Luke Skywalker est surpris d’apprendre que plusieurs jeunes Jedi ont plié bagages et sont partis pour les Régions Inconnues, en abandonnant leurs devoirs -les Jedi sont déjà disséminés au sein de la galaxie, et lorsque sept d’entre eux quittent leurs postes, il est difficile de les remplacer. Luke en parle aux membres du Conseil Jedi (un Conseil qui a d’ailleurs été déplacé sur Coruscant et qui a reçu un nouveau temple comme cadeau du gouvernement ; mais c’est en quelque sorte un cadeau empoisonné, puisque les Jedi sont maintenant obligés d’obéir aux souhaits de l’Alliance Galactique) et le Chef d’État Cal Omas arrive en compagnie d’un ambassadeur Chiss furieux pour comprendre pourquoi les Jedi se mêlent des affaires des Chiss. Luke les rassure en annonçant qu’ils vont s’occuper du problème, mais Omas insiste pour que Luke s’en charge personnellement car il est le seul à pouvoir raisonner la meneuse du groupe, Jaïna Solo, sa nièce.
Luke demande à Kyp Durron de solliciter l’aide de Léia et Han en l’absence des Jedi manquants. Les Solo se sont portés volontaires depuis la fin de la guerre pour réclamer les planètes inoccupées (pour les repeupler par des populations qui ont perdues leur monde natal, comme les Ithoriens) et déloger les seigneurs de la guerre et les pirates qui s’y sont installées. Maintenant, avec plusieurs Jedi manquants, Luke espère qu’ils les remplaceront, mais quand Han et Léia découvrent que c’est Jaïna qui a mené les Jedi dans les Régions Inconnues, ils décident de partir la chercher eux-mêmes plutôt que de continuer leur travail actuel. Ils regrettent en effet tous les deux des regrets de ne pas être parti aider le commando Jedi sur Myrkr, même en sachant qu’ils n’auraient rien pu faire, et cette fois-ci, ils ne pourront pas regretter de ne pas avoir essayé de sauver un autre de leurs enfants.
Luke, Mara et Saba Sebatyne partent pour les Régions Inconnues, vers le lieu où Jaïna et les autres Jedi disparus ont laissé de vagues coordonnées, en compagnie du petit Ben ; Luke et Mara ont en effet décidé de ne laisser personne élever Ben à leur place, ce qui implique de l’emmener avec eux où qu’ils aillent. Ben n’est pas un enfant comme les autres : très puissant dans la Force, il a cependant décidé de ne pas l’utiliser, presque de s’en cacher, au point que même ses parents ont du mal à l’atteindre. Les Jedi arrivent à Lizil, un nid/spatioport d’une race d’insectes partageant un seul esprit collectif. Han et Léia arrivent à leur tour, mais pas au même moment.
Luke et son groupe entrent dans la Ruche, et constatent que toutes sortes de créatures s’y trouvent, pas seulement des insectoïdes. Ils pénètrent dans une cantina dans l’espoir de dénicher des informations sur l’endroit où se sont rendus les Jedi manquants, qui ne sont visiblement plus là. Ils découvrent que tout sur Lizil est gratuit et que tous les habitants sont dans un état d’euphorie permanent. Quiconque peut rester sur Lizil aussi longtemps qu’il le souhaite, mais à la seule condition de devenir un “Joiner”. Lizil est un esprit unique, et plus on demeure longtemps au sein de la ruche, plus on devient partie intégrante de cet esprit. Un Joiner est un étranger à la ruche qui est partage désormais l’esprit collectif. Luke tente de soutirer des informations à propos des Jedi disparus, mais il a l’impression que tous ceux à qui ils adressent la parole sont sous l’influence de Lizil, et Lizil ne veut pas que Luke découvre où ils sont allés. Saba a, quand à elle, était un peu plus chanceuse, elle a rencontré un Ewok, copilote d’un vaisseau, qui prétend pouvoir aider Luke à trouver les Jedi manquants.
Han et Léia retrouvent Luke et Mara, et ensemble, ils font la rencontre de Tarfang (le copilote Ewok) et de Jae Juun (un Sullustéen, propriétaire de son propre vaisseau et qui est apparemment le plus grand fan de Han). Juun propose que son vaisseau, le XR808g, conduisent le petit groupe au nid central, Yoggoy, là où ils espèrent dénicher plus d’informations sur les Jedi manquants. Il faut cependant une escorte d’insectes pour trouver la planète à coup sûr, mais comme Lizil ne veut pas que Léia/Luke/Han/Mara trouvent les Jedi manquants, ils doivent suivre Juun sans qu’aucune aide ne leur soit apportée.
Jaïna et les autres Jedi (à l’exception de Jacen, qui n’est pas encore arrivé) décident de défendre l’un des nids qui est régulièrement attaqué. C’est à ce moment que le statut de la relation entre Jaïna et Jag Fel est révélé : Jaïna et la plupart des Jedi qui ont survécu à la mission de Myrkr (cf : Le Nouvel Ordre Jedi : Étoile après Étoile) ont depuis la fin de la guerre beaucoup de mal à s’attacher émotionnellement aux autres personnes, et se sentent en quelque sorte perdus, et ce traumatisme post-guerre qui a fait que Jaïna s’est sentie incapable de se lier de nouveau à Jag. Elle est certes toujours amoureuse de lui, mais elle est devenue très distante et du coup, leur relation s’est détériorée.
Avant de rejoindre les autres Jedi, Jacen se rend sur le site du crash du Tachyon Flier, le vaisseau que Lomi Plo et Welk ont volé avec Raynar Thul à son bord, plusieurs années auparavant. En inspectant les lieux, le jeune Jedi utilise la Force pour pouvoir visionner le moment où le vaisseau s’est écrasé. Il voit ainsi Raynar extirper son corps mutilé et brûlé de la carcasse du vaisseau, et les corps tout aussi mutilés de Lomi et Welk. Il fait de nouveau appel à la Force, une technique apprise auprès des Aing-Tii, afin de se projeter lui-même dans le futur, où il voit sa mère et lui dit où sont les Jedi : sur Qoribu.
Les Solo/Skywalker arrivent sur Yoggoy, et font la connaissance du leader apparent (appelé l’Unu) de la Ruche. Ils découvrent un humain mutilé et dont la nature a été perverti, un Joiner (le Roi des Joiners même, d’où le titre du roman), et Léia reconnaît en lui Raynar Thul. Raynar annonce que Raynar Thul n’est plus, et qu’il est désormais Unu Thul. Il explique comment a eu lieu le crash sur Yoggoy, et qu’il a été pris en main, soigné par les autochtones, mais lorsqu’on l’interroge à propos de Lomi Plo et Welk, il affirme ne pas s’en souvenir et présume qu’ils ont péri au cours du crash. A nouveau, Luke et les autres essayent de déterminer l’endroit où se sont rendus les Jedi disparus, mais Raynar leur dit qu’ils ne sont pas autorisés à le savoir. A la place, ils partent inspecter l’épave du Tachyon Flier, où Léia découvre la vision de Jacen, vision qu’il a laissé dans le passé, et par conséquent, le nom de la planète où se trouvent Jaïna et les autres. (Au passage, cela signifie que Jacen a réussi à envoyer un message, à travers le temps, à une personne, et qu’il interagi avec elle. Or, le futur est toujours en mouvement, selon la croyance des Jedi. Cela signifie donc que Jacen a été capable de fixer le futur d’une personne précise.) Mais au cours de leur visite, ils sont attaqués par un groupe d’insectes. Le petit groupe parvient à leur échapper, retourne dans la Colonie et explique à Raynar ce qui s’est passé, mais ce dernier refuse de les croire. On découvre alors que toues les insectes appartenant aux différentes colonies sont des Killiks, une race que l’on croyait éteinte. (cf : le Fantôme de Tatooine.) Il est possible qu’ils soient à l’origine de la disposition particulière du système corellien et de la création de la station Centerpoint.
Le groupe reste cependant déterminer à trouver les Jedi manquants, et après un voyage quelque peu agité, ils atterrissent finalement sur Qoribu où les Jedi les attendaient. Jaïna et ses compagnons expliquent qu’ils n’ont pas pu résister à l’appel à l’aide des Killiks qu’ils ont entendu résonner à travers la Force. Et quand on leur demande pourquoi ils souhaitent rester sur la planète, les jeunes Jedi montrent à quel point les Killiks, malgré le fait d’avoir été attaqués en premier, se soucient des survivants Chiss. Ils affirment que, bien que les Killiks n’aient pas encore pénétré dans l’espace Chiss, ceux-ci n’ont pas hésité à attaquer, ce qui va à l’encontre de leur principale règle de conduite : les Chiss n’attaquent jamais les premiers. Aux yeux des jeunes Jedi, les Killiks sont des victimes innocentes, et c’est leur rôle de les aider. Après avoir jugé la situation, Luke estime que la meilleure chose à faire pour les Jedi de rentrer avec lui. Certains des Jedi pensent qu’il dit cela uniquement à cause des pressions exercées par Cal Omas et l’Alliance Galactique mais Jaïna, loin de toute considération politique, refuse de rentrer chez elle avant d’avoir porté secours à Lowbacca, le Wookie ayant eu des problèmes au cours de la dernière attaque des Chiss. Au final, Luke et Mara repartent vers Ossus avec plusieurs Jedi avec eux, tandis que Saba décide de rester sur Qoribu avec Jaïna et les autres pour sauver Lowbacca. Ils partent en mission afin de l’aider mais la flotte Chiss -sous le commandement de Jagged Fel- parvient à le capturer en premier.
Sur le route d’Ossus, Luke essaye de réparer R2-D2 qui semble avoir quelques problèmes de fonctionnement, et découvre un enregistrement holographique d’une discussion entre sa mère et son père (lorsque Anakin annonce à Padmé qu’il a rêvé d’elle, à la manière des cauchemars qu’il avait pour sa mère, au début de l’épisode III.). Mais il ne voit qu’un court extrait avant que les problèmes de R2 ne reviennent et coupent la transmission. Le Maître Jedi suspecte cependant le droïde de lui cacher, intentionnellement ou pas, une partie de sa mémoire.
Au même moment sur Qoribu, après la tentative ratée de sauver Lowie, Saba part en chasse dans les cavernes de la Colonie afin d’évacuer sa frustration. Et c’est dans une de ces cavernes qu’elle découvre un Welk tout aussi mutilé que Raynar et au cours du combat qui s’ensuit, Saba est sévèrement blessée. Elle parvient à rejoindre ses compagnons, mais Han et Léia estiment qu’elle doit immédiatement retourner sur Ossus afin de recevoir un traitement adapté -mais pas en laissant les Jedi seuls sur la planète. Devant l’obstination de Jaïna et Zekk, qui refusent d’abandonner Lowie, ils partent uniquement avec la Jedi Twi’lek Alema Rar.
Sur Ossus, Cilghal étudie des électroencéphalogrammes des Jedi qui ont commencé à devenir des Joiners (mais pas Jacen -en effet, soit il n’est pas resté suffisamment longtemps au sein de la Ruche pour se transformer en Joiner, où bien son entraînement ces cinq dernières années l’ont immunisé contre la conscience collective.) et développe une théorie. Les Jedi affirment qu’ils ont abusé du lien de combat dans la Force depuis la mission sur Myrkr; et c’est ce qui est responsable de la rupture de leurs barrières mentales. Ils ne peuvent plus séparer leurs esprits les uns des autres. Mais à travers ses tests, Cilghal s’aperçoit que quelque chose d’autre a modifié leurs personnalités -la Ruche a changé quelque chose dans leurs esprits, et leur faculté de jugement a été compromise par le pouvoir que le Nid a exercé sur eux.
Jacen se rend sur Hapès et demande à Tenel Ka de lui prêter une flotte de Dragons de Combat Hapiens pour contrer les mouvements de la flotte Chiss qui commence à se rassembler près de la Colonie Killik. Ils flirtent ensemble, finissent par s’embrasser et pour faire bonne mesure, Jacen accepte de rester une nuit sur Hapès, pour s’assurer qu’il obtiendra bien sa flotte de combat. (on sait comment ça a fini !)
Léia et Han se dirigent à leur tour vers Ossus, quand un problème mécanique survient à bord du Faucon Millenium. Ils suspectent un acte de sabotage, et sont forcés d’atterrir en catastrophe sur une planète désertique. En réparant le Faucon, le couple comprend que la saboteuse n’est autre qu’Alema Rar, qui est tombée sous le contrôle d’une tierce personne. Elle se bat contre eux, mais finit par être arrêté par Léia et tombe dans le coma.
Sur Ossus, Luke discute avec l’Aristocra Formbi (déjà vu dans Une Question de Survie), et le Chiss explique une partie des motivations qui poussent son peuple à se montrer aussi défensifs contre les Killiks. Le nombre des familles régnantes Chiss est passé de neuf à quatre, et il semblerait bien que ce soit les Killiks qui soient responsables de ce fait, absorbant les familles les unes après les autres au sein de la Ruche. Il en profite également pour rendre un peu plus clair le nombre d’enfants que Soontir Fel a actuellement. De son côté, Mara découvre qu’un assassin Killik a séjourné à bord de l’Ombre de Jade, que Ben est devenu son ami et qu’il a commencé à le transformer en Joiner (cet assassin est un Gorog. On découvre plus tard que les Gorog sont les Killiks/Joiners qui appartiennent au Nid Noir.). Mara réussit à le descendre, ce qui permet Cilghal d’approfondir ses tests qui finissent par confirmer sa théorie. Elle en développe également une autre -il y aurait deux esprits qui contrôlent les Killiks. Tout d’abord, il y a la conscience collective que Raynar contrôle. Il y a ensuite un inconscient collectif, capable de se cacher de la conscience collective (grâce à la Force) mais qui parvient quand même à l’influencer, contrôlé par Lomi Plo et Welk. C’est pourquoi Raynar niait auparavant les attaques, ne croyant pas en l’existence d’une inconscience collective. Les Jedi qui sont devenus des Joiners sont contrôlés par la conscience collective -à l’exception d’Alema, qui obéit à l’esprit inconscient.
(En résumé : il y a d’un côté tous les Nids dirigés par Raynar, de l’autre un Nid caché, le Nid Noir, sous le contrôle de Lomi Plo et Welk, le Nid Noir se cachant des autres mais pouvant les forcer à commettre tel ou tel acte. C’est bon ?)
Quand Léia atteint finalement Ossus, elle découvre le Conseil Jedi et Cal Omas plongés dans une discussion animée sur la situation à la frontière Chiss, discussion qui dérive très vite sur les Jedi, leur rôle dans la galaxie, la manière dont la Force doit être utilisée, et il apparaît clair qu’une division commence à apparaître au cœur même de l’Ordre. Léia arrive finalement avec une solution temporaire au problème Killik, en proposant de les installer sur la planète où Han et elle se sont écrasés et en utilisant la flotte Hapienne pour les transporter. Ainsi, les Killiks s’éloigneraient des frontières Chiss, et les Hapiens apparaîtront aux yeux de Chiss comme un peuple venu aider au transport de la population Killik.
Jaïna se réveille au côté de Zekk. Ils n’ont pas couché ensemble, mais à travers le lien mental qu’ils partagent, elle peut voir combien il est attiré par elle, et lui peut voir à quel point elle continue à aimer Jag. D’où une certaine gêne qui commence à apparaître entre eux, gêne vite dissipée par l’arrivée de Raynar qui vient leur annoncer qu’ils ne sont plus les bienvenus au sein de la Ruche. Jaïna et Zekk tentent désespérément d’empêcher la Ruche de les contrôler, mais ils y éprouvent pas mal de difficultés.
Sur Ossus, Alema Rar parvient à s’enfuir et part rejoindre le Nid Noir. Luke la laisse volontairement s’échapper afin de la suivre grâce au traceur qu’il a déposé sur son vaisseau. Mais avant que quiconque ne puisse le lancer à sa poursuite, Ghent (à qui Luke a demandé de l’aide à propos des problèmes rencontrés sur R2) interrompt le Maître Jedi dans ses préparatifs et lui montre un enregistrement qu’il a réussi à extirper des entrailles mécaniques du droïde (il s’agit là d’une discussion entre Padmé et Obi-Wan. Ce n’est pas celle que l’on voit dans le film, ce dialogue est visible uniquement dans la novélisation.). Ghent prévient Luke que R2 essaye de le protéger de quelque chose, mais il ne sait pas quoi.
Jaïna et Zekk sont entièrement tombés sous le contrôle de la conscience collective Killik -et se sont liés émotionnellement l’un à l’autre- à tel point qu’ils commencent à croire qu’ils sont eux-mêmes des Killiks et qu’ils pensent que la future attaque surprise de la Colonie contre les Chiss est la meilleure chose à faire. Mais une petite partie de Jaïna est restée elle-même et essaye de faire machine arrière tant bien que mal. A travers la Force, elle atteint Jag Fel et tente de le prévenir de l’attaque Killik.
Luke et Mara poursuivent le skiff d’Alema Rar qui les mène au cœur du Nid Noir, Léia et Han sur leurs talons à quelques minutes d’intervalle. Les deux Maîtres pénètrent dans la tanière du Nid Noir à pied, et tombent sur une embuscade avec des centaines de Killiks. Ils finissent par retrouver Alema Rar, et Luke engage le combat contre elle. il utilise tous les aspects possibles de la Force pour la combattre (la colère, l’agression...) et il est réellement en colère contre elle pour tout ce qu’elle a fait, même en sachant qu’elle était sous le contrôle du Nid Noir. Léia, Han et quelques Maîtres Jedi pénètrent à leur tour dans le repaire du Nid et retrouvent le couple Skywalker pour voir Luke blesser sérieusement la Twi’lek, mais ils la perdent de vue lorsqu’un essaim de Killiks apparaît. Loin d’en avoir terminé avec elle, Luke part à sa recherche, suivi par Mara.
Après une nouvelle tentative ratée pour délivrer Lowbacca, Jaïna et Zekk perçoivent la présence du quatuor Solo/Skywalker et décident d’aller leur prêter main-forte.
Luke et Mara, toujours à la recherche d’Alema, tombent sur Welk et une autre personne, qu’ils suspectent être Lomi Plo. Au cours du combat qui s’ensuit, Luke parvient à éliminer Welk tandis que Léia et Han viennent aider, mais Alema parvient une nouvelle fois à s’échapper.
Luke, Mara, Han, Léia, Jaïna et Zekk se réunissent et s’occupent des blessés. Jaïna et Zekk sont suivis par des guérisseurs Killiks, et Han réalise brutalement que sa fille est perdue et qu’elle est devenue une Joiner. Raynar Thul arrive à son tour, outré par la mort de tant de Killiks de la main de Luke et Mara, bien que les Maîtres se soient seulement défendus au cours du combat. Le groupe découvre avec horreur que les larves Gorog sont nourries par les substances vitales des Chiss capturés au combat. Après une longue discussion à propos de Lomi Plo, Welk, le Nid Noir et tout ce qui s’est passé (ce que Raynar refuse de croire), Léia amène l’idée d’un déménagement complet de la Colonie vers une nouvelle planète, en s’assurant que Raynar croit qu’il s’agit de sa propre idée, et le concept est approuvé. La guerre entre les Chiss et les Killiks a finalement été évitée.
Au final, il est clair que Jaïna est toujours une Joiner et que sa personnalité a été modifiée. Elle s’est beaucoup rapprochée de Zekk, trop aux yeux de Jag Fel qui est consterné lorsqu’il les voit ensemble. Formbi apprend à Luke que c’est grâce à l’insistance de ce même Fel que Lowbacca a finalement été libéré. Léia demande à Saba de l’entraîner pour qu’elle devienne une Jedi.