
En 36 ap B.Y., alors que la galaxie faisait face à la Guerre de l’Essaim,
Ossus fut le lieu de rassemblement d’une Convocation Jedi présidée par le maître Jedi
Luke Skywalker. Durant la convocation, Luke Skywalker redéfinit les objectifs du
Nouvel Ordre Jedi, et déclara en tant que Grand Maître de l’Ordre que le Nouvel
Ordre Jedi mettrait ses talents au service de la Fédération Galactique des Alliances Libres. Sur les conseils du maître
Kam Solusar, le Grand Maître Skywalker décida d’établir les fondations de leur nouvelle académie sur Ossus, le berceau de l’Ancien Ordre Jedi.
Souhaitant donner naissance à une nouvelle structure pour l’Ordre Jedi, Luke Skywalker mit en place une nouvelle hiérarchie, dans laquelle il plaça Kam et
Tionne Solusar aux postes d’administrateurs de l’académie. Le Nouvel Ordre Jedi obtint un nouveau siège, et reprit ses activités. En 40 ap B.Y., les Jedi
Jaina Solo,
Zekk, ainsi que le capitaine Jag
Fel, alors à la poursuite de la criminelle
Alema Rar, se rendirent sur Ossus. Cependant, à leur arrivée à l’académie, l’endroit semblait anormalement calme. En réalité, les lieux avaient été investit par la GAG (Garde de l’Alliance Galactique) sur ordre de
Jacen Solo, futur
Dark Caedus. La situation ne s’améliorant pas au Temple Jedi, l’Ordre décida d’évacuer Ossus pour rejoindre Endor, puis enfin
Shedu Maad, le lieu de naissance de la
Coalition Jedi formée contre Dark Caedus. La Seconde Guerre Civile Galactique dura un an, et prit fin avec la mort de Dark Caedus, mais l’Académie Jedi d’Ossus ne fut pas entièrement réinvestie. Les désaccords entre l’Ordre Jedi et le Chef d’Etat
Natasi Daala et les difficultés financières ne permettaient pas de rétablir une Académie Jedi entièrement fonctionnelle. C’est pourquoi les chevaliers de l’Ordre durent rester au Temple de
Coruscant pendant un moment.
Le temps passa, et l'Académie Jedi d’Ossus fut à nouveau remis en service. Pour officialiser leur retour sur Ossus, les maîtres du
Haut Conseil Jedi décidèrent le lancement d’un projet inédit. Un modeleur
Yuuzhan Vong fut choisi pour collaborer avec l’Ordre dans la terraformation d’Ossus, qui montrait encore des signes de destruction laissés par la guerre des Y uuzhan Vong. A terme, ce projet serait appliqué sur d’autres planètes qui désiraient raviver leur beauté originelle. Avec l’aide de l’Ordre Jedi, ce n’est pas moins de cent planètes qui furent terraformées. Cependant, alors que l’Ordre Jedi était occupée à reformer des planètes, le
Nouvel Ordre Sith de
Dark Krayt mit son plan en action. Les Sith sabotèrent les processus de terraformation lancés par les Jedi et les Yuuzhan Vong, et de nombreuses planètes souffrirent de dérèglements climatiques et autres mutations végétales. La terraformation obtenait l’effet inverse, et les Yuuzhan Vong étaient montrés du doigt pour cet échec. Ce sabotage profita à l’Empire Galactique, qui gagna de plus en plus de planètes au détriment de l’Alliance Galactique. La sécession était en marche, et provoqua l’éclatement de la Guerre Sitho-Impériale. Durant trois ans, l’Alliance Galactique et l’Empire s’affrontèrent – l’Empire recevant l’aide précieuse du Nouvel
Ordre Sith. La capitale galactique, Coruscant, finit par tomber aux mains des impériaux, mettant le gouvernement de l’Alliance en fuite. Désormais aux commandes du gouvernement, l’Empire instaura un nouvel ordre. Cette catastrophe força les Jedi à se replier sur Ossus. Ainsi, les Jedi faisaient comprendre à l’Empereur
Roan Fel qu’ils n’abandonneraient jamais la volonté de la Force, et qu’aucun homme ne pouvait les soumettre.

Pour éviter tout massacre inutile, Roan Fel demanda à l’Ordre Jedi de se rendre. L’Ordre refusa, et beaucoup de Jedi se replièrent à l'académie, tandis que d'autres décidèrent de fuir aux quatre coins de la galaxie. Ayant perdu tout son pouvoir sur le Conseil des Moffs, Roan Fel ne put empêcher la catastrophe. Ce fut le Massacre d’Ossus, durant lequel les forces Sith et impériales massacrèrent la plupart des Jedi présent, dont le maître du Haut
Conseil Jedi,
Kol Skywalker. Les Jedi n’étant plus une menace, l’Empire et l’Ordre Sith ne tardèrent pas à se battre l’un contre l’autre. Les Sith se retournèrent contre l’Empire et chassèrent le gouvernement impérial de Coruscant. L’Académie Jedi d'Ossus n’était plus une cible, et les pilleurs et autres ferrailleurs se rendirent sur Ossus afin d’y collecter tous les artefacts Jedi qu’ils pouvaient trouver. Heureusement, la modeleuse
Nei Rin, qui n’avait pas été là au moment de l’attaque, revint et parvint à sauver plusieurs artefacts. Lorsque les Jedi recherchés
Cade Skywalker,
Wolf Sazen, et
Shado Vao se rendirent dans les ruines de l'académie, ils rencontrèrent un ancien Jedi, vétéran de la Guerre des Clones : K’kruhk. Ensemble, ils se cachèrent sous les ruines du de l'académie, en attendant le moment où ils pourraient sortir à nouveau au grand jour.