Durant la Guerre des Clones, les F.S.C. se virent renforcées par des unités de police droïdes. Ces derniers pouvaient assurer les tâches basiques de surveillance, patrouille, identification et arrestation de suspects et toutes autres missions préliminaires dans des enquêtes criminelles. Des unités sondes furent aussi déployées avec cette fois-ci un rôle avant tout de détection de délit et d’identification de suspects. Ceci pour permettre une meilleure protection possible en ces temps de guerre et de terrorisme. La F.S.C. dut également faire avec des soldats de chocs, membres de la
Grande Armée de la République, des soldats clones assignés à
Coruscant avant tout en tant que force militaire et protection des bâtiments importants. Mais très vite, les soldats de chocs, rebaptisés Gardes de Coruscant, se virent affectés à des tâches et missions qui relevaient à la base des F.S.C., ce qui entraîna quelques tensions. De même, la collaboration d’un Jedi aux enquêtes fut de plus en plus monnaie courante à mesure que ces derniers s’investissaient dans la Grande Armée. A noter également à cette période un rapprochement des F.S.C. avec la Garde Sénatoriale, beaucoup d’affaires en effet impliquaient alors des sénateurs.

Les F.S.C. eurent beaucoup de travail lors de la Guerre des Clones. Coruscant était évidemment une cible pour les Séparatistes, symbole de la République et du
Sénat Galactique. Parmi les affaires les plus importantes ou médiatiques, le démantèlement d’une cellule terroriste séparatiste par le capitaine
Jaller Obrim et son département anti-terroriste, bien aidé dans l’ombre par des commandos clones, la prise d’otages au spacioport de
Galactic City sous la supervision du lieutenant Dovel, là aussi avec le soutien de commandos, la capture des trafiquantes
Cassie Cryar et
Ione Marcy qui avaient volé le sabre laser de la padawan
Ahsoka Tano ou encore la traque de la duchesse Satine de
Mandalore, faussement accusée de meurtre.
A cette époque, le lieutenant
Tan Divo était une célébrité dans les rangs des F.S.C. Connu pour être à la fois arrogant, dédaigneux et particulièrement inefficace, il restait néanmoins un fervent défenseur de la loi et de l’ordre. Hélas, son implication dans les enquêtes sur la mort du sénateur
Onaconda Farr et le kidnapping des filles du Baron
Papanoida ne font pas vraiment partie des meilleurs moments des F.S.C. Cette dernière redora son blason lors de l’attaque du général
Grievous sur Coruscant qui amena la capture du Chancelier
Palpatine. Les agents de police protégèrent efficacement les quartiers où la bataille faisait rage, permettant des pertes minimes chez les civils.