Le Général Grievous a été localisé sur Utapau par Obi-Wan Kenobi et ce dernier s’apprête à le capturer ! Pendant ce temps, la Bad Batch est sur Kaller pour aider la Jedi Depa Billaba et son Padawan Caleb Dume à repousser les forces séparatistes.
Les clones réguliers reçoivent alors l’Ordre 66 et ils n’hésitent pas un instant à exécuter leur Générale. Les membres de la Bad Batch ne réagissent pourtant pas à ce code secret émit par le Chancelier, méconnaissant totalement sa signification, et ils se mettent à la recherche du Padawan Caleb qui est parvenu à s’enfuir. Tech apprend finalement que les Jedi sont accusés de traîtrise envers la République Galactique et qu’ils doivent être éliminés, ce qui convainc Crosshair de la nécessitée de tuer Caleb Dume car les bons soldats obéissent aux ordres. Hunter, au contraire, cherche plutôt à comprendre ce retournement de situation et tente de discuter avec le Padawan apeuré. Mais face au manque de confiance de ce dernier envers les clones, Hunter préfère le laisser s’enfuir et rapporte à ses camarades que le jeune garçon est mort en tombant d’une falaise.
De retour sur Kamino où le Complexe Militaire de Tipoca City est désormais sécurisé par des Soldats clones de choc, les membres de la Bad Batch apprennent que la Guerre des Clones est enfin terminée. Dans leur quartier privé, Crosshair exprime ses premiers doutes sur la version de Hunter concernant la mort de Caleb Dume. Devant l’incompréhension de Echo quant au comportement docile des autres clones face à cette situation inédite, Tech explique à ses compagnons que les soldats ont été programmés pour suivre les ordres sans discuter. Cette théorie est rapidement confirmée par les cris de joie des clones lorsqu’il leur est diffusé le discours au sénat de Palpatine proclamant la fin de la République Galactique et l’institution d’un nouvel Empire Galactique.
L’Amiral Wilhuff Tarkin se rend ensuite sur Kamino pour annoncer au Premier Ministre Lama Su que l’Empire s’apprête à interrompt le contrat passé par la République pour la production de clones car le nouvel Empeureur préfère désormais se reposer sur une armée de recrues. Dans le même temps, les membres de la Bad Batch rencontrent Omega, une jeune clone de Jango Fett, assistante de la Docteure Nala Se, qui les admire et se sent proche d’eux car elle aussi est différente des clones réguliers.
La Bad Batch doit ensuite passer un exercice à tirs réels face à des Droïdes d'entrainement pour que Tarkin juge sur pièce leur efficacité et la pertinence de les garder au sein de l’Empire. Si ce test est finalement réussi, l’amiral s’inquiète tout de même de leur loyauté depuis qu’il a reçu un rapport de Crosshair à propos des évènements passés sur Kaller et qui contredit la version de Hunter sur la mort du Padawan Caleb Dume. Tarkin décide donc de les envoyer sur la planète Onderon pour mater un début de rébellion contre l’Empire que l’amiral présente comme une faction séparatiste refusant la fin de la guerre. Avant de quitter Tipoca City, Hunter est averti par Omega des mauvaises intentions de Tarkin concernant la Bad Batch et qu’il est préférable pour eux de fuir Kamino avant que cela ne devienne trop dangereux.
Sur Onderon, la Bad Batch comprend rapidement que les fameux insurgés sont pour la plupart des civils. Si cela ne préoccupe pas Crosshair qui veut continuer la mission et tous les éliminer, Hunter préfère discuter avec le responsable du groupe, un certain Saw Gerrera, qui lui explique protéger des sympathisants de la République refusant de se soumettre au nouvel Empire. Malgré de nouvelles critiques de Crosshair sur sa façon de mener la mission et sur sa légitimité de diriger l’escouade, Hunter décide de laisser partir les civils avant de revenir sur Kamino pour récupérer Omega et déserter ensemble.
Mais à leur retour au Complexe de Tipoca City les membres de la Bad Batch sont immédiatement arrêtés pour avoir désobéi aux ordres et avoir comploté avec Saw Gerrera contre l’Empire. Ils retrouvent alors en cellule Omega qui est détenue pour avoir pénétré dans le Baraquement de l'Escouade Bad Batch sans autorisation. Crosshair est alors le premier des prisonniers à être examiné par Nala Se et cette dernière confirme que ses modifications génétiques ont altéré sa Puce Inhibitrice, ce qui lui donne ainsi un certain libre-arbitre. Tarkin demande alors à la Kaminoenne de réactiver la puce pour que le clone lui soit parfaitement obéissant.
Pendant ce temps, Wrecker est parvenu à détruire un mur de la cellule pour qu’Omega se fraye un chemin et libère le reste de l’équipe. Les clones se dirigent ensuite vers le Havoc Marauder mais Crosshair, désormais totalement aux ordres de Tarkin, s’interpose pour qu’ils ne puissent quitter Kamino. Oméga parvient cependant à désarmer le sniper d’un coup de blaster puis elle et ses camarades reçoivent l’aide discrète de Nala Se qui bloque la sortie du complexe militaire pour leur permettre de s’enfuir.