Du temps de la Guerre des Clones, le Malveillant était un vaisseau de combat séparatiste lourdement armé et équipé de deux canons à ion géants. Il fut commandé par le général Grievous en tant que bâtiment porte-drapeau. Il fut conçu principalement par les Quarrens sur les Chantiers de Pammant. Toute sa conception fut élaborée autour d'un rotor à plasma géant permettant de générer d'immenses disques d'énergie ionique mettant HS tous les vaisseaux ciblés. Ce principe permit au Malveillant de détruire la quatrième flotte de la République. Le vaisseau séparatiste, sous l'impulsion de Grievous, détruisit une douzaine d'appareils républicains.



Avec lui, il remporta de nombreuses batailles en ne laissant aucun survivant. Cette stratégie permit de garder le secret sur ce nouveau vaisseau, faisant souffler un vent de panique au sein des forces de la République. Traqué et finalement retrouvé par la flotte du général Plo Koon dans le système d’Abregado, le Malveillant, avec le comte Dooku lui-même à bord, écrasa rapidement les forces républicaines sans qu’elles puissent se défendre. Malgré cela, Skywalker et Tano purent sauver de justesse le général Plo Koon et la République sut enfin ce qu’était cette nouvelle arme.
Grievous continua ses attaques, détruisant une autre flotte et le convoi médical qu’elle protégeait près du système de Ryndellia. Dooku lui donna alors une nouvelle cible : la station médicale secrète Kaliida Shoals, dans la bordure extérieure, proche de Naboo, où se rendait le convoi, non protégée et accueillant 60 000 soldats-clones. Pour y parvenir, Grievous dut contourner une nébuleuse, ce qui permit à l’Escadron Shadow mené par Skywalker de le devancer. Lorsqu’il arriva enfin en vue de la station, cette dernière avait à peine évacué la moitié des clones blessés. Avec son canon à ions, le Malveillant immobilisa plusieurs transports et commença à les détruire tout en lâchant une escadrille de chasseurs DCACV Mark I dit 'chasseur Vautour' sur l’Escadron Shadow. Grievous ordonna ensuite d’utiliser le canon à ions directement sur la Station médicale Kaliinda Shoals, mais l’escadron républicain put endommager les canons à ions au moment où ces derniers firent feu. La surcharge d’énergie qui s'en suivit les détruisit tous les deux, entraînant de lourds dommages au Malveillant, dont son hyperdrive. À l’arrivée de la flotte du général Kenobi, Grievous ordonna la retraite.
Mais, ne pouvant fuir en hyperespace, le vaisseau séparatiste encaissa sans répit les tirs des croiseurs ennemis à sa poursuite. Pour sauver sa précieuse arme, Dooku fit croire à la République que le Clan bancaire était prêt à négocier son retrait des forces séparatistes. Il s’agissait d’un piège dans lequel tomba la sénatrice Amidala. Elle fut capturée par Grievous qui l’utilisa comme otage pour faire cesser le feu à la flotte du général Kenobi. Infiltré par des Jedi en mission de sauvetage de la sénatrice, le Malveillant répara son hyperdrive et Grievous ordonna la fuite. Hélas, Skywalker eut le temps de trafiquer l’ordinateur de navigation du vaisseau. Lors du saut en hyperespace, les données entrées par les droïdes ne furent pas prises en compte et l’appareil se dirigea vers les coordonnées fournies par Skywalker. Le Malveillant entra ainsi en collision avec une lune proche, ce qui détruisit complètement le vaisseau Séparatiste.
Néanmoins, d’autres modèles de croiseurs Subjugator ont été conçus, notamment le Devastation.