Jun Sato était le commandant de l'escadron Phoenix. Il rejoignit le mouvement rebelle, mettant ainsi ses combattants au service de la lutte contre l'Empire. Au cours d'un briefing avec l'équipage du Ghost et Ahsoka Tano, une étrange communication arriva: la ministre Maketh Tua de Lothal demandait de l'aide aux rebelles en échange d'informations capitales; elle désirait en effet fuire l'Empire, craignant pour sa vie. Sato fut réticent à l'idée, redoutant un piège mais se laissa finalement convaincre et les rebelles du Ghost se portèrent au secours de l'impériale.

Peu après, Sato apprit la mort de la ministre. Le sauvetage ne s'était pas déroulé comme prévu. Kanan Jarrus et ses compagnons revinrent, eux, sains et saufs. Malheureusement, ils avaient été suivis par Dark Vador. Ce dernier se lança seul à l'attaque de la flotte rebelle, aux commandes de son TIE avancé X1. Le vaisseau mère de Jun Sato fut sévèrement endommagé. Alors que l'évacuation était ordonnée, le commandant préféra rester à bord de son croiseur en flammes. Finalement, il quitta le vaisseau à bord d'une capsule de sauvetage, peu avant l'explosion finale du croiseur.

Suite à la destruction du vaisseau de Sato, les survivants du carnage perpétré par Dark Vador se rassemblèrent. Sato assista par holo-transmission à une réunion afin de planifier la suite des évènements. A un moment donné, Ezra Bridger proposa de chercher une base avant de continuer la lutte contre l'Empire. Sato approuva l'idée, bien qu'il ne connaissait pas d'endroit suffisamment sûr pour abriter toute la flotte rebelle. Ahsoka Tano demanda alors à l'équipage du Ghost de se rendre dans la Bordure Extérieure à la recherche d'un ancien ami qui serait en mesure de leur indiquer des bases républicaines abandonnées depuis la guerre des clones...

Peu après, Sato reprit contact avec l'équipage du Ghost. Il chargea Hera, Kanan, Zeb et Sabine d'aider le peuple de la planète gelée Rinn. En effet, les habitants connaissaient une grave crise énergétique et risquaient de mourir de froid. Les rebelles se mirent en quête de générateurs au Marché Noir.

La mission suivante de Sato consistait à percer le blocus impérial autour de la planète Ibaar afin d'apporter des fournitures et de la nourriture aux habitants. Au cours de la tentative, le leader de l'Escadron Phoenix fut tué et les rebelles subirent de lourdes pertes. Les forces de l'Empire étaient trop nombreuses et bien mieux équipées que les rebelles! Il fut alors décidé d'aller sur la planète Shantipole où un ingénieur nommé Quarrie avait mit au point un chasseur expérimental: le B-Wing. Jun Sato chargea Hera, Zeb et Sabine d'aller convaincre Quarrie de rejoindre la Rébellion.

Ne voyant pas le trio revenir de Shantipole, Sato ordonna alors une deuxième attaque du blocus. Il confia les fournitures à Kanan et Ezra à bord du Ghost. Bien évidemment, la bataille tournait, une nouvelle fois, à l'avantage des impériaux. C'est à ce moment qu'Hera, aux commandes du B-Wing fit irruption au coeur de l'affrontement. Le B-Wing était une prouesse de technologie et piloté par la pilote twi'lek détruisit le blocus. Les rebelles purent ainsi accomplir leur mission et sauver le peuple d'Ibaar.

Quarrie accepta de fournir d'autres B-Wing à la Rébellion. Avec ce nouveau vaisseau dans  leurs rangs, les rebelles avaient désormais un nouvel atout pour espérer un jour vaincre l'Empire. Reconnaissant les talents de pilotage de Hera, Sato lui proposa alors de rejoindre l'Escadron Phoenix... En tant que leader!

Lors d'une mission de secours, et alors qu'il se trouvait à bord du Phoenix Home avec son équipage et Ezra Bridger, un croiseur impérial interdictor empêcha le vaisseau de continuer son chemin. En effet, le destroyer impérial tira le vaisseau rebelle hors de l'hyperespace et Sato, ainsi qu'Ezra, fut capturé par le capitaine Brom Titus. Cependant, Sato réussit à passer un appel de détresse avant que les systèmes de son vaisseau soient coupés.


Sato fut rapidement mis en cellule avec son équipage, tandis qu'Ezra réussit à se débarasser de son escorte. Entre temps, Kanan Jarrus et Rex étaient arrivés sur le destroyer afin de libérer leurs amis. Déguisés en stormtroopers, Kanan et Rex purent libérer les rebelles et fuir le destroyer qui fut détruit grâce au sabotage opéré par Chopper.

Peu de temps après, la flotte rebelle était cachée sur la planète Garel. Les impériaux, qui avaient eut vent de la localisation des rebelles lança un assaut afin de les anéantir par surprise! Immédiatement, Sato ordonna l'évacuation de la planète: ils devaient fuir le plus vite possible. Déjà des stormtroopers affluaient au sol pour empêcher les résistants de décoller. Jun Sato se trouvait à bord du vaisseau principal, secondé par Rex. Alors que le vaisseau s'apprêtait à quitter l'athmosphère de Garel, il fut pris au piège par le rayon tracteur d'un  destroyer impérial. Grâce à l'intervention heroïque de Hera Syndulla, aux commandes du Ghost, le générateur du rayon fut détruit et la corvette de Sato fut libre. Les rebelles passèrent en hyperespace mais avaient subit de loudres pertes au cours de leur retraite.

Jun Sato assista par la suite à une réunion avec le clone Rex et les rebelles du Ghost. Ils désiraient trouver une nouvelle route hyperspatiale pour joindre le secteur de Lothal. Sabine poposa le secteur de Concord Dawn, une planète sous l'autorité des redoutables guerriers mandaloriens, son peuple. Jun Sato n'était pas vraiment enthousiaste : il préférait ainsi  envoyer une force militaire plutôt que diplomatique, connaissant la réputation impitoyable des mandaloriens. Cependant, malgré ses réserves, Sato se laissa convaincre par Sabine et Hera. Une mission diplomatique fut dépêchée sur Concord Dawn pour négocier avec les Protecteurs Mandaloriens.
Hélas, les craintes de Sato se révélèrent être fondées et la mission fut un échec. Les mandaloriens étaient en réalité alliés aux impériaux. La flotte diplomatique fut détruite et Hera gravement blessée. La diplomatie n'étant plus envisageable, Sato envoya Kanan saboter les armées mandaloriennes. Il empêcha cependant Sabine de l'accompagner, pensant que celle-ci était trop impliquée dans cette affaire et manquait de discernement. Finalement, Fenn Rau, le leader mandalorien, fut capturé, permettant ainsi aux rebelles d'utiliser le passage par Concord Dawn.

Les rebelles se rendirent compte qu'ils avaient besoin d'un endroit afin de protéger et cacher leurs escadrons. Sato proposa alors à Hera et son équipe de dérober un Transporteur Quasar Fire de l'Empire. Ce croiseur se trouvait justement en orbite de la planète natale de Hera, Ryloth. Pour mener à bien sa mission, la twi'lek contacta son père, Cham Syndulla, chef de la résistance sur Ryloth. Malgré un désaccord sur le sort à réserver au vaisseau (Cham désirant détruire le croiseur pour marquer l'Empire), les deux groupes de rebelles parvinrent finalement à coopérer pour voler le véhicule. Sato fut heureux de constater que le Transporteur Quasar Fire pouvait désormais servir les besoins de la Flotte Rebelle!

Jun Sato organisa peu après un briefing à bord du transporteur volé afin de déterminer une bonne fois pour toute une planète pour servir de base à la flotte rebelle. La mandalorienne Ketsu Onyo proposa le monde de Berzite. Cependant, le transporteur était en manque de carburant et afin d'éviter une panne, Sato envoya l'équipage du Ghost récupérer de quoi ravitailler le vaisseau.

Mais la flotte rebelle fut attaquée par les impériaux avant le retour du Ghost. Jun Sato défendit vaillamment son croiseur, ne pouvant pas parir sans le carburant. A ce moment, l'équipe de récupération fit irruption avec le carburant. Jun Sato ordonna le replis des armées rebelles vers le système Yost où se trouvait Berzite. Mais entre temps, Hera Syndulla avait reçu des informations de Chopper prouvant que c'était un piège: le système Yost appartenant en réalité à l'Empire! Le droïde envoya les coordonnées d'une autre planète pour établir un abris: Atollon. Les rebelles purent ainsi s'intaller enfin sur ce monde, loin de l'Empire et disposaient enfin d'une base pour diriger leurs actions contre l'Empire!

Ainsi, sous le commandement d’Ezra, un groupe fut monté pour partir sur Yarma, la planète qui abritait la station. Hélas, tout ne passa pas comme prévu et Jun Sato dut intervenir pour évacuer le commando d’Ezra, aux prises avec le destroyer du Gouverneur Pryce. Heureusement, les rebelles ne s’en sortaient pas si mal puisqu’ils étaient parvenus à dérober plusieurs Y-Wings. Sato réprimanda sévèrement Ezra qui avait désobéi aux ordres pendant la mission puis ordonna le transfert des vaisseaux à la cellule rebelle d’un certain Jan Dodonna…

Peu après, à la suite d'une sévère défaite lors de laquelle les rebelles avaient perdu plusieurs vaisseaux et pilotes, Sato informa l'équipage du Ghost que l'un des agents secrets répondant au nom de code Fulcrum venait de leur donner une information. Plusieurs cadets Impériaux de l'Académie Skystrike souhaitaient en effet déserter et rejoindre les rangs de la Rébellion. Sabine Wren y partit donc en mission d'infiltration et revint avec les jeunes Wedge Antilles et Hobbie Klivian, pour le plus grand plaisir de Sato.

Par la suite, Jun Sato apprit que les impériaux rassemblaient leurs forces dans le secteur de Mykapo pour lancer une ultime offensive contre l’escadron Iron, une cellule rebelle. Il envoya l’équipage du Ghost afin de recruter dans les rangs de la Rébellion cette petite cellule indépendante. En outre, Sato demanda à Hera Syndulla de protéger et de ramener son neveu, Mart Mattin, le leader de l’escadron Iron. Hélas, si le reste de l’escadron écouta Hera et ses amis, Mart se montra plus têtu : il refusa de rejoindre la Rébellion à plus grande échelle, rassemblée par son oncle Jun. Il désirait continuer la lutte contre l’Empire à sa manière.

A ce moment là, des renforts impériaux firent irruption et le navire de Mart fut endommagé. Le Ghost prit alors la fuite pour s’en aller quérir l’aide de Sato. Ce dernier rejoignit l’équipage mené par Hera et augmenté par les membres de l’escadron Iron qui avaient décidé d’accompagner les rebelles. Ensemble, ils arrivèrent juste à temps pour faire face aux navires de guerre menés par l’Amiral Konstantine. Mart fut sauvé juste à temps grâce à la diversion effectuée par le commandant Sato. Cependant, les impériaux n’avaient pas abandonné la partie. Le destroyer Chimaera commandé par Thrawn sortit à son tour de l’hyperespace. Le grand amiral laissa les rebelles s’en sortir indemnes. Néanmoins, il prit contact avec Sato, lui promettant qu’ils se retrouveraient.

Plus tard, Jun Sato fut de retour sur Attolon. Là, il retrouva enfin, à son grand soulagement, son neveu, Mart Mattin. Il remercia chaleureusement Hera et son groupe d’avoir ramené Mart sain et sauf et considérait qu’il avait une énorme dette envers eux.

Quelques temps après les évènements survenus en orbite de Mykapo, Jun Sato contacta l'équipage rebelle du Ghost. Ainsi, assisté par Bail Organa, il confia au petit groupe un nouvelle mission: ces derniers devaient partir à la recherche de Saw Gerrera et ses troupes, portés disparus sur Géonosis. Peu avant sa dsparition, Saw était chargé d'enquêter sur l'apparente extinction des natifs de la planète. Finalement, les membres du Ghost retrouvèrent Saw Gerrera sain et sauf. Et même s'ils ignoraient encore la cause de la disparition des géonosiens ainsi que les sombres projets que l'Empire avait réalisé en orbite de Géonosis, ils étaient parvenus à s'emparer d'un bouclier déflecteur. Jun Sato considéra alors la mission comme un succès!

Il était temps de frapper un grand coup contre l'Empire! Afin de préparer un assaut contre les usines d'armement sur Lothal, les forces armées du groupe de rebelles menés par Jan Dodonna rejoignirent celles de Jun Sato en orbite d'Atollon. Mais tandis que les préparatifs battaient leur plein dans la base rebelle, un inquiétant message de Fulcrum leur parvint: Thrawn connaissait l'emplacement de leur base sur Atollon et arrivait!

Immédiatement après, de nombreux destroyers stellaires firent irruption. Deux Interdictors, capable d'empêcher les vaisseaux de fuir en hyperespace avaient également été dépêchés par l'Empire! La bataille fut engagée entre les croiseurs ennemis et les rebelles, inférieurs en nombre! Il fallait aller chercher du renfort! Mais pour cela, ils devaient d'abord éliminer au moins un Interdictor pour espérer passer en vitesse lumière! Dans un ultime acte de bravoure, Sato ordonna l'évacuation de son croiseur. Quand à lui, il resta à bord et pilota le vaisseau afin de le faire s'écraser sur le croiseur qui générait un puits gravitationnel. Le commandant Jun Sato ne survécut pas mais son action permit à Ezra de se rendre sur Krownest pour demander de l'aide aux mandaloriens... La Rébellion venait de perdre  un grand homme mais son sacrifice ne fut pas vain puisque l'arrivée des mandaloriens dans la bataille marqua un tournant décisif.