Les Vestiges de l'Empire remplacèrent progressivement l'Empire Galactique quand celui-ci perdit de l'influence face à la Nouvelle République naissante. Du traité entre les deux gouvernements galactiques en 19 après Yavin pourrait dater la naissance de ce nouveau gouvernement, fixe à nouveau dans sa légalité et sa localisation.
Comme pour l'Empire Galactique qui les précéda, les Vestiges de l'Empire étaient dirigés par un conseil de Moffs, de huit à treize Moffs le composèrent entre 19 et 29 après Yavin. La planète Coruscant ayant été récupérée par la Nouvelle République, c'est Bastion, à l'orée des Régions Inconnues, qui devint la capitale, d'abord secrète puis officielle, des Vestiges.
Parmi les principaux dirigeants des Vestiges de l'Empire, on peut citer le Moff Disra et le Moff Flennic, qui dirigèrent un temps le Conseil des Moffs. Du côté des chefs militaires, Pellaon, Thrawn et Natasi Daala furent les principaux chefs de l'armée des Vestiges de l'Empire.
Après le traité de paix à bord du Chimaera, les deux gouvernements restèrent neutres jusqu'au début de l'invasion des Yuuzhan Vong. Encore à ce moment, l'Empire et la Nouvelle République décidèrent de combattre l'envahisseur extra-galactique seuls de leur côté. L'Empire resta ainsi épargné face à la puissance des Yuuzhan Vong jusqu'à l'arrivée de l'Ombre de Jade en 28 après Yavin. Le vaisseau de Mara Jade Skywalker et son équipage vinrent en aide aux Impériaux lors de la bataille de Bastion où Pellaon perdit le Chimaera et faillit aussi perdre la vie.
Avec l'aide apportée par les Jedi pour chasser les Vong des Vestiges de l'Empire, Pellaon convainquit le conseil des Moffs de rallier la nouvelle Alliance Galactique pour débarrasser la Galaxie des Yuuzhan Vong. L'alliance entre les Républicains et les Impériaux fut d'abord difficile mais décisive lors de la reconquête de Coruscant, ancienne capitale des deux gouvernements.
L'Empire se rapprocha ensuite de l'Alliance Galactique à nouveau lors de la seconde insurrection corellienne, mais c'est vraiment après l'institution par Luke Skywalker de Jagged Fel comme nouveau Chef d’État des Vestiges de l'Empire qu'un rapprochement officiel fut envisagé entre les deux principaux gouvernements de la Galaxie. Jagged remplaçait ainsi Pellaon en tant que chef militaire de l'Empire et contrôlait en même temps le conseil des Moffs. Ce dernier avait lancé une attaque biologique ciblée sur la princesse héritière de Hapes et fille de Jacen Solo et Tenel Ka.
Jagged Fel resta Chef d’État des Vestiges de l'Empire jusqu'à sa démission après la prise de pouvoir des Sith de la Tribu Perdue et d'Abeloth sur Coruscant. L'Empire fut ensuite récupéré par son gouvernement d'origine, constitué du conseil des Moffs.
Dans le futur, le Nouvel Empire Galactique, dirigé par les empereurs de la dynastie Fel fut sûrement fondé dans la continuité des Vestiges de l'Empire qui eux-mêmes reposaient sur ce qui subsistait de l'Empire Galactique de Palpatine. Toutefois, les deux Empires successifs reposaient sur des valeurs d'ordre et de pouvoir fort mais sur une meilleure cohabitation des humains et des autres espèces pensantes, qui autrefois étaient des esclaves, et désormais tous des citoyens impériaux.
L'évolution de l'Empire pouvait principalement se constater dans le gouvernement interne et au sein des planètes des Vestiges de l'Empire. La force militaire impériale resta toujours aussi puissante et redoutée au fil des décennies succédant la mort de l'Empereur Palpatine lors de la bataille d'Endor.