Le maléfique Jerec et ses troupes font route vers la planète Ruusan afin de s'emparer des ruines de la Vallée des Jedi. Le Jedi Sombre espère y trouver l'essence de milliers d'esprits de Jedi défunts. Ils furent emprisonnés il y a mille ans de cela, à la suite de la dernière grande bataille entre l’Ordre Jedi et la Confrérie des Sith. Son erreur a été d’annihiler un village de colons sur la planète isolée : alertée du massacre, l’Alliance envoie sur place Jan Ors et Kyle Katarn pour les arrêter. Ce dernier sait que l’heure de la confrontation entre lui et Jerec approche et le doute l’envahit. Ses compétences seront-elles en mesure d’égaler celle de son ennemi ? Selon l’esprit du Jedi Rahn, qui le guide depuis le début de sa quête, la réponse est oui.