A bord d’un vaisseau de commandement de la République, Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker, entourés du Capitaine Rex et du Commandant Cody, écoutent un message du Général Grievous qu’ils ont interceptés. Sur l’hologramme apparaissent Asajj Ventress et Grievous qui discutent du plan d’invasion de Kamino, dont le but est la destruction des installations de clonage. Suite à ce message, Rex et Cody souhaitant défendre leur planète « natale », font pression auprès des deux Jedi afin qu’ils accèdent à leur requête. Anakin étant d’accord avec eux, ils leur ordonnent de rapatrier la 501ème légion sur Kamino.

En direction de Kamino, Grievous et Ventress finalisent l’invasion, Grievous souhaitant attaquer directement la capitale,Tipoca City. Ventress lui précise qu’elle connait exactement l’endroit : le lieu de stockage des ADN et le lieu de baraquement des troupes. Grievous, dans sa folie destructrice, est reprise par Ventress qui lui rappelle que le Comte Dooku leur a confié une mission commune. A la fin de la transmission, Ventress ordonne la vérification des aqua-droïdes.

Pendant que son vaisseau-trident, en mode submersible, est discrètement en approche de Tipoca City, un vaisseau de commandement de l’armée clone atterrit sous une pluie battante. De ce vaisseau sortent Anakin, Obi-Wan, Cody et Rex qui sont accueillis par la togruta Shaak Ti et le Premier Ministre kaminoan Lama Su. Obi-Wan leur confie que les Séparatistes, menés par Grievous, vont s’attaquer à Kamino. Mais Lama Su est confiant du blocus défensif de la République et soutient qu’il n’y aura aucun problème.

Dans les couloirs de Tipoca City, Fives et Echo aperçoivent 99. Celui-ci est heureux de les revoir mais est également attristé par la mort de Hevy, car il ne pourra plus jamais lui redonner sa médaille. Echo et Fives lui explique la situation à laquelle ils sont confrontés et sont ravis que 99 leur propose son aide.

Pendant ce temps, autour de la planète, le blocus républicain est en place lorsqu’apparaissent les vaisseaux séparatistes. Une fois les vaisseaux en position, l’attaque débute. Depuis le Poste de Commandement, Shaak Ti ordonne la riposte aérienne. La riposte, menée par Anakin, s’infiltre entre les vaisseaux séparatistes. La bataille faisant toujours rage, de grands morceaux de coques sont perdus par les vaisseaux séparatistes dès qu’ils sont touchés et tombent en direction de la planète.

Mais, sous les yeux surpris et inquiets de Shaak Ti et d’Obi-Wan, quelque chose semble ne pas coller. Pendant ce temps, les débris des vaisseaux arrivent à la surface de la planète et sombrent dans le fond des océans. Le vaisseau-trident de Ventress détectant ses débris, elle ordonne d’envoyer les aqua-droïdes afin qu’ils soudent la barge d’assaut.

Mais autour de la planète, des débris toujours plus gros tombent à cause de la riposte aérienne d’Anakin qui fait mouche à chaque tir. Après avoir analysé leur stratégie, Obi-Wan empêche Anakin de leur porter le coup de grâce car il trouve cela « trop facile ». Il lui explique que la stratégie de Grievous réside dans la chute de débris et rétorque à Shaak Ti qu’il va aller faire « quelques » brasses.

Obi-Wan part à la recherche des débris. Puis soudain, il aperçoit des aqua-droïdes en train de souder les débris. A la vue du grand nombre de vaisseaux-tridents, Obi-Wan informe Anakin que l’attaque principale viendra des océans et non de l’espace. Mais il est repéré, et en tentant de fuir, son submersible est détruit par les aqua-droides, l’obligeant à s’éjecter. Contrairement aux droïdes, Obi-Wan ne peut rester indéfiniment sous l’eau, et, pour remonter plus vite vers la surface, s’accroche à un Aihwa.

Pendant qu’il se dirige vers la ville sur le dos de l’Aihwa, des vaisseaux-tridents sortent de l’eau et attaquent Tipoca City. Anakin est immédiatement mis au courant, et décide de se diriger vers la surface de la planète.

Dans les hangars, c’est l’alerte rouge. Echo et Fives, sur ordre d’un ARC trooper, sont placés sur le toit en tant que snipers. Tandis qu’il y a toujours plus de vaisseaux séparatistes qui arrivent, les soldats clones sont tous prêts pour le combat. Lorsque les vaisseaux percent la défense, tous les clones ouvrent le feu. Malgré cela, les droides sont toujours plus nombreux à débarquer, jusqu’à l’arrivée même du Général Grievous.

Dans les couloirs des installations de clonage, c’est la catastrophe. Dans centaines de stations de clonage sont détruites par la chute de débris. Sur les quais de déchargement, c’est la même histoire. Les clones sont dominés par l’armée droïde qui gagne de plus en plus de terrain, et l’arrivée de Ventress ne présage rien de bon non plus pour l’armée clone. Pendant ce temps, 99 tente d’aider ses frères tant qu’il le peut. Mais sa présence provoque la mort d’un soldat ARC qui voulait le protéger.

Au même moment, Obi-Wan ordonne à Anakin d’aller protéger la salle des ADN car il pense qu’il ne s’agit que d’une simple diversion. De retour sur les quais, Echo et Fives, en position de sniper, font toujours des ravages dans les lignes adverses. 99 leur apporte des munitions mais est interrompu par des droides qui les attaquent. Après les avoir détruits, des cadets souhaitant aller au baraquement sont escortés par 99, Echo et Fives.

Pendant ce temps, Grievous continue de progresser dans les installations. Le commandant Colt est victime du sabre laser de Ventress, qui vient juste de rejoindre Grievous. Malgré leur apparente alliance, Ventress et Grievous se disputent encore pour savoir lequel est le plus puissant. Mais Grievous rappelle à la Jedi Noire qu’elle est censée récupérée de l’ADN de clones ; ADN qui pourrait aider les séparatistes à gagner la guerre.

Sur les quais d’embarquement, les clones continuent de tomber un à un. Au même moment, les cadets, accompagnés de 99, Echo et Fives arrivent dans les baraquements. Au même moment, le Commandant Cody et le Capitaine Rex arrivent et leur disent qu’il va falloir se battre pour défendre leur centre. Poussé par un discours convaincant de Fives, les cadets décident finalement de se battre. 99 se propose d’aller chercher de quoi mettre une dérouillée aux droides.

Pendant ce temps, Shaak Ti défend le Poste de Commandement contre l’invasion de droides, et ordonne une contre-attaque à la vue à la diminution du nombre de droides.
Dans la salle de stockage des ADN, Ventress est surprise par Anakin après qu’elle en ait volé. 99, accompagné par Rex et Cody, a récupéré des armes et munitions et retourne directement au baraquement. Arrivée du côté des baraquements, Grievous ordonne à ses droides de débusquer et tuer tous les clones qu’ils trouveront. Mais les droides sont surpris par la résistance qu’offrent les soldats clones et Grievous, qu’Obi-Wan, soudain là, provoque en duel.

Pendant ce temps-là, le duel entre Anakin et Ventress débute tout juste. Le duel est équilibré, mais Anakin garde toujours comme objectif de récupérer l’ADN des clones. Le second duel quant à lui n’est pas équilibré : Obi-Wan est maltraité par le général cyborg. Mais Obi-Wan, maitrisant la Force, parvient à projetter Grievous qui, suite à cela, prend la fuite.

La bataille fait toujours rage dans les baraquements, et 99 continue d’apporter son aide en donnant aux clones des grenades. Sur ordre de Rex, les cadets sortent des lits pour faire feu sur les droides qui semblent surpris de la manœuvre.

Le combat entre Anakin et Ventress est toujours équilibré, et après une pirouette de Ventress, celle-ci parvient à s’enfuir. Obi-Wan, toujours à la poursuite de Grievous, se retrouve sur une passerelle externe. Mais celui-ci l’attendait en dessous de la passerelle. Et ainsi le combat peut reprendre.

N’écoutant que son courage, 99 n’hésite pas à aller chercher de nouvelles grenades. Mais il est touché par plusieurs tirs, dont deux dans le dos, venant des droides, et finit par s’écrouler. A ce moment-là, Rex est contacté par Shaak Ti qui lui informe que les droides ont été repoussés dans le hangar principal. Pendant son duel face à Grievous, un vaisseau-trident détruit la passerelle ce qui provoque la chute d’Obi-Wan vers l’océan.

Pendant ce temps, Grievous, grâce à ses plaques magnétiques, reste accroché et vérifie la mort d’Obi-Wan. Et alors que Grievous s’enfuit dans une nacelle de secours, Obi-Wan est de nouveau sauvé par un Aihwa.
Dans le hangar principal, les clones ont repris le court de la bataille et parviennent à éliminer les droides et vaisseaux séparatistes. Pendant la destruction des vaisseaux-droides, Anakin et Ventress apparaissent sous les yeux des clones. Après avoir désarçonné la tueuse, Anakin récupère l’ADN grâce la préhension de Force. Après une contre-attaque, Ventress tente de récupérer l’ADN mais il est finalement stoppé par un clone. A la suite de cela, des dizaines de clones, accompagnés d’Anakin, menacent Ventress. Mais grâce à la navette de sauvetage de Grievous, elle parvient à s’extirper de cette situation.

De retour dans les baraquements, les clones sont agréablement surpris d’avoir réussi à battre les droides. Mais cette victoire est endeuillée par la mort de 99, qui fait dorénavant partie des soldats morts au combat. Une fois la bataille terminée, Echo et Fives sont félicités par Cody et Rex pour leur bravoure durant le combat, et sont remerciés en étant promu ARC Troopers.