la fuite. Mais il se promit qu’il tuerait Tenel Ka si elle s’interposait entre Allana et lui.
Il enleva lui-même sa fille et, par un message vidéo, menaça sa vie si Tenel Ka persistait à être l’alliée de ses ennemis. Tenel Ka ne pouvait croire que Caedus ferait du mal à sa propre fille, mais elle n’était plus sûre de rien le concernant. Elle demanda donc l’aide des Jedi pour la récupérer. Tandis que Luke mena une équipe de Jedi contre Caedus, Han et Leia récupèrent Allana. Ils apprirent à ce moment leur lien de parenté avec la fille de Tenel Ka.
Les Jedi demandèrent le soutient de Tenel Ka pour déplacer leur base secrète dans les Brumes Transitoires, à
Shedu Maad. La bataille finale contre le seigneur Noir des Sith approchait à grands pas et ce fut Jaina qui fut chargée d’en venir à bout. Pendant ce temps, Tenel Ka dépêcha son père
Isolder et ses deux cousines, Taryn et Trista Zel, pour secourir Ben, prisonnier des griffes de Tahiri, l’apprentie de Caedus. Mais le Prince Isolder fut enlevé et Tenel Ka craignit que la révélation de l’emplacement de la base Jedi ne fût plus un secret si Caedus interrogeait lui-même Isolder. Caedus arriva, non pas grâce à Isolder, mais à grâce d’une technique des
Sœurs de la Nuit qui permettait de repérer son sang sur Jaina partout où elle allait. Lors de la bataille, le vaisseau de Tenel Ka fut attaqué par les Moffs impériaux et leur nanovirus qui ciblait exclusivement le sang royal hapien. Tenel Ka fut prévenue par Jacen grâce à la Force, juste avant qu’il ne soit tué par Jaina et ce fut suffisant pour se sauver avec Allana. Cependant, Tenel Ka choisi de faire croire à la mort de sa fille, par sécurité pour elle, tout en la confiant à ses grands-parents, Han et Leia, sous le pseudonyme d’Amelia.