Durant la Guerre des Clones, un groupe de
Sœurs de la Nuit, dirigées par Sai Sircu et Yansu Gjark, entra en contact avec le Comte
Dooku. Ce dernier avait besoin de leurs compétences pour servir d’espionnes. Elles jouèrent un double jeu et trahirent le Sith dans un complot visant à utiliser le cristal d’un sabre laser pour créer une super arme séparatiste qui aurait potentiellement pu mettre
Dathomir en danger.
Un autre groupe de Sorcières de la Nuit, dirigé par Mère
Talzin, accueillit et aida
Asajj Ventress lors de son retour sur la planète. Cette dernière souhaitait se venger de Dooku qui venait de la trahir. Asajj, accompagnée de deux Sœur, se rendit dans la demeure de Dooku sur Sereno afin de le tuer grâce à un sort qui les avaient rendues invisibles. Elles échouèrent face à la puissance du Sith et durent se reporter sur un second plan impliquant un nouvel apprenti pour le compte Dooku. L’apprenti fut choisi parmi les
Frères de la Nuit Zabrak de la planète. Les choses ne tournèrent pas comme prévu et Asajj dut fuir la planète. Le Zabrak,
Savage Opress partit à la recherche d’un
Dark Maul, supposé toujours en vie, sur les conseils de Mère Talzin.
Assajj Ventress revint elle aussi peu après son échec cuisant mais elle amena avec elle la mort sur le clan. Dooku, conscient de la duplicité et du danger que représentaient des Sœurs de la Nuit, décida de s'en débarrasser. Il envoya alors sur Dathomir son armée droïde menée par le
Général Grievous qui lança un violent assaut contre leur forteresse. Les chasseurs vautours causèrent de lourds dégâts avant d'être abattus par Talzin qui laissa Ventress organiser la défense. Cette dernière avait l'expérience et mena efficacement ses sœurs sur le terrain, harcelant l'ennemi par en haut et par en bas faisant tomber les droïdes comme des mouches sous les traits d'énergie des arcs des sœurs. Les guerrières se battirent avec courage et frénésie malgré le fait que l'ennemi soit plus nombreux et mieux armé.
Néanmoins, la puissance de l'armée ennemie qui comptait dans ses rangs les terribles défoliateurs commença à faire pencher la balance de leur coté. Talzin en appela alors à la magie de la Vénérable
Daka qui réveilla l'Armée des morts, les sœurs défuntes qui vinrent prêter main forte à Ventress et au clan. Leur combativité et leur vitesse prirent les droïdes par surprise et ils commencèrent à perdre du terrain. Les Sœurs, derrière Ventress, arrivèrent ainsi devant le vaisseau du général
Grievous qui les attendait lui même de pied ferme. Le duel entre les deux hérauts commença avec fracas sur le champ de bataille pendant que le clan, sur les nerfs, les observait. Le combat fut épique mais Grievous finit déloyalement par mêler ses droïdes de combat alors que Ventress avait le dessus. La bataille reprit de plus belle mais Ventress fut blessée. Sans la puissance de cette dernière, les Sœurs ne purent rien contre l'avancée de Grievous qui trouva vite Talzin et Daka. Poussé par Dooku en proie à un sortilège, Grievous tua sur le coup Daka et força Talzin à reculer et à s'enfuir.
L'Armée des morts s'écroula alors et le clan se trouva en grand sous-effectif, sans personne à sa tête. Le massacre commença et l'intégralité des Sœurs de la Nuit présentes trouva la mort sous des dizaines de tirs de blasters.

Néanmoins, leurs esprits continuaient de hanter leur repaire, s'en prenant notamment à
Sabine Wren et
Kanan Jarrus lorsque ceux-ci s'y introduisirent des années plus tard, à la poursuite de Dark Maul et
Ezra Bridger, venus pour exploiter leur magie ancestrale dont Maul connaissait certains secrets.