Ahsoka, Ezra et Kanan se rendent sur Malachor ! Kanan et Ahsoka précisent à Ezra que Malachor est un endroit dangereux pour les Jedi, mais que si Yoda les a envoyé là, c'est pour une bonne raison. Et effectivement, dès leur arrivé, les trois Jedi tombent sur un temple Sith et un Inquisiteur fait irruption. Après cette première escarmouche, leur ennemi prend la fuite. Ezra se retrouve esseulé et rencontre un étranger qui se trouve être…Dark Maul ! Ce dernier se sert de son allure faible pour faire en sorte que le jeune garçon l'aide.
Pendant ce temps là, Kanan et Ahsoka pourchassent le mystérieux Inquisiteur qui les a attaqués. De son côté, Ezra est séduit par les dires de Dark Maul, lui fait progressivement confiance et touche du doigt le côté obscur. Kanan et Ahsoka ne perdent pas de temps et réussissent à capturer le mystérieux inquisiteur (qui se trouve être le Huitième Frère). Ce dernier est interrogé et indique qu'il était à la recherche d'une "ombre", et qu'il ne s'attendait pas à voir les trois Jedi débarquer.
Ezra et Maul avancent à deux et l'ancien Sith trouve ce qu'il était venu chercher : l'holocron Sith. De leur côté, Kanan et Ahsoka ont de quoi s'occuper avec l'arrivée de la Septième Soeur et du Cinquième Frère. Les trois Jedi se réunissent peu de temps après et Maul s'allient avec eux pour combattre les trois inquisiteurs. A titre personnel, Kanan n'est pas du tout convaincu par Maul et ne lui fait pas confiance, mais Ezra assure qu'il est de leur côté. Ezra montre alors l'holocron qu'ils ont récupéré, mais Ahsoka reste dubitative. Ils acceptent enfin d'utiliser l'holocron dans la chambre du temple et après que Maul ait éliminé le Huitième Frère, le groupe se scinde en deux : Ezra et Maul d'un côté, Ahsoka et Kanan de l'autre.
Encore une fois, Maul en profite pour convaincre Ezra de se laisser aller à ses émotions. Lorsqu'il étrangle la Septième Soeur et la soulève, il ordonne Ezra d'en finir avec elle. Mais Ezra revient à la raison et refuse de l'exécuter, ce que Maul n'hésite pas une seule seconde à faire. Pendant qu'Ezra s'occupe d'emmener l'holocron dans l'obélisque, Maul rejoint Kanan et Ahsoka qui affronte le Cinquième Frère. Encore une fois, c'est Maul qui tue l'inquisiteur mais il montre enfin son vrai visage et blesse sérieusement Kanan au visage. Alors qu'Ahoksa réagit rapidement et affront Maul, Ezra place l'holocron dans l'obélisque et une explosion de lumière se produit. Kanan et Ahsoka affrontent Maul à 2, même si le Jedi est blessé. Le Sith déchu en profite pour narguer Kanan, lui disant qu'Ezra sera bientôt son apprenti. Kanan ne se laisse pas faire et prend le dessus, en repoussant définitivement Maul, pour cette fois.
Mais au sommet du temple, Ezra fait face à un ennemi inattendu : Dark Vador. Ce dernier prend évidemment très rapidement le dessus sur le jeune garçon, mais c'est alors qu'Ahsoka arrive, faisant enfin face à son ancien maître. Un combat incroyable commence alors entre Vador et son ancienne apprentie. Pendant ce temps-là, Kanan et Chopper récupèrent Ezra et arrivent à reprendre l'holocron, malgré la puissance qu'il dégage. Alors que Vador essaye de reprendre l'holocron, Ahsoka surgit pour l'en empêcher. Le temple est en train de s'effondrer, et tandis que Kanan et Ezra prennent la fuite, Ahsoka désire en terminer une bonne fois pour toute avec son ancien maître.
De retour sains et saufs à Atollon, les deux Jedi se remettent doucement de leur blessure. Kanan est désormais totalement aveugle tandis qu'Ezra, toujours en possession de l'holocron, est marqué par l'épreuve qu'il vient de vivre. De son côté, Rex est triste d'apprendre qu'Ahsoka n'est pas revenue, tandis que Maul, lui, a réussi à prendre la fuite.