Peu après le début de la Guerre des Clones, la République envoya une mission humanitaire sur Christophsis, menée par le Sénateur d’Alderaan, Bail Organa, en raison de l’invasion de cette planète par la Confédération des Systèmes Indépendants. Cependant, une flotte confédérée avait établi un blocus autour de la planète, bloquant Organa à la surface et empêchant les forces de la République de se poser sur la planète.
Ces forces républicaines étaient commandées par le Général Jedi Anakin Skywalker, le Haut Général Jedi Obi-Wan Kenobi et l’Amiral Yularen. Ces derniers furent obligés de battre en retraite en raison du feu trop nourri des vaisseaux séparatistes. Sur le pont de commandement de son destroyer de classe Providence nommé Invincible, Trench laissa s’échapper les forces républicaines qui allèrent se réfugier derrière la lune de Christophsis. Trench n’avait plus qu’à attendre le retour des Jedi.
Au dépourvu de Trench, la République lança un vaisseau prototype qui avait la capacité de s’occulter et d’être indétectable par les radars ennemis pour envoyer des ravitaillements à Organa. L’équipage du vaisseau était composé du Général Skywalker, de l’Amiral Yularen et de soldats clones. Ne voyant pas les républicains contre-attaquer, Trench s’impatienta et décida de bombarder le centre de commandement d’Organa avec des bombardiers de classe Hyena pour mettre la pression sur les forces républicaines. Les bombardiers évitèrent de peu le vaisseau furtif qui se trouvait sur leur chemin. Bien que les scanners ne détectèrent aucun vaisseau ennemi, Trench sentit que quelque chose d’inhabituel se passait. Ses soupçons s’avérèrent justes quand le Général Skywalker décida d’attaquer le vaisseau amiral plutôt que de délivrer des ravitaillements au quartier général d’Organa pour distraire Trench.
Le vaisseau furtif tira quatre torpilles en direction du pont de commandement du destroyer de Trench mais cette tentative échoua car Trench avait activé ses puissants boucliers thermiques. Comme réponse, Trench lança ses propres torpilles vers le vaisseau furtif mais ces torpilles furent trompées par une ruse d’Anakin : il déploya des fusées pour tromper les torpilles. Le vaisseau s’occulta de nouveau Trench tira des salves de lasers vers la dernière position connue du vaisseau furtif, en vain. Skywalker avait réussi à passer à travers les tirs de Trench. Suite à cet échange de tirs, Trench eut la certitude que ce n’était pas de simples pilotes clones mais des Jedi qui se pilotaient ce vaisseau. Il contacta alors le vaisseau ennemi sur une fréquence libre. Il s’adressa à l’équipage du vaisseau en leur annonçant qu’il avait déjà eu affaire à des vaisseaux furtifs et leur demanda de se retirer, tout en sachant que les Jedi n’allaient pas battre en retraite. Obi-Wan informa Anakin que Trench avait bel et bien déjà été confronté à des vaisseaux furtifs et qu’il suivait les signatures magnétiques des vaisseaux pour lancer des torpilles autoguidées.
Anakin décida alors d’attaquer le vaisseau amiral de nouveau. Le vaisseau furtif tira alors quatre torpilles et s’occulta. Trench ordonna de suivre la signature magnétique du vaisseau et de lancer des torpilles autoguidées. Son droïde tactique TI-99 l’informa que pour lancer les torpilles, il fallait désactiver les boucliers. Trench lui ordonna alors de les désactiver. Le vaisseau furtif se révéla et fit demi-tour vers le destroyer de Trench avec les torpilles autoguidées qui le suivaient. Trench ordonna de réactiver les boucliers mais son droïde lui indiqua qu’ils étaient en train de se charger et qu’ils ne pouvaient pas être activés. Trench, voyant le vaisseau foncer sur lui, accepta son destin et ferma ses six yeux, attendant sa mort. Anakin frôla de très près le pont de commandement et les torpilles autoguidées allèrent percuter le pont et détruisant le vaisseau. Finalement, la destruction du vaisseau amiral de Trench permit à Anakin de se poser sur Christophsis pour y délivrer les ravitaillements tant attendus.
Contre toute attente, l’Amiral Trench avait survécu à la destruction de son vaisseau amiral. Cependant, il n’était pas sorti totalement indemne de l’explosion : une grande partie de son corps dut être remplacé par des prothèses cybernétiques. Il continua ainsi à servir les ordres du comte Dooku durant la suite la Guerre des Clones. A un moment de la guerre, les armées droïdes sous le commandement de l’Amiral durent faire face à nouveau à Anakin Skywalker lorsque la République tentait de prendre d’assaut une base séparatiste en orbite autour de Ringo Vinda. L’armée républicaine dirigée par Anakin et les sœurs jedi Tiplee et Tiplar semblaient prendre l’avantage lors de l’affrontement jusqu’au moment où le soldat Tup, prit par une étrange folie, abattit Tiplar. Skywalker ordonna la retraite, tandis que Trench, qui avait assisté à cette scène étrange prévenait Dooku de l’étrange comportement du clone. Le comte demanda alors à son amiral d’enlever le soldat afin de le conduire devant lui. Les droïdes de combat se chargèrent de kidnapper Tup alors que ce dernier était conduit sur Kamino afin d’être examiné pour expliquer les raisons de son acte. Dooku félicita Trench, ce dernier ne sachant pas qu’il venait en réalité d’empêcher la découverte de l’ordre 66. Malheureusement pour lui, Anakin Skywalker, le commandant Rex et le soldat ARC Fives parvinrent à ramener le soldat fou à la base républicaine. Tup fut une nouvelle fois escorté jusqu’à Kamino, cette fois sans encombres et la République se retira de Ringo Vinda peu après.
The Clone Wars