Au cours de la Guerre des Clones, Ryloth fut envahit par les séparatistes et Wat Tambor du Techno-syndicat. Voyant son peuple affamé et maltraité, Orn Free Taa protesta énergiquement contre cette attaque mais il fallut envoyer l’armée républicaine pour déloger les séparatistes. La bataille fut rapide mais acharnée ! La flotte menée par Anakin Skywalker et Ahsoka Tano parvint à forcer le blocus séparatiste, mais au prix de lourdes pertes. Les généraux Jedi Obi-wan Kenobi et Mace Windu purent alors lancer leurs forces d’invasion au sol pour reprendre la planète à l’ennemi. A la tête de la compagnie fantôme, Kenobi se dirigea tout d’abord vers la ville de Nabat pour permettre de créer une tête de pont et un site d’atterrissage pour les renforts. Mais la puissante artillerie séparatiste installée à Nabat força les croiseurs de Windu à battre en retraite, laissant Kenobi et son commando seuls. Ses canonnières ne purent se poser trop près de la ville et le général Jedi dut forcer le passage à travers une forêt pour y parvenir. Avec l’aide de Numa, une jeune Twi’lek, Kenobi pu infiltrer Nabat et prendre les forces séparatistes par surprise, sans blesser les résidents du village pris en otage. Le général Windu put alors faire atterrir sa force d’invasion et se diriger vers la capitale Lessu, quartier général de Wat Tambor.
De son côté, Obi-wan Kenobi était parvenu à repousser les séparatistes et à libérer une grande partie des villages du désert de Jixuan lorsque Windu arriva en vue de Lessu. Les forces républicaines avaient repris la planète petit à petit et la capitale restait le dernier bastion séparatiste. Lessu était une véritable forteresse. Construite en hauteur, elle était protégée par de puissants murs et entourée d’une crevasse. Seul un pont de plasma permettait d’y accéder et Wat Tambor en avait le contrôle exclusif. Windu dut s’allier à Cham Syndulla, un résistant twi’lek, symbole de liberté pour son peuple, connu avant la guerre pour être un radical antirépublicain. Wat Tambor, acculé, reçut alors les ordres de Dooku de piller Ryloth et de causer le plus de destruction possible sur la planète afin montrer à la galaxie ce que coûtait une victoire de la République. Les bombardiers rasèrent alors de nombreux villages, ce qui poussa Syndulla à mettre ses craintes et ses griefs contre la République, et notamment contre Orn Free Taa, de côté pour s’allier avec Windu. Ils purent infiltrer Lessu et prendre le contrôle du pont, permettant à cette alliance clones et twil’ek de reprendre la capitale rapidement. Wat Tambor fut trahi par son droïde tactique et capturé par Mace Windu. Avec cette victoire, les tensions entre Free Taa et Syndulla s’apaisèrent, pour le bien de tous.
Mais quand la République devint un Empire Galactique, et malgré la fin de la guerre, l'occupation militaire fut maintenue. La situation empira même très rapidement. Une petite résistance s'organisa, menée par l'ancien Libérateur de Ryloth, Cham Syndulla, et dont faisaient également partie Gobi Glie et Numa. Mais l'Empire continuait de piller les ressources de la planète, n’hésitant pas à réduire la population en esclavage, et procédant même à des bombardements.
Ainsi, en l’an 14 avant la bataille de Yavin, la planète fut le théâtre d’une tentative d’assassinat du Front de libération de Ryloth menée par Cham Syndulla contre l’Empereur et le Seigneur Vador. Malgré l’échec de cette tentative, les forces impériales de la planète s’étaient retrouvées dans une panique totale accentuée par les années de négligence du Moff Delian Mors. Après quoi, le Front de libération de Ryloth avait épuisé ses ressources et dû repartir de rien.
Trois ans avant la bataille de Yavin, un Transporteur-croiseur de classe Quasar Fire était en orbite autour de la planète, et il envoyait à heures fixes des bombardier TIE sur la planète. La Rébellion du sénateur Organa voulait récupérer ce vaisseau, mais Cham Syndulla , le leader local de la lutte contre l'Empire, voulait le détruire, pour montrer aux Impériaux de quoi les twi'leks étaient capables. Cependant, les rebelles chargés de récupérer le vaisseau, menés par Hera Syndulla, la propre fille de Cham, parvinrent à convaincre les Twi'leks de les laisser prendre le Transporteur. Cham Syndulla put néanmoins faire exploser un croiseur impérial en orbite de Ryloth. Cet exploit de la Rébellion et de Cham Syndulla convainquit beaucoup de Twi'leks de se joindre à la lutte contre l'Empire.
En l'an 34, après la Bataille de Crait, Ryloth était gouvernée par le Chancelier Dreloman. À cette époque, le Faucon Millenium et les rescapés de la bataille de Crait se rendirent sur la planète, et furent apostrophés par des vaisseaux de la Ryloth Defense Authority. Cette organisation dirigée par Yendor, un ancien ami de Leia Organa, était chargée de la protection de la planète. Yendor accepta que les réfugiés de la Résistance soient provisoirement hébergés au sein des bâtiments de son organisation.
Ils purent ainsi planifier des missions visant à libérer des prisonniers sur Corellia et à y récupérer une liste de personnes recherchées, ainsi qu'à récupérer des vaisseaux sur Bracca. Malheureusement, le Premier Ordre avait eu vent de leur présence, et attaqua les lieux. Yendor et les rescpaés de la Résistance furent obligés de fuir, mais la lutte continua ailleurs...
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