Le Complexe Militaire de Tipoca City est bombardé par l’Empire ! La Bad Batch est malheureusement restée coincé à l’intérieur de cette installation que l’Amiral veut faire couler pour faire disparaître l’usine de clonage.
Omega, avec Crosshair inconscient, a été séparée des autres alors que Tipoca City coule dans l’océan. Elle parvient tout de même à sauver Crosshair de la noyade puis les autres clones les retrouvent afin de sortir tous ensemble de la base militaire. Crosshair reprend finalement conscience et comprend que l’Empire l’a trahi en ne se souciant pas de sa présence dans le complexe kaminoen alors qu’ils le bombardent. De retour dans le Baraquement de l'Escouade Bad Batch, Crosshair et Hunter prennent le temps d’entamer une nouvelle conversation sur la pertinence d’obéir aveuglement aux ordres pour un soldat.
Le petit groupe arrive finalement à rejoindre les tunnels sous-terrains qui les ammènent à la plateforme secrète où se trouve le Havoc Marauder. Dans ces couloirs endommagés, Wrecker en profite pour reprocher à Crosshair de ne pas avoir tenté de les contacter après l’Ordre 66 mais Tech précise que c’est dans la nature de leur ancien camarade que d’avoir un caractère aussi rigide. Ils parviennent ensuite grâce à AZI-3 à se défaire d’un monstre marin qui s’attaquait aux tunnels qu’ils empruntaient.
Malheureusement, une fois de retour dans le Laboratoire de Nala Se, l’équipe se rend compte que le dernier tunnel pour rejoindre la plateforme où se trouve leur vaisseau a été sérieusement endommagé. Crosshair en profite pour affirmer sa satisfaction de voir la destruction du complexe militaire ainsi que la marginalisation des soldats clones car l’Empire doit effacer toute trace de la République corrompue. Durant la discussion qui suit, les membres de la Bad Batch apprennent qu’Omega était présente lorsqu’ils furent créées par Nala Se.
Finalement, Echo pense à utiliser les cellules médicales où sont développées les clones comme capsule pour remonter à la surface. AZI-3 est alors chargé de les protéger pendant cette opération périlleuse mais la capsule d’Omega est touchée par un débris du complexe militaire bombardé et elle s’enfonce dans les profondeurs. Le droïde parvient tout de même à la récupérer mais avant d’arriver à la surface AZI n’a plus d’énergie et se laisse à son tour sombrer. Omega plonge alors pour récupérer le droïde mais il lui est également impossible de rejoindre la surface. C’est alors Crosshair qui lui lance un crochet avec son fusil pour qu’elle s’agrippe à lui jusqu’à l’air libre.
Enfin arrivés sur la plateforme où se trouve le Havoc Marauder, les clones ne peuvent que constater que le bombardement de l'Empire a fait totalement disparaitre ce qui fut leur maison depuis leur naissance. Wrecker propose un dernière fois à Crosshair de venir avec eux mais ce dernier renouvelle son refus. Malgré cela, Omega lui confie avant de quitter Kamino qu’il restera toujours un frère pour eux.
Pendant ce temps, sur Daro, la prisonnière de l’Empire Nala Se est accueillie par une scientifique impériale heureuse de pouvoir désormais bénéficier de tous les savoirs kaminoens sur le clonage.