The Clone Wars et la continuité, ce fut longtemps un vaste débat. C'est probablement la principale critique émise par les détracteurs de la série. Il faut avouer que les scénaristes n'ont pas toujours respecté ce qui avait été établi avant eux, comme en témoigne la démission de la romancière Karen Traviss, qui n'a pas supporté de voir ses écrits remis en question.
Filoni déclarait en 2007 :
"Vous savez, personnellement, la continuité est un très grand problème auquel j'ai été confronté. Quand vous faites The Clone Wars, il y a tant de matériel déjà écrit sur la période que je suis vraiment concerné par le fait de créer des contradictions ; je sais que tout le monde aime bien surveiller la chronologie. C'est très important pour moi de faire la meilleure histoire possible. On essaie donc de faire du mieux que l'on peut, et juste pour que vous sachiez, on prête beaucoup d'attention à cela pour que ça fonctionne ; mais à certains moments, c'est vraiment dur !"
Quoiqu'il en soit, la séparation de l'univers étendu intervenue le 25 avril 2014 a partiellement réglé le problème. On retrouve ainsi dans le nouveau canon les films, la série ainsi que toutes les œuvres dont la sortie est postérieure à cette date, tandis que les autres médias appartiennent à une continuité à part, désignée par le label Legends.
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