Une transmission a été interceptée ! Il s’agit d’un appel d’urgence Jedi vieux de 2000 ans provenant de l’Espace sauvage. Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker et Ahsoka Tano sont envoyés en mission pour découvrir l’identité de l’émetteur de ce mystérieux message.
Arrivés au point de rendez-vous, les Jedi ne détectent pas le Destroyer Venator de Rex qui leur indique pourtant être dans la même zone, puis une immense structure octaédrique apparaît soudainement et la navette y est tractée sans que les Jedi ne puissent faire grand-chose. Une fois posé à l’intérieur de la structure, les commandes du vaisseau ne répondent toujours pas et il est impossible pour les Jedi de se localiser dans la galaxie. La Force est très puissante dans cet endroit et le temps semble y avoir ses propres règles.
Apparaît alors La Fille qui insiste pour savoir si Anakin est l’Élu. Devant l’incompréhension du groupe, elle décide de les emmener jusqu’au Père puis leur expliquer être le début, le milieu et la fin de tout et d’avoir pour mission de protéger le Pouvoir.
Soudain, un éboulement sépare le groupe. Anakin parvient avec La Fille au Monastère de Mortis et il y rencontre Le Père. Celui-ci l’invite à rester pour la nuit avant de pouvoir déterminer s’il est réellement l’Élu qui accomplira de grandes choses pour la galaxie. De leur côté, Obi-Wan et Ahsoka voient apparaître Le Fils qui leur demande également si Anakin est bien l’Élu. Avec sa grande maîtrise de la Force et son obsession pour Anakin, Owi-Wan en déduit qu’il est un Sith. Le Fils reste cependant mystérieux puis se transforme en animal et de s’envoler.
La nuit arrivée, le fantôme de Qui-Gon Jinn apparaît à Obi-Wan pour lui demander s’il a entraîné Anakin comme il le lui avait demandé. Il lui explique alors que les trois créatures habitant ce monde étrange croient comme lui qu’Anakin est l’Élu et qu’ils le testeront afin de découvrir la vérité. C’est ensuite au tour d’Ahoska de voir son futur soi lui indiquer que son maître a planté en elle les graines du Côté Obscur. La vision lui conseille donc de s’éloigner d’Anakin pour ne pas sombrer avec lui puis elle l’incite de quitter la planète au plus vite.
Au même moment, Shmi Skywalker apparaît à Anakin pour lui expliquer que ses pouvoirs sont plus puissants que ceux de tous les autres Jedi et qu’il doit se servir de la peine engendrée par sa mort pour dépasser sa formation Jedi. Anakin avoue alors qu’il éprouve de la culpabilité pour avoir massacré sans réfléchir les Tusken mais qu’il ressent le besoin de ne pas s’abandonner pour pouvoir toujours éprouver de l’amour. Lorsqu’il fait allusion à sa femme Padmé Amidala, Shmi se met en colère car elle considère que la sénatrice n’est qu’une distraction par rapport à son grand destin. Elle se transforme alors en animal volant avant de disparaître.
Anakin accuse alors Le Père d’être un Sith mais celui-ci lui indique qu’il est bien plus que cette vision réductrice de la Force. Il est l’équilibre, La Fille représente la lumière et Le Fils l’obscurité. Lui et ses deux enfants sont si puissants dans la Force qu’il a dû se réfugier sur Mortis avec eux pour ne pas risquer d’interférer dans le monde réel. Le Père lui propose ensuite de passer un test pour savoir s’il est bien l’Élu qui équilibrera la Force dans la galaxie.
Le Père lui présente alors Ahsoka et Obi-Wan capturés par ses enfants puis il demande à Anakin de choisir entre la vie de son apprentie ou celle de son maître. Un choix assumé censé le délivrer de la culpabilité qui l’habite depuis la mort de sa mère. Kenobi lui indique alors que la planète représente la Force et lui conseille de puiser en elle pour briser le dilemme qui lui est présenté. Grâce à ce conseil, Anakin peut alors maîtriser Le Fils et La Fille malgré leurs puissants pouvoirs et parvient à libérer ses deux amis.
En ne choisissant aucun camp, le Père considère qu’Anakin est bien celui qui équilibrera la Force. Il lui indique alors que sa destiné est de rester sur Mortis pour pouvoir maîtriser ses deux enfants lorsque lui-même sera mort. S’il décide de quitter Mortis alors ses deux enfants parviendront un jour à quitter la planète et la galaxie sera la victime de leur affrontement. Anakin refuse cependant cette charge estimant que son rôle est de combattre les Sith dans la guerre des clones.