En l’an 24 avant la Bataille de Yavin, le Comte Dooku, au vu de l’éloignement de Géonosis et de son industrie, demanda à Poggle le bref, Archiduc des Géonosiens, s’il voulait rejoindre la Confédération des Systèmes Indépendants nouvellement créée et ainsi mettre ses industries à contribution pour l’effort de guerre Séparatiste. Voyant une occasion pour les Géonosiens de s’imposer dans la galaxie, l’Archiduc accepta.
Deux ans plus tard, Poggle le bref organisa une réunion des leaders séparatistes sur Géonosis afin qu’ils prêtent chacun serment de mettre toutes leurs ressources à la disposition du chef de la Confédération, le Comte Dooku,. Le Jedi Obi-Wan Kenobi, qui avait suivit une piste jusqu’à Géonosis, assista à cette conversation. Tandis qu’il faisait part de sa découverte à son Padawan Anakin Skywalker et à la sénatrice Amidala pour qu’ils retransmettent le message à Coruscant, Obi-Wan fut découvert par un Géonosien et capturé grâce à l’aide de droïdekas.
Mace Windu décida d’envoyer 200 Jedi sur Géonosis. Maitre Yoda décida quant à lui d’aller chercher l’armée de clones, récemment découverte et créée en secret pour la République sur Kamino. Au vu du temps que mettraient les Jedi à intervenir, Padmé Amidala décida d’aller chercher elle-même Obi-Wan. Anakin, un peu forcé, l’accompagna sur place. La mission fut un échec et ils furent eux aussi emprisonnés, puis emmenés sur l’arène petranaki en compagnie d’Obi-Wan.
L’exécution commença avec l’apparition de trois bêtes féroces : le Nexu pour Padmée, l’Acklay pour Obi-Wan et le Reek pour Anakin qui furent rapidement maîtrisés grâce aux talents des Jedi et à l’ingéniosité de la sénatrice. Alors que des droïdekas furent envoyés pour finir le travail, les Jedi apparurent, faisant fuir les Géonosiens tandis que les droïdes arrivaient dans l’arène. Rapidement réduits au nombre de 16, les Jedi furent sauvés grâce à l’arrivée de l’armée de clones commandée par Yoda. Les séparatistes fuirent la planète sous l’assaut de la République qui en prit le contrôle et la guerre s’étendit à travers la galaxie. C’est ainsi que débuta la Guerre des Clones.
Durant le conflit clonique, les forces de la République durent retourner sur la planète qui était retombé aux mains des Séparatistes. Différentes équipes s’y succédèrent dont les Jedi Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker et sa Padawan Ahsoka Tano, Luminara Unduli et sa Padawan Barriss Offee ou encore Ki-Adi-Mundi.
Ils affrontèrent de nombreux dangers comme un Ver Géonosien transformant les autochtones en mort-vivants sous le contrôle de Karina la Grande. Les missions s’enchaînèrent et bien que difficilement, la République finit par reprendre la planète en détruisant au passage des bâtiments industriellement stratégiques. Poggle le bref fut arrêté et emprisonné.