Une mission sensible est confiée à l'équipage du Ghost par Bail Organa : retrouver le groupe rebelle de Saw Guerrera envoyée sur Geonosis pour enquêter sur la disparation de ses habitants et qui manque maintenant lui-même à l'appel.
Sur Geonosis, tous les modules de construction et autres débris ont disparu, seul reste une source d’énergie inconnue à la surface. Le Ghost se pose sur la planète en pleine tempête de sable et Kanan, Ezra et Rex se dirigent vers les tunnels géonosiens à la recherche de Saw. Sabine et Zeb vont eux enquêter sur la source d'énergie.
La première équipe s'enfonce de plus en plus dans les profondeurs de la planète, malgré les réticences de Kanan, et perd tout contact avec la surface. Elle se fait surprendre par des droïdes de combat et des droïdekas séparatistes mais Saw Guerrera apparaît et détruit les derniers ennemis. Rex présente alors à Kanan et Ezra son vieil ami qu'il a connu lors de la guerre de clones sur Onderon. Saw explique à l'équipe qu'une bestiole rôde dans les tunnels et a tué toute son équipe, elle contrôle les droïdes et entretient un générateur de bouclier. Il convainc également Kanan de poursuivre la bestiole pour savoir pourquoi l'Empire a exterminé les géonosiens.
En surface, Sabine et Zeb découvrent le générateur de bouclier militaire parfaitement opérationnel. Les deux rebelles se mettent à démonter le cœur du déflecteur pour le transporter sur le Ghost car il serait très utile pour la défense de la base d'Atollon.
En sous-sol, les rebelles découvrent que la bestiole est en réalité un géonosien. Saw se montre trop agressif envers l’autochtone prénommé Klik-Klak et Ezra prend les commandes de l'interrogatoire. Il lui demande ce que l'Empire a construit sur la planète et le géonosien apeuré lui dessine un petit rond dans un grand rond, Rex l’interprète comme Geonosis et ses anneaux. Les rebelles découvrent ensuite que Klik-Klak cache un œuf de reine géonosienne, ce que pourrait également signifier les deux anneaux dessinés par leur prisonnier. Saw veut emmener de force Klik-Klak avec eux pour l'interroger plus longuement, au mépris de la survie de l’œuf et donc de toute l'espèce géonosienne. Kanan et Ezra s'y opposent et le compromis trouvé est de ramener le prisonnier sur sa planète une fois interrogé.
Alerté par des capteurs de mouvement, un croiseur léger impérial commandé par la capitaine Brunson arrive en orbite. Ses TIEs partent à l'attaque du Ghost mais Hera cache son vaisseau dans un énorme gouffre où toute l'équipe en sous-sol la retrouve. Hera s'oppose alors elle aussi à ce qu'ils emmènent Klik-Klak sans son consentement. Saw Guerrera trouve l'équipage trop laxiste et prend en otage l’œuf car il veut absolument employer la méthode dur contre les géonosiens.
Une attaque impériale les interrompt et ils doivent faire face à des Jump troopers. Sabine se charge de les éliminer en utilisant son réacteur dorsal pendant que le Ghost se pose au fond du gouffre. Les rebelles découvrent alors des réservoir pour gaz neurotoxique impériaux utilisés pour éradiquer les géonosiens, et ressemblant également aux deux anneaux dessinés par Klik-Klak. Saw estime que cette preuve contre l'Empire est suffisante et décide de libérer le prisonnier et son œuf.
La capitaine Brunson ordonne au croiseur léger de bombarder le gouffre pour ensevelir les rebelles, mais Hera parvient à remonter jusqu'à la surface et Sabine envoie deux bombes à proton sur le croiseur qui explose.
Malheureusement, durant la fuite les réservoirs à gaz se sont décrochés du Ghost. Bail ne pourra pas les utiliser pour convaincre le Sénat des atrocités de l'Empire mais espère tout de même que d'autres systèmes seront convaincus de rejoindre la Rébellion. L'équipage du Ghost n'aura lui jamais compris que Klik-Klak leur dessinait l'Etoile Noire construite en orbite de Géonosis.
- Dago