La marine séparatiste était la partie navale de la grande armée de la Confédération des Systèmes Indépendants qui se battit contre la République pendant la Guerre des Clones.

Le conflit grandissant entre certaines planètes et sociétés de la bordure extérieure et la République présageait un conflit de grande ampleur. Les séparatistes, sous l’impulsion du comte Dooku, voulaient la guerre et commencèrent rapidement à créer une armée de droïde sur Geonosis. Naturellement, ils construisirent également des vaisseaux de combats via les chantiers de Pammant, financés par de grandes sociétés comme la Fédération du Commerce. Pourtant, comme ce fut le cas pour la République, les débuts furent laborieux, et de nombreux vaisseaux n’étaient que des transporteurs de marchandises que l’on avait adaptés et armés.

La guerre fit rage de l’an 22 en l’an 19 avant la bataille de Yavin et la flotte séparatiste fut de tous les combats contre la République et il est difficile aujourd’hui de tous les recenser. Mais lorsque les séparatistes perdirent la guerre et que le conseil fut exécuté par Dark Vador, la marine et les droïdes furent désactivés, démobilisés et démantelés dans divers chantiers navals tel celui de Bilbringi. Pourtant, tous ne disparurent pas. En effet, beaucoup transitèrent au marché noir et il était possible d’en voir ressurgir de temps en temps, de même que certains chasseurs.      

Pour lutter contre les forces de la République, les séparatistes disposiant aussi bien de vaisseaux capitaux comme les destroyers de classe recusant, mais aussi des croiseurs gozanti, des cargos et autres chasseurs droïdes tels les chasseurs vautours.

Mais les séparatistes recherchaient sans arrêt à aller toujours plus loin dans l’armement. C’est ainsi qu’ils créèrent le Malveillant. Un croiseur lourd de classe subjugator utilisé par Dooku et Grievous qui possédait une arme très puissante.