Une Brigade des jeunes Clones est envoyé avec leur instructeur Crasher sur un Destroyer Stellaire Venator afin d’apprendre aux côté des Jedi Mace Windu et Anakin Skywalker. Chose inhabituelle, un tout nouveau cadet se faisant appeler Lucky intègre le groupe des jeunes soldats pour cette formation.

Les enfants sont accueillis par l’amiral Kilian qui leurs enseigne d’abord l’artillerie avec le canonnier Fury. Si les cadets Jax et Whiplash échouent à leur première et unique tentative, le jeune Lucky parvient à toucher sa cible du premier coup puis à confirmer ses talents de tireur en détruisant trois cibles en même temps. Crasher conduit ensuite ses élèves à un pont d’observation mais Lucky en profite pour quitter le groupe. Le jeune cadet est en réalité Boba Fett qui, en collaboration avec Aurra Sing, s’est infiltré chez les clones pour assassiner Mace Windu.

Boba parvient à s’introduire discrètement dans les quartier du Maître Jedi et à y poser un explosif avant de rejoindre sans se faire remarquer le groupe de cadets. Le piège semble être parfait mais au moment où Mace Windu veut entrer dans sa chambre un appel urgent de Skywalker le retient et il demande à un clone de déposer ses documents dans ses quartier. Le clone déclenche alors l’explosif et la chambre du Maître Jedi est totalement détruite. Mace Windu comprend très vite qu’il était la cible de l’attaque et avec Anakin Skywalker il organise une fouille minutieuse du vaisseau pour retrouver le coupable.

Lorsque Boba Fett apprend que le Jedi a survécu à l’attentat, il s’échappe une nouvelle fois de la brigade et contacte Aurra Sing. Cette dernière lui conseille alors de faire exploser les réacteurs du destroyer mais Boba hésite à tuer tous les clones à bord. Il n’est là que pour venger la mort de son père Jango Fett et les soldats n’en ont pas à subir les conséquences. Il finit tout de même par rejoindre la salle des machines pour saboter le vaisseau mais se retrouve face à un soldat voulant le raccompagner à sa brigade. Boba le surprend alors en l’attaquant de dos, le casque du clone tombe durant la bagarre et révèle une tête identique à celle de Jango. Le soldat lui rappelle qu’ils sont frères mais Boba réfute cette affirmation et l’assomme avant de faire exploser les réacteurs.

L’explosion est si importante que l’amiral Kilian est sauvé de justesse par Mace Windu et Anakin d’une expulsion mortelle dans le vide spatial. L’amiral comprenant que la situation est grave demande l’évacuation immédiate du destroyer mais annonce aux Jedi qu’il préfère rester sur son vaisseau pour tenter un atterrissage sur la planète Vanqor.

Boba profite de la pagaille pour rejoindre les cadets et ainsi s’échapper avec Jax, Hotshot et Whiplash. Il parvient ensuite à saboter leur vaisseau pour ne pas rejoindre les autres clones au point de rendez-vous prévu et attendre que Aura Sing vienne les récupérer. Anakin et Mace sont alors contactés par Crasher pour les informer que des cadets ont disparu durant l’évacuation. Les deux Jedi font alors le lien avec le saboteur et partent immédiatement à leur recherche. Mais Aurra Sing et Bossk retrouvent plus rapidement les jeunes clones et récupèrent Boba. Contrairement à ce que ce dernier pensait, il doit abandonner à leur sort les trois cadets car Aurra Sing refuse de les prendre à bord du Slave I.

Heureusement, les deux Jedi parviennent à retrouver les trois enfants avant qu’ils ne dérivent trop loin dans l’espace. S’ils sont saufs, les jeunes clones ne peuvent croire que l’un des leur ait trahis les siens.