La guerre a semé le chaos dans toute la galaxie, et les généraux Jedi Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker se retrouvent à mener une armée massive de clones dans la bataille contre le comte Dooku et son Alliance Séparatiste. Sur la planète de Tatooine, au fond de la Bordure Extérieure de la galaxie, le seigneur du crime Jabba le fils du Hutt a été kidnappé. Pour emporter l'allégeance des Hutt, un avantage notable sur Dooku, les Jedi ont accepté de retrouver et de sauver le fils de Jabba. 

Novélisation jeunesse du film.

Un général Jedi disparaît sur un monde lointain, laissant à son jeune apprenti et à un groupe de clones non entrainés le soin de remplir une mission secrète dangereuse. Piégés dans l'espace sauvage, cette équipe inexpérimentée doit trouver de l'aide sur une planète remplie de contrebandiers et de criminels, comme le célèbre Cad Bane. Le temps presse et ils n'ont que peu d'options, si bien que toute assistance est bonne à prendre !

Cad Bane rencontre Asajj Ventress dans le système de Bogden. Cette dernière conduit le Maître Jedi Ring-Sol Ambase à Dooku. De son côté, la Breakout Squad atteint l'espace Chiss !

Le jeune Jedi Nuru Kungurama et les soldats clones de la Breakout Squad reçoivent l'ordre d'escorter leurs nouveaux alliés jusqu'à Coruscant. Mais la mission diplomatique tourne court lorsque l'identité d'un mystérieux saboteur est révélée et qui Nuru croise la route d'un guerrier lourdement armé employé par le Comte Dooku.

Nuru Kungurama retourne au Temple Jedi sur Coruscant tandis que les membres restants de la Breakout Squad attendent leur prochaine mission. Mais après la suppression d'un modèle de capsule de sauvatage des archives Jedi, Kung effectue une rencontre fatidique avec son propre Maître Jedi.

Tu as entre les mains un objet doté d’immenses pouvoirs. Grâce à lui, tu vas pouvoir faire des choix et changer le cours de l’histoire.
Toi, jeune apprenti Jedi, réussiras-tu à protéger la République de la terrible invention du Dr. Panith ? Vas-tu privilégier ton amitié avec le jeune Jaylen ou bien la réussite de ta mission de Padawan ?
C’est à toi de décider !

Tu as entre les mains un objet doté d’immenses pouvoirs. Grâce à lui, tu vas pouvoir faire des choix et changer le cours de l’histoire.
Toi, jeune apprenti Jedi, n’as-tu jamais rêvé de découvrir Teth ou Tatooine ? Ton souhait est exaucé ! Là, tu vivras de merveilleuses aventures aussi bien que de terribles, comme affronter Ventress ! Choisiras-tu de rester du bon côté de la Force ou basculeras-tu du côté obscur ?
C’est à toi de décider !

Au cours d’une opération de routine contre les Séparatistes, la 313e légion a subitement disparu. Un escadron de clones est alors formé pour les retrouver. Feras-tu partie de cette mission spéciale ?

Une nouvelle armée secrète destinée à anéantir les Jedi s'entraîne sous les ordres du Comte Dooku !
Afin de découvrir où se cache cette armée et la détruire, le Maître Jedi Plo Koon t'a choisi, toi.
Sauras-tu accomplir cette mission ?

Le Sénat Galactique est attaqué ! En tant que Padawan du Maître Jedi Shaak Ti, ta mission est de secourir le Chancelier Palpatine, puis de découvrir qui est à l'origine de ce complot.