Peu après la deuxième bataille de Christophsis, alors que jusqu’à présent Naboo avait été épargnée par le conflit, Neeyutnee reçut devant le Conseil de la planète une inquiétante visite. Présentée par Boss Nass, la Gungan Peppi Bow avait observé un changement de comportement de son élevage de Shaak, un stress important similaire à celui que les bêtes de somme avaient montré lors de l’invasion de Naboo par la Fédération de Commerce dix ans plus tôt. Même si l’information semblait peu importante à première vue, la guerre étant loin et les senseurs n’ayant rien détecté, Neeyutnee accepta la requête du Capitaine Typho d’aller investiguer sur place.
Peu après, la reine reçut la nouvelle qu’elle craignait, Typho avait effectivement repéré des droïdes séparatistes sur Naboo. Son conseiller Sio Bibble l’a prévint que cela pouvait signifier l’invasion de Naboo. Mais la jeune reine avait déjà pris conscience de la gravité de la situation et avait prévenu la représentante Naboo au sénat Padmé Amidala. Neeyutnee, accompagnée de Typho, accueillit elle même la sénatrice et lui fit part de son inquiétude et du besoin de demander l’aide de la République. Amidala se montra évidemment impliquée dans cette menace sur sa planète natale mais dut malgré elle calmer l’ardeur de Neeyutnee, avançant qu’hélas, quelques droïdes n’étaient pas suffisant pour que la République les aide.
Neeyutnee se fit une raison et laissa Amidala gérer la situation. Finalement, cette dernière et les généraux Jedi Kenobi et Skywalker purent découvrir ce qui se tramait et mettre en échec le plan séparatiste du Dr Nuno Vindi de relâcher le virus Ombre Bleue.
Peu avant la fin de la guerre, Apailana succéda à Neeyutnee pour devenir la nouvelle reine de Naboo et princesse de Theed.
L'année suivante, Neeyutnee fit appel à la Sénatrice Amidala et au Jedi Skywalker pour gérer un conflit avec les Gungans. Il s'avéra que ce n'était pas les Gungans dans leur ensemble qui souhaitaient s'en prendre aux Naboos mais juste le conseiller Rish Loo qui manipulait le Boss Lyonie.
L'intervention de Jar Jar Bink, Padmé Amidala et Anakin Skywalker permit de stopper les plans du traître et le conflit. Malheureusement la capture par les séparatistes de Skywalker aboutie en un échange avec le Général Grievous, lui-même capturé par les Gungans. Bien que la tension était palpable et les ennemis à cran, les Séparatistes quittèrent la planète, laissant les Gungans et les Naboos à leur réconciliation. Neeyutnee remercia les Gungans et particulièrement Jar Jar pour son implication dans la résolution du conflit.
Pour le Festival des Lumières la reine Neeyutnee reçut la visite du chancelier Palpatine, bien escorté par les Jedi Mace Windu, Anakin Skywalker et Ahsoka Tano à cause d’une menace d’assassinat du plus haut dignitaire de la République Galactique. La reine fut ainsi témoin de l’enlèvement de Palpatine par Cad Bane et Moralo Eval lors de son discours d’inauguration des festivités pour le livrer au comte Dooku. Heureusement, Obi-Wan Kenobi, déguisé en Rako Hardeen, parvint à déjouer le plan et le chancelier fut très rapidement délivré avant qu’il ne quitte Naboo.