Padmé et Anakin furent envoyés sur Naboo afin de rencontrer les Gungans. En effet, en raison de rumeurs circulant au sujet d'une possible attaque des Gungans contre les Naboos, Padmé prit rendez-vous avec Jar Jar afin qu'ils trouvent une solution au problème. Selon Jar Jar, le Boss Lyonie voulait marcher sur Theed en raison d'un problème de partage des ressources énergétiques de la planète en défaveur des Gungans.

Jar Jar conduisit ses visiteurs auprès de Boss Lyonie et le Gungan se rendit compte rapidement que quelque chose ne tournait pas rond. Anakin remarqua un étrange collier qu'il pensait être à l'origine d'un contrôle mental sur le leader Gungan. Il le lui arracha à l'aide de la Force et Lyonie reprit ses esprits. Ensemble, ils conclurent que le ministre Rish Loo devait être à l'origine de cette manipulation. Lyonie se rendit dans les appartements du ministre, avec Padmé et Anakin en retrait. A ce moment, Rish stoppa son échange holographique avec Dooku, une fois de plus derrière cette situation ambiguë. La discussion tourna court et les deux humains se précipitèrent pour aider le Boss. Des droïdes séparatistes s'interposèrent et un combat éclata entre les différents opposants. Rish poignarda Lyonie avant de s'enfuir, poursuivi par Anakin. Malheureusement, le ministre fut plus rapide.

A l'infirmerie, alors que Lyonie était pris en charge, Padmé et Anakin remarquèrent que Jar Jar, qui avait mis la coiffe du Boss, ressemblait beaucoup à Lyonie et pouvait se faire passer pour lui. Ils mirent alors au point un plan dont Jar Jar se serait bien passé.

A la surface, le ministre Loo était déjà en train d'annoncer la mort de Lyonie et de motiver ses troupes pour envahir Theed. Jar Jar, déguisé en Boss Lyonie, l'interrompit, révélant aux Gungans le rôle du ministre dans cette histoire. Rish prit la fuite et Anakin se lança à ses trousses. Au même moment, Grievous, qui était chargé par Dooku de mener l'assaut sur Theed, arriva et Jar Jar dut s'entretenir avec lui pour tenter de stopper le mouvement séparatiste.

Tarpals contacta Padmé pour lui faire un point sur la situation et celle-ci lui demanda d'intervenir en capturant Grievous. Le Général commença à perdre patience face à un Lyonie/Jar Jar manipulateur. Finalement, le Général comprit qu'il ne s'agissait pas du Boss et Jar Jar prit la fuite. Lorsque Grievous sortit du vaisseau, il fit face à Tarpals qui lui montra fièrement qu'il venait de désactiver son armée de droïdes et qu'il allait passer un mauvais moment. Sûr de lui, Grievous trouva la situation risible et se défendit contre l'attaque des Gungans. Lorsque Tarpals l'attaqua de front, Grievous l'empala en lui demanda vicieusement ce que cela faisait de mourir. Tarpals, dans un dernier souffle, lui confia qu'il ne mourait pas mais qu'il se sacrifiait. Au même moment, il le transperça lui aussi, fragilisant le Général suffisamment pour que les Gungans utilisent leurs armes paralysantes sur lui. Grievous venait de se faire arrêter par ses opposants.

Dans le même temps, Anakin suivit le ministre jusque dans son repère dans la jungle Naboo. Ils étaient attendus par Dooku, qui n'hésita pas à tuer le ministre dont il n'avait plus besoin. Un combat au sabre laser explosa alors entre Anakin et l'ancien Jedi qui se fit seconder par des droïdes de combat armés. Anakin, bien qu'alerte et déterminé, fut défait et emprisonné.

Avec un prisonnier dans chaque camp, la tension était à son comble. Dooku contacta Padmé avec le transmetteur d'Anakin et cette dernière, poussée par Jar Jar et un Lyonie remit de sa blessure, n'eut pas d'autre choix que d'accepter l'échange. Celui-ci fut effectué sans heurts mais avec beaucoup de déception. Les séparatistes quittèrent ensuite la planète, laissant chacun se remettre de ses blessures.