Les puces inhibitrices étaient un type de bio-technologie conçue par les cloneurs Kaminoens en même temps que la grande armée de la République. A l’origine, ce dispositif, implanté dans le cerveau de chaque soldat, devait permettre de tempérer le caractère agressif et indépendant du modèle originel, le mercenaire Jango Fett. Néanmoins, le Sith Dark Sidious complota dans l’ombre et, avec l’aide des Kaminoens, fit de la puce un moyen de contrôler l’ armée de clones à sa guide. Le moment voulu, il pourrait faire exécuter aux soldats toute une série d’ordres, parmi lesquels le terrible Ordre 66 qui causa l’annihilation des Jedi.

Si le plan des Sith fut une réussite, il s’en est fallu de peu pour que ce lourd secret, implanté en chaque clone, soit révélé au grand jour. Durant la guerre des clones, une de ces puces, celle du soldat Tup, subit un dysfonctionnement… Ce dernier assassina alors la générale Jedi Tiplar, ce qui conduisit Fives à mener son enquête. Comprenant le danger que représentait cette technologie pour la République, Fives réussit à se faire extraire sa propre puce mais il périt avant d’avoir put être entendu par les Jedi.

Lorsque l’Ordre 66 fut finalement déclenché, les soldats clones, secrètement programmés pour cette  tâche, ouvrirent le feu sans hésiter sur les Jedi qu’ils servaient jadis. Cependant, quelques rares exceptions sont connues à ce jour comme ayant refusé d’appliquer la directive : c’est notamment le cas du Capitaine Rex qui, aidé par son amie et ancienne Padawan Ahsoka Tano, se débarrassa du dispositif implanté dans son cerveau. On peut également citer le Commandant Wolffe et le Commando Gregor, même si la manière dont ils ont réussi à extraire leur puce reste un mystère.