Il est intéressant de savoir qu'avant l'arrivée du Nouvel Ordre Jedi, il s'agit des premiers livres à développer réellement l'aspect militaire de SW. Rares sont les autres séries à utiliser cet aspect militaire. On peut bien évidemment noter l'excellente série des X-Wing, mais sa parution à la même période que La Crise de la Flotte Noire et les mois d'après ne lui donnent pas cette exclusivité.
Il y a une attention toute particulière portée aux détails des mouvements de flotte et aux manoeuvres de bataille. On assiste presque à un thriller militaire classique, mais transposé à l'espace, et les éléments qui reflètent la présence de la guerre sont très nombreux et très courants : l'enfer chaotique, la destruction gratuite des flottes ou des vaisseaux civils, l'annihilation des espèces de l'Amas. Cette dernière idée reprend le concept de dépeupler pour coloniser derrière.
Sur certains aspects, les évènements cette série peuvent également présenter un reflet du monde réel, comme les Yevethas qui représentent presque l'archétype de l'Empire du Japon lors de la Seconde Guerre Mondiale, aux yeux des américains. De la même manière que le Japon trouvait l'Amérique faible, les Yevethas considèrent la Nouvelle République faible, en dépit de son processus d'armement. Ce sont de fiers guerriers qui n'ont pas peur de la mort, seulement du déshonneur.
Ce dernier point se retrouve dans l'histoire terrible de Plat Mallar, le dernier de son espèce, qui se sacrifie lors de l'ultime combat pour sauver un croiseur républicain - sans toutefois que son sacrifice ne soit reconnu. Il offre également un retour sur les raisons de chacun de prendre part au combat. L'intervention d'Ackbar à ce sujet est très claire : après tout, même les transfuges étaient acceptés à l'époque de la Rebellion. On peut voir par ce biais l'évolution politique que connaît le camp des héros, et ce refus progressif des citoyens impériaux par la Nouvelle République montre une certaine régression. Ils commencent à fermer leurs portes à certaines populations, de la même manière que le faisait l'Empire. La présence des réfugiés de guerre, les victimes des Yevethas, rejoint cette idée.
L'un des autres intérêts de cet apport militaire, c'est qu'il montre le passage subtil de la guérilla à la guerre. On voit cette évolution à travers le personnage du général A'baht, qui nous montre bien la différence entre le processus de rébellion et celui de la guerre dans sa manière de coordonner les forces armées. Pendant longtemps, nos héros étaient du côté hors-la-loi de la barrière, et représentaient ainsi les résistants au régime galactique, désirant renverser le gouvernement en place. Dès lors que la Nouvelle République est proclamée, ces héros prennent la place du régime galactique, et de fait les représentants d'un nouveau gouvernement que l'on peut renverser. Les rôles sont inversés et bien que la justice soit toujours dans le camp de nos héros, ils doivent s'habituer à cette nouvelle situation et adapter leurs méthodes. Ils ne veulent plus libérer la galaxie d'une tyrannie, ils doivent éviter d'en devenir une.
Cette série permet donc de préparer la Nouvelle République à ce qui l'attend. C'est une très bonne phase de transition entre la trilogie originale, qui présentait une rébellion, et la guerre des Yuuzhan Vong qui présentera une guerre totale.
La guerre entre la Nouvelle République et la Ligue Duskhan met ainsi en scène la terrible Flotte Noire, une force d'intervention impériale secrète qui n'est pas sans rappeler la providentielle Flotte Katana, utilisée par Thrawn pour prendre l'avantage sur la Nouvelle République au cours de sa campagne. Si l'existence de cette flotte est une des sources de conflits, sa possession est tout au long de la guerre l'un des enjeux de victoire.
La présence de la Flotte Noire dans le camp Yevetha lui donne l'avantage au cours de nombreuses batailles, mais c'est le retrait de cette force de frappe par les impériaux qui a permis à la Nouvelle République d'infliger l'ultime défaite aux Yevethas. Cette flotte est au coeur de l'intrigue et c'est pourquoi la série porte ce nom. Toutefois, considérant que la trilogie est divisée en trois histoires, on peut alors se demander l'intérêt ou l'impact des autres parties qui ne sont pas mentionnées dans ce titre.
Cela nous conduit donc à parler des quêtes de Lando et de Luke.