Après une courte période de paix relative, des tensions commencèrent à se créer entre l’Alliance Galactique et
Corellia. Après l’échec des négociations pour la paix, orchestré par la Sith
Lumiya, Omas n’eut d’autre choix que d’envoyer la Seconde Flotte dans le système corellien. Mais
Thrackan Sal-Solo, alors nouveau chef d’état corellien, répliqua, marquant le début de la Seconde Guerre Civile Galactique.
En difficulté, même sur
Coruscant, et confronté à des actions terroristes ou à des révoltes d’insurgés corelliens, Omas fit créer la Garde d’Alliance Galactique (GAG), une police secrète visant à assurer la sécurité par touts les moyens de l’Alliance Galactique et plus particulièrement de sa capitale. Le poste aurait dû échoir à
Mara Jade Skywalker, selon les vœux d’Omas, mais ce fut
Jacen Solo qui intrigua pour l’avoir après le refus catégorique de sa tante. Immédiatement après ça, l’amiral
Pellaeon démissionna de son poste de Commandant Suprême des forces de l’Alliance Galactique et l’Amirale Niathal, une
Mon Calamari ambitieuse et alliée de Jacen, hérita du poste. Bien qu’il s’en doutât un peu, Cal venait d’installer ses deux plus dangereux adversaires à des postes clés. La GAG devint rapidement tristement célèbre, provoquant la peur partout où elle allait, et on en vint à comparer l’Alliance Galactique d’Omas à l’ancien
Empire Galactique. Omas fut aussi totalement abandonné par l’armée, maintenant sous la botte exclusive de Niathal, qui poursuivait son unique mode de pensée rigide. Malgré son aversion pour Jacen Solo, Omas suggéra au
Conseil Jedi de le faire passer Maître étant donné sa position, mais Luke, qui avait des soupçons sur une éventuelle chute du côté obscur de son neveu, refusa.
Alors que la guerre s’enlisait,
Cal Omas décida dans le plus grand secret de mener des négociations pour la paix avec
Dur Gejjen, le nouveau chef d’état de la
Confédération Corellienne. Cette réunion sur
Vulpter devait être secrète, mais Jacen usa de ses ressources à la GAG pour en découvrir l’existence. Voyant là le moyen de faire chuter Omas, il envoya son cousin Ben et quelques autres pour espionner la rencontre et faire assassiner Gejjen. Omas et ce dernier venait de se mettre d’accord sur le fait que l’éviction de Solo et Niathal, les deux membres les plus dangereux de l’Alliance Galactique, ferait s’adoucir le conflit et à terme Corellia reviendrait dans l’Alliance.

Inconscient de ce traquenard, Omas continua de gouverner comme si de rien était. Puis vint le jour ou Jacen décida qu’Omas devait quitter son échiquier. Il se mit à étudier le droit de l’Alliance et le manipula pour en modifier les lois, de sorte d’avoir les pleins pouvoirs pour faire arrêter Omas. Un soir, il alla dans son bureau accompagné d’une escouade de la GAG et lui déclara qu’il était en état d’arrestation. Omas sourit, s’attendant à une chose de ce genre. Il insulta Jacen mais se laissa emmener sans résister. Le lendemain, Jacen gouvernait l’Alliance Galactique conjointement avec Niathal, sous un régime militaire ultra autoritaire.
Le dernier acte de Jacen avant qu’il ne devienne le seigneur Sith
Dark Caedus fut le meurtre de sa tante Mara. Alors que Ben le soupçonnait, Jacen falsifia l’enregistrement vidéo de la réunion sur Vulpter pour reporter les soupçons sur Omas, en espérant que Ben le tuerait.
Le jeune Skywalker se rendit donc jusqu’à la cellule de l’ancien Chef d’Etat, à qui on avait implanté une bombe dans la poitrine, à l’image de son prédécesseur, Borsk Fey’lya, ceci dans le but de l’empêcher de fuir. Mais Omas fut déçu quand il vit Ben entrer, pensant que ce serait lui son bourreau. Quand Ben lui parla du meurtre de sa mère, Omas fut réellement surprit et Ben le sentit dans la Force, signe qu’Omas était innocent. Ben lui fit part de ses soupçons concernant Jacen et de sa relation secrète avec la Sith Lumiya. Pour tromper Jacen et épargner Ben de sa macabre mission, Omas fit semblant de l’attaquer quand la sécurité arriva et finit par se jeter sur son sabre-laser. Il s’excusa auprès du garçon et lui demanda de fuir. Quelques instants plus tard, quand le cœur d’Omas cessa de battre, toute la résidence explosa.