Les Usines de Geonosis ont été reprises ! La victoire est cependant amère, la République a essuyé de nombreuses pertes et Poggle le bref est toujours en fuite.

La Jedi Luminara Unduli retrouve cependant rapidement sa trace et le clone Gearshift estime qu’il se dirige vers le Temple Progate. La capture de Poggle permettrait aux Jedi de découvrir les nombreux secrets que le Géonosien partage avec les Séparatistes, c’est pour cela que la Mirialan insiste pour poursuivre la recherche malgré un tempête de sable en approche.

Une fois arrivée au temple, Luminara prévient Ki-Adi-Mundi, Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker que Poggle est descendu dans les catacombes du temple mais la transmission est brusquement coupée au moment où Gearshift est pris dans un piège. Malgré l’impatience de Skywalker pour se précipiter aider Luminara, les deux Maîtres Jedi parviennent à le convaincre d’attendre la fin de la tempête pour se rendre au temple.

Malheureusement, lorsque Obi-Wan et Anakin arrivent enfin au temple, Cody retrouve Gearshift mort et le sabre de la Jedi abandonné par terre. Ils partent donc à la recherche de la Jedi dans les catacombes malgré un message de Luminara prévenant Kenobi de ne pas venir la chercher car le lieu est trop dangereux pour s’y aventurer. Elle a en effet été capturée par Poggle le bref grâce à des Géonosiens qui semblent plus morts que vivants et sont donc très difficiles à s’en débarrasser.

Très vite, l’équipe de rescousse est elle aussi attaquée par ces soldats mort-vivants. Étant impossible de retourner à la surface pour demander des renforts, les deux Jedi et leurs quelques clones continuent leur excursion dans les sous-terrains jusqu’à parvenir à une pièce où se trouve la reine Karina la Grande en compagnie de Poggle le bref et de sa prisonnière.

Anakin veut foncer dans le tas mais Obi-Wan préfére se présenter devant le reine pour découvrir pourquoi ils ont préféré capturer la Jedi plutôt que de la tuer. Au bluff, Kenobi demande alors à Karina la Grande de reconnaître sa défaite et de se soumettre à la République. Furieuse, la reine refuse cette proposition et fait prisonnier les deux Jedi qu’elle va pouvoir dévorer après Luminara. Comme pour les Géonosiens morts-vivants, elle veut introduire dans leurs cerveaux un de ses Ver Géonosien qui lui permettront de contrôler leurs esprits et ainsi augmenter la taille de son essaim.

Mais au moment où Luminara est sur le point d’être infectée par une larve, Cody et ses hommes apparaissent par surprise et illuminent la pièce afin d’aveugler les Géonosiens trop habitué à la pénombre. Dans la confusion de la bataille, la Mirialan est libérée puis Poggle est capturé avant qu’il ne puisse une nouvelle fois s’échapper. Les clones visent ensuite les piliers de la salle pour que le plafond s’effondre sur Karina la Grande et une grande partie de ses soldats mort-vivants.

Les Jedi parviennent finalement à remonter à la surface avec un précieux prisonnier mais Obi-Wan regrette ne pas avoir pu récupérer un ver afin de l’étudier. Le fonctionnement de cet étrange contrôle mental semble donc devoir rester un mystère pour les Jedi.