Plus tard dans la guerre, Poggle, ayant repris le contrôle de sa planète natale, décida de passer un accord avec le Clan Bancaire et la Fédération du Commerce pour construire des usines de droïdes. Une réunion entre Poggle, Lott Dod le sénateur de la Fédération du Commerce, et Rush Clovis de Scipio, pour régler tous les termes de l’accord était organisée sur Cato Neimoidia. Leur machination fut finalement découverte par Padmé Amidala, qui accompagnait Clovis. 

Suite à cette découverte, Amidala réussit à faire transmettre l’information à la République grâce à Anakin Skywalker. La République décida alors d’attaquer Géonosis pour détruire les usines de droïdes et capturer Poggle le Bref. L’attaque de la République fut un succès malgré un début marqué par de lourdes pertes humaines. Pendant l’attaque, Poggle était dans l’usine principale, mais celui-ci, après avoir rapidement confronté Ahsoka Tano et Bariss Offee. Poggle s’enfuit juste avant la destruction de l’usine et se dirigea avec plusieurs tanks CAB vers le Temple Progate. Le Général Jedi Luminara Unduli réussit à retrouver Poggle grâce à une caisse oubliée lors de sa fuite. Luminara fut alors capturée par les zombies géonosiens de la reine Karina la Grande. Les autres généraux Jedi s’inquiétèrent de la disparition d’Unduli. Kenobi et Skywalker décidèrent de partir à sa recherche. 

Poggle déteste le vice-roi Gunray et le récent échec du blocus de Naboo n’arrange vraiment pas ses sentiments haineux vis a vis du leader de la Fédération. Il attribue cet échec à son inaptitude naturelle de Nemoidien. En attendant de nouvelles instructions, l’archiduc perfectionne des modèles de droides à l’intérieur des fonderies de Géonosis. Mais alors que plusieurs systèmes ont annoncé leurs intentions de quitter la République, Poggle reçoit sur Géonosis les futurs leaders de la Confédération des Systèmes Indépendants qui, sous les instructions du comte Dooku s’apprêtent à ratifier le traité d’appartenance à l’organisation.

Les choses se précipitent, et les forces de sécurité capturent des Jedi espions : Obi-Wan Kenobi et son padawan Anakin Skylwalker ainsi que la sénatrice Amidala. Poggle juge de façon expéditive les intrus et les condamne à mort dans la grande Arène de Gèonosis à être dévorés vivants par un Aclay, un Reek et un Nexu. Alors que tout semble désespéré pour eux, un groupe de Jedi arrive pour les sauver suivi de près par la nouvellement constitué armée clone. La bataille se poursuit, et Poggle fait déferler toutes ses réserves de droides. Mais la supériorité de l’armée républicaine ne fait aucun doute et Poggle est obligé d’ordonner à ses guerriers de se réfugier dans les catacombes. La guerre des clones vient de débuter et la bataille de Géonosis est en passe d’être perdue par les séparatistes. Sur cette fâcheuse constatation, Poggle se voit dans l’évidence de protéger les plans secrets d’une fameuse arme ultime, la future étoile noire. Il remet les plans au Comte Dooku avant de fuir la planète avec le reste des autres leaders séparatistes.