Le docteur Vindi est maintenant aux arrêts. Les Jedi ont pu empêcher la diffusion du virus Ombre Bleue. Padmé s’apprête à partir lorsqu’elle se rend compte qu’une fiole est manquante dans la dernière bombe qu’elle a récupérée.



En effet, le droïde assistant a retiré la dernière fiole du virus avant que Padmé ne s’en empare et celui-ci se dirige vers la pièce où se trouvent toutes les bombes désamorcées…
Le droïde place la fiole dans une bombe sous l’œil des clones et cette dernière explose. L’alarme retentit et les portes de la base se ferment pour empêcher le virus de se propager. Padmé et Jar Jar remettent leurs combinaisons de survie tandis qu’Ahsoka et ses clones fuient pour échapper au nuage du virus. Ils essayent de se rendre dans une chambre sécurisée mais celle-ci commence à se fermer sous leurs yeux. Ahsoka utilise donc la Force pour rouvrir la porte ; offrant la possibilité aux clones et à elle de s’introduire dans la pièce. Mais avant que tout le monde soit passé, une petite quantité de virus a pu s’introduire dans la pièce, contaminant tous ses occupants.

Ayant eu vent de tout cela, Anakin menace le docteur fou pour obtenir des informations sur un possible antidote. Obi-Wan calme le jeu et propose de retourner à Theed pour emmener le scientifique en cellule où il sera interrogé.



Une fois arrivés à Theed, les Jedi livrent leur prisonnier aux gardes de la sécurité. Le capitaine Typho emmène les Jedi dans le centre de contrôle pour leur montrer un probable remède au virus Ombre Bleue. Le remède serait produit à base de racine de Reeksa ; racine uniquement trouvable sur la planète Iego, dans le système des Milles Lunes.
Les Jedi décident de partir sur-le-champ.

Pendant ce temps, dans la base séparatiste, Padmé et Jar Jar rejoignent Ahsoka et les clones qui sont déjà contaminés. Ils décident alors de traquer les droïdes de combat restant pour les empêcher de sortir et de relâcher le virus sur la planète.



Anakin et Obi-Wan arrivent en orbite de Iego, où se trouvent des centaines de débris de vaisseaux. Ils atterrissent sur la planète mais ont pour comité d’accueil tout un bataillon de droïdes de combat. Anakin en détruit 18 mais fini par se rendre compte qu’ils ne ripostent pas. Un étrange personnage arrive, Jaybo Hood. Ce dernier gronde le Jedi en clamant qu’il a mis 9 mois à reprogrammer tous ces droïdes pour en faire ses assistants/esclaves. Amusés par la situation mais fidèles à leur mission, les Jedi questionnent Jaybo au sujet des racines de Reeksa. Leur hôte leur indique que les racines se trouvent au fin fond de la planète, en compagnie d’énormes plantes carnivores.
Les Jedi commencent leur descente mais se heurtent à un xandu, une créature volante. Anakin et Obi-Wan s’accrochent à la créature, ce qui leur permet de descendre tranquillement en bas de la falaise.
Une fois en bas, ils réveillent la fameuse plante carnivore. Anakin sort son outil pour récupérer une racine tandis qu’Obi-Wan observe les faits et gestes de la créature. Une fois ceci fait, ils se retirent en courant et remontent la falaise.



De retour en haut, Jaybo explique aux Jedi qu’il est impossible de quitter la planète à cause du fantôme de Droll. Ce dernier tuerait tous les pilotes qui essayent de quitter le système.
Amit Noloff, un habitant de la cité, confirme les dires de Jaybo en montrant une archive holographique aux Jedi mettant en scène la mort d’un pilote chevronné.

Peu convaincus par les avertissements des Iegoyens, Anakin et Obi-Wan partent quand même. En orbite, ils se font barrer la route par un gigantesque champ de lasers. Echapper aux lasers étant trop dangereux, ils décident de retourner sur la terre ferme.
A leur atterrissage, ils reçoivent un message de Padmé et Ahsoka leur apprenant que la combinaison de Padmé a été endommagée et qu’elle est désormais contaminée par le virus Ombre Bleue.

Les Jedi rassemblent un conseil pour leur expliquer que le fantôme de Droll n’est autre qu’un système de sécurité mis en place par les Séparatistes pour empêcher quiconque de quitter le système planétaire. Certains ne croient pas un mot des affirmations des Jedi.



Un ange, qui peuplait auparavant les lunes de Iego, entre dans la pièce. Les anges étaient présents sur une des lunes avant que les Séparatistes n'arrivent et ne les expulsent. Obi-Wan demande de quelle lune il s’agissait et l’ange lui répond Millius Prime. Il en déduit donc que l’origine du système de sécurité doit être sur la lune Millius Prime.

Afin d’augmenter leurs chances de réussite, Anakin demande à Jaybo de reprogrammer des droïdes vautours pour en faire des leurres.
Les Jedi remontent à bord du Twilight et rejoignent l’espace. Le système de sécurité s’enclenche et à l’aide des droïdes vautours, ils parviennent à détruire l’émetteur du faisceau laser.
Obi-Wan prévient les citoyens de Iego qu’il est désormais possible pour quiconque de partir de la planète.

Ils sautent en hyperespace avec Naboo pour coordonnées.



De retour sur la planète, les Jedi parviennent à sortir leurs amis de la base contaminée. Anakin dit à Padmé qu’ils vont s’en sortir grâce aux racines de Reeksa. Anakin félicite ensuite Ahsoka pour tout ce qu’elle a fait pour ses compagnons.

Les canonnières décollent pour rejoindre Coruscant.