Avant la bataille finale, Ezra s'isole des autres rebelles pour réfléchir et se souvenir de ses parents.
Pour s'infiltrer dans Capital City, les rebelles se font passer pour des prisonniers capturés par la gouverneure. Une fois atterris sur la base impériale, ils attaquent par surprise les impériaux et parviennent jusqu'au centre de commandement. Kallus active ensuite le protocole 13 qui ordonne le rassemblement immédiat des forces impériales pour une évacuation totale de la planète.
Sur la base rebelle, Mart Mattin, Cikatro Vizago et Wolffe sont attaqués par Rukh qui les neutralise rapidement. Le noghri avertit ensuite Thrawn de l'attaque rebelle sur la base impériale et l'amiral lui ordonne de retourner immédiatement à la capitale pour désactiver le générateur de bouclier puis d'attendre son retour sur la planète.
Une fois tous les impériaux de retour à leur base, Hera lance le cycle de décollage du complexe militaire et Sabine en active son auto-destruction. Mais le Chimaera apparaît au-dessus de Capital City et les rebelles doivent repenser leur plan. En communication avec Thrawn, Ezra menace de faire exploser tout le complexe militaire pour débarrasser définitivement sa planète des impériaux. Mais, peu impressionné, l'amiral lui demande sa reddition sinon il bombardera Capital City. Face à cette menace, Rex tente d'activer le bouclier planétaire pour protéger les civils, mais Rukh s'est infiltré dans la base et a réussi à désactiver le générateur.
Pour démontrer sa détermination Thrawn lance une première salve sur la capitale, ce qui oblige Ezra à lui annoncer qu'il accepte de se constituer prisonnier. Alors que Hera et toute l'équipe tente de trouver un autre moyen que la reddition d'Ezra pour sauver la planète, celui-ci s'esquive grâce à Chopper et Sabine et rejoint le Chimaera. La mandalorienne conseil alors à Hera d'accepter le choix du jeune Jedi et de se concentrer sur la reprise du générateur.
En discussion avec Ezra, Thrawn lui explique qu'il avait bien deviné que, comme le veut la tradition Jedi, il choisirait le choix moralement acceptable plutôt que le choix stratégiquement efficace. L'amiral l'informe également qu'il va devoir détruire toute la planète mais qu'il a tout de même réussi à sauvegarder les œuvres d'art importantes de Lothal, dont celles de Sabine. Devant l'incompréhension d'Ezra, Thrawn lui annonce qu'il va bientôt rencontrer un nouveau maître pour apprendre l'importance du rôle du pouvoir dans la galaxie.
Dans le camp rebelle, Mart et ses compagnons se réveillent finalement et constatent que Thrawn est de retour sur Lothal. Mart leur confie qu'Ezra l'avait anticipé et qu'il lui avait donné une mission secrète si cela arrivait. Ils prennent alors le Ghost pour se mettre en orbite et envoyer un signal sur une vieille fréquence inutilisée.
Les rebelles finissent par prendre d'assaut le centre d'énergie et font face à une forte résistance impériale. C'est d'abord Melch qui est touché puis Grégore est abattu, mais Zeb parvient à coincer Rukh au milieu des générateurs pendant que Kallus et Ketsu Onyo prennent les commandes du générateur.
Sur le Chimaera, l’hologramme de l'Empereur accueille Ezra dans une reconstruction du temple Jedi de Lothal. A l'intérieur, il lui montre une vision dans laquelle il serait toujours avec ses parents et le pousse à choisir cette vie si heureuse. La tentation est grande pour Ezra mais il comprend qu'en rejoignant ses parents il abandonnerait la Rébellion à son sort et laisserait l'Empire gagner. Il finit donc par refuser et détruit via la Force le temple Jedi. Face à cet échec, Dark Sidious apparaît en hologramme et demande aux gardes impériaux d’éliminer le Jedi récalcitrant.
Au même moment, l'amiral Thrawn ordonne le bombardement final de Capital City. Mais les rebelles parviennent à temps à réactiver le générateur d'énergie, tuant ainsi Rukh. Le bouclier planétaire est alors déployé et la ville échappe de peu aux frappes aériennes impériales.
Alors qu'Ezra a rejoint finalement le pont de commandement du Chimaera et tient en joue Thrawn, des objets non-identifiés apparaissent en orbite et détruisent les vaisseaux du blocus impérial. L'amiral perd ainsi contact avec son capitaine Pellaeon et le reste de sa flotte. Des purrgils menés par le Ghost entrent dans l’atmosphère de Lothal et attaquent le Chimaera. Les créatures s'accrochent au Star Destroyer et l'une d'entre elles perce les vitres du pont et étreint Thrawn avec ses tentacules.
Au sol, Hera et les autres rebelles sont spectateurs du plan surprise d'Ezra et lui demandent de quitter le vaisseau avant qu'il ne soit trop tard. Mais le Jedi leur délègue la responsabilité de la rébellion sur sa planète natale et les purrgil repartent en hyper-espace, emmenant le Chimaera avec eux.
La menace aérienne ainsi écartée, les rebelles peuvent reprendre leur plan original et lancent le décollage de la base impériale. Ils prennent ensuite la fuite et veulent emmener avec eux Pryce, mais celle-ci préfère rester fidèle à l'Empire et mourir avec ses hommes. Une fois la base dans les airs, Sabine active l'auto-destruction et la planète Lothal est enfin libérée de l'Empire.
Sur le Ghost, Chopper lance un message d'adieu enregistré par Ezra. Il a un mot pour chacun de ses compagnons et il insiste particulièrement sur le fait de pouvoir toujours compter sur Sabine, sans qu'elle ne sache ce que cela veut dire.
Quelques années plus tard, Zeb a dévoilé à son ami Kallus l’existence de la planète Lira San et de sa colonie Lasat, Hera est toujours une rebelle aux commandes du Ghost avec son fils Jacen Syndulla comme membre de son équipage, et Sabine est restée sur la planète natale d'Ezra pour la protéger.
Un jour, Ahsoka Tano retrouve Sabine sur Lothal pour partir ensemble à la recherche d'Ezra.
- Dago