Sur Naboo, des droïdes de combat sont abattus. La reine de Naboo décide donc de faire appel à la sénatrice Amidala pour gérer la situation.



La sénatrice arrive sur Naboo en compagnie de C-3PO et Jar Jar Binks. Ils retrouvent la reine qui les conduit devant les carcasses de droïdes abattus, dans l’idée de rassembler des preuves d’une nouvelle invasion de Naboo.

Ils réaniment un droïde et apprennent que les Séparatistes disposent d’une base cachée sur la planète et qu’il y a un certain «virus». Pendant ce temps, Jar Jar, fidèle à lui-même, essaye d’attraper un insecte volant qui s’est échappé de la carcasse du deuxième droïde abattu. Mais il renverse des étagères et écrase le droïde qui se faisait interroger… et le détruit.

Mais l’insecte provenait des marécages, ce qui signifie que le droïde en vient. Padmé contacte le Conseil Jedi et demande qu'Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi viennent enquêter.



Plus tard, Padmé et Jar Jar, en combinaison de survie, partent en direction des marécages et tombent sur une Gungan, Peppi Bow. Elle leur dit que l’eau est empoisonnée. Padmé renvoie Peppi à Theed tandis qu’elle et Jar Jar partent dans forêt où les perlotiers se trouvent, l’origine supposée du virus.
Dans la forêt, Jar Jar tombe et découvre une trappe d’une base souterraine. Padmé appelle le capitaine Typho pour lui demander de scanner la zone. Mais les deux enquêteurs se font encercler par des droïdes de combat qui les escortent devant le docteur Nuvo Vindi. Ce dernier leur présente le virus de l'Ombre-Bleu, ancien virus responsable de la mort de nombreuses personnes dans plusieurs systèmes stellaires. Ne fonctionannt à la base que par l’eau, Vindi prouve à ses spectateurs qu’il est possible de le transformer en aérosol, en le mettant dans des bombes. Un droïde assistant sort de la pièce avec l’une d’elle.



Anakin, Ahsoka et Obi-Wan arrivent à Theed et Typho les briefe. Anakin envoie sa padawan à l’endroit où Peppi Bow a vu Padmé et Jar Jar la dernière fois.
Typho montre aux deux Jedi les informations extraites d’autres droïdes. Ils découvrent la présence du docteur Nuvo Vindi. Anakin part rejoindre Ahsoka. Leur plan est d’entrer par les différentes trappes de la base en créant une diversion au sud.

Ahsoka fait sauter une bombe et les canonnières de la République arrivent. Chaque Jedi infiltre la base par une entrée différente à l’aide de Rex et des clones. Ils détruisent les différents droïdes s’opposant à eux. Anakin parvient à trouver Vindi mais ce dernier laisse le choix à Anakin de le capturer ou sauver Padmé et le Gungan. Il sauve Padmé, laissant le docteur s’échapper.



Anakin prévient ses amis de la situation tandis qu’Obi-Wan trouve les bombes servant à la diffusion du virus. Il ordonne aux clones de les désamorcer tandis qu’il ira aider Anakin à attraper Nuvo Vindi. Aussi, il s’aperçoit qu’une bombe est manquante.

Padmé trouve le droïde portant la bombe et la récupère après une rude bataille entre le droïde et Jar Jar.

Anakin arrive devant la baie d’atterrissage où se trouve le docteur fou. Obi-Wan le rejoint et saute sur la plateforme mais redescend aussi vite puisque le fou lui lance des fioles du virus.
Anakin saute sur la plateforme mais Vindi lui lance encore une fiole. Peppi Bow est derrière et saute sur l’ennemi. Anakin le tient en joue.



Les clones parviennent à désamorcer la dernière bombe avant que le compte à rebours ne se termine. Le docteur Vindi est attaché et est prêt pour un aller simple vers les prisons de Coruscant.