Yoda arriva sur Moraband, terre abandonnée selon ses dires mais imprégnée par les ténèbres. Le maître Jedi confia une nouvelle fois à R2 la tâche de l'attendre, tout en lui indiquant que s'il n'était pas revenu sous trois jours, le robot devrait retourner sur Coruscant pour prévenir le Conseil.

Yoda décida de méditer un peu, et dut affronter un grand reptile, qu'il maîtrisa sans mal. Dans la foulée, une ronde d'êtres masqués tenta de le perturber en lui indiquant qu'ils allaient prévenir les émissaires du côté obscur – qui viendraient l'anéantir – avant de se dissiper. Pendant ce temps, Dooku était appelé par son maître pour le rejoindre sur Coruscant.

Le maître Jedi pénétra finalement dans le tombeau des Sith. À l'intérieur, il rencontra l'esprit du tout puissant Dark Bane – qu'il reconnut sans mal – avec qui il retraça l'histoire des Sith en passant par la règle des deux, introduite pour empêcher les Sith de s'entretuer. Bane lui proposa de le rejoindre, mais Yoda refusa en arguant qu'il était une simple illusion, ce qui fit disparaître l'ancien Sith. Le tombeau s'ouvra et Yoda s'y engouffra.

Dans la zone morte et désindustrialisée de Coruscant, Dooku retrouvait Sidious dans son repère. Le seigneur noir des Sith évoqua la possibilité de porter un coup létal à l'Ordre Jedi. Dans le même temps, sur Moraband, Yoda retrouvait les visages familiers des sœurs de la Force. Celles-ci lui dirent que jusqu'ici elles pouvaient contrôler les épreuves, mais que passé ce seuil elles ne répondaient plus de rien ; elles l'avertirent des séductions qu'il pourrait rencontrer, qui constitueraient seulement des pièges. Elles disparurent et Yoda entra dans la pièce.

Réunis autour d'un pupitre, Dooku et Sidious entamèrent un rituel Sith. Sidious ponctionna une goutte de sang à son apprenti, versée dans le creux du pupitre, avant de bredouiller des paroles incompréhensibles et de joindre ses éclairs à ceux de Dooku ; Sidious enjoignit l'ancien Jedi à guider toutes ses pensées vers Yoda - son ancien maître - pour lui tendre un piège. Ils parvinrent à matérialiser un faux Sifo-Dyas menotté sur Moraband. Yoda, dans un premier temps ému par la vision du maître Jedi, ne tomba pas dans le piège – qui consistait à le libérer pour dévoiler le nom des conspirateurs – et l'illusion disparut pour faire apparaître Sidious.

Déstabilisé, Yoda se réveilla ensuite dans une canonnière, entouré par un escadron de clones et Anakin. Ce dernier lui apprit qu'ils avaient intercepté une communication de Dooku et découvert son repère sur Coruscant. Un peu divaguant au début, Yoda insista finalement pour continuer la mission et démasquer le maître de Dooku et l'empêcher de s'évader. Arrivés sur place, ils tombèrent finalement sur les deux Sith. Dooku désossa rapidement quelques soldats avant de se frotter à Anakin, qui lui trancha la tête. Choqué par cette scène, Yoda partit néanmoins à la poursuite de Sidious. Sur la passerelle extérieure, ils s'affrontèrent dans un combat âpre ; Anakin se joignit à Yoda mais fut rapidement mis hors d'état de nuire par le puissant Sith. Sidious brisa finalement la passerelle, ce qui obligea Yoda à faire un choix : sauver Anakin ou continuer le duel. Il opta pour la première solution et, tout en mettant en sûreté le Jedi, essuya les éclairs de Sidious. Yoda détruisit finalement la plateforme en lançant son sabre, ce qui provoqua leur chute. Dans le vide, Yoda s'accrocha à Sidious, mais au moment de relever la capuche il découvrit qu'elle était vide.

L'illusion terminée, Sidious constata son échec. De son côté, Yoda était réveillé par les sœurs de la Force qui lui indiquèrent que désormais il serait capable de faire subsister son esprit après la mort. Elles lui révélèrent également l'existence d'un autre Skywalker. Yoda rejoignit R2 et tous deux revinrent sur Coruscant.

Dans le Temple Jedi, Obi-Wan et Mace Windu prévinrent Yoda que le Conseil était réuni et prêt à entendre ses découvertes. Le maître Jedi glissa qu'il n'avait rien de particulier à dire, si ce n'est que la guerre ne sera probablement pas gagnée. Mais qu'il existait un autre chemin, et qu'à long-terme ils pouvaient vaincre les ténèbres.