Aux débuts de l'Alliance Rebelle était l'Escadron Rouge, le meilleur groupe de pilotes de la Rébellion. Volant à bord de X-wings T-65 désormais obsolètes, les Rouges comptaient notamment dans leurs rangs Biggs Darklighter, Jek Porkins ou Wedge Antilles. A l'époque, le seul fait de survivre à plusieurs des missions extrêmement périlleuses que menaient les chasseurs de l'Alliance suffisait généralement à définir quelqu'un comme un bon pilote, et les membres de l'Escadron Rouge n'échappaient pas à la règle. Cela ne suffit malheureusement pas à la plupart d'entre eux. Alors que l'Empire venait de tester sa terrifiante Etoile Noire sur la planète pacifique Alderaan, un cargo Corellien miteux arriva à la base Rebelle de Yavin IV avec à son bord la princesse Leia Organa, le contrebandier Han Solo et son compagnon Wookie Chewbacca, le jeune Luke Skywalker et, plus important, les plans de la station de combat impériale. Malheureusement, cette dernière avait suivi le cargo jusqu'à Yavin et s'apprêtait à détruire la lune rebelle. Après un rapide briefing, les pilotes des escadrons Rouge, comprenant désormais Skywalker dans leurs rangs, et Or décollèrent pour tenter de détruire l'Etoile Noire en larguant une torpille à protons dans son conduit d'aération principal. Arrivés à portée de la station, plusieurs pilotes furent abattus par des chasseurs Tie, dont Porkins, et Skywalkzr nz dut son salut qu'à l'intervention providentielle de Wedge Antilles. Après l'échec des Y-wings de l'Escadron Or, leader Rouge, Garvin Dreis, décida de s'engager à son tour dans la tranchée de la station avec deux autres pilotes. Malgré la mort de ses coéquipiers il réussit à lancer ses torpilles, mais elles s'écrasèrent à la surface et le Tie avancé X-1 de Dark Vador détruisit son X-wing immédiatement après. Ce fut alors au tour de Luke de tenter sa chance, escorté de Wedge Antilles et Biggs Darklighter. Mais Wedge fut touché et contraint de se replier, tandis que Biggs succombait à son tour sous le feu de Vador. Alors que tout semblait perdu pour les Rebelles, Luke tira en plein dans le conduit d'aération et détruisit l'Etoile Noire avec à son bord le Haut Commandement impérial, remportant ainsi la première grande victoire de l'Alliance.

Les seuls survivants étaient Luke et Wedge, et lorsque le Haut Commandement décida de reconstituer l'Escadron Rouge ils y furent de nouveau affectés. Le groupe, commandé par le capitaine Narra, dut pour sa première mission escorter un convoi vers Hoth. Mais il fut intercepté par le Corrupteur du capitaine impérial Ait Convarion et presque entièrement détruit, toujours à l'exception de Skywalker et Antilles qui parvinrent à sauver le convoi. Luke proposa alors au Haut Commandement de lui confier un véritable escadron d'élite qu'il commanderait avec Wedge comme second. Le Commandement accepta, et l'Escadron Rogue fut créé, composé des meilleurs pilotes de l'Alliance. Durant trois ans, celui-ci remplit des missions en tous genres dans toute la galaxie. Il effectua d'innombrables raids sur des installations impériale, participa à des missions d'escorte ou de sauvetage, permit la défection du général Crix Madine et de la pilote Kasan Moor, qui rejoignit l'unité, empêcha le Moff Seerdon de faire main basse sur le bacta de contrebande rebelle… jusqu'au jour ou un droïde sonde impériale découvrit la base cachée de Hoth. Le robot espion, découvert par les rebelles, s'autodétruit, non sans avoir transmis ses informations au centre de communications de l'Exécuteur, vaisseau amiral de l'Escadron de la Mort de Dark Vador.

En voyant le rapport de reconnaissance, contre l'avis de l'amiral Ozzel, commandant de l'Exécuteur, Vador envoya sa flotte dans le système. Après avoir sommairement exécuté Ozzel pour son incompétence et nommé le capitaine Piett à sa place, le Seigneur Sith ordonna au général Veers de faire débarquer ses TB-TT de l'escadron Blizzard avec pour mission de détruire le bouclier qui protégeait la base rebelle. Lorsque les barges de débarquement se posèrent sur la crête nord près de la base, les pilotes de l'Escadron Rogue montèrent dans leurs Snowspeeders T-47 pour faire face aux walkers impériaux et les retarder jusqu'à ce que les transports d'évacuation aient quitté la surface. Ils s'aperçurent vite que leurs canons laser n'avaient pas une puissance de feu suffisante pour lutter contre les mastodontes, et plusieurs d'entre eux furent abattus avant que Luke Skywalker ne trouve une solution consistant à empêtrer les TB-TT dans un câble de remorquage pour les faire trébucher. Son canonnier ayant été tué par un tir de laser impérial, il guida Wedge Antilles et son tireur Wes Janson, qui réussirent à neutraliser un des walkers et à le détruire. Mais Luke fut abattu à son tour et faillit être écrasé par un TB-TT, qu'il réussit néanmoins à détruire à l'aide d'une charge explosive. Il regagna alors son X-wing et escorta le dernier transport avec les pilotes encore au sol. La Bataille de Hoth, bien qu'elle fut un revers important pour l'Alliance, se termina relativement bien pour les Rebelles malgré des pertes élevées. Parmi les victimes de l'Escadron Rogue, on peut citer Dack Ralter et Kesmin Ommis, respectivement canonniers de Luke Skywalker et Derek Klivian, ainsi que Zev Senesca.

Les survivants de Hoth et les Rogues rejoignirent la flotte, mais Luke partit sur Dagobah suivre une formation Jedi auprès de Yoda et Wedge Antilles fut promu au rang de commandant et le remplaça à la tête de l'Escadron. Sous son commandement, les Rogues remportèrent une victoire éclatante à Gall sans subir aucune perte. Par la suite, Luke reprit le commandement de l'Escadron, mais ce fut de nouveau Wedge qui le dirigea pendant la Bataille d'Endor. L'Alliance avait découvert que l'Empereur avait ordonné la construction d'une nouvelle Etoile Noir en orbite d'Endor et était venu personnellement superviser l'avancement du chantier. Un commando dirigé par Han Solo fut donc envoyé sur la planète pour désactiver le bouclier qui protégeait la station, tandis que la flotte rebelle se chargerait de la détruire. Mais Palpatine avait deviné les intentions des Rebelles et avait envoyé tout un régiment de troupes impériales sur la planète et ordonné à sa flotte de se tenir prête à intervenir à proximité du système. Les Rebelles durent donc se battre à un contre dix dans l'espace comme au sol, jusqu'à ce qu'ils réussissent à désactiver le bouclier. Lando Calrissian, à bord du Faucon Millenium, et les survivants des Escadrons Rogue – renommé Rouge pour l'occasion – et Vert s'engouffrèrent dans les entrailles de l'Etoile Noire. Arrivés devant le générateur principal, Wedge détruisit son régulateur de puissance, permettant à Lando d'envoyer une paire de missiles à concussion dans le cœur du réacteur qui détruisirent la station, réussissant à s'échapper juste à temps pour ne pas se faire désintégrer par l'explosion.

Mais immédiatement après ce qui devait rester dans l'Histoire comme la plus grande victoire de l'Alliance, alors que les dirigeants impériaux tentaient désespérément de maintenir l'Empire uni, la planète Bakura fut attaquée par une espèce originaire des limites de la galaxie, les Ssi-Ruuk. L'Escadron Rogue fut envoyé sur la planète avec une force d'intervention Rebelle, et grâce à une trêve conclue avec l'Empire les Ssi-Ruuk furent vaincus et contraints d'abandonner leurs plans d'invasion. La guerre contre les impériaux recommença alors, marqué par le lent recul de ce qui était encore la plus grande puissance de la galaxie quelques semaines auparavant.

Les nouveaux membres de l’Escadron Rogue furent choisis peu après les batailles d'Endor et de Bakura, après une aventure sur Corellia au cours de laquelle Ten Numb décéda aux mains du Général Weir et Luke Skywalker renonça à son commandement. Sous la direction de Wedge Antilles, toujours considérés comme l’élite des pilotes de l’Alliance, ils accomplirent leur première mission à Cilpar avec un groupe de six : Antilles, Janson, Celchu, Klivian, Plourr Illo et Dllr Nep. Elscol Loro, qui se joignit à eux à la suite de cette mission, les suivit au cours des aventures sur Mrlsst et Tatooine avant de les quitter pour rejoindre les renseignements. Au cours de l’année suivante, l’Escadron Rogue remonta à 12 membres et fut impliqué dans des affrontements sur diverses planètes jusqu’aux combats contre le Baron Soontir Fel lors de la prise de Brentaal IV. Ce dernier ayant rejoint la Nouvelle République et les Rogues, l’Escadron participa à l’échec du changement de camp de Sate Pestage à Ciutric. A la suite de cette mission qui coûta la vie à Ibtisam, Janson et Klivian prirent en main de nouveaux escadrons, Fel disparut pour rejoindre l’Empire de la Main de Thrawn et Celchu partit en mission pour les services de renseignements de la Nouvelle République. De son côté, Wedge Antilles accepta d’utiliser sa réputation pour assurer la promotion de la Nouvelle République sur de nombreux mondes.

Lorsque la situation face à l’Empire commença à stagner, le commandement militaire de la Nouvelle République décida qu'il était nécessaire de prendre Coruscant, et à cette fin on demanda à Antilles de reconstituer l’Escadron Rogue en sélectionnant ses membres parmi 1200 volontaires. L'Escadron connut donc un renouvellement intégral. Tout d'abord, Aril Nunb, dont le frère Nien avait participé à la Bataille d'Endor à bord du Faucon Millenium fut nommée commandante en second du groupe. Puis le Haut Commandement décida de muter la plupart des pilotes, dont notamment Wes Janson et Hobbie Klivian, dans des escadrons d'entraînement en tant qu'instructeurs de vol. Il fallut alors leur trouver des remplaçants, et on recruta de nouveaux pilotes en leur faisant passer un épreuve dans le simulateur sur le scénario Rédemption, réputé inextricable. Il y'eut plusieurs centaines de candidats, mais seuls onze furent sélectionnés. Wedge Antilles, resté pour sa part commandant des Rogues, demanda alors à l'amiral Ackbar de mettre Aril Nunb à l'écart de l'Escadron, considérant que sa manière de piloter ne convenait pas pour instruire de nouveaux pilotes, et de prendre Tycho Celchu comme second à sa place. Ce dernier, ancien pilote de chasseur Tie Alderaanien qui avait rejoint la Rébellion après la destruction de sa planète, avait récemment été envoyé en mission sur Coruscant pour rapporter des informations. La mission fut une réussite, mais Tycho fut capturé et envoyé à Lusankya, centre de conditionnement impérial dirigé par la terrible Ysanne Isard, et destiné à effectuer des lavages de cerveau sur des prisonniers pour en faire des agents dormants impériaux. Tycho réussit à s'évader lors d'un transfert sur Akrit'tar et à rejoindre la Nouvelle République, prétendant avoir résisté aux procédés de conditionnement impériaux, mais était fortement suspecté et était constamment sous surveillance. Après un épique combat verbal contre le général Salm, Wedge réussit néanmoins à obtenir d'Ackbar que Celchu devienne son second, à condition qu'il n'ait le droit de piloter qu'une navette désarmée. Une fois cette affaire réglée, les Rogues reçurent une formation sur Fondor et partirent vers leur nouvelle base de Talasea.

Alors qu'ils faisaient route vers la planète, ils furent brusquement tirés hors de l'hyperespace par un interdicteur impérial, l'Aspic Noir. Il s'avéra que le croiseur était en réalité à la poursuite d'un yacht de classe Baudo transportant des produits de contrebande, le Pulsar, piloté par Mirax Terrik, fille du redouté Booster Terrik et amie de Wedge. L'Escadron décida alors de venir en aide au cargo et s'attaqua aux Tie impériaux. Au cours de l'affrontement Corran Horn fut en difficulté, son ordinateur de visée ayant été endommagé, mais Tycho Celchu lui vint en aide à bord de la navette qui lui avait été affectée, le Banni, en lui transmettant les informations de ses propres senseurs. Les Rogues atteignirent finalement Talasea et s'installèrent dans leur nouvelle base, avant d'accomplir une mission de routine sur Hensara. Malheureusement, peu de temps après, une escouade de stormtroopers s'infiltra de nuit dans la base Rebelle, tombant sur les pilotes dans leur sommeil. Les pertes furent relativement limitées grâce à l'intervention d'Ooryl Qrygg et de Corran Horn, mais ce dernier fut blessé ainsi que Gavin Darklighter, et Lujayne Forge fut tuée.

Les Rogues n'eurent que peu de temps pour pleurer leur camarade. Alors que Corran et Gavin venaient de se rétablir, l'Escadron fut affecté à la flotte du général Bothan Laryn Kre'fey pour attaquer la planète impériale Borleias, avec comme nom de code Lunenoire. Mais le général impérial Evir Derricote, qui commandait la base, avait fait construire en secret et à l'insu d'Isard elle-même un complexe de recherche destiné à développer des bactéries mortelles, et avait pris des mesures en conséquence. Les forces de la Nouvelle République durent donc faire face à deux fois plus de chasseurs Tie que prévu, et l'irresponsabilité de Kre'fey durant l'affrontement lui coûta la vie, ainsi que celle de nombreux pilotes. Les Rogues ne furent pas en reste et Andoorni Hui resta à jamais dans le système à l'état de microparticules, de même que Peshk Vri’syk. Plusieurs autres pilotes furent éjectés de leur X-wing et ne durent leur salut qu'à Tycho Celchu qui les récupéra. Une fois leurs blessures pansées, Corran Horn et le lieutenant d'infanterie Judder Page mirent au point un plan pour s'emparer de Borleias. Il consistait à opérer une diversion dans le système de Jagga-deux pour éloigner le destroyer Eviscérateur et ses chasseurs Tie de la planète, tandis que les Rogues pénétreraient dans le système de Borleias, neutraliseraient le générateur de bouclier du complexe – situé au bout d'une tranchée, ce qui rappela à Wedge Antilles quelques souvenirs. Les commandos de Page, eux, détruiraient le spatioport, et la flotte Rebelle arriverait quelques heures plus tard pour prendre possession de la planète. Corran frôla la mort au cours de la mission, mais l'Escadron réussit et Borleias fut prise.

Après la bataille, Bror Jace quitta momentanément l'Escadron pour rendre visite à sa famille sur Thyferra mais fut intercepté et abattu en chemin par l'Aspic Noir dans une tentative de l'Empire de le capturer pour. Pour le remplacer, ainsi que les autres pertes de l'Escadron, deux nouveaux pilotes intégrèrent les rangs des Rogues. L'un d'eux était Aril Nunb, dont les méthodes d'instruction étaient désormais sans importance dans un escadron ayant amplement fait son baptême du feu. L'autre était Pash Cracken, fils du général Airen Cracken qui dirigeait les renseignements de la Nouvelle République. Après avoir commandé son propre escadron, il avait décidé de rejoindre les Rogues pour voler aux côtés de pilotes de son niveau et atténuer la confiance aveugle que ses hommes portaient en lui, et qui pouvait se révéler dangereuse. L'Escadron ainsi remanié, on lui confia une nouvelle mission : infiltrer Coruscant et envoyer un rapport au Haut Commandement, puis désactiver le bouclier planétaire pour permettre l'invasion de la planète. En raison des soupçons portés sur lui, Tycho Celchu fut écarté de la mission et resta sur Novquizor. Quelques jours plus tard, la base fut bombardée par les forces du Seigneur de la Guerre Zsinj et Tycho fut porté disparu.

Pendant ce temps, le reste de l'Escadron fut envoyé sur Kessel où Wedge Antilles, sur ordre du Haut Commandement, négocia la libération de criminels prisonniers sur l'astéroïde, ex-membres du Soleil Noir, qui furent lâchés sur Coruscant pour semer la zizanie. Parmi eux se trouvait Zekka Thyne, ex "client" de Corran Horn à l'époque où celui-ci était policier à la CorSec, qui avait manipulé Inyri Forge, la sœur de Lujayne, qui le suivait partout. Wedge essaya de la ramener à la raison et de lui faire abandonner Thyne, en vain. Puis les Rogues se divisèrent en trois groupes pour pénétrer sur Coruscant et étudier la situation. Wedge et Pash Cracken se firent passer pour des officiers impériaux et rejoignirent sur place Mirax Terrik et l'agente des renseignements Iella Wessiri, ex-coéquipière de Corran Horn à la CorSec. Ce dernier fit équipe avec Erisi Dlarit, avec qui il faillit entamer une relation amoureuse, et eut quelques démêlés sur place avec Thyne et ses sbires. Gavin Darklighter, Ooryl Qrygg, Riv Shiel, Nawara Ven, Rysati Inr et Aril Nunb furent quant à eux envoyés dans les bas-fonds de Coruscant, l'Invisec, ou l'Empire pratiquait régulièrement des rafles de non-humains. Ils furent pris à parti par un groupe de non-humains dirigés par Asyr Sei'lar, une Bothan, ayant pris le malheureux Gavin pour un xénophobe à cause d'un malentendu. Le hasard fit que la moto-jet de Corran Horn, poursuivi par des stormtroopers en tentant d'échapper à Thyne, vient s'écraser à ce moment-là dans le bâtiment où ils se trouvaient, son pilote ayant sauté de l'engin quelques mètres auparavant. Grâce à l'aide d'Asyr qui comprit de quel côté se ranger, les Rogues réussirent à échapper aux impériaux et à rejoindre leurs autres compagnons à l'endroit convenu, mais Aril fut capturée. L'Empire réussit néanmoins à les débusquer de nouveau, mais alors que les Rebelles semblaient condamnés sans moyen de s'enfuir, un speeder vint les secourir, piloté par Tycho Celchu. Celui-ci avait en fait été envoyé en secret par Wedge sur Coruscant pour leur servir de répulseur d'appoint en cas de problème.

Corran et Mirax furent de nouveau repérés par les impériaux, mais Inyri Forge leur permit de s'échapper avant qu'ils ne tombent dans les griffes de Thyne, qui avait permis à l'Empire de les repérer. Mais alors que le criminel allait tuer les deux Rebelles, il fut abattu par Inyri qui avait décidé de se libérer définitivement de son influence et se joignit aux Rogues. Ceux-ci, à partir d'une idée de Gavin Darklighter, mirent au point un plan pour désactiver les boucliers planétaires. Il s'agissait de prendre le contrôle du poste de contrôle d'un des satellites en orbite qui contrôlaient le climat en renvoyant les rayons solaires, puis de créer une tempête de grande ampleur. La perturbation ainsi créée devait suffire à perturber les boucliers et à les neutraliser. Pour assurer la sécurité de l'opération, une partie de l'Escadron devait se charger de la couverture aérienne à partir de Z-95 récupérés par Tycho. Peu avant le décollage, Corran annonça à ce dernier qu'il l'avait vu dans une cantina de la planète discuter avec un homme encapuchonné qu'il avait idéntifié comme étant l'agent impérial Kirtan Loor. Tycho assura alors que son interlocuteur était un Duros nommé Laï Nootka, avec qui il négociait un lot d'armes. Corran décolla suspicieux avec ses collègues, tandis que les autres Rogues se chargèrent de l'assaut du poste de contrôle. L'opération faillit échouer, mais grâce à Ooryl Qrygg l'Escadron finit par atteindre son objectif, et la Nouvelle République prit Coruscant sans trop de difficultés. Aril Nunb fut retrouvée saine et sauve dans l'Invisec, et tout semblait aller pour le mieux, mais durant l'opération Corran perdit le contrôle de son Z-95 et alla s'écraser contre un building.

Tycho fut alors accusé de l'avoir tué en trafiquant les commandes de son vaisseau et fut écroué. Son procès commença rapidement et défendu par Nawara Ven, ancien avocat, Celchu devint une sorte d'exemple pour montrer la sévérité et l'intégrité de la justice de la Nouvelle République. Pour Coruscant, les choses se gâtèrent également très vite ; le Krytos, un virus très virulent développé par Derricote, avait été lâché sur la planète par Isard avant qu'elle ne s'enfuie et décimait la population non-humaine, affectant même plusieurs membres de l'Escadron Rogue qui purent heureusement être soignés. Le bacta, seul remède connu contre la maladie, manqua très vite malgré les efforts d'Erisi Dlarit auprès de sa planète, Thyferra, pour en obtenir. Les Rogues furent alors réquisitionnés durant le plus clair de leur temps pour escorter des convois de bacta, ce qui n'était pas sans poser de problèmes pour Nawara qui devait en parallèle assurer la défense de Tycho. C'est dans ce climat d'agitation qu'un scientifique Vratix originaire de Thyferra, Qlaern Hirf, contacta la Nouvelle République par le biais de Wedge Antilles et annonça qu'il avait peut-être trouvé un moyen d'économiser le bacta. Selon lui, une variété particulière de Ryll fabriquée sur Ryloth, le Kor, pourrait lutter contre le Krytos une fois mélangé au bacta. Les Rogues furent alors envoyés sur Ryloth pour vérifier cette théorie, et après quelques démêlés avec les différents clans Twi'lek de la planète ramenèrent un chargement de Ryll Kor qui se révéla efficace.

Peu après son retour de Ryloth, Nawara Ven fut abordé par un individu qui lui dit être Lai Nootka, ce qui jouerait probablement en la faveur de Tycho si cela s'avérait être vrai et que Nootka pouvait témoigner que c'était bien lui avec qui Tycho s'était entretenu dans la cantina. L'homme était en fait Kirtan Loor, qui accepta de témoigner qu'il n'avait pas rencontré Tycho en échange d'un million de crédit et d'une nouvelle identité. Il expliqua que son travail pour Isard sur la planète devenait dangereux et qu'il voulait se détacher d'elle sans encourir ses foudres ou celles de la Nouvelle République. Nawara accepta et revint le chercher quelques heures plus tard en compagnie de Iella Wessiri, mais Loor fut tué par un homme que Iella fut forcé d'abattre et qui s'avéra être son propre mari, Diric, conditionné à Lusankya. Quelques heures plus tard, les Rogues durent reprendre l'air pour intercepter un TR-TT piégé du Front de Libération Palpatine, un groupe terroriste impérial, qui menaçait de faire exploser un entrepôt de bacta sur Coruscant. Mais alors que Wedge Antilles venait de faire exploser le walker, un événement aussi dévastateur qu'imprévisible se produit : un superdestroyer stellaire surgit de sous la surface de la planète, dévastant des kilomètres carrés de zone urbaine. Le vaisseau perça le bouclier planétaire et s'enfuit dans l'hyperespace, capturant Erisi Dlarit, sans que les Rogues puissent faire quoi que ce soit. Il s'avéra par la suite que ce superdestroyer nommé Lusankya abritait la prison éponyme, qu'il avait été enfoui sous la surface de Coruscant par Palpatine des années plus tôt, et qu'Erisi Dlarit était la véritable traîtresse dans l'Escadron. Tout cela fut confirmé par Corran Horn, en réalité prisonnier à bord du Lusankya, qui avait réussi à s'échapper et apportait des preuves de l'innocence de Tycho.

Mais alors que la situation semblait s'améliorer et que le Krytos commençait à perdre du terrain, Isard organisa un coup d'état pour prendre le pouvoir sur Thyferra avec l'aide du cartel Xucphra, dont était issue la famille d'Erisi, et coupa totalement l'accès en bacta à la Nouvelle République. Cette dernière annonça qu'il lui était impossible d'intervenir contre le gouvernement Thyferrien, et devant l'ampleur du danger les Rogues démissionnèrent tous pour avoir les mains libres dans la lutte contre l'Empire, excepté Pash Cracken qui avait quitté l'unité pour reprendre le commandement de son propre escadron. Ils récupérèrent du matériel militaire, établirent une base sur la planète Yag'dhul et se mirent à mener des raids contre les convois de bacta impériaux, obtenant l'appui de Booster Terrik et de l'Escadron twi'lek de Tal'dira qui leur avait offert le Ryll sur Ryloth. Isard, lorsqu'elle reçut les rapports d'attaque, entra dans une rage noire et répliqua : elle envoya ses forces attaquer la colonie d'Halanit, à qui les Rogues avaient donné du bacta, et la rasa entièrement avec tous ses habitants. Puis, ayant obtenu des informations sur un convoi qui allait être la cible des Rogues, elle envoya le commandant Convarion et le Corrupteur, ceux-là même qui avaient donné du fil à retordre aux Rogues des années auparavant, pour se débarrasser de l'Escadron. Les Rogues réussirent à s'en tirer et à détruire le Corrupteur mais perdirent Riv Shiel et plusieurs chasseurs twi'lek, ainsi qu'une partie du convoi. Ils décidèrent alors de passer plus directement à l'action et entreprirent de s'infiltrer sur Thyferra. Lors de son arrivée à l'astroport de la planète Corran Horn fut repéré, mais il fut sauvé par Bror Jace, pourtant censé être mort depuis six mois. Celui-ci lui expliqua que les Ashern, un groupe de rebelles Vratix, l'avaient contacté pour qu'il les aide à se libérer de l'emprise du cartel Xucphra, et avaient mis en scène sa mort pour faciliter les choses. C'est Bror qui avait envoyé Qlaern Hirf à Wedge Antilles, et qui allait désormais être le contact privilégié des Rogues sur Thyferra.

Après plusieurs actions des Ashern appuyés par les Rogues et des représailles sanglantes de la part d'Isard, Wedge décida d'en finir une fois pour toutes. Il obtint la désertion et l'appui de l'officier impérial Sair Yonka et de l'aquipage de son destroyer et organisa une diversion qui attira les défenseurs de Thyferra, le Lusankyaet le destroyer Virulent jusqu'à Yag'dhul, ou Booster Terrik les retint à l'aide de rayons tracteurs et d'une batterie impressionnante d'armes lourdes. Le Lusankya réussit néanmoins à s'enfuir et à regagner Thyferra, où il trouva l'Escadron Rogue et le destroyer de Yonka, le Liberté. Un rude combat s'engagea, qui semblait s'éterniser car aucune des deux factions en présence ne réussissait à prendre véritablement l'avantage malgré de lourds dégâts infligés au Lusankya. C'est alors que le Virulent surgit de l'hyperespace, lâchant un escadron de chasseurs qui se jetèrent dans la mêlée. Mais alors que tout semblait perdu pour les Rogues, leurs instruments de bord leur indiquèrent qu'il s'agissait en fait de l'escadron de A-wings de Pash Cracken qui était venu prêter main forte à Booster et lui avait permis de prendre le contrôle du Virulent. Le commandant du Lusankya, Joak Drysso, devenu hystérique, ordonna à son équipage de continuer le combat jusqu'à la mort, mais celui-ci se mutina et se rendit. Pendant ce temps, Ysanne Isard, voyant que la situation tournait mal, décolla de Thyferra à bord d'une navette de classe Lambda pour quitter les lieux, escortée par l'escadron d'intercepteur Tie d'Erisi Dlarit. Celle-ci fut abattue après une joute spatiale par Corran Horn, qui engagea alors la poursuite d'Isard. Il réussit à faire faiblir les boucliers de la navette mais tomba à cours de munitions alors que Cœur de Glace allait passer en hyperespace. Alors qu'il se préparait à éperonner le vaisseau dans une manœuvre désespérée, Tycho Celchu arriva à la rescousse et décocha une torpille à protons qui réduisit la navette en poussière stellaire et mit fin à la domination d'Isard sur l'Empire.

Les Rogues restèrent quelques mois sur Thyferra pour maintenir l'ordre puis repartirent, laissant Bror Jace qui était désormais responsable de la sécurité aérienne de la planète. Ils retournèrent sur Coruscant et reprirent leur place dans l'armée du fait d'une "erreur informatique" qui avait effacé toute trace de leur démission. Wedge Antilles annonça alors à l'amiral Ackbar son projet de former un escadron de chasseurs plus polyvalent et formé pour assurer des missions commandos comme les Rogues avaient été obligé de le faire. Avec l'accord de l'amiral, il confia donc momentanément son commandement à Tycho Celchu pour aller former l'Escadron Spectre. Pendant ce temps les Rogues, dont les effectifs furent une nouvelle fois remaniés pour accueillir notamment Derek Klivian et Tal'dira, n'effectua que des missions mineures contre le Seigneur de la guerre Zsinj. Cependant, quelques mois plus tard ils rejoignirent la flotte de Han Solo avec les Spectres et deux autres escadrons, les Matraques et les Nova, et se mirent à mener des opérations de plus grande envergure avec de nouveau Wedge comme commandant. Ils couvrirent avec succès la fuite des Spectres durant une mission, mais un coup dur leur fut porté lorsque Tal'dira, qui avait été victime d'un lavage de cerveau par des agents de Zsinj, tenta d'assassiner Wedge Antilles et dut être abattu par Corran Horn. Finalement, la flotte de la Nouvelle République put enfin affronter directement celle du Seigneur de la guerre et à détruire son vaisseau amiral, le Poing d'Acier, ce qui entraîna la chute de Zsinj.

Neuf ans après la Bataille de Yavin, le Grand Amiral Thrawn prit l’Empire en main, et grâce à ses infaillibles tactiques de combat reprit avec succès la campagne contre la Nouvelle République. De nombreuses planètes retombèrent sous sa coupe, et les forces de la Nouvelle République durent se battre sur tous les fronts pour tenter de contrer ses stratégies complexes. L'Escadron Rogue ne fut pas en reste et prit part à la bataille de Sluis Van, premier revers que Thrawn ait subi à la tête de l'Empire, en détruisant les vaisseaux taupes impériaux qui perçaient la coque des navires rebelles pour s'en emparer. Puis, quelques semaines plus tard les Rogues durent se battre pour défendre Coruscant contre un raid du Grand Amiral. Les forces impériales furent repoussées mais les défenseurs de la planète subirent de lourdes pertes. Une contre-attaque fut alors organisée pour reprendre les chantiers navals de Bilbringi aux impériaux, rassemblant une partie de la flotte rebelle, dont les Rogues. Mais, malgré le secret extrême entourant cette opération, Thrawn éventa le plan des Rebelles et partit pour Bilbringi avec sa flotte pour surprendre les Rebelles à leur arrivée dans le système. Malheureusement pour lui, Rukh, son garde du corps Noghri dont le peuple s'était rallié à Leïa Organa, assassina le Grand Amiral, mettant fin à sa campagne de reconquête. Pellaeon, son subordonné, incapable de développer une stratégie suffisamment élaborée pour battre les Rebelles, dut battre en retraite et laisser la planète à la Nouvelle République.

Peu après cette victoire inopinée, Wedge Antilles, sous la pression de l'amiral Ackbar, accepta enfin de revêtir le grade de général et la plupart des membres de l'Escadron furent promus à leur tour. Ils furent alors affectés à la campagne contre le prince-amiral Krennel, dirigeant de l'Hégémonie Ciutrique dont il avait récupéré le commandement après avoir assassiné Sate Pestage. Au cours d'une mission de reconnaissance sur Distna, la lune du système de Corvis Minor, les Rogues tombèrent dans une embuscade tendue par Krennel et furent portés disparus. Ils avaient en réalité été secourus par des vaisseaux inconnus qui les conduirent jusqu'à une base cachée où ils eurent la surprise de trouver Ysanne Isard, bien vivante et échafaudant de nouveaux plans. Elle leur expliqua qu'elle menait elle aussi, à l'aide de quelques escadrons de chasseurs, une guerre contre Krennel, qui s'était adjoint un clone d'elle, et sollicita – de manière assez persuasive – l'aide de l'Escadron. Les Rogues, retenus de force, acceptèrent mais réussirent à contacter la Nouvelle République qui affronta les forces de Krennel en orbite et à la surface de Corvis Minor, vainquant les forces du prince-amiral et le tuant ainsi que le clone d'Isard. Isard elle-même trouva également la mort quelques jours plus tard en tentant de récupérer le Lusankya restauré par les Rebelles.

Lorsque l'Empereur revint dans un corps cloné et menaça de nouveau la galaxie, Wedge Antilles quitta définitivement le commandement de l'Escadron, le laissant à Tycho Celchu pour se consacrer à la stratégie. Puis, lorsque la paix avec l'Empire fut signée 19 ans après la bataille de Yavin, Tycho prit sa retraite et ce fut Gavin Darklighter qui assura le commandement des Rogues. Lorsque l'espèce extragalactique des Yuuzhan Vong envahit la galaxie, l'Escadron dut se battre sur tous les fronts, participant notamment aux batailles de Dantooine et d'Ithor au début de la guerre, durant lesquelles ses effectifs furent sérieusement réduits. Il accueillit un temps Jaina Solo dans ses rangs, mais celle-ci dut quitter l'Escadron lorsque les massacres des Vong furent indirectement imputés aux Jedi. Elle vola malgré tout aux côtés des Rogues lorsqu'ils attaquèrent une station de combat Yuuzhan Vong en construction dans le système de Sernpidal sur les renseignements de Kyp Durron, mais qui se révéla finalement être un vaisseau-monde désarmé. L'Escadron se battit également lors de la prise de Coruscant par les Vong, qui fut plus une gigantesque opération d'évacuation qu'une véritable bataille. Puis il prit part à la bataille d'Ebaq 9, première victoire de la toute nouvelle Alliance Galactique, et à la défense de Mon Calamari où les Yuuzhan Vong battirent en retraite. Enfin, près de quatre ans après le début de la guerre, il participa à la libération de Coruscant, plus grande opération militaire jamais menée dans la galaxie, qui vit la reddition des Vong et la fin de la guerre. La plupart de ses membres prirent alors une retraite bien méritée, mais l'Escadron Rogue continua à servir l'Alliance Galactique.

Durant plus de vingt-cinq ans les Rogues se sont battus de diverses manières et sur de nombreux fronts pour défendre la galaxie. Voici une liste non exhaustive des missions de qu'ils ont accomplies durant ces années.

• +3 :
  
  
  • Bataille de Hoth : Défendre la base rebelle sur Hoth contre les troupes d'assaut impérial et couvrir les cargos d'évacuation
  
  
  • Défense de la flotte rebelle : Détruire un croiseur impérial qui était tombé sur la position de la flotte rebelle
  
  
  • Bataille de Gall : Couvrir le Faucon Millenium pendant que ses occupants tentaient de secourir Han Solo des mains du chasseur de primes Boba Fett

• +4 :
  
  
  • Bataille d'Endor : Détruire la seconde Etoile Noire en construction dans le système d'Endor

• +5 :
  
  
  • Bataille de Bakura : Aider les habitants de la planète Bakura à se défendre contre les Ssi-ruuk, une espèce venue des confins de la galaxie envahir la planète

• +6 :
  
  
  • Attaque contre l'Aspic Noir : Défendre le cargo Pulsar attaqué par l'interdicteur impérial Aspic Noir
  
  
  • Mission sur Hensara : Couvrir la fuite d'agents néo républicains sur Hensara
  
  
  • 1ère Bataille de Borleias : Prendre la planète impériale Borleias avec la flotte du général Kre'fey
  
  
  • 2ème Bataille de Borleias : Détruire le système d'alimentation énergétique de la base impériale de Borleias pour paralyser le système de défense des impériaux
  
  
  • 6ème Bataille de Coruscant : Désactiver les boucliers de Coruscant pour permettre aux troupes rebelles d'investir la planète

• +7 :
  
  
  • Escorte de convois de bacta : Protéger les convois de bacta néo-républicains des forces de l'Empire et du Seigneur de la guerre Zsinj
  
  
  • Mission sur Ryloth : Rapporter du ryll kor de Ryloth pour tenter de trouver un remède au Krytos
  
  
  • Attaques de convois impériaux : Capturer des convois de bacta impériaux en provenance de Thyferra pour redistribuer leur contenu aux planètes nécessiteuses
  
  
  • Destruction du Corrupteur : Détruire le destroyer impérial Corrupteur protégeant un convoi impérial
  
  
  • Bataille de Thyferra : Battre la flotte d'Ysanne Isard dans le système de Thyferra avec l'aide du destroyer Liberté pour libérer la planète du joug de l'Empire
  
  
  • Engagement contre Zsinj : Attaquer la flotte du Seigneur de la guerre Zsinj près de la planète Levian 2
  
  
  • Destruction du Poing d'Acier : Détruire le vaisseau amiral de la flotte de Zsinj, le superdestroyer Poing d'Acier en le suivant dans le système de Selaggis

• +9 :
  
  
  • Bataille de Sluis Van : Protéger les chantiers navals de Sluis Van contre les forces impériales du Grand Amiral Thrawn
  
  
  • Bataille de Bilbringi : Reprendre les chantiers navals de Bilbringi et repousser la flotte impériale en orbite de la planète
  
  
  • Reconnaissance sur la lune de Distna : Escorter un X-wing de reconnaissance pour obtenir des informations sur les forces du prince-amiral Krennel dans le système de Corvis Minor

• +10 :
  
  
  • Bataille de Mon Calamari : Protéger Mon Calamari des Dévastateurs de Mondes et des chasseurs impériaux envoyés par l'Empereur ressuscité

• +11 :
  
  
  • Défense de Xa Fel : Défendre la planète Xa Fel contre le groupe de pirates les Scélérats

• +25 :
  
  
  • Bataille de Dantooine : Couvrir l'évacuation des habitants de la planète Dantooine, attaquée par les Yuuzhan Vong
  
  
  • Bataille d'Ithor : Tenter de repousser les Yuuzhan Vong durant leur attaque de la planète Ithor, avec l'aide des impériaux

• +26 :
  
  
  • Destruction d'un vaisseau-monde Yuuzhan Vong : Détruire une station de combat Vong en construction dans le système de Sernpidal, en réalité un simple vaisseau-monde

• +27 :
  
  
  • 13ème Bataille de Coruscant : Couvrir l'évacuation de Coruscant durant l'attaque des Yuuzhan Vong

• +28 :
  
  
  • Bataille d'Ebaq 9 : Battre les forces Yuuzhan Vong près d'Ebaq 9 et tenter d'inverser le cours de la guerre

• +29 :
  
  
  • Défense de Mon Calamari : Défendre Mon Calamari, capitale de l'Alliance Galactique depuis la chute de Coruscant, contre la flotte Vong
  
  
  • 14ème Bataille de Coruscant : Libérer Coruscant et en finir avec les Yuuzhan Vong