En tant que leader de la religion Yuuzhan Vong, la caste des prêtres est la plus proche des dieux, en particulier de Yun-Yuuzhan et de la Tricheuse, Yun-Harla. Les serviteurs de la Déesse Masquée résident principalement dans la Secte de la Supercherie faisant partie de la caste des prêtres. En plus de leur rôle de correspondant avec les dieux, les membres de la caste des prêtres tiennent aussi lieu de surveillants religieux pendant les campagnes militaires Yuuzhan Vong.
La Secte de la Tromperie avait ses propres codes, son propre langage et ses propres méthodes d’éducation. Dès la naissance, ses membres étaient entraînés à la trahison et la supercherie, moins dans un but malhonnête que pour le bien du peuple Yuuzhan Vong. Ils étaient entraînés à duper les « infidèles », les êtres non-convertis à la Vraie Voie, et réunissaient nombre d’informations essentielles, de la même manière qu’un service de renseignement et d’espionnage en religion.
Yun-Yuuzhan lui aussi possédait sa secte, appelée Ordre de Yun-Yuuzhan. Cet ordre était le plus puissant de la caste des Prêtres en dépit du fait que le Seigneur Suprême des Yuuzhan Vong était le seul habilité à interpréter la parole finale du Premier Dieu.
Yun-Harla a aussi de nombreux partisans parmi la caste des intendants. Ces derniers travaillaient souvent avec la Secte de la Supercherie dans leur œuvre de désinformation et de propagande. Les politiciens et les responsables administratifs constituent la majeure partie de la population des intendants.
Bien que la caste des Prêtres soit la plus puissante car la plus proche des Dieux, la caste des Intendants possède le pouvoir effectif puisque c’est elle qui règle les affaires courantes et gouverne l’Empire Yuuzhan Vong.
Une certaine faction politique de la caste des intendants, nommée la Garde Prétorienne Vong, mènera finalement à l'échec de la première tentative de conquête de la galaxie connue par les Yuuzhan Vong. Le personnel encadrant de la Garde Prétorienne est constitué d’intendants mais elle contient également des Guerriers, des Généticiens et de nombreux esclaves servant comme soldats. La Garde Prétorienne était en réalité constituée d’un groupement de plusieurs domaines : en ce sens, elle était plus qu’une simple création administrative. D’ailleurs, au moment de l’invasion, le Préfet en charge Da’Gara mena un certain nombre d’actions controversées et qui dépassaient largement le cadre de son autorité. Dans le plan d’invasion établi par Tsavong Lah et Shimrra, la Garde Prétorienne était une partie de la méthodologie d’attaque mais il semblerait que Da’Gara ait un peu « adapté » les ordres qu’il recevait. Da’Gara a pu intriguer dans le dos de sa hiérarchie car il faisait partie des plus fervents partisans de Shimrra lors de son ascension au pouvoir.
L’expertise de la Garde Prétorienne est utile lors de missions secrètes visant à ébranler l'autorité des gouvernements ennemis et à inciter les révoltes. Les agents de la caste des intendants travaillèrent dur pour affaiblir les gouvernements de la galaxie avant l'arrivée de la première partie de la flotte et continuèrent d'amener au déclin l'infrastructure ennemie pendant les phases les plus importantes de l'invasion. Les membres de la secte de la supercherie prient Yun-Harla pour recevoir leurs directives, cherchant à semer la confusion et la discorde parmi leurs adversaires.
Il est également possible que les Yuuzhan Vong Prétoriens aient traditionnellement servis en tant que gardes du corps des plus haut gradés de la hiérarchie Yuuzhan Vong comme le Maître de Guerre ou même le Seigneur Suprême, mais aucune preuve ne permet de le confirmer.
Depuis la Grande Trahison, le besoin d'étendre au maximum le savoir accordé aux Yuuzhan Vong s'est développé. Chaque aspect de leur culture adopte le cycle de l'éternité : la Vie, la Douleur et la Mort. La Vie est exploitée par des moyens que la galaxie connue n'avait jamais expérimentés. Les membres de la caste des modeleurs sont des maîtres de la manipulation génétique et de la technologie bio-organique. Ils ont élevé de nombreuses espèces de créatures afin de servir d'abris, d'armes, de vaisseaux spatiaux ou pour tout autre usage de leur vie quotidienne. Cette manipulation de la vie amène à une haine fanatique des machines. Elles sont considérées comme d’horribles monstruosités qui doivent être détruites. Tous ceux qui utilisent des machines sont des hérétiques et des infidèles avérés, eux aussi doivent être détruits. Ce sera le justificatif principal de leur future invasion.
La caste des modeleurs s'est consacrée à la maîtrise du contrôle de la vie et à servir Yun-Ne’Shel, Celle Qui Modèle. Ses disciples emploient les protocoles de la déesse pour modifier les innombrables formes de vie de la galaxie afin qu'elles se plient à leurs ordres. Les modeleurs pensent que toute forme de vie est impure, hormis les Yuuzhan Vong et leurs créations. Leur tâche sacrée est de purifier la vie et de créer des êtres parfaits par la magie de la manipulation génétique. Cependant, les Anciens exigent que cet objectif ne soit réalisé qu'en suivant les Protocoles de Yun-Ne’Shel. Faire des expériences ou rechercher un nouveau savoir est l'hérésie la plus grave, car les modeleurs auraient alors été trompés par Yun-Harla qui leur aurait fait croire que Yun-Yuuzhan les a bénis de toute sa science et n'a plus rien à leur révéler.
Les disciples de Yun-Ne’Shel sont responsables de la croissance et de la maintenance des nombreux véhicules organiques et de l'équipement utilisés par les Yuuzhan Vong. Leur tâche consiste à modifier les créatures existantes et à en créer de nouvelles pour accomplir toute nouvelle tâche que les Yuuzhan Vong estiment nécessaire à la poursuite de leurs objectifs. Ironiquement, il est interdit au maître modeleur de procéder à un certain type de “création” : donner naissance à des enfants.
Les étrangers assistant aux rituels de la caste des modeleurs les considèrent comme bizarres et plutôt horribles. Quand un maître modeleur choisit un adepte, cet adepte passe par le rituel de l'élévation : accompagné par un surveillant, il doit entrer dans la grotte de Yun-Ne’Shel, une créature fortement psychique de la famille du grand Yammosk. Une fois à l'intérieur, il doit enfoncer une main dans la gueule de la créature, qui mord lentement à travers la chair et l'os tout en renvoyant vers le modeleur des sensations et des émotions de douleur intensifiées. Quand les dents se rejoignent dans un claquement au centre du poignet, la gueule tourne brusquement de quatre-vingt-dix degrés, tranchant la main et laissant un moignon sanglant. L'adepte se dirige ensuite vers le centre de la grotte, où un bassin obscur rempli d'eau abrite des créatures sombres à cinq pattes. Quand le bras est placé dans l'eau, une créature agrippe le moignon jusqu'à ce qu'ils soient attachés définitivement l'un à l'autre. De nouvelles extrémités nerveuses se forment et l'adepte peut bouger sa nouvelle main peu après l'épreuve. La “main” est garnie de protubérances sensitives et les doigts se terminent en un éventail d'outils pratiques. Une autre composante du rituel de l'élévation est l'implantation de la tumeur Vaa. Selon la légende, la tumeur fut extraite du cerveau de Yun-Ne’Shel et est le plus ancien cadeau de la déesse pour la caste des modeleurs. La tumeur Vaa forme lentement les cellules des modeleurs et change leurs pensées, les rapprochant de la pensée et de l'essence de Yun-Ne’Shel. Quand le rituel se termine, on retire la tumeur car poursuivre la croissance tuerait le modeleur. Les modeleurs voyagent ensuite jusqu'au grand Qang qahsa pour remplir les espaces brûlés par la tumeur Vaa. Les adeptes ne peuvent accéder qu'au cinquième cortex du qahsa, alors que les maîtres peuvent visiter tous les cortex, excepté le huitième cortex caché dont l'existence n'est connue que de peu de gens.
L’art du modelage suit un cheminement très précis dont les grandes lignes sont données par les Protocoles de Modelage. Ces protocoles sont organisés en Cortex. Les cinq premiers Cortex sont disponibles à la consultation pour tous les membres de la caste des Modeleurs mais seuls les Maîtres Modeleurs sont autorisés à entrer dans le Sixième et le Septième Cortex. Le Cortex le plus élévé est le Huitième, un Cortex presque vide de connaissances. Les violations du protocole étaient considérées comme une pratique hérétique et punies de mort immédiate.
Les protocoles connus sont les suivants :
Réservé aux organismes les plus avancés, ce protocle explique comment faire naître plus facilement une créature.
Ce protocole stipulait l’usage de la colonne vertébrale du Provoqueur.
Méthode utilisée pour altérer les cellules mémorielles d’un autre Yuuzhan Vong ou d’une créature plus faible.
Cette loi de modelage fixe les règles de production d’un Grutchin.
L’Ordre des Généticiens, constitué généralement de modeleurs mais aussi d’intendants, gère les communications Yuuzhan Vong et le maniement des villips. L’invasion de la Galaxie Connue nécessita de nombreuses adaptations pour pouvoir communiquer avec l’ennemi ou des groupes collaborationnistes.
Les Maîtres des Villips coordonaient les chœurs de villips pendant les batailles afin de favoriser la rapidité des communications entre les leaders des unités de combat.
Les dévots de Yun-Yammka le Massacreur dominent la société Yuuzhan Vong. La grandiose caste guerrière est tenue en grand respect et admiration, car ce sont eux qui vont au combat, éliminant les infidèles des mondes qu'ils conquièrent. La caste des guerriers est peut-être la meilleure arme dont dispose le Seigneur Suprême : leurs prouesses au combat sont inégalées. C'est pour cette raison que les serviteurs du Dieu de la Guerre méprisent toutes les autres castes. Les guerriers dédaignent tout particulièrement la caste des intendants : ils les prennent pour des manipulateurs et des idiots, se refusant la gloire qu'est la douleur ultime.
Aux yeux des guerriers, Yun-Yammka est le premier et le plus important des dieux. Le Massacreur ressemble à un grand cerveau doté d'un œil unique et d’une bouche plissée ; des tentacules recouvrent son corps. Certains pensent que le yammosk est l'incarnation du Dieu de la Guerre. La dévotion à Yun-Yammka est inégalée par rapport à celle de n'importe quelle autre caste vis-à-vis de leur dieu protecteur. Les guerriers se mutilent et se tatouent jusqu'à des extrêmes que d'autres n'imagineraient même pas. Certains se retirent des membres entiers pour les remplacer par des organismes de combat. Ils passent aussi beaucoup de temps à réfléchir dans la prière et la douleur dédiées au Dieu de la Guerre. Prier devant une statue de Yun-Yammka avant d'engager le combat est une pratique courante des guerriers Yuuzhan Vong.
L’héritage familial a une grande importance pour la caste guerrière, avec beaucoup de rituels et de traditions basés sur leurs ancêtres morts depuis longtemps. Les Yuuzhan Vong reconnaissent la famille comme étant un domaine. Quand on s’adresse à quelqu'un, il est convenable de dire son nom suivi du domaine auquel il appartient. Ces domaines peuvent monter en puissance par des performances exceptionnelles au combat ou par des actions héroïques. Pour honorer leur domaine et leurs dieux, les guerriers Yuuzhan Vong entrent souvent dans l’Étreinte de la Douleur, un instrument conçu pour délivrer différentes doses de souffrance selon la situation. La douleur est glorifiée par les Yuuzhan Vong; ceux qui ne l’adoptent pas sont des êtres faibles et insignifiants.