Durant la Guerre des Clones, le Conseil Jedi charge Quilan Vos d'assassiner le Comte Dooku. Malgré sa réticence vis-à-vis de ce projet, Obi-Wan Kenobi assure la liaison entre le Conseil et Vos et il conseille à ce dernier de s'allier avec Asajj Ventress. Ancienne apprentie de Dooku, elle a réussi à s'éloigner de lui et à renoncer, en partie, au côté obscur. De plus, elle a déjà tenté par deux fois de le tuer. Après avoir approché Ventress en tant que pirate à la recherche d'un partenaire, Vos finit par lui avouer qu'il est un Maître Jedi ainsi que la nature de sa véritable mission. Ventress accepte de l'aider mais estime que, pour vaincre Dooku, Vos doit apprendre à manier le côté obscur sans se laisser consumer par celui-ci, afin de trouver un équilibre entre les côtés lumineux et obscur.
Pendant cet apprentissage, Ventress et Vos tombent amoureux et décident que, une fois Dooku mort, ils partiront vivre ensemble loin de la guerre et des Jedi. Malheureusement, la confrontation avec le Comte ne se passe pas bien et Vos est capturé. Ventress parvient à s'enfuir et engage Boba Fett et d'autres chasseurs de primes pour l'aider à le libérer. L'opération de sauvetage ne se passe pas comme prévu lorsque Vos refuse de suivre Ventress et tente de la tuer. En effet, celle-ci, pour nourrir la haine de Vos envers Dooku, lui avait dit que ce dernier avait assassiné Maître Tholme, l'ancien maître de Vos. Mais, durant sa captivité, Dooku lui a révélé la vérité: c'est Ventress qui a tué Tholme.
Suite à cet échec, Ventress décide de demander l'aide des Jedi et va trouver Obi-Wan Kenobi. Une opération à laquelle participent Ventress, Obi-Wan et Anakin est alors montée pour récupérer Vos. Il se montre cette fois beaucoup plus coopératif et prétend avoir attaqué Ventress pour essayer de gagner la confiance de Dooku et pouvoir l'assassiner. Ventress n'y croit pas et, persuadée que Vos a été consumé par le côté obscur, tente de le tuer. Obi-Wan et Anakin l'en empêchent et ramènent Vos au Temple Jedi où personne ne ressent la noirceur que Ventress dit avoir perçue en lui. Cependant, une série d'incidents impliquant Vos poussent le Conseil à tester sa loyauté en lui redonnant la mission de tuer Dooku.
A nouveau, Vos se tourne vers Ventress en lui promettant de partir avec elle une fois le Comte mort. Mais, au lieu d'éliminer Dooku, Vos s'allie à lui et tue des clones et des Jedi. Il continue néanmoins à faire croire à Ventress que son but est d'assassiner Dooku mais qu'il veut d'abord obtenir des informations de lui. Une traque s'engage avec, d'un côté, Vos, Ventress et Dooku et, de l'autre, Obi-Wan et Anakin qui ont reçu l'ordre de tuer Dooku et Vos. Dans un nouvel acte de traîtrise, Dooku tente d'éliminer Vos mais Ventress s'interpose et est grièvement blessée. Elle meurt dans les bras de Vos après l'avoir supplié de ne pas se laisser consumer par le côté obscur. Il renonce alors à tuer Dooku et revient du côté lumineux.
Ramené devant le Conseil, Vos explique que si les autres Jedi n'ont pas perçu la noirceur en lui c'est parce qu'il se la cachait à lui-même. Après s'être fait capturé par Dooku, son but avait été de découvrir l'identité de Dark Sidious mais il avait été trop loin. Obi-Wan reconnaît que Ventress a non seulement sauvé la vie de Vos mais également la personne qu'il est ainsi que les Jedi, qui s'étaient égarés au point d'envoyer l'un d'entre eux assassiner de sang froid un être vivant.
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